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就在礼、工二部重新组织人马，紧锣密鼓地赴天寿山再择“吉壤”之际，有个名叫梁子琦的通政司左参议，感到建立奇功的机会到来，于是向万历陈奏：“臣子琦自幼深晓地理风水，请命臣前去天寿山选择吉壤。”
万历览奏后大喜，想不到本朝还有这么多的奇才，急命梁子琦随礼、工二部一同前往核视。梁子琦获悉皇帝对自己的陈奏和才华十分赏识，便在实地踏勘中别出心裁，处处与礼部郎中李一中、工部郎中刘复礼、钦天监监副张邦垣及术士连世昌意见相反。礼、工二部及钦天监等人从东山口至九龙池逐一察看，终于选中了形龙山、勒草洼前、大峪山、宝山、平岗地、黄山岭等六处“吉壤”；梁子琦个人择得黄山一岭、黄山二岭、团山、珠窝圈、石门沟山、蔡家山、长岭山、景陵左山等八处。三月二十三日，礼部尚书徐学谟，将本部及钦天监择得的六处和梁子琦个人择得的八处，一并呈给万历皇帝。万历览奏之后，谕令部、工二部再行实际踏勘，从十四处中选择最上吉地三、四处并绘图来看。
申时行画像
申时行画像
四，申时行《草书诗轴》。沈时行，字汝默，号瑶泉。长洲（今江苏吴县）人。嘉靖四十一年（公元一五六二年）进士第一，授修撰。以文字受知张居正。历官礼部右侍郎、吏部右侍郎、左侍郎兼东阁大学士、礼部尚书、吏部尚书、建极殿大学士等职。万历本年为立太子问题，触怒皇帝，遭黜责，后辞官返乡。卒，谥文定。时行所著诗文，有《赐闲堂集》四十卷，《四库总目》传于世。《明史》卷二百十八有传。该诗轴现藏台北故宫博物院
四月三日，礼部尚书徐学谟、工部尚书杨巍，通过四处遍阅实地比较之后，认为形龙山、大峪山、石门沟山三处“最吉”，梁子琦得知自己选择的石门沟山被列为“吉壤”，内心十分欣喜，仿佛看到大明帝国的高官厚禄就在眼前了。
令梁子琦遗憾和痛恨的是，首辅申时行的出任，使他失去了这次加官进爵的机会，最终落得贬职闲居的下场。
张四维继任首辅不到一年，父亲不幸病逝。张四维无法像张居正一样，再来一次“夺情”
，只能离职守制，在此期间，申时行代理首辅。但是张四维在居丧将要期满之时又突然患病不起，恰在这时，比申时行资深望重的大学士马自强和吕调阳也先后病故。命运之神自然地把这位资历最浅的大学士推到了政治舞台的前边。
申时行和张四维不同，他以才干取得张居正的信任，而不是以谄媚奉迎见用。张居正死后，他承认张居正的过错，但并不借此夸大他的过失，作为自己上台的资本。他和张四维的差异为同僚所深知，也为皇帝所了解。
申时行诗《莲花》
七月二十二日，万历皇帝谕令内阁首辅申时行、定国公徐文璧、司礼监太监张宏前去陵区核视。两天后，申时行等人回京。
八月二十四日，定国公徐文璧、大学士申时行呈奏：臣等谨于八月二十一日恭诣天寿山，将择过吉地逐一细加详视，尤恐灵区奥壤伏于幽侧，又将前所献地图自东往西遍行复阅，随据监副张邦垣等呈称，原择吉地三处，除石门沟山坐离朝坎，方向不宜、堂局稍隘、似难取用外，看得形龙山吉地一处，主山高耸，叠嶂层峦，金星肥员，木星落脉，取坐乙山辛向，兼卯酉二分，形如出水莲花，案似龙楼凤阁，内外明堂开亮，左右辅弼森严，且龙虎重重包裹，水口曲曲关阑，诸山皆拱，众水来朝，诚为至尊至贵之地。又见大峪山吉地一处，主势尊严，重重起伏，水星行龙，金星结穴，左右四铺，拱顾周旋，云秀朝宗，明堂端正，砂水有情，取坐辛山乙向，兼戊辰一分。以上二处尽善尽美，毫无可议。
梁子琦得知此情后，恼羞成怒，认为这是首辅申时行与礼部尚书徐学谟故意与自己作对，盛怒之下，上疏皇帝攻击徐学谟，奏称申时行与徐学谟本是儿女亲家，“附势植党”，故意不给皇上选择最上“吉壤”。
万历见到梁子琦的奏疏后，大怒，立即将徐学谟罢职。申时行见此情景，感到形势严峻，大祸欲临，只得上疏奏辩，并联合礼、工二部及钦天监重臣，一起揭露梁子琦在踏勘过程中好刚使气、固执偏狭、自以为是、不顾吉凶等罪行。由于申时行的特殊地位和在朝廷的威望，他们的陈奏自然使万历皇帝坚信不疑，于是，当即谕旨：“子琦挟私渎奏，夺俸三个月。”
梁子琦的陈奏，使徐学谟被罢职的同时，自己也遭到了惩罚。然而，这个惩罚对于他来说只是一个信号，不久之后，还将有更大的灾难落到他的头上。既然他已触犯了这个强大的官僚集团，就必须付出终生代价。
九月六日，万历皇帝再次以行秋祭礼为名，率后、妃进行第三次谒陵。九月九日，万历亲登形龙山、大峪山主峰阅视，经过反复比较之后，谕旨内阁：“寿宫吉壤，用大峪山。”这里所指大峪山，原称小峪山，真正的大峪山在昭陵主峰。因万历忌讳“小”字，便不顾与父皇昭陵的大峪山重名，将“小”改“大”，小峪山变成大峪山。
昭陵明楼及马道
九月十九日，礼部上疏，认为陵址既已选定，就应该钦定日期营建，但万历仍然不允，非要待两宫圣母看后才能确定。为此，御史朱应毂以谒陵耗费太巨，陈请两宫太后不必再去阅视，但仍未得到万历皇帝的允可。
十一月十三日，在首辅申时行的暗中指使下，贵州道试御史周之翰再次上疏弹劾梁子琦说，已奉皇上谕旨，寿宫定在大峪山下，可见徐学谟当初对皇上并未欺罔。徐学谟既已被罢职，梁子琦岂宜独留？
万历皇帝览奏之后，立降梁子琦为右参议，令其闲住，永远不许起用。
梁子琦接到圣旨，悲愤交集。落到今天这般地步，是他始料不及的，也只有在此时，他才真正知道面对这个强大的文官集团，他所要做的是什么。
1584年9月13日，万历皇帝奉两宫太后并率后、妃进行第四次谒陵。16日，万历与两宫太后亲登大峪山主峰阅视，两宫太后也一致认为大峪山最“吉”。
至此，近两年的“吉壤”纷争，总算告一段落。