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清军入关后，尤其是在顺治朝和康熙朝前期，由于京西的三山五园尚未建成，因此，利用明代宫苑成为清廷的主要措施。清廷在明代南海子的基础上将其作为皇家御苑重新修葺，取名为“南苑”，历经清前期的建设，至乾隆朝达到鼎盛。晚清随着私垦的泛滥，南苑在清末最终放开垦种，结束了其皇家苑囿的使命。
作为清初期的重要宫苑，顺治帝经常前往南苑，有时甚至好几个月驻跸于此。例如，顺治十一年（1654）十一月至顺治十二年（1655）九月，顺治帝长期居住于南苑。顺治十四年（1657），建道教庙宇元灵宫。顺治十五年（1658）重修了明朝的两处提督衙门，更名为“新衙门行宫”和“旧衙门行宫”。此外，顺治朝还修建了德寿寺、真武庙、关帝庙、七圣庙、药王庙等。
康熙时期，康熙帝经常在南苑行围、阅兵，南苑建筑也随之增加。康熙十七年（1678），建永祐庙，位于德寿寺东南二里许，大殿曰延真殿，中奉天仙碧霞元君。康熙二十四年（1685），康熙帝把南苑原来的5个门增加到9个门，即南红门、回城门、黄村门、大红门、小红门、东红门、双桥门、西红门和镇国寺门。康熙三十年（1691），建永慕寺，位于小红门西南。康熙三十三年（1694）重修永胜桥。康熙三十七年（1698）又在9个门的基础上增加14个角门，以便于耕种于南苑的海户进出。康熙五十二年（1713）建南红门行宫，主要供康熙帝在检阅军队、行围狩猎之后的休息之用。
雍正帝对南苑的建设不多，主要是雍正四年（1726）对南苑水系的治理。当年，雍正帝命修水利，引凉水河入运河，于是在高各庄分流南引，入凤河故道，一路挑挖，入淀河，最后汇入运河。凤河水系的整治，使周围大量农田受益。雍正八年（1730）建宁佑庙，位于晾鹰台北六里许。
乾隆朝国家政治稳定，经济实力增强，对南苑的建设进一步增多。乾隆三年（1738），重修关帝庙和元灵宫。乾隆二十八年（1763）重修旧衙门行宫，乾隆二十九年（1764）重修永慕寺。乾隆三十九年（1774），重修马驹桥和碧霞元君庙，当年《御制启跸幸南苑诗》注曰：“重修马驹桥、碧霞元君庙，蒇工，择于十二日亲致瓣香庆落，而南顶神庙亦丹艧鼎新，因分日虔诣瞻礼。”
乾隆四十二年（1777），在南苑新建了面积达400亩的团河行宫。乾隆四十五年（1780），改建德寿寺。乾隆五十四年（1789），改建南苑的土墙为砖墙。经过乾隆一朝的修缮与建设，南苑形成了以四座行宫（旧衙门行宫、新衙门行宫、南红门行宫和团河行宫）为主的御园格局。此外，乾隆时期在南苑还有两次治理水系的工程，第一次是在乾隆三十二年（1767），修理张家湾河并疏浚凤河。第二次是在乾隆四十二年再一次疏通南苑内凤河源流团河，同时利用挑挖团河之土建造团河行宫。乾隆朝后期，又整治南苑草桥等处水泡河道。经过乾隆朝的不断修建与整治，清代南苑的基本格局由此最终奠定下来。
清初，南苑归并采捕衙门，顺治十六年（1659）始设南苑官。顺治十八年（1661），设员外郎二人。康熙八年（1669），于员外郎二人内改一人为郎中。康熙二十三年（1684），始设奉宸苑，南苑与景山、瀛台等处一并归其管理。至乾隆时期，掌管南苑的奉宸苑官员包括郎中、员外郎、主事、委署主事、苑丞、苑副、笔帖式等。
从管理职责分工来看，南苑郎中、员外郎、主事、委署主事等官，掌管南苑官职升除及分管九门草甸、围墙、树木、牲兽之事；苑丞、苑副、笔帖式等官则掌管看守、直宿、陈设、器皿诸事。南苑守卫设南苑总尉1人（正四品）和防御8人（正五品），则掌管南苑九门门禁，统领所属官弁兵丁、稽查出入并负责巡防守卫。
南苑的日常维护和运转，主要由苑户和海户等劳役人员承担。苑户主要设于南苑各处行宫、寺庙、马厩、牛圈、羊圈等处，专司洒扫、坐更等事，一般由身份较低的旗人充任。康熙三十年（1691）题准，新旧行宫设洒扫苑户16名。康熙五十二年（1713）题准，南红门、新旧行宫增设苑户32名。康熙五十六年（1717）题准，永慕寺设苑户10名。乾隆四十六年（1781），团河行宫增设苑户32名。
苑户之外，在南苑中还有一个特殊群体，即海户，主要从事饲养兽禽、维护苑墙、栽培林木、芟割草料、种植蔬果等劳役工作。原定南苑海户1800名。海户与清代其他贱民身份相同，身份世袭，如果出现缺员，则以其子弟顶补。至乾隆时期，海户基本固定为1600名。海户地位低贱，承担着南苑最繁重的维护和劳作任务，每逢“大阅”，皇帝也常常怜其生活困顿，予以赈济赏赐。
南苑不同于一般的御园，它具有一定的物资生产和供应功能，主要是供内廷使用的马匹、牛羊乳制品以及果蔬等物资。
首先是马匹，主要供应皇帝和皇子使用。依清制，在京城设内外马厩，内马厩设于皇城，外马厩设于南苑。康熙年间定例，南苑御马、内马共6厩。每厩附巡群马30匹；牝马10群，每群200匹。雍正元年（1723），每厩驽马额定240匹。雍正十一年（1733），定南苑6厩内设挏马1群、额腾马10匹、牝马80匹，以备取马奶之用。乾隆二十八年（1763），将南苑6厩内的巡群马每群各裁汰10匹。乾隆三十五年（1770），南苑6厩巡群马每群又各裁汰10匹。至道光二十三年（1843），将南苑原设6厩裁撤2厩，剩下4厩。在整个清代，南苑都是宫廷御用马匹的重要饲养地点。
其次是供奉内廷日常所需的乳制品。自清初，清廷就在南苑设外牛圈3处、供应乳饼圈1处，专门供应鲜牛奶、乳饼等乳制品。以乾隆年间为例，南苑3处牛圈每日应交牛乳120斤。此外，内廷各宫殿、皇家寺庙每年所用乳饼，也均由南苑乳饼圈交送。皇帝每次在先农坛举行耕藉礼所需要的耕牛一般也由南苑负责蓄养。
再次是果园，主要供应内廷所需的新鲜蔬果。按清制，内廷日常所需的蔬菜瓜果，一般由内务府所管辖的庄园供应。康熙十二年（1673）奏准，南苑内设果园5处，每年交纳各种桃李。康熙十六年（1677）奏准，果房设掌果2人，司果执事12人，专司征收各色果品，以备各处供内廷茶房之用。
最后，南苑还供应草料。南苑水草丰美，所产草料不仅供应苑内所蓄养马匹、牛羊所需，而且还在一定程度上供应着京城官民的马匹。清初，南苑定例每年由海户向兵部交纳50余万束的草料，此外多余的羊草交由大兴、宛平两县变价售卖。在京畿遭灾之际，南苑草料还能起到平抑京城马驼所需豆草价格的作用。例如，乾隆二十四年（1759）九月，京城内外麦面、豆草价格高昂，而南苑“羊草繁庑，向来采刈储备，足敷供用”，乾隆帝即谕令奉宸苑官员率领海户收割，在京城市面出售，平抑草料价格。至乾隆朝后期，出售南苑草料已成为奉宸苑日常维护资金的重要来源。
在康熙中期修建畅春园以前，南苑是清廷唯一能够利用的近郊御园。此处清静幽雅，适合休养避喧。顺治九年（1652）、十三年（1656），顺治皇帝都曾在南苑避痘。顺治帝亲政后几乎每年都前往南苑。一方面，因紫禁城内乾清宫等主要宫殿正值重建，另一方面，当时顺治帝宠幸董鄂妃，因此也更愿意驻跸南苑，而非回到宫中。顺治朝在南苑发生的一件重大事件，是顺治九年顺治帝接见五世达赖喇嘛。顺治帝在南苑接见五世达赖的意义重大，不仅体现了清中央政府对西藏地方宗教领袖的充分尊重，促进了民族团结和国家统一，而且在五世达赖归藏途中，清廷赐予了五世达赖金册金印，正式册封其为西藏地区最高的宗教领袖，此后，历代达赖喇嘛的继位都需要经过中央的册封。
进入康熙朝后，康熙帝非常重视南苑的讲武习勤，曾多次强调“南苑乃人君练武之地”。因此，康熙皇帝在南苑的活动大多与行围、校阅活动有关。除了行围、大阅之外，康熙皇帝也间或携带太皇太后、皇太后驻跸南苑。畅春园建成后，除行围活动之外，康熙帝临幸南苑次数逐步减少。雍正皇帝在位13年，几乎没有外出巡幸活动，驻跸南苑的次数也屈指可数。
乾隆时期，虽然圆明园作为御园理政的核心更加成熟，但在南苑的政治礼制活动依旧频繁。乾隆四年（1739）十月，乾隆帝规定在自己驻跸南苑期间，各部院衙门按照圆明园之例，轮班奏事。乾隆二十三年（1758），又规定了皇帝驻跸南苑时王大臣进班等有关事宜。前往永慕寺行礼、祭奠孝庄太皇太后是乾隆皇帝前往南苑活动的另一项内容。乾隆帝一般是在三月初八孝庄太皇太后的生日这天前往祭奠，或在前往南苑行围之际予以祭奠。此外，乾隆帝在巡幸畿甸，或巡幸五台山，或巡视永定河河工时，在出发或者回宫之前也大多驻跸南苑。
南苑地势开阔，适于举行年节烟火观灯等活动，以联络外藩使臣及各部落王公。乾隆二十三年所作《御制南苑赐哈萨克斯坦布鲁特塔什罕回人等观烟火灯词》中有“灯火城南六十春，重观因赉远来人”一句，诗中自注：“康熙二三十年间，元宵盖曾在南苑陈烟火，后以建畅春园，率于彼度节，不复在此观灯者六十余年矣。”可见，南苑在清前期相当长的时间里发挥了“陈烟火”以“赉远来人”的作用。乾隆朝在南苑的重要政治活动是乾隆四十五年（1780）乾隆帝会见六世班禅。乾隆帝会见六世班禅，不仅增进了民族团结，而且强化了清代中央政府对西藏地方的管辖，为清代中国统一局面的形成奠定了重要基础。
南苑最重要的功能，也是它区别于其他苑囿的最主要特色，是其作为清代统治者讲武习勤、围猎骑射的场所，正所谓“春蒐冬狩，以时讲武，恭遇大阅，则肃陈兵旅于此”。其中，“行围”是指春秋时节的围猎活动；“校阅”或“大阅”则是对八旗军队的军事演习。
清前期国家统一战争频繁，皇帝在南苑的行围活动也很多。以康熙帝为例，他在位的60年时间里先后67次在南苑行围。行围的时间一般在春秋两季，除个别年份一年一次以外，大多数是一年数次，尤其是在战事频繁之际，如在平定三藩、收复台湾、亲征准噶尔、抗击沙俄侵略军前后，一年之中甚至多达五六次行围；每次行围期间驻跸南苑的时间短则五六天，长则半月余。与日常通过围猎以演练骑射的“行围”不同，“大阅”是对八旗兵战斗力的全面检阅，按照礼制，应当每三年举行一次。仍以康熙帝为例，他在南苑共举行了6次大阅兵，分别是康熙十二年（1673）正月、十六年（1677）二月、十九年（1680）二月、三十四年（1695）十一月、四十年（1701）十一月和四十三年（1704）正月。另外，康熙二十七年（1688）十一月还曾专门进行过一次火器营阅兵。无论是行围，还是八旗兵“大阅”，其目的首先是保持八旗“国语骑射”的传统，增强武备，提高八旗的军事战斗力。
清代，南苑“例禁开田”。乾嘉时期，由于内部管理懈怠及贪腐，私垦逐日增多，至道光朝因苑内牲兽锐减，道光帝曾下令将浮开地亩全部抛荒。咸丰、同治两朝，御史嵩龄、刘有铭和翰林院侍读铁祺先后奏请开垦南苑，均被朝廷依“祖宗旧制”驳回，但私垦情形日甚一日。进入光绪朝，南苑一带已成为畿辅动荡的重点地域，“贼匪丛生”，动荡不已。光绪末年，南苑一带甚至有“青苗会”“仓匪”等秘密会社性质的组织在活动。清末国难频仍，光绪二十六年（1900）八国联军侵犯北京，南苑惨遭破坏，再加上光绪年间大水频发，致使南苑大水后围墙多半倾圮，新旧衙门和南红门行宫等各处殿宇坍塌严重。至于南苑作为“祖宗旧制”的“行围校猎”和“大阅八旗”也久已荒废。困局之下，清廷已无力再修缮和维护南苑的运转，南苑全面放垦。光绪二十八年（1902），清廷下令成立南苑督办垦务局，将南苑内闲置土地招租，开荒耕种，以便百姓生存糊口，宫廷里的宦官、权贵、地主、商人蜂拥而至，圈占土地，在南苑陆续建起数十座封建地主庄园。由此，南苑开始出现了众多村落。光绪三十年（1904）袁世凯在南苑驻军，修筑兵营房。光绪三十二年（1906），又修建了京苑轻便轨道。宣统二年（1910），清政府在南苑修建简易飞机跑道。至此，南苑作为皇家苑囿的历史已经终结，随着民国北洋政府在南苑创建南苑航空学校，其被“开发”的命运走向了新的历史阶段。