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约在释迦牟尼圆寂100年后，统一的佛教教团开始出现分裂，形成了各个不同的派别，进入所谓“部派佛教”时期。
印度佛教的历史，大致可分成原始佛教、部派佛教、大乘佛教三个阶段。原始佛教阶段，鉴于释迦牟尼刚刚辞世，他的弟子几乎都面聆过佛陀教诲，所以在教义、在宗教修行方面以及教团共同生活习惯上大都遵循佛陀在世时的常例，没有多少重大的纷争。随着时间的流逝，分歧慢慢出现了，并最终导致原始佛教的分裂。
关于原始佛教分裂的因由，照南传佛教的说法，主要是由于僧众们在对待戒律问题方面引起了争执，最后导致了分裂。据传当初东方以毗舍离城为中心的跋耆族僧团，对某些传统的戒律产生了疑义，他们采用一些变通的做法，这些做法使西方波利族僧众们颇为不满。一名叫耶舍的比丘延请西方一些上座比丘到毗舍离城集会，对毗舍离僧团一些违反传统戒律的做法进行裁决，最后判定包括比丘乞受金银在内的十件事违反佛法。这次集会参加的比丘有七百人，所以被称为“七百结集”。但这次结集审定的裁决并不为毗舍离僧团比丘所认同，他们另外召集了一个万人大会以示反对。由于“七百结集”的参与者大多为上座比丘，所以这一派被称为“上座部”，而参加万人集会的这一派因人数甚众而被称为“大众部”。
照北传佛教的说法，原始佛教的分裂是由于对“阿罗汉”果位的不同立场而引起。据传当时有一个名叫“大天”的比丘对“阿罗汉”果位的境界提出了五条不同的意见，他认为“阿罗汉”仍然存在着无知、无明，还未除灭烦恼，并且还存在着生理上的本能欲望，如此等等。大天的观点引发了一场规模宏大的论争，论争的直接结果是导师原始佛教的分裂，反对大天的长老比丘们形成了“上座部”，而支持大天的一派比丘则成为“大众部”。
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南传十事与北传五事
关于佛教分裂的原因，有南传佛教的“十事”和北传佛教的“五事”两种说法。
“南传十事”是指：
（1）角盐净，指比丘储存食盐的行为。
（2）二指净，指比丘午后吃饭的行为。
（3）他聚落净，指比丘一发性向许多人家乞食的行为。
（4）住处净，指比丘单独居住修行的行为。
（5）随斋净，指在比丘人数不齐的情况下也可以决定教团事务的行为。
（6）所习净，指比丘可以继续从事出家前从事的某些俗事的行为。
（7）不攒摇净，指比丘喝未经脱脂牛奶的行为。
（8）饮阇楼伽净，指比丘可以喝未经发酵的椰子汁的行为。
（9）无缘坐具净，指比丘可以随意选择自己坐具的行为。
（10）金银净，指比丘可以持有金钱的行为。
赞同这十种行为的比丘形成了大众部，不赞成这十种行为的比丘形成了上座部。
“北传五事”是指：
（1）认为阿罗汉仍有普通人的生理机能。
（2）认为阿罗汉仍有无知的地方。
（3）认为阿罗汉仍有犹豫的时候。
（4）认为阿罗汉仍然需要别人的指导。
（5）认为阿罗汉仍然有痛苦的感觉。
认同这五种观点的比丘形成了大众部，持反对意见的比丘则形成了上座部。
“上座部”是佛教教团分裂之后的一个重要支派，因为这一支派的代表人物大多是一些上座长老比丘，因而得名。与之相对的另一个重要支派则为“大众派”。两派在佛教的基本教义如“四谛”、“八正道”、“十二因缘”等都共同持守，只是在有些次要问题上有较大分野。如对于客观世界，“上座部”抱“有”的肯定态度，而“大众部”则抱“空”的否定态度。其他如在对待生命个体的主宰——“我”的相关问题、对佛陀的认识等方面都大相径庭。
随着佛教流传日广，教团内部存在的各种分歧和矛盾愈积愈多，并且各派在一些问题上也各有各的理解。在释迦牟尼去世后一百年至四百年间，上座部和大众部又继续产生分裂，先后分为十八部或二十部。这一时期，在佛教历史上被称之为“部派佛教时期”。据北传佛教的《部执异论》、《十八部论》、《异部宗轮论》等典籍记载，由上座部分裂出来的部派主要有：犊子部、化地部、说一切有部等，后来又从各部中再次分裂出正量部、法藏部、法上部、雪山部、经量部等等。
在上座部各派别中，“说一切有部”是个形成较早、并且是最大的派别，而且这一派有丰富的论藏典籍流传下来，因此这一派的学说可作为上座部学说的代表。所谓“说一切有”，是指在他们看来，世间一切诸“法”均有其自性，所以是一种真实的客观存在。他们又把佛陀所说的、散见于各种典籍的零星说法予以概述，按对客观世界和人的主观认识作用归纳为色法、无为法、心法、心所法、心不相应行等五大类别，并对其中每一类进行细微的分析，形成五位六十七分法。这对日后大乘佛教“瑜伽行派”的发展影响极大。
“大众部”与“上座部”是同时形成的佛教支派，由于对佛教戒律和教义持有不同的理解而从原始佛教中分裂出来。在对待客观事物的有无、真假问题上，上座部各派偏重于说“有”，譬如上座系的“说一切有部”，主张“三世恒有，法体恒有”，但大众部则偏重于说“空”，认为无论是过去的事物还是将来的事物都没有实体。在心性及解脱问题上，上座部认为心有染有净，染心不能得解脱；而大众部则强调“心性本净”，染心也能通过修行，去染成净，达致解脱，因而人人都有解脱可能。另外，在对佛陀的看法上，上座部倾向于把佛陀视为教主，而非万能之神，认为对佛的说法也应分别对待。而大众部则着重强调佛的威力，认为佛的威力无边无涯，超出世间的众神；凡是佛所说的，都是完满真确的，都是绝对真理。他们还认为佛的寿命没有止境，佛的色身充盈宇宙，等等。
所谓“乘”，是梵文“衍那”的意译，含有“承载”或“道路”之意。大约在公元1世纪左右，印度佛教内部分成了一些具有新的思想和教义教规的派别。这些佛教派别自称他们的目标是“普度众生”，他们信奉的教义如同一只巨舰，能运载无数众生从生死之此岸世界到达涅槃解脱之彼岸世界，从而成就佛果。因此，这一派自谓“大乘”。
在大乘佛教兴起后，他们把原来的原始佛教和部派佛教中的一些流派贬称为“小乘”，意为“小的运载工具，小的途径和方法”。但这一称呼，“小乘”佛教派别本身是不认同的，例如现在泰国、斯里兰卡、缅甸等国的佛教，直曰谓“南传上部佛教”，而非所谓“小乘”佛教。
虽然这时，大乘佛教取得了很大的发展，但它还没有获得一致的拥护，小乘佛教的发展也还远远没有停止，而是与大乘佛教一起并行发展着。
之所以把大乘佛教的兴起看作是佛教史上又一次较大的变革，是因为大乘佛教的许多思想与小乘佛教的思想存在着很大的差别。
1．在修行的方法和目的上。小乘一般修所谓“三学”或“三十七道品”，把证得阿罗汉果，求取个人解脱作为最高目的。而大乘则一般修以“六度”为方法的菩萨行，把成佛、普度众生作为最高目的。小乘一般要求出家，强调出世。大乘则不要求一定出家，相对来说重视人世，重视与世俗生活的密切联系，主张为使众生脱离苦海而不离世间。
2．在对涅槃的理解上。小乘佛教一般把涅槃看做是脱离了生死轮回后所达到的一种境界，这种境界与世俗世界完全不同。而大乘佛教认为，涅槃与世间没有实际的分别，认为达到涅槃不过就是消除无知，就是认识诸法之实相，并不存在一个独立于世间的涅槃境界。
3．在对佛的性质的看法上。小乘把佛看作是佛教的教主，是掌握了佛法的人，而大乘则认为佛是至高无上的神。总之，小乘一般不突出偶像崇拜，而大乘则力图把佛偶像化。
4．对“法”（也就是物质）是否实有的问题上也有不同。小乘佛教认为物质是实在的，大乘佛教则认为物质是不实在的。
“中观派”也称大乘空宗，是印度大乘佛教发展历程中的一个重要支派，与“瑜伽行派”一起被称为大乘佛教的两大派。
大乘中观学派的创立者，是龙树和他的弟子提婆。龙树是南印度人，出生于一个婆罗门家庭，年少时即通晓婆罗门经典，成为当时声名遐迩的青年婆罗门学者，后来皈依佛教，研习了大量的大乘典籍，极大地丰富了他的思想体系。与此同时，他创立中观学说，广泛传播他的思想。在南印度，他说服了原先信仰婆罗门教的国王，使其皈依佛教，并得到该国国王的鼎力支持。大乘中观学派日渐兴盛。
为了宣扬中观学派，龙树撰写了许多论著，《中论》、《十二门论》、《大智度论》等都属于这类论著。这些论著系统阐扬了大乘佛教般若学说所倡导的关于“空”的思想。佛教般若学所谓的“空”，并非一无所有的虚无之空，而指的是一种没有客观实体，语言无法言表的状况。中观学派的看法是，只有这么一种空的状态，才是宇宙的真实本性。龙树又提出了“真俗二谛”的见解。他认为，佛陀说法时，乃是根据听众的不同接受能力进行表述，对一般世人便从“俗谛”人手，承认世间一切现象的存在，即从世俗的认识能力看（俗谛），宇宙万有（诸法）的表相是“有”。但对于那些已经除灭佛教所说的“无明”，具有佛教的直觉“现观”能力之人，则说“真谛”，即抛弃对“有”的假相的执著，显现事物“空”的本质之真性。他认为众生只有从“俗谛”入手认识事物，才能把握“真谛”，真、俗二谛是同一事物的两面，对任何事物来说，从“俗谛”看是“有”，从“真谛”看则是“空”。即空即有，真俗不二，这就是“中道正观”，因此这一派学说思想被称为“中观学派”。
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谁是提婆
提婆（约公元3世纪），是印度大乘佛教中观派的主要论师之一，龙树的弟子，南印度人，属于婆罗门种姓。他曾游历古代印度各地，宣扬中观派的思想。他在弘扬大乘佛教思想时的一个重要特点是善于以辩论的方式来反驳不同派别的观点。据《提婆菩萨传》所载，提婆曾在王都立下三论，即“一切诸圣中，佛圣最第一；一切诸法中，佛法正第一；一切救世中，佛僧为第一。”然后宣称，“八方诸论士有能坏此语者，我当斩首以谢其屈。”如果对方辩论失败，则当“剃汝须发，以为弟子。”结果是来着“智浅情短者，一言便屈；智深情长者，远至二日，则辞理俱匮，即皆下发。……三月度百万余众。”提婆的主要著作是《百论》、《四百论》等。他对中观派的发展起了极大的作用，在大乘佛教的发展中占有重要地位。
公元五至六世纪时，大乘佛教内又涌现出一个新的学派，这便是由无着、世亲创立的“瑜伽行派”。瑜伽一词的梵文原意为“相应”，原为古印度的一种宗教修行方法，佛教用来表示以调息、静虑达到摄心修慧的宗教修行。无着、世亲创立的这一派因极为强调瑜伽修行方法，所以被称为“瑜伽行派”。
瑜伽行派根据“万法唯识”的思想，用依他起性、圆成实性、遍计所执性达“三自性”解释一切认识现象。又用自证分、证自证分、相分、见分这“四分”来进一步分析认识的职能和功用。他们把宇宙万有的一切物质和精神现象统括为五大类别，一百个要素，称为“五位百法”，从而进一步完备了佛教的名相分析系统。瑜伽行派在阐述和论证其思想体系的同时，发展了佛教逻辑的“因明”学。
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瑜伽行派的主要论师和著作
瑜伽行派的创始人相传为弥勒，但有关弥勒在历史上是否确有其人的问题，至今没有定论。认为他存在的人一般把其年代定在公元4世纪初。弥勒提出了瑜伽行派的基本思想，并传给后来瑜伽行派的主要论师。署名为弥勒的此派论著不少，汉译中重要的有《瑜伽师地论》、《辨中边论》等，藏译中重要的有《现观庄严论》、《法法性分别论》等。
除弥勒外，瑜伽行派的主要论师还有无著和世亲。他们二人对署名弥勒的论著做了不少注释，并且又制作了一批新的论著。无著的年代大概是在公元4～5世纪，他是北印度犍陀罗国人，先在说一切有部出家（一说在化地部出家），并曾修习小乘佛法，但不能满足，后改信大乘佛教。传说他接受了弥勒的大乘理念，常在夜晚去兜率天弥勒的住处向其学习《瑜伽师地论》，白天回来后，再向大众传授。他的主要著作有《金刚般若论》、《大乘庄严经论》、《顺中论》、《显扬圣教论》等。世亲是无著的弟弟。他出家后，先学习小乘说一切有部的学说，并很有成就，后在其兄无著的影响下改信大乘佛教。世亲的主要著作有《大乘五蕴论》、《摄大乘论释》、《佛性论》等。
所谓结集，有集合、会诵之义。即佛教徒经过召集聚会、将释迦牟尼佛所说教法经过会诵、整理、确认，形成佛教经典。在佛教历史上，较为重要的结集，通常认为共有如下几次：第一次结集，在释迦牟尼圆寂后不久，这次结集据传共有五百上座比丘参加，由释迦牟尼的大弟子摩诃迦叶主持，结集的地点位于王舍城外的七叶窟。这次结集的目的是将佛陀一生言教诵出，以传后世，供僧众和信徒遵循，由此形成佛教的“经”和“律”。
第二次结集大约发生在佛陀逝世百年后。据传当时东印度跋耆族僧团一些比丘对传统戒律提出了一些新鲜的见解，遭到以耶舍长老为首的上座部长老比丘僧团的极力反对。于是。耶舍长老召集了七百上座比丘僧团，在毗舍离地方举行了规模宏大的经典结集，史称“七百结集”。
确定跋耆族僧团中流行的十件事为触犯佛法，这些决议引起了跋耆族僧团比丘的敌视，反对者针尖对麦芒地举行了一次声势浩大的万人集会，史称“大结集”，确定十件事为合法。第二次结集后，统一的佛教教团分裂为“上座部”和“大众部”两大派。
第三次结集据南传佛典记载，发生在佛圆寂后二三五年之际，即古印度孔雀王朝的阿育王时期。由于佛教在阿育王的大力护持下发展蓬勃，以致当时许多非佛教的外道也搀杂进来，佛教教义被搅乱。为了肃清外道影响，重新整顿佛教僧团和佛教教义，于是在阿育王的倡议下。由目犍连子帝须主持，召集一千比丘众参加，对佛教三藏，尤其是上座部的三藏进行重新会诵、确认。
第四次结集发生在佛陀圆寂后约四百年，即大约公元1世纪左右，大月支贵霜帝国的迦腻色迦王时期。这次结集由胁尊者主持，以世友为上座，共五百人参与，这次主要是论藏的结集，相传迦腻色迦命人以赤铜镂刻论文，建塔封藏，以传后世。