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产业经济研究院于2006年4月成立，前身是1994年成立的暨南大学工业经济研究所，以产业组织与企业理论、产业结构与经济增长、产业市场与区域创新体系、产业政策与政府规制为主要研究方向，现任院长为顾乃华研究员。暨南大学是华南地区应用经济学研究重镇，1981年，工业经济学专业获硕士学位授予权，1986年获博士学位授予权。1996年，产业经济学学科被评为广东省重点学科。1998年，学校设立应用经济学博士后流动站。2002年，产业经济学学科被批准为国家二级重点学科。
产业经济研究院下设产业发展与规划研究所、产业组织与规制研究所、现代服务业研究所和《产经评论》杂志社。2015年，产业经济学被学校确定为广东省高水平大学重点建设学科。
研究院现有专职研究人员13人，其中教授（研究员）5人、副教授（副研究员）5人、讲师3人；博士生导师7人，硕士生导师11人；具有博士学位者12人（占92.31%）；“千百十人才培养工程”省级培养对象1人；“广东特支计划”青年文化英才项目入选者1人；广东省高等学校人才引进项目入选者2人；广东省高校优秀青年教师培养对象2人。2015年，研究院教师发表A类论文10篇，其中SSCI收录4篇；获得国家社科基金项目2项，广东省科技计划项目1项，中国博士后科学基金项目1项，暨南大学“宁静致远工程”项目5项。
2015年，研究院招收硕士研究生32人，境内博士研究生9人，境外博士研究生2人；在读博士生36人（其中境外博士生15人），在读硕士生91人；获得博士学位10人，获得硕士学位33人；入选广东省优秀博士学位论文名单1人。根据《中国研究生教育及学科专业评价报告：2013—2014》，研究院产业经济学专业被评为5星级专业，研究生教育竞争力在全国198个高校中排名第9位。
研究院现建有中国工业企业数据库、海关进出口数据库、经济普查数据库、“广东省产业发展数据库”4个数据库。以计量经济学软件为教学工具，加强“三高”（高级宏观经济学、高级微观经济学、高级计量经济学）课程建设，形成以现代产业体系、创新理论与政策、产业组织为主要研究对象，以博弈论、计量经济学和实验经济学为主要研究方法的学术传统。
2015年，研究院举办“暨南大学2015年产业组织与国际贸易Workshop”、黄德鸿教授百年诞辰纪念会。
（产业经济研究院供稿）
暨南大学光子技术研究院是学校直属科研单位，其前身是2009年4月成立的暨南大学光子技术研究所，2015年11月更名为光子技术研究院。研究院致力于光子技术在信息获取、信息传输与处理、信息存储方面的应用研究，重点开展光传感与生物光子学、光通信与光信号处理、微波光子学技术、纳米光子学及器件、高密度光存储等领域研究。
研究院现有教职工22人，其中正高职称者7人，副高职称者4人，讲师6人，全部具有博士学位；博士生导师5人，硕士生导师10人。2015年，研究院新增国家杰出青年基金获得者1人，“青年千人计划”入选者1人，国家优秀青年基金获得者1人，“广东特支计划”科技创新领军人才1人，“广东特支计划”科技创新青年拔尖人才2人，“珠江学者”特聘教授1人，“广州市珠江科技新星”1人。
2015年，研究院获批科研项目24项，获批经费2 454万元；发表SCI收录论文42篇，其中SCI一区和二区论文26篇；发表国际会议论文26篇；获授权发明专利3项，申报专利2项。
招收硕士研究生24人，博士研究生3人，现有在校研究生78人，其中博士研究生13人。研究生参加学术会议或交流项目29人次，获各类荣誉或奖励14人次，其中2012级刘甫和2013级蔡忠岳、张学军、徐坚组成的团队获暨南大学第六届“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛特等奖、第十三届“挑战杯”广东大学生课外学术科技作品竞赛特等奖、第十四届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛一等奖。
研究院与香港理工大学联合主办学术研讨会2次，分别为第四届国际特种光纤研讨会（WSOF2015）和“下一代光互连技术”研讨会；共接待境内外学者来访14人次，邀请外籍专家讲学3人次；教师出席境内外学术会议47人次。
（光子技术研究院供稿）
粤港澳中枢神经再生研究院成立于2012年11月，前身为2008年10月成立的暨南大学—香港大学脑功能与健康联合实验室。现任院长是中国科学院院士苏国辉。研究院现有全职研究人员14名，高层次柔性引进人才3名，讲座教授2名，技术员系列人员6名，其中中国科学院院士1人、英国皇家工程院院士1人、“千人计划”专家2人、教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者1人、广东高校“千百十人才培养工程”入选者1人、“广东特支计划”百千万工程领军人才1人、广东省自然科学杰出青年1人、广东省高等学校优秀青年教师1人。在职科研骨干均毕业于境外知名高校或具有境外研究工作经历。
2015年，粤港澳中枢神经再生研究院进一步凝练研究方向，聚焦“中枢神经再生与修复”，形成神经生长的分子调控、脊髓损伤与修复、脑缺血的机制与干预、视觉损伤与修复4个研究方向。研究院申报的教育部“中枢神经再生国际合作联合实验室”获批。积极参与学校高水平大学建设，配合多个学院，完成医学学科组团任务。
2015年，研究院获批科研项目7项；发表SCI论文22篇；获批人才项目包括中组部“千人计划”1项、“广东特支计划”百千万工程领军人才项目1项、广东省自然科学杰出青年基金项目1项、广东省高等学校优秀青年教师培养计划1项、“广州市珠江科技新星”项目1项。毕业研究生5人。
举办2015国际脑功能与健康研讨会暨神经再生高峰论坛，2012年诺贝尔生理学或医学奖得主、英国剑桥大学教授约翰·戈登到校做报告，海外著名专家学者来访交流40余人次，研究院师生境外学术交流15人次，外派研究生境外短期合作研究2人次。
（粤港澳中枢神经再生研究院供稿）
生物医学转化研究院成立于2013年7月，其前身为广东省分子免疫与抗体工程重点实验室，院长由“长江学者”特聘教授、国家杰出青年基金获得者尹芝南教授担任。研究院下设国际免疫学中心、肿瘤中心、抗体工程中心3个研究中心，分别由Richard A.Flavell、Michael Karin、James D.Marks 3位美国国家科学院院士任主任。研究院积极拓展与国际知名科研院所的合作，目前建立长期合作交流关系的知名科研机构有耶鲁大学、加利福尼亚大学圣地亚哥分校、加利福尼亚大学旧金山分校、基尔大学、得克萨斯大学、新加坡国立大学。
建院以来，研究院陆续引进11位来自美国、加拿大、我国香港等境外高层次人才，组成“分子免疫和转化医学”研究团队，形成老中青结合、合理配置的师资队伍，现有全职科研人员10人，专职技术人员9人，博士后青年教师6人（外籍人员2人），行政办公人员3人。其中研究员6人，副研究员4人；博士生导师5人，硕士生导师8人，具有博士学位者10人。研究院有“长江学者”特聘教授1人、国家杰出青年基金获得者1人、优秀青年科学基金获得者1人、国家人力资源和社会保障部“高层次海外留学归国创业人才”1人、国家人力资源和社会保障部新“百千万”人才工程“有突出贡献中青年专家”1人、中国侨联第五届中国侨界（创新人才）贡献奖获得者1人、广东省创新创业团队带头人1人；从美国、澳大利亚等国外知名高校聘请客座教授3人，讲座教授1人。研究院现有在读研究生33人，其中博士研究生10人，硕士研究生23人；与南开大学联合培养2人。
2015年，研究院获批项目8项，经费701万元。其中国家自然科学基金项目4项（重大国际合作专项1项、面上项目2项、青年基金1项），经费471万元；广东省重大基础研究培育基金项目1项，经费100万元；广州市科技项目2项，经费120万元。发表高水平学术论文3篇。
2015年，研究院主办第三届免疫与健康国际学术研讨会、2015暨南大学—赛诺菲中国研发中心转化医学与新药研发论坛，举办生命科学前沿讲座系列论坛4场次。科研人员参加国际学术会议4人次，参加国内学术会议12人次。派出1名青年教师，1名博士后，1名博士出国访问、开展学术交流。
（生物医学转化研究院供稿）
大气环境安全与污染控制研究所于2013年6月成立，所长由“千人计划”专家周振教授担任。研究所现有正式教职工13人，其中国家“千人计划”专家1人，广东高校“千百十人才培养工程”省级人才1人，“广东特支计划”青年拔尖人才1人；正高职称者3人，副高职称者3人，中级职称者6人；博士生导师2人，硕士生导师10人；获博士学位者11人。研究所柔性引进教授1人。2015年，周振教授入选国家“百千万”人才工程。2015年，研究所招收博士生2人，硕士生14人；现有在读硕士研究生35人，博士研究生5人。
2015年，研究所人员作为第一作者或通讯作者发表学术论文26篇（含接收），其中SCI/EI收录13篇，A1-I区3篇。吴兑教授作为第一作者发表的论文《三种霾日统计方法的比较分析——以环首都圈京津冀晋为例》获中国环境学会颁发的中国环境科学2014年优秀论文奖，并提名领跑者5 000候选论文。研究所获批各级科研项目15项，经费1 619万元；其中国家级4项，省部级4项，省部级及以上经费1 303万元。申请发明专利15项。研究所与产学研合作单位共同申报，获批组建广东省环保厅“广东省环境保护大气污染在线源解析工程技术研究中心”；以暨南大学为第一单位，获省部级奖励2项（2015年中国仪器仪表学会一等奖、2015年环境保护部科学技术奖三等奖）；参加国际学术会议4人次（做特邀报告1次）、国内学术会议10余人次、评审会议19人次。境内外学者到所访问和学术交流10余人次。
（大气环境安全与污染控制研究所供稿）