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当时欧洲还没有中国留学生，华侨也少，孙中山虽想鼓吹革命，但没有对象。1897年7月1日（光绪二十三年六月初二日），孙中山离开英国，经加拿大，于8月16日（七月十九日）抵达日本横滨。横滨华侨多。当时，旅日华侨约5200多人，横滨有3252人，占总数的60%以上。横滨离中国近，交通方便。到了横滨，孙中山就有可为之地了。
孙中山回到日本时，陈少白正准备赴台北建立兴中会分会，他对孙中山说，“满清政府把台湾割给日本之后，近年来不知搅到一个什么地步”，“我能够在那里活动活动，或者也可以把那里的中国人联络起来，发展我们的势力”。孙中山支持陈的计划，陈少白于是离日赴台。
日本自1868年（清同治七年）明治维新以后，逐渐形成了一股提倡天皇主义、国粹主义和大亚洲主义的热潮。1881年（清光绪七年），头山满、平冈浩太郎等创立玄洋社，以平冈任社长。该社标榜忠于天皇，热爱日本，保护人民权利，表面上是民间团体，实际上和日本政府及军方有密切的联系。其活动特点为：托言援助亚洲革命党人，目的则在于培植亲日势力，实行扩张主义。1884年（清光绪十年），该社在上海开办东洋学馆。1901年（清光绪二十七年）以内田良平为中心，头山满为顾问，成立黑龙会，谋划在中国东北、蒙古和俄国的西伯利亚以及朝鲜等地开展扩张活动。1908年，头山满进一步搜罗没落士族，即所谓“浪人”，组织浪人会。其成员或直接由外务省、军部派遣，或接受财阀、政客的资助，到中国进行侦察调查，搜集各种情报，被称为“大陆浪人”或“支那浪人”，这批人遂成为玄洋社的别动队。
明治维新之后兴起的另一股热潮是研究亚洲，研究中国。1897年（清光绪二十三年），日本成立东亚会与同文会。东亚会由陆实、三宅雄二郎、犬养毅、池边吉太郎、平冈浩太郎等二十九人组成，以研究时局为目的，主张邀请正在中国鼓吹变法的康有为、梁启超入会。同文会则以启发中国人、匡救东亚时局为宗旨，由井手三郎、岸田吟草、宗方小太郎等人所倡导。1898年（清光绪二十四年）底，东亚会与同文会合并，成为东亚同文会。该会的不少成员后来都到中国活动，联系维新、革命两派人士。
孙中山到横滨后数日，日人平山周与宫崎寅藏迅速来访。平山周（1870—1940），号南万里，日本福冈县人。早年与宫崎寅藏同学于东洋英和学校。1897年，经日本众议院议员、进步党常务委员犬养毅斡旋，接受日本外务省秘密资助，赴华南调查秘密结社情况，同时寻访孙中山行踪。他从英文报纸获悉孙已从欧洲东返，立刻回国。宫崎寅藏（1871—1922），本名宫崎虎藏，别号白浪庵滔天，出身日本熊本县的下级武士家庭。与兄长宫崎八郎、宫崎民藏、宫崎弥藏四人，合称为宫崎兄弟。年轻时，向父亲学习过剑道刀法。后入东京专门学校，接触自由民权运动，开始关注亚洲革命运动，立意帮助中国革命，并皈依基督教。1892年来华了解民情，熟悉语言。1897年与平山周同时受外务省资助，接受到中国调查的任务，因病未能与平山同行。不过，他后来还是赶到香港，参加调查。
宫崎在日本见到孙中山后，向孙询问革命的宗旨和方法、手段。孙中山答称：
宫崎寅藏
我认为人民自治是政治的极则。因此，我的政治主张是共和主义，单从这一点来说，我认为就有责任从事革命。
孙中山强烈批评共和政体不适合于中国国情的观点，赞美共和是中国“治世的真髓，先哲的遗业”，古已有之。为避免地方豪杰割据和外国列强入侵，只有实行迅雷不及掩耳的革命，建立共和政治。他说：为了“拯救中国的四亿苍生，驱除东亚黄种人的耻辱，恢复和维护世界的和平与人道，关键只在于我国革命的成功”。他表示：方今世界文明日益增进，国皆自主，人尽独立，但中国人却沦为“三等奴隶”，自己为此焦灼万分，“不得不自进为革命之先驱”，但倘若另“有豪杰之士慨来相援”，就甘心退让，“自服犬马之劳”。
听了孙中山的一席话，宫崎完全被孙中山的魅力征服了，决定“把希望完全寄托在他身上”。他写道：“乍一看去，其外貌气质像是涉世不深的后生小伙，又如天真无华的村野姑娘。然而其思想何其深邃，其见识何其拔群，其抱负何其远大，其情感又何其真切。”宫崎和平山离开孙中山寓所后，又回来继续谈话。孙中山本来急于赴越南，联络同志，到云南发动起义。平山以日本比较安全，劝孙留在日本，孙中山遂改变计划，写信给陈少白，劝他自台湾返回日本。
平山、宫崎见到孙中山后，迅速到东京向犬养毅报告。犬养希望将孙中山控制住，以为他日之用，便表示：“这是份大礼物，怎能不会他一面？”平山、宫崎遂陪同孙中山拜会犬养毅。辞出之后，住宿对鹤馆，登记时，孙中山希望用假名，平山代填中山二字，孙中山夺过笔来，继续写了一个“樵”字，并说：“是中国山樵之意。”
自此，孙中山即以“中山樵”的假名来往于东京、横滨之间，陆续结识外相大隈重信、内务相副岛种臣以及头山满、平冈浩太郎、秋山定辅、山田良政、山田纯三郎、菊池良一、萱野长知、宗方小太郎、久原房之助、犬冢信太郎等人。这些人，怀着各种不同的目的，曾经在不同时期，以各种方式，支援过孙中山和中国革命。
1897年秋，孙中山与日本友人合影
在日本时间多，孙中山与宫崎、平山，特别是宫崎有过多次笔谈，讨论在中国举事、联络日本朝野人士等多方面的问题。宫崎建议，中日合作，共成亚洲盟主，阻遏西方势力向东发展。孙中山同意宫崎的意见，但认为，先合者胜，必须抢在欧人结盟的前面。他说：“瓜分之机已兆，则我辈须静观清政府之所为如何，暗结日、英两国为后劲，我同志之士相率潜入内地，收揽所在之英雄，先据有一二省为根本，以为割据之势，而后张势威于四方，奠定大局也。”
孙中山相信，中国已如“枯木之山”，只要“一星之火”就可以燃起熊熊烈焰。关于首义之地，孙中山提出“急于聚人，利于接济，快于进取”三原则。十多年前，孙中山就曾考察过江苏海州，但他还是钟情于广东沿海的惠州、潮州、嘉应三地；认为当地民风强悍，居民十之八九是三合会会员，久有反清复明之志，又邻近台湾，便于接济军火。
孙中山早有和康有为、梁启超联络的准备。他提出，邀康有为来，惊动太大，拟邀请梁启超或其亲信一人东来，共商大事。横滨华侨早有开办中文学校的打算。孙中山也曾与犬养毅计议，在东京开设中国语学堂，招揽同志，担任教习，暗中商量举事。至此，适逢中华会馆校董与孙中山商量，拟向国内聘请新学之士来日担任教员，孙中山遂建议定名为中西学校，推荐梁启超为校长。学校总理持函到上海会见康有为，当时，梁启超正在主编《时务报》，康有为遂推荐学生徐勤代替，并改名为大同学校，亲书四字为门额。
不久，戊戌政变发生，康有为、梁启超先后流亡日本，两派合作问题提上日程。