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1942年正是抗日战争极端困难的战略相持阶段，为统一陕甘宁、晋绥两个区域的军事指挥和军事建设，打破敌人对中共中央所在地陕甘宁边区的围困、封锁，加强边区的保卫力量，中共中央军委决定，成立陕甘宁晋绥联防军司令部，下辖第120师、留守兵团、晋西北新军、陕甘宁边区保安部队和炮兵团等部队。
贺龙被任命为司令员，关向应为政治委员（在关生病休养期间，由高岗代理），徐向前为副司令员兼参谋长，林枫为副政治委员。
贺龙
1943 年，一二〇师和晋绥军区与留守兵团组成陕甘宁晋绥联防军。图为联防军司令员贺龙、政委关向应在陕北。
联防军成立以后，在中共中央军委的直接领导下，陕甘宁晋绥联防军抗击日寇，肃清土匪，打击国民党顽固派的军事进攻，保卫了陕甘宁边区，使晋绥抗日根据地得到发展和壮大。
1945年8月，抗日战争转入了战略反攻阶段。为了适应大反攻的需要，最后消灭日本侵略军，中央军委将各战略区的部队进行整编。在保留军区、军分区继续指挥地方武装与民兵的同时，组建能在较大范围内实施机动作战的正规兵团，即野战部队，并相应地建立了野战指挥机构。
根据中共中央军委的决定，陕甘宁晋绥联防军也进行了较大的调整。1945年8月11日，晋绥野战军成立（辖第358旅，独立第1、第2、第3旅），并与晋绥军区（辖吕梁、雁门、绥蒙三个军区）一同从陕甘宁晋绥联防军建制内调出，直属中共中央军委领导，由陕甘宁晋绥联防军司令员贺龙、晋绥军区政治委员李井泉统一指挥。
此时，担负陕甘宁解放区作战任务的部队有教导第1、第2旅，警备第1、第3旅，新编第4旅，第385旅和军分区部队共计6个旅，仍沿用陕甘宁晋绥联防军的番号，由王世泰任代司令员，高岗兼代政治委员，徐向前任副司令员，谭政任副政治委员，阎揆要任参谋长，张仲良任政治部副主任。此后不久，高岗、谭政先后奉命赴东北工作，徐向前调晋冀鲁豫军区任职，中央军委遂任命习仲勋为代政治委员，王维舟、阎揆要为副司令员，张文舟为参谋长，徐立清任政治部主任。
1945年10月25日，国民党军晋陕绥边区总部新编第11旅旅部和1个团起义，编入联防军序列，仍称新编第11旅（旅长曹又参）。
1946年1月，联防军总兵力约3.3万余人。
1946年3月至4月间，根据中共中央整编军队及精兵简政的指示，陕甘宁晋绥联防军进行了精简机构和整编复员工作，大幅度压缩部队员额，先后裁减了2个旅部、10个团、12个营、67个连，共复员2700余人。同时，调整了部队序列，合并了领导机构。其中：
第385旅与警备第3旅合编为警备第3旅，兼陇东警备区，部队由5个团缩编为3个团，旅长黄罗斌，政治委员李合邦。
教导第1、第2旅合并，改称教导旅，兼延属警备区，旅长兼政治委员罗元发，部队由5个团缩编为2个团。
警备第1旅兼关中警备区，部队由3个团缩编为2个团，旅长兼政治委员高锦纯。
新编第4旅，部队由3个团缩编为2个团，旅长张贤约，政治委员徐立清。
新编第11旅兼三边警备区，旅长曹又参，政治委员高峰，所属部队不变。
整编后的陕甘宁晋绥联防军下辖5个旅，共约2.8万人，其主要任务是保卫陕甘宁根据地，保卫党中央、保卫毛主席。