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杜润生一生重视调查，即使是在古稀之年，依然带领着一帮年轻人奋斗在中国的乡村。
1989年，76岁的杜润生离开了领导岗位。但他仍然情牵“三农”，为进一步深化农村改革呕心沥血。晚年，他坚持每天清早8点半就来到办公室，这是他规律生活中最重要的一部分。
2001年5月，杜润生在《农村工作通讯》创刊45周年座谈会上呼吁给农民平等的国民待遇。他说，现在很多现象可以作为农民没有取得平等的国民待遇的注解：一、几十年来，农民没有自由迁徙的权利。想离开农村，改变身份，非常困难。这种情况全世界少见。二、受教育的权利……他掐着指头一口气点评了10个方面。“我想了一下，说以上10条。这都显示农民和市民相比，享受的国民待遇也有差别。而且这些问题存在不是一天，存在几十年了，得不到纠正。经济学上说有一个‘制度惯性’，变成路线依赖。所以谁也不敢动，甚至没有人去反映。即使反映，长期得不到解决，习以为常。这样下去会带来社会问题，希望‘十五’能有所解决。”杜润生半个多世纪的思考和行动，正好与中国农民的这种生存轨迹有关。
尽管已是耄耋之年，但是杜润生念念不忘“三农”，谈得最多的有两个问题：一是改变城乡二元结构，让农民平等享有国民待遇；二是建立农民协会，这是今后新农村改革与发展的取向。90岁的时候，他曾对自己的老部下王岐山等人说，还有两个心愿没有完成：“一是再转移1亿农村劳动力到非农产业和城镇；二是恢复农民自己的组织，即农民协会，使农民有充分的话语权。连孩子都有少先队，妇女有妇女会，青年有青年团、青联，工人有工会，唯独不让农民组织起来，是不公平的。”
早在1981年2月11日，在青年们自发组织的中国农村发展问题研究组成立会上，杜润生就讲：“农民受苦，中国就受苦。”“中国的农民对我们真是太好了，从民主革命开始，他们就万众一心地支持共产党。老解放区农民推着小板车支援前线，一直推到胜利。”
杜润生认为，中央要长期稳定土地使用权和家庭承包制，发展新的整合方式，在家庭承包制的基础上，引导农民发展新的联合与合作，既维护农民的个人财产，也发展公共产品，加快农业现代化步伐。“中国最大的问题是农民问题，农民最大的问题是土地问题。改革开放从农村起步，最重要的就是实行了家庭联产承包责任制，解放了土地和劳动力。”他说，农村政策当然要保持长期不变，但仅仅长期不变还不够，还要在稳定现行土地政策的基础上，允许土地的合理流动，允许农民有偿转让土地的使用权。“在当前最重要的就是要培育土地流转市场，保障农民土地承包权的流转权不被基层政府侵害。”
晚年，杜润生看到中国城乡差距逐渐拉大的事实，多次建议国家增加对农业的财政支持，并给农民完全平等的国民待遇，赋予农民长期并有法律保障的土地使用权、收益权、转让权和处置权。与此相联系，他提倡依照宪法规定，重视保护农民土地财产权利，整顿土地市场，规范国家征地、企业用地，防止来自任何方面的侵犯。
2008年，中共十七届三中全会做出《中共中央关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》，再次拉开中国农村土地制度改革的大幕：将土地承包制从长期不变改为长久不变，允许农民以多种形式流转土地承包经营权。很多人看到了此间蕴含的能量，认为它是解放农村生产力的又一次巨大推动，它的突破性不亚于当年杜润生主持草拟的“一号文件”。
杜润生强调，要真正解决农民问题，让农民富起来，关键还在于城市化，要“把更多农民变为市民”。他说：“经验证明城市化率上不去，农村要富起来是不可能的。”
当然，曾经参与启动中国农村改革的杜润生对改革开放以来的发展成就感到自豪。“农村改革开放取得举世瞩目的成就，除了党的领导，主要是依靠农民的努力和创新。”他说，“如今，农民已经有了经营土地的自主权，加上市场交易自由，接下来就是政治上的民主权利要跟上。我们不该简单地把农民当成一个农副产品的供给者。”
杜润生善于培养后进，一生桃李满天下，所带的学生后来大都已经成为国之栋梁，如王岐山、林毅夫、陈锡文、周其仁、杜鹰、朱厚泽、翁永曦、黄江南等。他的门生陈锡文曾在他百岁生日时致辞，称其为“中国农村改革的策划者、开发者、原创者”。周其仁曾经这样评价他的恩师杜润生：他拥有厚实的农村、农民和多方面的知识，但一辈子注重调查研究，对新情况、新问题永远抱有强烈的求知欲望。
杜润生从不放弃原则，但更擅长协调和妥协，尽最大可能发现可为各方接受的共识空间。他具有远见卓识，又一辈子从实际出发。有人评论说，由于这些合金般的品格组合，杜润生在农村改革过程中，充分发挥了无与伦比的说服力、感召力和协调力。
2008年11月23日，首届中国经济理论创新奖揭晓，这是中国经济学界第一次大规模的民主投票，148位中国知名学者通过投票得出一个结论：过去30年里，对中国现实影响最大的原创经济理论，是农村家庭联产承包责任制理论。有“中国农村改革之父”之誉的杜润生及当年麾下中国农村发展研究组被视为此理论的主要贡献人。
耀眼的灯光中，95岁高龄的杜润生颤颤巍巍地被人扶到主席台上，领取中华人民共和国成立以来首届经济学创新奖。毫无疑问，杜润生是家庭联产承包责任制真正的幕后推手，是首屈一指的农村经济学大家。然而，他说：“联产承包责任制是中国农民的经济学创造，我只是起到了理论调查和整理的作用，这个奖项应该颁给广大的中国农民。”这位一生致力于农村改革和农业发展的老人在荣获经济学创新奖时，依然念念不忘农民兄弟。
曾有农民说“杜润生对农村改革立了大功，是农民的恩人”，农村干部说“杜润生是农村改革的参谋长、方面军指挥员”，等等。对此，杜润生连连摆手，谦逊地说：“我只做了我应该做的工作。”
杜润生晚年因患白内障而视力弱，并且有手抖、耳背的疾病，但是他头脑清醒，每天通过多种渠道接纳新鲜事物和信息，许多经济学家、农村干部与他保持着密切联系，他的思维与时俱进，非常前卫。杜润生提倡农业科技进步和可持续发展，他反对以破坏资源、破坏生态环境为代价谋求农村经济增长。他认为农村人才的培养到了刻不容缓的地步：“没有农民的现代化，哪来农村的现代化？”
杜润生曾这样回顾自己的一生：“我苦劳多，功劳少；右倾的时候多，‘左’倾的时候少。争取在可能的情况下，做一些有益于人民的事情，无愧地走向生命终点。”杜润生的生肖是牛，他的一生恰似探索农村改革的孺子牛，一生历经坎坷，任劳任怨，始终默默耕耘。
2015年10月，改革风云人物杜润生走了，带走了一个时代。