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泰勒斯（约公元前624年—约公元前547年）之后，另一位伟大的哲学家赫拉克利特（约公元前540年—约公元前480年与前470年之间）在古希腊伊奥尼亚地区的另一座城市爱菲斯城诞生了。
爱菲斯城的祭司是世袭的，相传赫拉克利特便是祭司的后裔，但他主动将继位权让给了他的兄弟。虽然赫拉克利特并不贪恋权势，但贵族出身的他自视甚高，他曾说过：“一个足够优秀的人，抵得上一万人。”他也敢于质疑一切传统权威，哪怕是大名鼎鼎的诗人荷马和赫西俄德，也都入不了他的眼。他曾傲慢地宣称：“就该将荷马赶出赛会，然后抽他一顿鞭子！”
赫拉克利特后来隐居去了阿耳忒弥斯神庙，在那里，他常常和孩子们玩游戏。见人们好奇地围观，他便气愤地说道：“有什么可奇怪的？浑蛋！比起你们所谓的公民生活，这可要好得多！”
后来，他越来越厌恶他的同胞们，甚至远离人群，到山间过起了流浪生活，每天吃草根和树皮。直到60岁那年，他患上了水肿病，才不得不返城求医。
在求医时，这位有“晦涩哲人”之称的哲学家还和医生玩了个哑谜，他询问医生，是否知道如何在大雨之后将大地变干。医生根本搞不懂他的意思，这让赫拉克利特非常失望，甚至因此放弃了正规的医疗手段，决定采用一些偏方来给自己治病。
阿耳忒弥斯神庙遗址
他先是将自己暴晒于烈日之下，但没有什么效果。后来，他又将自己埋入了牛粪之中，试图利用牛粪来排除自己体内的湿气，结果，他第二天就去世了。也有传闻说他是在将自己埋入牛粪之后被野狗咬死的。
赫拉克利特认为，火是世界的本原，这和泰勒斯的观点截然不同。在他看来，世界是“在一定分寸上燃烧又在一定分寸上熄灭的一团活火”。一切都产生于火，最终都复归于火。
他说道：“万物皆能换成火，火又能换成万物。这就好比货物可以换成黄金，而黄金又能换成货物一般。”在这种不断变换的过程中，火经过收缩变成湿气，湿气又经浓缩变成水，水凝结之后就成了土。赫拉克利特将这个过程称之为“下行之路”。这一过程是可逆的，土液化成水，水稀化成火，这即为“上行之路”。
赫拉克利特认为，世界是按照一定的规律永恒运动的，因此他提出了“一切皆流，无物常住”的观点。他宣称“每天的太阳都是新的”“我们存在却又不存在”“人不能两次踏入同一条河流”，因为下一次踏入这条河流的时候，水已经和上一次踏入时的不一样了。
赫拉克利特是爱菲斯学派的创立者，他的学说充满了浓厚的辩证法思想，他也因此被称为是古希腊辩证法思想的创始人。尽管如今看来，他的辩证法过于朴素，还带着浓厚的循环论色彩，但在那个时代，能够提出这样的观点是极为可贵的。辩证法大师黑格尔就曾说道：“没有一个赫拉克利特的命题，不曾纳入我的逻辑学。”列宁也曾表示：“将他（赫拉克利特）作为辩证法的奠基人之一，是十分有益的。”
赫拉克利特曾著《论自然》一书，全书分为三部分，即“论万物”“论政治”和“论神灵”。据说在写这部书时，他故意将内容写得十分晦涩，只有行家才能看得懂。后来，他还将书藏到了阿耳忒弥斯神庙里。也正是这部著作，让他举世闻名。但可惜，这部伟大的作品如今只保留下来130多段残篇，其他的都已经失传了。