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太湖位于长江三角洲南缘坦荡的太湖平原上，古称震泽、具区，又名五湖、笠泽，是中国第三大淡水湖，地处30°55′40″～ 31°32′58″N和119°52′32″～ 120°36′10″E，横跨苏、浙两省，北临无锡，南濒湖州，西依宜兴，东近苏州。根据1984年测量数据及中国科学院南京地理与湖泊研究所1993年资料，太湖湖泊面积2 427.8 km 2 ，除去湖中岛屿外，实际水域面积为2 338.1 km 2 ，湖岸线全长393.2 km。太湖总体呈椭圆形，南北长68.5 km，东西平均宽34 km，最宽处55.9 km，平均水深1.89 m。全湖最深处在平台山西北，实测水深4.87 m，地势向四周逐渐高起，湖盆平均坡度为0.47%，由于水浅底平，湖盆容积不大，仅为4.656 km 3 。太湖以东洞庭山的东胶嘴至湖南岸的西浜、庙港一线为界，其东侧通常称为东太湖，面积为130 km 2 ，占太湖总面积的5.4%，平均水深仅0.9 m，最大水深1.3 m，水生植被生长茂盛，为典型的浅水草型湖湾；西侧为西太湖，面积2 297.8 km 2 ，其东北部沿岸较大的湖湾分别称为小北湖、胥湖、游湖、贡湖、三山湖（梅梁湾）和竺山湖，其余即为太湖的开敞水域。这些不同水域的生态类型在一定程度上决定着渔业生物的种类组成及其数量，也形成了渔业利用的不同模式。
太湖集水面积为36 500 km 2 ，补给系数为15.0。湖水依赖地表径流和湖面降水补给，共有160余条入湖河流。其中，南路系源于浙西天目山的苕溪水系，以东、西苕溪为最大，两溪在吴兴会合，主流向北由小梅口、大钱口入太湖，另有分流向东，称为获塘（又称东北塘），旁纳杭嘉湖平原地区诸小溪而后注入太湖，荻塘又有分流向东至平望与江南运河通连，南部入湖口计有72港；西路水系源于苏、浙、皖三省交界处之界岭山地的南溪水系，又称荆溪水系，历史上曾由于胥溪河的开通，丹阳、石臼和固城三湖之水通过南溪河东泄入太湖，明代因东坝建成，水源中断，东坝以下来水除由南溪至大浦口入湖的主流外，其余分散入湖的溪渎总称为百渎；北路水系来自镇江至苏州段的江南运河，环运河北、东、南三面，北岸河港通长江，南岸河港连太湖，在水利上担负着江湖吞吐的转输任务。太湖出水口集中于太湖的东部和北部，分别由沙墩港、胥口港、瓜泾港、南厍港等排入长江，合计港渎59条。其中，东太湖出水量约占总出水量的67%，西太湖仅占33%。
太湖湖底十分平坦，平均坡度仅0°0′19.66″，湖底平均高程仅1.1 m。根据地形测量与钻孔及浅层剖面仪的探测，均表明平坦的太湖湖底由坚硬的黄土物质所组成。在黄土层之上，还发现一系列被淤泥充填的洼地及河道，它们多呈东西向分布，与现东太湖东部出口河道大体吻合，较大的有望亭湾、胥口湾、东太湖等。湖中一些岛屿上（如竹叶岛等）尚有河流砾石分布，表明太湖湖底地形原为既覆盖着黄土又有横贯河流分布的冲积平原环境。
太湖地处亚热带，气候温和，无霜期200余天，冰期50余天，季节变化明显，四季分明。据湖区各气象站1956～1985年30年同步资料，太湖湖区的年平均气温为15.3～16.0 ℃；1月最冷，平均气温为2.5～3.3 ℃；7月最热，平均气温为28.1～28.7 ℃；气温年温差较大，极端最高气温为38.4～39.8 ℃，极端最低气温为—14.3 ～—8.7 ℃，相差极为明显，故太湖湖区具有盛夏炎热、隆冬寒冷的特征。太湖属季风气候，夏季受热带海洋气团影响，盛行东南风，温和多雨；冬季受北方高压气团控制，盛行偏北风，寒冷干燥。以湖中东山站1956～1980年多年风向平均状况表示太湖的风向特征，即太湖1～8月的风向以ESE最多，其次为SE，此两方位的风向频率占27%～ 32%；盛夏以SSE～SSW的频率为多；10月至翌年2月以NNE或NNW为最多，其次大多为N，两者频率约占28%；3月和9月为冬夏风向转换期，3月多ESE，9月以偏北风为多。太湖的这种风向特征是决定湖区温度场、温效特征和沿岸风速分布状况的重要因素之一。
太湖所处的苏南平原、宜溧山地及天目山区，地势由东向西及南逐渐升高，故年降水量也呈西南高而东北低的趋势。太湖降水量的年过程为双峰型，一般6月和9月为峰值。太湖降水以锋面雨和台风雨为主，其次为热雷雨，多年平均降水量为1 100～1 200 mm，大都集中于6～8月，12月至翌年2月降水量最小。2015年度太湖流域年降雨量为1 540.6 mm，较常年偏多30%，其中中北部一些地方降雨量创出了历史新高，中南部地区则是正常偏多；2015年太湖水位整体偏高，最高水位（为4.19 m）出现在7月14日，是1999年流域性大洪水后第二次出现超过4.0 m的高水位；但是受大运河沿线城市排涝影响，江南运河洪水位创出了新高（秦建国，2019）。
水质方面，2016年太湖TN浓度年平均值为2.16 mg/L，为劣Ⅴ类水质；TP浓度均值和TN浓度趋势相似，在2008年达到0.18 mg/L的峰值后，快速下降，2010～2015年呈现波动，2016年又趋上升达到0.12 mg/L，为Ⅳ类水质；NH +4 —N浓度在2007年达到峰值0.88 mg/L之后，快速下降，2008～2014年趋于平稳，2015～2016年显著下降，2016年均值为0.20 mg/L，达到Ⅱ类水质标准；高锰酸盐指数的变化趋势与TP相似，2008年峰值为6.34 mg/L，其后下降明显并趋于平稳，2011年均值为4.54 mg/L，2016年年均值为4.45 mg/L；Chl— a 平均浓度在2008年达到峰值58.66 μg/L后，2009年急剧下降为13.36 μg/L，2009～2013年有小幅平稳回升，2014～2016年出现较大增幅，2016年均值为29.99 μg/L；而太湖透明度（SD）均值呈现先升高后下降的波段性变化趋势，2016年为0.38 m，相比2007年的0.33 m略有升高，但改善较小，而且存在波动性。值得注意的是，太湖TN、TP、Chl— a 等指标均值的峰值并非水危机事件发生的2007年，而是出现在2008年。有文献认为可能是2007年前期藻类生物量并不高，而随着夏季蓝藻水华的大暴发，污染物累积而导致2008年平均值显著升高。这也说明太湖水危机事件的偶然性及其与太湖蓝藻水华暴发强度的非对称性。
据1960年调查，太湖浮游植物有91属，主要种类为微胞藻、项圈藻、直链藻、双菱藻、空球藻、盘藻等；1980～1981年调查有114属，主要种类有铜绿微囊藻、螺旋鱼腥藻、尖尾蓝隐藻、颗粒直链藻、条纹小环藻、双菱藻、针杆藻、舟形藻等；1987～1988年调查有97属（种），其中铜绿微囊藻、水华微囊藻、色球藻、啮蚀隐藻、小环藻、颗粒直链藻和舟形藻为优势种，绿藻门种类虽多，但无明显优势种。2013年调查结果显示，在太湖中共发现124种浮游植物，鉴定到种的有88种，鉴定到属的有36种；其中，蓝藻门30种、绿藻门47种、硅藻门34种、隐藻门3种、裸藻门6种和甲藻门4种。从浮游植物密度来看，太湖浮游植物群落主要包括蓝藻门、绿藻门、硅藻门和隐藻门四大门类，偶尔发现少量的裸藻门和甲藻门种群；优势种群为微囊藻属，占80.8%。可见数十年间随着营养化程度的加深，太湖浮游植物群落发生了显著的变化，优势种群已变为蓝藻门微囊藻属。
中国科学院地理与湖泊研究所2007～2011年的调查共采集到大型底栖动物40种，隶属于3门8纲19科，其中寡毛类3科7属9种，摇蚊幼虫10属11种，软体动物腹足纲5科7属7种、瓣鳃纲3科5属5种和其他8种，物种丰富度与1987～1988年调查的59种相比有所降低。
历史上太湖地区鱼类资源十分丰富，曾有记录的鱼类达107种。几十年来的围垦、建闸控制、水质污染等导致太湖鱼类发生了较为明显的衰退：2014～2016年间的持续调查显示，太湖采集到鱼类61种，鱼类生态类型以湖泊定居性种类为主，组成发生较大变化，优势种主要种群为湖鲚，以及其他一些小型的鱼类如间下
、陈氏短吻银鱼、大银鱼等。1956～2016年的60年间的太湖渔业统计资料显示，太湖鱼类捕捞产量总体呈不断增长趋势，从1956年的6 742 t升高至2016年的73 152 t，60年总量增长9.9倍，单位水域产量达到312.9 kg/hm
2
；尤其在1996～2016年的20年间，捕捞产量增长速度加快，平均每年增长2 551 t，特别是从2009年起增殖放流量加大，年捕捞产量迅速增长。太湖不同年份自然渔业结构表明，20世纪50年代渔业结构相对合理，从20世纪90年代开始，湖鲚产量较大幅度上升，所占比例从1956年的30.4%增至2006年的60.2%；而鲢、鳙、青鱼、草鱼、鲤、鲫、鲌等大中型鱼类所占渔获物的比例从1956年的45.9%下降到2006年的19.7%；2009年后鱼类放流数量增加，大中型鱼类的比重增长，鲢、鳙比例从2006年的7.4%增高至2016年的36.9%，湖鲚的比例降至37.8%。
阳澄湖位于江苏南部，《吴县志》中称：湖广七十里，通过河流、港汊与周围的湖荡相串通。阳澄湖界30°55′40″～ 30°32′58″N和119°51′32″～ 120°36′10″E，跨今苏州市工业园区、相城区和昆山市，为太湖下游湖群之一，系古太湖的残留，是长江水系下游重要湖泊。阳澄湖东依上海，西临苏州，面积约118.9 km 2 ，南北长17 km，东西最大宽度8 km，蓄水量0.37 km 3 。湖中纵列沙埂2条，将阳澄湖分为东、中、西3湖。其中，东湖最大，水深1.7～2.5 m；中湖和西湖，水深1.5～3.0 m。阳澄湖西纳元和塘来水，东出戚浦塘、杨林塘和齐河注入长江，南出娄江与吴淞江、澄湖、淀泖湖群等相通。湖水依赖地表径流及湖面降水补给，共有大小进出河港92条，其中进水河港34条，出水河港58条。上游地区的长江和太湖来水经由16条大小河港入湖；湖南部有大小21条出湖河港，湖水下泻，经阳澄湖、淀山湖入黄浦江；湖东有17条大小出湖河港，湖水东排，经浏河、七浦塘、杨林塘等入长江。历年最高水位3.87 m（1980年8月22日），最低水位2.15 m（1968年2月28日），警戒水位3.50 m。
苏州工业园区阳澄半岛阳咀头与昆山巴城镇林石嘴连线以南的阳澄东湖水域，包括阳澄东湖西湾区域，为阳澄湖中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区（以下简称“保护区”）。马鞍山道路最西端建有阳澄湖公园，保有复杂、稳定的阳澄湖原生植物群落。阳澄湖担负着苏州市区、昆山市及沿湖乡镇两百万人口的饮用水水源地和战略备用水源的功能，还兼有渔业养殖、工业用水、灌溉、旅游、航运及防汛等多种功能。湖面辽阔平静，四周均是肥沃的农田，是典型的鱼米之乡。阳澄湖水产资源十分丰富，盛产70种淡水产品。
随着新时期工农业的飞速发展和城市化进程的加快，阳澄湖流域的水质不断恶化，湖体富营养化进程加快。阳澄湖水源水质20世纪80年代达到Ⅱ类水水质标准，90年代下降到Ⅲ类，进入21世纪，水质进一步恶化为Ⅲ至Ⅴ类，阳澄湖水源区水质保护工作面临着严峻的形势，水环境质量问题亟需解决。吴菲、李健等于2014～2017年对近年来阳澄湖污染源已有较系统分析研究；周静、刘松华于2015～2016年对阳澄湖水质现状、存在的问题进行了研究并提出了若干对策。各大污染源中纺织业废水排放量所占比重最高，占废水排放总量的40%；其次为酒、饮料和精制茶制造业，占废水排放总量24%。综合各类污染物排放情况可知，纺织业、酒、饮料和精制茶制造业为区域的主要污染源，其余污染物来源则为其他工业企业、畜禽养殖业、水产养殖业及生活污水。
同时由于生态环境破坏（如流域开发和港口、码头、航道等工程的建设）、捕捞强度过大等因素，湖区渔业资源也受到了破坏，生物多样性逐步降低。2010～2011年时阳澄湖底栖动物种类较少，群落组成趋于简单，底栖动物群落已十分脆弱。阳澄湖大型底栖动物空间分布差异显著： 2014～2015年阳澄湖西湖的敞水区主要以河蚬占优，大型底栖动物的多样性最高；在阳澄湖中湖和东湖南部的水生植被区，腹足纲为主要的优势种；到了阳澄湖中湖和东湖北部的人类活动频繁区，红裸须摇蚊、中国长足摇蚊和霍甫水丝蚓是主要优势种，生物多样性最低。浮游生物群落则明显受到水体富营养化影响，夏季生物密度大幅增长及下降都是由蓝藻门引起的，尤其是微囊藻属。如今在鲢、鳙增殖放流政策下，微囊藻可以得到一定的控制。桡足类种类共9种及幼体，种类并不丰富，各季度种类变化较小。通过对湖区桡足类的调查分析，2013年时阳澄湖已转为较为严重的富营养化状态。对于湖区渔业资源的生物学分析及整体渔业资源量评估，包括鱼类区系、群落组成情况等则尚无系统调查。
滆湖，又称西太湖、沙子湖，位于太湖西北部，属姚滆水系，横跨常州武进区和无锡宜兴市，滆湖总面积164 km 2 ，是苏南地区仅次于太湖的第二大湖，系古太湖分化残留湖之一。其位于太湖上游，东临太湖，西接长荡湖，南连宜兴氿湖，北经扁担河、德胜河通长江。沿湖河港纵横交错，湖体呈浅碟形，南北长25 km，东西平均宽6.6 km。滆湖湖底平坦无明显起伏，湖底平均高程2.19 m，最低高程1.79 m，常年平均水深1.27 m，总蓄水量2.15×10 8 m 3 。全湖网围养殖面积15.3 km 2 ，网围养殖户856户，养殖品种以鲢鳙为主（孔优佳等，2015）。
滆湖地处亚热带季风气候区，气候温暖湿润，雨量较为丰富，多年平均降雨量为1 079 mm，年进出湖水量较大，平均年入湖水量大概为14.41×10 8 m 3 ，出湖水量为13.03×10 8 m 3 ，进出水量基本平衡，湖水滞留时间较短，换水次数较高，滆湖的水资源比较丰富（熊春晖等，2016）。沿岸水系发达，水网交错，入湖河流有扁担河、北干河、夏溪河等，出湖河流有太滆运河、武南河等。该湖为典型的浅水湖泊，具有饮用水后备水源、水产养殖、蓄洪灌溉、水上运输、小气候调节等多种功能（陶雪梅等，2013）。滆湖湖面如一长茄形，沿湖河港纵横，水网交错，池塘星罗棋布，有着良好宜人的自然环境，有史以来，一直承担着供水、泄洪、通航、鱼鸟生息繁衍、渔业生产等多重功能。自20世纪60年代以来，滆湖大量湿地被改造成农田，加上城市建设过度地开发和污染，湿地面积大幅度缩小，水域面积缩减了近1/3，调蓄能力下降，湿地物种受到破坏（石宇熙，2012）。滆湖主要入湖河道有北部扁担河承接京杭大运河来水，西北部夏溪河承接金坛区东南部降雨径流和部分丹金溧漕河来水，西部主要有湟里河、北干河、中干河承接洮湖水以及洮滆之间降雨径流，主要出湖河道有武南河、太滆运河、漕桥河、殷村港、高渎港、烧香港等东注太湖，入出湖河道上均无水工建筑物控制。滆湖周边水系为平原水网，无明显的汇水边界（吴云波等，2010）。
根据《江苏省地表水（环境）功能区划》，滆湖划分为两个水功能区，分别为滆湖武进渔业用水、景观娱乐用水区和滆湖宜兴渔业用水、工业用水区，2020年目标水质均为Ⅲ类。2009年滆湖全湖水质均为劣Ⅴ类，主要污染指标有总磷、总氮和化学需氧量。根据《湖泊富营养化程度评分和分级标准》，滆湖富营养化程度的综合评分为70.7，属富营养水平。从空间分布上看，湖区西北部水质较差，中部和南部水质稍好（韦忠等，2013）。根据江苏省水文水资源勘测局常州分局实测水量资料及部分推算结果，滆湖的5条主要入湖河道为中干河、北干河、湟里河、夏溪河和扁担河。滆湖南部水域水质状况较好，自然资源相对丰富，且长期以来一直从事河蟹养殖，技术水平较为完善，目前该区域仍以养殖河蟹为主，面积超过1 333.3 hm 2 （2万亩），占该区域网围面积的70%以上，养殖方式以种草型为主，年底或年初外购水草在网围内栽植养护。北部和中部由于受外来废水侵袭较为频繁，水质状况较差且富营养化严重，该水域网围养殖以常规鱼生产为主，养殖模式是主养鲢鳙鱼搭配部分团头鲂、银鲫、草鱼和青鱼（孔优佳，2007）。
滆湖已由20世纪80年代前的草型清水态（沉水植物占优势）向藻型浊水态（浮游植物占优势）转变，生态系统结构退化，生态服务功能丧失，富营养化严重。这严重降低了滆湖水产品的品质，制约了常州市尤其是武进区社会经济发展，同时更严重的是太湖失去了水质保护的天然屏障，制约了太湖水环境的治理（黄峰，2011）。20世纪90年代末以前，滆湖水生植被覆盖率都在90%以上，种类较丰富，大概有40种之多，其中沉水植物主要有苦草、轮叶黑藻、菹草、马来眼子菜等十几种。但是从1999年洪涝灾害以后，水生植被的覆盖面积每年以10%以上的速度递减，近些年，沉水植物的覆盖率进一步减小，呈点状分布（陶花等，2010）。2010年在湖北区开展了底泥疏浚工程，并对北区进行了水生植被恢复，但沉水植物仍呈现点状分布。现阶段涌湖沉水植物大部分已消失，在湖北区和湖南区有部分芦苇和菱白呈现点状分布，另外在湖北区重新种植了一部分荷花和菱角。
对于滆湖的研究主要集中在湖泊成因与演化、水质调查与富营养化状态评价、水中浮游动植物群落组成与分布、湖泊沉水植物群落重建与水质净化效果、鱼类学调查与分析等方面。2009年对后生浮游动物群落结构的研究，发现100种后生浮游动物，轮虫25属52种，枝角类12属21种，桡足类14属27种；后生浮游动物种类在春、秋两季较多（65种、64种），夏季略少（50种），冬季最少（35种）；群落结构特征表现为小型浮游动物（轮虫）的种类数和密度在后生浮游动物总种数和总密度中所占比例较高，大型浮游动物（枝角类和桡足类）所占比例较低；依据滆湖后生浮游动物优势种组成和Shannon-Weaver多样性指数对其水质状况进行评价，判定滆湖水体处于轻至中污染状态（陶花等，2010）。2013年调查研究发现滆湖中大型底栖动物15种，隶属于3门8科13属。其中，环节动物有2科3属5种、占总种数的33.3%，软体动物有2科2属2种、占总种数的13.3%，节肢动物有4科8属8种、占总种数的53.3%；霍甫水丝蚓和中国长足摇蚊是主要的优势种，霍甫水丝蚓的丰度在时间上的变化显著，总体表现为秋季＞夏季＞冬季＞春季，且在夏季的出现频率最高，冬季的出现频率最低；中国长足摇蚊在时间上的分布规律与霍甫水丝蚓类似，其丰度表现为秋季＞夏季＞冬季＞春季，且夏季的出现频率最高，冬季的出现频率最低（陈志宁等，2016）。2008年调查研究发现鱼类30种，隶属于7目9科，大多为长江冲积平原地区常见种类，与长江中下游其他湖泊的鱼类区系大致相同，以鲤科鱼类居多，有似鳊、鲫、鳙、红鳍原鲌、鲢、鲤、刀鲚等优势种，未发现20世纪60～80年代初盛产的银鱼、蒙古鲌、花
等；湖区鱼类在整体上呈现小型化，推测与捕捞力度及湖区类型由草型转化为藻型有关。2018年渔业资源研究发现滆湖现有主要鱼类26种，为青、草、鲢、鳙、鲤、鲫、鳊、乌鳢、黄颡鱼、鲌类等；甲壳类3种，为日本沼虾、秀丽白虾和中华绒螯蟹；底栖蚌类主要有增殖放流品种三角帆蚌、褶纹冠蚌等（唐晟凯等，2009）。
滆湖人工放流始于20世纪70年代，主要放流种类为鲤鱼夏花、蟹苗等，效果比较明显。近几年放流种类以青鱼、草鱼、团头鲂和鲤鱼为主，这些鱼类经济价值高，市场需求量大，深受消费者欢迎。根据苗源情况放流一些名特种类，如蟹苗、蟹种、鳗种、稚鳌、三角帆蚌、褶纹冠蚌等。放流方法由原来的湖边低好塘暂养、内塘暂养和湖中网围暂养改为1986年的直接投放到湖中心常年繁保区。据主要下泄河道太滆河拦河簖的测试，放流鱼种的初期外逃率仅为0.5‰～ 1.0‰，提高了放流效果（孔优佳，1994）。
滆湖自1984年开始网围养殖试验，当时网围养殖面积仅占湖泊总面积的0.1%左右；1986年起，养殖面积逐年扩大，至1994年网围面积达23.18 km 2 ，占湖泊总面积的15.8%；1997年网围养殖区域的面积达64.13 km 2 ；1998年以后网围养殖区域的面积更是达到113.2 km 2 ，占湖泊总面积的78.8%。1998年相比1984年，网围养殖区面积增加了113.05 km 2 ，年平均增长约8.08 km 2 ，这主要是受政策影响和经济利益驱动造成的，在“七五”（1986～1990年）和“八五”（1991～1995年）期间曾作为农业部重点攻关对象进行了网围养殖技术的研究。网围养殖区的迅速扩大，加剧了湖泊富营养化过程，导致滆湖水体生态环境日益恶化，对网围养殖进行控制就显得尤为重要。2001年，滆湖网围养殖区面积减少为111.76 km 2 ，占湖泊总面积的76.29%，相比1998年减少1.44 km 2 ，滆湖网围养殖区迅速增长的态势得到了有效遏制（王静等，2008）。根据《中华人民共和国渔业法》《中华人民共和国自然保护区条例》《水产种质资源保护区管理暂行办法》等有关规定，为了改善湖区水体环境，实现养殖业的可持续发展，从2005年，政府开始大力拆除围网，缩小养殖规模，调整养殖结构，旨在建设新型高标准渔业基地（贾佩峤等，2013）。滆湖自2017年10月启动围网清理整治，沿湖各级政府作为实施主体，省滆湖渔管办协调配合，到2019年4月，滆湖1 520 hm 2 围网已全部拆除。同时，在整治过程中，滆湖武进区范围内的捕捞也已全部退出。目前，仅剩宜兴范围内的62张捕捞证从事生产，渔业生产已所占极小。
据滆湖渔业管理委员会统计，2011年全湖渔业总产量达1.73万t，比2010年增长6.12%，渔业总产值达1.77亿元，比2010年增长23.76%，网围养殖面积1 600 hm 2 ，主要养殖的淡水鱼类有青鱼、草鱼、鲢、鳙、鲫、团头鲂等。目前，渔业已成为滆湖地区农村主要的经济来源。
长荡湖，又名洮湖，是太湖流域上游的第三大湖泊，位于金坛区和溧阳市交界处，周边有6个乡镇，被当地人称为“母亲湖”，曾有“日出斗金，夜出斗银”的美誉。湖区地势西高东低，主要承接西侧丹金溧漕河、北河和北、东两面当洮滆间高地来水，通过湖东的湟里河、北干河、中干河等东泄至滆湖，转注太湖。长荡湖南部窄、北部宽，南北长约15.5 km，东西宽约9 km，湖周岸线长约40 km，湖泊面积85.31 km 2 ；其中，金坛区水域面积76.78 km 2 ，溧阳市水域面积8.53 km 2 。长荡湖湖底平坦，最大水深1.31 m，平均水深1.10 m；平水年进出长荡湖水量为6×10 8 ～ 7×10 8 m 3 ，蓄水量约0.98×10 8 m 3 ，换水周期55.7 d；湖流以风生流为主，流速0.17～3.00 cm/s（李勇等，2005）。目前长荡湖不仅是金坛区的重要饮用水源地（长荡湖水厂），还是江苏省省级度假区（郭刘超等，2019）。
长荡湖湖水依赖地表径流和湖面降水补给，沿岸共有大小河港45条，其中进水河港21条，出水河港24条。主要进出口河港有12条，其中西侧的蛋金溧漕河、北河为主要入湖河流，湖水通过湖东的湟里河、北干河、中干河等东泄至滆湖，转注太湖。
随着经济的发展，长荡湖接纳了大量工业、农业、生活等多种混杂污水，底泥中已积蓄了大量的耗氧性有机物、氮磷、重金属等污染物，底泥中的各类无机和有机污染物在一定条件下重新释放出来，污染上覆水体，使长荡湖生态问题日益凸显。湖体水质总体呈下降趋势，富营养化趋势加快。1997～2007年11年，湖水水质由Ⅲ类变为劣Ⅴ类（王晓杰，2009）。2010年和2011年水质由Ⅲ类变为Ⅳ类，2012年水质在Ⅲ类和Ⅳ类之间。因此可以看出，2009年之后，长荡湖总体水质呈下降的趋势，导致水质变化的主要指标是BOD、COD、TN和COD Mn （赵苇航等，2014）。水体富营养化程度，2001～2007年为轻度富营养化，2009～2010年偏于中度富营养化（王菲菲等，2012）。
同时，长荡湖水生植被退化较严重，水体自净能力下降，存在由草型湖泊向藻型湖泊转化的风险。20世纪80年代长荡湖水生植物分布面积近76.5 km 2 ，约占全湖面积的90%，种类数也达到了25种。另有研究表明，长荡湖挺水植物主要分布在离沿岸0～200 m范围内；浮叶植物和漂浮植物在长荡湖西岸和东岸占优势，但是东岸盖度小于5%，南部亦有分布；沉水植物主要分布于南部养殖区，面积不到全湖的30%。南部湖区水生植物主要为浮叶植物和沉水植物，生物量较大；湖心区水生植被覆盖度低，生物量极小。总体而言，长荡湖水生植被出现面积锐减、覆盖度降低、种类减少、生物量降低的现象。
2012年调查发现底栖动物28种，软体动物较少（共5种），优势种主要为铜锈环棱螺、霍甫水丝蚓、中国长足摇蚊、多巴小摇蚊、苏氏尾鳃蚓和半折摇蚊；底栖动物种类丰富度不高，均为长江中下游浅水湖泊习见种类（蔡永久等，2014）。长荡湖底栖动物密度主要以寡毛类和摇蚊幼虫占优。2014年调查到4类12种，其中环节动物8种，节肢动物2种，娇俏类和软体动物各1种；优势种为苏氏尾鳃蚓、巨毛水丝蚓和中华颤蚓（何玮，2015）。2016年浮游动物水样镜检见到的种类共有48属74种，其中原生动物17属23种，轮虫15属30种，枝角类8属10种，桡足类8属11种（郭刘超等，2019）。浮游动物优势种属中砂壳虫、臂尾轮虫、龟甲轮虫、针簇多肢轮虫、广布种剑水蚤等富营养水体指示种较多，说明长荡湖已经为富营养型湖泊。2014年的研究表明，长荡湖浮游植物共计7门61属96种，其中绿藻门种类最多、为40种，其次为硅藻门、为21种，金藻门最少、为1种；优势种类群为4门8属11种，有卵形衣藻、简单衣藻、球衣藻等。调查到长荡湖鱼类3目3科14属17种，未采集到虾、蟹等甲壳类渔业生物，其中鲤形目（14种）占主要优势，优势种有鲢、刀鲚、似鳊、鳊、红鳍原鲌、鲫等（何玮，2015）。
据统计，1998年长荡湖的网围养殖面积达3 907 hm 2 ，占全湖可利用水面的58.6%。过大面积的养殖既削弱了湖泊调控能力，又大量消耗了各类水生生物和植物资源，破坏了湖体生态平衡，加快了水质地恶化。另外因水产养殖每年要向湖中投放600多万kg水产饲料，湖泊富营养化进程加快。据调查，全湖网围养殖区水草覆盖率仅30%（诸葛玮琳，2000）。为加快改善和恢复长荡湖生态环境，促进长荡湖可持续发展，2004年4月，金坛市委、市政府出台了《关于切实加强长荡湖生态环境保护工作的意见》，全面部署了长荡湖生态环境保护工作，先后对长荡湖湖区网围养殖和湖区餐饮船进行了综合整治，加快实施了生态修复工程、外源性污染整治工程等一系列重点工程，有效保护和改善了长荡湖生态环境。为缩减长荡湖网围养殖面积，减轻湖泊内源污染，从2004年开始，长荡湖先后进行了两次网围整治。第一次整治时间为2004～2005年，按照“大稳定，小调整”的原则，采取开辟泄洪通道和航道、鼓励湿地规划区内的网围养殖户自愿搬迁等形式实施整治，将部分网围按比例压缩面积后进行搬迁安置，共拆除网围面积400多hm 2 。2007年夏季，太湖蓝藻事件暴发，引起了党中央、国务院的高度重视，全面启动了太湖流域水污染治理工程。省政府《关于印发江苏省太湖水污染治理工作方案的通知》明确提出：长荡湖网围养殖面积必须压缩控制在0.23万hm 2 以内。由此，长荡湖第二次网围整治被提上了议事日程。为顺利实施长荡湖网围整治工程，从2007年下半年开始，金坛、溧阳市长荡湖水产管委会开展了大量前期调研和准备工作，并组织专门班子草拟长荡湖网围整治实施方案。2009年7月28日，常州市政府批准了金坛、溧阳两市《长荡湖网围整治实施方案》，按照“外地渔民回家，本地专业渔民妥善安置，本地非专业渔民适当安置”的原则确定了整治形式。这一方案与省政府对太湖流域网围整治的原则要求相一致，参考了滆湖等周边湖泊网围整治的做法，结合了长荡湖网围养殖的实际情况，同时又考虑到广大养殖户的实际利益，得到了各方面的充分认可（杨建新等，2011）。
2008年渔产量达到13 000 t，平均产量为1 461 kg/hm 2 。其中，鳙占总产量的27%，河蟹占15%，鲢占12%，鳜占8%，鲤占5%，黄颡鱼占5%，青虾占4%。常用网具包括拦网、刺网、张网等，除此还采用电鱼的方法。