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马洪长期从事经济理论研究、政策研究和决策咨询工作，是在新中国革命和建设阶段以及改革开放伟大实践中成长起来的经济学家。他倡导和推动中国市场取向改革，主张稳健地推动中国经济的发展，在建立合理经济结构的理论研究与对策等领域作出了重要的贡献。
马洪说：“‘文化大革命’前我们在起草《工业七十条》的过程中，编写了《中国社会主义国营工业企业管理》（人民出版社1964年出版）一书，还没来得及应用，‘文化大革命’开始了。‘文化大革命’后沿着这个思路先是在大庆调查，后又筹建工经所，这时着重思考的问题就是如何搞好国营企业。”
1978年4月，马洪由中国社会科学院首任院长胡乔木和副院长邓力群等提名，被调到社科院，创建中国社会科学院工业经济研究所。当时马洪对胡乔木说：“我对计委部门熟悉，我有一整套的计划等着实施呢，社科院暂时就不去吧？”胡乔木望着一脸诚恳的马洪说：“‘四人帮’倒台了，社科院必须马上恢复工作，你去主管工业经济研究所，这正与你的所学对口呀！”马洪笑了笑，并点头。
一到社科院，马洪便着手对我国工业经济和企业管理进行系统的研究，深入分析。他在经济改革、经济管理、经济结构、经济发展战略、工业经济和企业管理诸多学科和领域进行了开拓性的研究工作，坚决主张“改革经济管理体制要从扩大企业自主权入手”。1978年9月9日，他在《光明日报》发表了署名“马中骏”的文章《充分发挥企业的主动性》，指出：“解决经济管理体制问题，应当把充分发挥企业的主动性，作为基本的出发点；正确处理国家和企业的关系，是实现国家、企业和劳动者个人三者利益统一的关键；明确国家和企业双方的经济责任，才能更好地发挥企业的主动性。”认为“过去我们研究经济管理体制问题从‘条条’和‘块块’的分工上考虑得比较多，从国家和企业的经济关系上考虑得比较少”，强调“解决经济管理体制的问题，不能只从上层建筑方面打主意，而应当着重于生产关系，特别要把正确处理国家和企业的经济关系，充分发挥企业的主动性，作为基本的出发点”，“尤其要承认企业在客观上所具有的独立性，赋予企业一定的自主权”，“这样才能调动企业和职工群众的积极性，使企业巨大的生产力得到解放”。
同年12月召开的党的十一届三中全会，充分肯定了扩大企业自主权的改革思路和主张，指出应当让地方和工农业企业有更多的经营管理自主权。全会的《公报》显然对向企业“放权让利”作了比“行政性分权”更宽泛的解释，进而无论在理论上还是在实践中都使全会成为中国“渐进式”改革的重要里程碑，同时也印证了马洪关于扩大企业自主权的研究与探索所具有的重要政策效应和学术价值。
在此基础上，马洪对外国工业经济和企业管理进行考察研究。1978年11月，马洪登上了飞往日本的飞机，参加了国家经济委员会组织的赴日经济考察团。其时的日本资本主义经济飞速发展，在全球首屈一指。马洪一到日本，就感受到了中国与发达国家的差距，心里很不平静。走在东京的街头，看到行色匆匆的人群、高高耸立的楼宇，那种无处不在的商品经济氛围笼罩着马洪。
这次考察，马洪把企业管理作为考察的重点。在株式会社，他仔细地寻问每一个工作流程及每个流程的管理方法。他了解到，日本的企业之间主要是按专业化与协作的原则组织起来的，企业的协作关系又是用合同的形式固定下来的。马洪心想，日本的这种企业协作关系，是一种务实的、可行性较强的、可借鉴的经验，同样适用于中国。
进而，他还了解到，日本企业的一切经营管理活动和生产活动，都必须围绕质量第一的原则，各级管理人员和每一个工人对此都有一个明确的认识，企业的各项规章制度都围绕着这个中心并为之服务。这就是为什么日本总能生产出世界一流且别具一格的产品的原因。马洪陷入了沉思，于是在笔记本上粗粗地写下了3个字：责任感！
如何才能使人人都有责任感呢？马洪在考察中发现，日本人非常重视提高员工的经营、管理和技术素质，重视培训各类人才。他们将其看作一项战略任务，称为“能力开发”。日本企业培训工人的办法包括现场学习、业务学习和脱产学习，而以现场学习为主。因此，马洪在笔记本上又重重地写下了两个字：教育！
从日本考察归来，马洪很快写成《日本企业家是怎样管理工业企业的》一文，还与人合作出版了《访日归来的思索》一书。之后，国内纷纷开展讨论如何借鉴别人的先进经验、如何实事求是地运用外国先进的管理模式来发展民族工业。
马洪作为当代中国经济学理论研究和经济政策咨询工作的开创者和领导者之一，参与和具体组织了许多涉及中国经济改革、发展等重大问题的社会调查和课题研究。1979年中央召开了工作会议，决定用几年时间对国民经济进行调整。国务院财经委员会和中国社科院召集相关负责同志和经济理论工作者，准备对我国经济情况和有关政策实施情况进行深入调查研究，并决定成立4个调查组，由马洪负责经济结构组。当时马洪组织了400多位经济工作者和200多位理论工作者进入该组，集中了100余人组成经济结构综合调查直属队开展广泛深入的调研，形成了许多成果提交党中央、国务院参考。
在对中国经济结构问题进行了为期10个月的调查研究的基础上，1981年12月他和孙尚清主编的《中国经济结构问题研究》由人民出版社出版。这是经济结构调查组最后的综合成果，该成果指出了导致经济结构不合理的原因：最重要的是盲目追求高指标、高速度，破坏了综合平衡；片面强调发展重工业，以钢为纲，忽视了农业和轻工业的发展；人民公社化搞过了头，挫伤了农民的积极性；政企不分，企业缺乏自主权，不能很好地发挥市场的调节作用，等等。该书对当时更好地贯彻中央调整、改革、整顿、提高的方针起到了积极作用，曾分别在苏联和美国翻译出版。
关于我国经济体制改革目标的争论由来已久。在党的十二届三中全会召开前夕，马洪给当时的国务院总理写信，建议把“社会主义经济是有计划的商品经济”这一提法写进全会的决议中。他说，“这个问题太重要了，如果不承认这一点，我们经济体制改革的基本方针和现行的一系列重要的经济政策都难以从理论上说清楚”。
1984年7月，马洪向高层提交了一份报告《关于社会主义制度下我国商品经济的再探索》，得到了比较正面的反馈。文章所论述的观点，对于1984年10月中共十二届三中全会确定“商品经济”的改革目标起了重要作用。文章还针对不赞成“有计划的商品经济”提法的一些观点，以“一家之言”的态度阐述了相关的认识。这些都体现了包括马洪在内的众多中国经济学家“使我们的经济工作彻底地摆脱各种‘左’的影响，保证我国社会主义国民经济更加生气蓬勃地向前发展”的殷切期望。对7月份的报告做了认真的补充修订，1984年11月16日，马洪在中共中央宣传部组织的形势报告会上作了题为《关于社会主义制度下的商品经济》的报告，提出并具体分析了“承认社会主义经济是有计划的商品经济，是进行经济体制改革，实施对内搞活、对外开放方针的理论依据”，阐述了社会主义商品经济的特点。12月，《经济研究》全文发表了马洪的署名文章《关于社会主义制度下我国商品经济的再探索》。
▎周叔莲（左一）与薛暮桥（右三）、马洪（右二）等在法国考察
马洪不仅是较早提出和支持“社会主义商品经济”和“社会主义市场经济”论点的学者，更是中国市场取向改革的积极倡导者和推动者。1988年3月，他明确提出要“进一步解放思想，为市场经济正名”。他说：“长期以来，‘左’的思想影响给我国理论工作者和实际工作者吸收现代经济学的有用成果造成了严重障碍。过去许多同志曾经把商品经济混同于资本主义经济。现在许多同志虽然承认了社会主义经济是一种商品经济，即有计划的商品经济，却并不愿意承认它还是一种市场经济。”
1991年前后，理论界对社会主义经济中计划与市场问题的讨论再次活跃起来，马洪当时在不同场合先后对这个问题发表了一些观点。中共十四大召开之前，在几位青年学者的协助下，他的文集《建立社会主义市场经济新体制》公开出版，较系统地反映了他关于在中国建立社会主义市场经济体制的一些重要思路。1993年10月，由马洪主持撰写的《什么是社会主义市场经济》一书出版。这是按照时任中共中央总书记江泽民指示编写的宣传、普及社会主义市场经济基本知识的读物，是一部关于在中国建立社会主义市场经济体制的理论与实践的优秀读本，产生了广泛积极的影响。