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如果万历像他的祖父嘉靖一样，为“大礼仪”之争廷杖反对他的一百多人，或者像他的伯祖父正德，把一百多名谏阻他南巡的官员都以棍论处。那么，事情也许会省去许多麻烦。然而，万历既无先辈之权威，更无祖宗之气魄，即使偶而发怨对臣僚予以制裁，也无济于事。在这进退两难的情况下万历再次显示出性格上的弱点，从而采取“拖”的办法，既然双方意见不一，那就把册立太子的事推迟。其理由是皇后还年轻，说不定她会生个男孩，那时再立太子也不为晚。但事实上万历自从和郑贵妃相爱，就与皇后不再有男女之欢，这个儿子从何而来？显然皇帝在用这并不高明的办法搪塞群臣。
万历一方面绞尽脑汁应付群臣的不断反驳和追询，一方面对王恭妃母子进行残酷的虐待。万历自己五岁开始读书练字，但皇长子朱常洛长到十四岁，还没有给他指派老师，几乎让这位未来的皇帝成了文盲。而王恭妃本人也被打入冷宫，无人问津。
转眼常洛已到十九岁，万历既不为之成婚，又不立为太子。大臣们终于发现了一个秘密，原来那位王皇后常常生病，显然万历打算一旦王皇后病逝，则由郑贵妃继之；常洵也就顺理成章地成为太子了。讲官黄辉猜到了这一秘密后，立即秉报给事中王德完，并说：这是国家大事，不测的事情随时都会发生。若万历和郑贵妃遂愿，写在史册上，后人就会笑朝中无忠臣。王德完听完后，遂叫黄辉写了奏章草稿，再由自己修改誊写后送给皇帝。结果是王德完被廷杖一百后除名。尚书李戴等连疏力救，忤旨被责。
万历在打了王德完后对群臣愤然说：“诸臣为皇长子耶？为德完耶？如为皇长子，慎无续扰；必欲为德完，则再迟册一岁。”这些自相矛盾又令人哭笑不得的话，使群臣大为惊讶。他们觉得万历似乎真的在期待什么。
就在万历和大臣们在立皇储问题上争吵不休、僵持不下之际，一个已经在人们心目中消失了的“幽灵”，在这关键时刻突然出现了。这就是万历的生母慈圣太后。
处于风烛残年的慈圣，虽在深宫中颐养天年，不问朝政，但对立储一事她却时时关注着这一情势的发展变化。在这个问题上，她再度站到王恭妃和群臣一边，觉得已经到了她应亲自出面干涉的时候了。当万历来到她的深宫请安时，这位老太后面色严肃地问道：“为何迟迟不立常洛为太子？”
可能是慈圣太后威风犹在的缘故，也可能是万历事先没有准备而过于慌张，竟脱口说了一句关键性的错话：“彼都人子也。”
明时宫内称宫女为“都人”，万历居然忘记了母亲也是“都人”出身。当慈圣太后怒气冲冲地指着他说：“尔亦都人子”时，万历才幡然醒悟，惊恐得“伏地不敢起”了。
万历的失误，加剧了慈圣太后的决心。无奈之下，万历皇帝只得在1601年10月立常洛为“皇太子”。
郑贵妃听到万历要立常洛为太子的消息，虽然感到大势已去，但她还是要作最后一搏。早在几年前，万历皇帝为讨郑贵妃的欢心，曾许愿将来封朱常洵为太子。郑贵妃施展聪明，让皇帝写下手谕，珍重地装在锦匣里，放在自己宫中的梁上，以为日后凭据。既然现在时机已到，她就不能不出示这张王牌以制其敌了。可是，当郑贵妃满怀希望地打开锦匣时，不禁大吃一惊：一纸手谕让衣鱼（蠹虫）咬得残破不堪，“常洵”二字也进了衣鱼腹中！迷信的皇帝长叹一声：“此乃天意也。”终于不顾郑贵妃的泪眼，而把朱常洛封为“太子”，常洵封为“福王”，封地洛阳。
至此，前后争吵达十五年，无数大臣被斥被贬被杖打，而且使得万历皇帝身心憔悴、郑贵妃悒郁不乐，整个帝国不得安宁的“国本之争”，才算告一段落。但事情远远未有结束。
朱常洵没有成为太子，不仅使郑贵妃大为气恼，也使万历皇帝感到内疚与不安。无奈之下，只得以倾国之富重加赏赉进行补偿。而此时的王恭妃正盼望能像慈圣太后一样，过上花团锦簇般的好日子。遗憾的是死神已向她悄悄逼近。这位可怜的女人，替朱家生了儿子，没得到恩典，反而被打入冷宫，即便是常洛被封为太子，她凄惨的处境也丝毫没有改变。她慨叹命运的不公，皇帝的薄情寡恩，又思念儿子。她在愁苦中消磨，在泪水中度日。花开花落，秋去冬来，总盼不到出头之日。正所谓：“泪湿罗中梦不成，夜深前殿按歌声，红颜未老恩先断，斜依熏笼到天明。”
王恭妃先是双目失明，渐渐卧床不起以至无翻身之力了。等到朱常洛在万历的允许下去探望母亲时，王恭妃所住的宫门竟深锁不开。砸开铁锁抉门而入后，常洛看到母亲惨卧榻上，面色憔悴，只剩一口气，不禁悲从中来，跪抱母亲放声大哭，随行太监宫女无不潸然泪下。尽管儿子身为太子，母亲却要在凄苦悲愤中死去。尤其令朱常洛痛心的是，母亲再也无法睁开眼睛看一下儿子了。王恭妃在昏迷中听到儿子的哭声，将枯瘦如柴的胳膊伸出，颤颤巍巍地摸着儿子的头，泣不成声地说道：“我儿长大如此，我死也无恨了。”说完气绝身亡。死时年仅四十七岁。
王恭妃在不堪虐待的凄苦生活中不幸死去，举朝为之震惊。此时沈一贯已继任首辅，他和大学士叶向高上言万历皇帝：“太子之母病逝，礼应厚葬。”万历对此十分淡然，未予答应；后来在群臣的要求下，才给王恭妃谥号为“温肃端靖纯懿皇贵妃”，并准许埋葬天寿山“东井”左侧平岗地上。直到王恭妃死后十年，即1620年10月，在万历皇帝和其子常洛都已与她相会于九泉之后，才由她的孙子、继承皇位的朱由校（天启皇帝）把她和生前的丈夫万历皇帝撮合在一起，迁葬定陵寿宫。尽管如此，王恭妃仍然不过是点缀这个凄壮祭坛的贡品而已。