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淮河中下游湖群湖泊面积为2 950 km 2 ，占全省湖泊总面积的43%，该湖群在江苏仅次于太湖流域湖群。淮河中下游湖群以大运河大堤为界分运东和运西两片。运西片湖泊面积相对于运东片较大，湖泊数量相对较少，主要有洪泽湖、白马湖、宝应湖、高邮湖、邵伯湖、斗湖等。运东片主要湖泊有大纵湖、蜈蚣湖、郭正湖等，运东片水面面积占该湖群的1/3，是苏北著名的水网圩区。
洪泽湖为中国第四大淡水湖，地处33°06′～33°40′N、118°10′～ 118°52′E，位于江苏省西北部，京杭大运河以西，地处淮河下游，湖盆呈浅碟形，湖底十分平坦，高程为1 011 m。水位为12.5 m时，湖泊长度65.0 km，最大宽55.0 km，平均宽度为24.3 km，面积为1 576.9 km 2 ，平均水深1.77 m，蓄水量27.9×10 8 m 3 。洪泽湖在防洪灌溉、交通航运、维持生态系统平衡等方面发挥着不可替代的作用。洪泽湖气候温和、湖面辽阔，有利于各类水生生物的生长繁殖，渔业资源十分丰富。
但自20世纪80年代以来，随着淮河流域经济快速发展，面源污染物不断汇入洪泽湖，湖泊水体质量持续下降，水污染事件频发；同时，由于水利工程建设、过度捕捞等多重因素的影响，洪泽湖的优质渔业资源不断减少，鱼类群落结构和生物多样性特征发生显著变化，进而影响到洪泽湖生态系统的健康与稳定。
洪泽湖鱼类区系的系统研究始于20 世纪60 年代，中国水产科学研究院长江水产研究所、江苏省淡水水产研究所（原江苏省水产科学研究所）、江苏省洪泽湖水产研究所、中国科学院南京地理湖泊研究所等单位先后对该湖的鱼类和渔业进行了调查。迄今为止，洪泽湖累计记录鱼类88种（不包括同种异名和鉴定错误的种类），隶属19科，其中鲤科48种，占总种数的55%；其次为鲿科9种，占10% ；再次是鳅科7种，占总种数的8%，银鱼科4种，占5%；其他科种类数均小于3种。单次调查种类数最高为2010～2011年中科院水生生物研究所的调查结果（63种）。
高宝邵伯湖是江苏省第三大的淡水水域，地处扬州，由北向南分别为宝应湖、高邮湖和邵伯湖。东通京杭运河，西纳丘陵地区区间径流，北会白马湖，南经六闸注入归江河道入长江。地处32°33′53″～33° 18′41″N和119°7′24″～ 119°24′52″E。湖泊总面积约901.47 km 2 ，平均水深约2.6 m，是一座集蓄水、灌溉、养殖等功能为一体的典型静水性湖。
白马湖古称马濑湖，位于江苏省淮安市境内，为淮河下游段左岸水系湖泊，位于高邮湖之北、洪泽湖之南，为运西湖群中位置最北的一个湖泊。跨金湖、洪泽、宝应、淮安四县市。湖盆浅碟形，人工湖岸，岸线规则，湖底平坦，淤泥深厚。湖中散布有大小土墩近百个，是1855年黄泛后湖区群众垦荒时所遗弃的居民点。原与宝应湖相连，1969年于两湖间筑堤建闸（阮桥闸），从此成为一个独立湖泊。面积为113.4 km 2 ，其中淮安市境内92.1 km 2 。南北长17.8 km，东西平均宽6.4 km。拥有总长为77.8 km的环湖大堤，其中淮安市境内66 km。湖面海拔6.5 m，贮水量1.05亿m 3 。