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随着学术成果的不断增多，李君如的职位也不断提升。上海社会科学院院长助理、中共中央宣传部理论局副局长、中共中央党史研究室副主任、中共中央党校副校长，一次次职位上的升迁背后是李君如学术研究成果的积累。李君如说：“从自己多年的体会来看，当官是次要的，学术研究才是重要的。当官，组织上需要你做好它，那么你就要认真负责地做好它。但本质上，你还是一个普通人，学术研究是你的看家本领。而且，在这全面建设小康社会的年代里，也是出研究成果的最好时期，政治理论、经济理论都有很多问题值得研究。”
初中、高中，李君如是在上海有名的重点中学松江二中度过的。学校前身为乾隆年间的“云间书院”，千年古城楼“云间第一楼”今天成了学校大门，巍峨壮观。学校环境幽雅，校园内林木蓊郁，绿意葱茏，有亭台楼阁、小桥流水，是上海市闻名的花园式学校。当时，李君如是学生干部，学习成绩也很好，特别在数理化方面成绩比较突出，但赶上了“文化大革命”，只好到农村插队。
李君如记得，刚到上海郊区插队时，支书对他说，从现在开始，你就是一个新农民了；你要记住，种田要靠自己，也是为你自己。那三年里，他住在一间原为牛棚的小屋子里，劳动、做饭，一切全都靠自己。种田之外，他还发挥知识青年的长处，写报道，办夜校。
更让他难以忘怀的是当地农民那种淳朴的本质。下乡不久，他身为企业干部的父亲遭迫害致死。村里的农民得知他的遭遇后，给予他更多的是关心和爱护，还推荐他上大学。
一心想学物理成为一名科学家的李君如结果被推荐上了上海师范大学政史系。“我们这批学生，都是从学校到农村插队落户，再经选拔进入上海师范大学的。学生与老师的经历具有很大的相似性，师生关系也有特殊的融洽性。当年，老师同我们一起参加政治学习、下厂劳动、教学实习，师生之间无话不谈。”许多往事，李君如历历在目，至今难忘。
采访时，李君如对自己的母校上海师大念念不忘，十分感恩：“我是1973年从上海师大政史系师资培训班毕业的，在校的时间并不长，但是母校在我的人生旅途上打下的印记却是很深很深的。今天我是一名党的理论工作者，而我的基础理论正是在上海师大的课堂里、图书馆中打下的。”他说：如果讲“第一次”的话，他第一次接触哲学史并对中国哲学史和西方哲学史感兴趣，是在上海师范大学；第一次接触政治经济学并开始全面研读《资本论》，是在上海师范大学；第一次系统地学习英、法、德、俄历史，是在上海师范大学；第一次学习社会发展史并参与编写社会发展史名词解释，是在上海师范大学；第一次在《解放日报》上发表的长篇论文，也是在上海师范大学写成，离校后经母校老师帮助修改后发表的。
直到现在，李君如仍然认为，政史系的好处在于它既有政治的内容，也有历史的内容。而有“史”的背景，对以后从事的学术研究至关重要。如果没有“史”的基础，只可能是干巴巴的概念。“在母校的学习经历，对于我培养起用社会科学的知识思考问题，并走上研究哲学社会科学的道路，起了重大的作用。”李君如忘不了在上海师范大学学习的日日夜夜，忘不了母校在自己生命中注入的知识养分。
大学毕业后，李君如在松江乡村学校和县委党校任教。1978年，关于真理标准问题的讨论开始后，他积极参与，发表了一些今天看来不很成熟但有独特见解的观点，在上海理论界产生了一定影响。
1981年，中国社会科学院招考研究人员，李君如报考了。当时上海社会科学院哲学研究所所长周抗曾听过李君如在上海社联哲学学会上的一些发言，对他赞赏有加。当听说李君如报考的消息而且成绩不错，周抗当即表示录取他。
进入上海社会科学院哲学研究所后，李君如先是做周抗的助手，研究马克思主义哲学。后来，哲学所成立毛泽东哲学思想研究室，李君如出任主任，开始系统地研究毛泽东哲学思想。李君如说：“毛泽东是一个了不起的人，是一个伟人，关键在于他有一套哲学思想。他的哲学思想并不仅仅体现在人们通常说的《实践论》和《矛盾论》这‘两论’上，他还有《论新阶段》《论持久战》《新民主主义论》等当年影响更大的著作。从他的政治著作、经济著作、军事著作中更能够看出他的哲学思想的精华。”
潜心研究，终有收获。李君如撰著的《毛泽东与近代中国》《毛泽东与当代中国》《毛泽东与毛泽东后的当代中国》组成“毛泽东研究三部曲”，获得第11届中国图书奖，并多次加印，发行量很大。
因为毛泽东是研究中国现实的，这也促使李君如关注中国的现实问题。20世纪80年代末90年代初，李君如曾计划研究孙中山。他读了孙中山的大量著作，收集了很多资料。但是，一个偶然的机会，改变了他的研究方向。
当时，中央提出在全党进行社会主义理论学习教育。时任上海市委书记的朱镕基提出，上海学习社会主义理论就要学邓小平建设有中国特色社会主义理论。在上海市委常委中心组的学习中，有关部门考虑到李君如对改革开放的现实问题有较深入的思考和研究，把李君如请去作辅导。随后，一些党政部门也请他去作报告，李君如从此完全步入邓小平理论研究领域。
不多久，李君如的有关研究成果迭出。他撰写的《邓小平的“中国特色社会主义”》获全国“五个一工程”1991年度优秀论文奖，他与夏禹龙合作撰写的《邓小平的管理思想和领导艺术》获全国“五个一工程”1992年度优秀论文奖。
应该说，李君如研究邓小平理论，起步不算早，但是起点很高。他的研究成果在社会上产生了很大的影响。中共十四大提出用邓小平建设有中国特色社会主义理论武装全党，当时李君如发表的《邓小平的“治国论”初探》等文章引起了高层的注意。于是，1993年3月，他奉调入京。李君如适应并且喜欢上海的学术环境，对到北京工作很犹豫，但既然是组织的安排，他选择服从。
调任中共中央宣传部理论局副局长后，他一方面组织撰写邓小平理论学习纲要，另一方面出版了数部有关著作。其中，1997年8月12日，李君如发表在《中国经济时报》的论文《第三次思想解放：冲破姓“公”姓“私”的思想疑惑》影响极大，首次提出“第三次思想解放”的观点，在中共十五大召开前夕发表自然引起人们强烈关注。
1998年11月，李君如调任中共中央党史研究室副主任。为发挥党史资政育人的作用，他组织举办了革命英烈事迹展览，把党史研究推向社会，还组织策划了一些电视专题片。
2000年5月，李君如又调任中共中央党校副校长，主管科研，分管7个部门。职务的升迁，并没有影响李君如的学术研究工作。相反，在理论创新和理论宣传方面，新的职务有利于他发挥更积极、重要的作用。