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秦汉的宗教思想，已由单纯的天祖崇拜，渐入于复杂的迷信时代。在古代天祖崇拜之中，虽不免有许多迷信的成分，但是经过了春秋战国的一般学者的自由讨论，已从迷信的遗传中产生出许多理智的解释。不幸从秦始皇统一六国以后，那些聪明的帝王，为要保住他那地位和基业的缘故，便排斥那些不利于自己的学说，变本加厉地走入到进一层的迷信中去。像英明精干的秦始皇，他焚烧了诸子百家的书籍，独独保留着所谓卜筮一类的东西，而且迷信着荒渺的神仙说，希冀什么长生不死之药。后来汉武帝毕竟也同样上了方士的当，他又巡游到山东去，欲举行封禅的故事。马上得天下的汉高祖，会改变他骂儒生溺儒冠的态度，以太牢去祀孔子。我们便不能不佩服他们能利用宗教式的崇拜，来笼络天下的人民。从此以后，历代帝王都知道这种秘诀，一方面恢复古代的天鬼崇拜，一方面又提倡儒教，把孔子看作一个宗教的教主。那些学者也是猜透了帝王的秘密，假托五行阴阳的说素，创造出什么谶纬之学来。董仲舒实是这种迷信开创的先锋，他所著的《春秋繁露》，是提倡五行阴阳的迷信，并且用这种迷信来解释《春秋》。本来五行是出于《洪范》，阴阳是出于《易经》，都是推究宇宙原理的哲学，原与希腊初期哲学认水火土气为宇宙原理，和印度哲学认地水火风为宇宙根本原因，没有两样。战国时独树一帜的阴阳家，原是一种学术上的研究，到了汉朝，经过一般经学家的提倡，便陷入于抽象的神秘范围。夏侯胜以久阴不雨为验在霍光，王莽时有什么“刘秀当为天子”的谶语，所以光武以赤符受命、深信谶纬了。当时的经学家，于《书》的《洪范》五行，于《礼》的阴阳明堂，于《易》的象数，于《诗纬》的五际六情，
于《春秋》的灾异，皆有许多附会，即大师如郑玄，也是深信其说，以之注解经籍。无怪谶纬之说日益昌盛，虽在晋太始时焚毁其书，力予禁止，但是迷信之端却已传之弥广了。
佛教输入中国，相传在汉明帝时，其最初输入的，大概是小乘教义，所以那些天堂地狱、轮回投胎等说素，与固有的阴阳谶纬，合成为疑神疑鬼的迷信。于是经典科教，寺观庙宇，渐渐地普遍起来，影响到民众的生活非常之大。厥后又经过南北朝的推演，渐成为中国唯一的宗教。加以西来的僧众译经著述，推行于上级社会；又有民间特造的宝卷佛曲，推行于下级社会；于是因果报应的思想，盘据在全国人心，历二千年而未拔。
同时又有道教的产生，借托老子之名，方士派神仙之说煽于前，符箓丹鼎派长生飞升之说惑于后，复窃取佛徒科教的方法，礼忏祈禳，亦成为民间的普遍信仰。朱熹谓：“佛家偷得老子好处，后来道家却只偷得佛家不好处”（见《朱子语类》卷一二六及《文献通考·经籍考》所引），
互相摹仿，发生种种迷信。这都是秦汉以后所发生的宗教现象。所以说到秦汉时代的宗教生活，实是迷信的根源，而且这种迷信影响到后来更是非常有力。从阴阳五行混合而生的谶纬学说，产生出无数的星相卜筮、占验宿命等等迷信；从佛道天堂地狱的来世思想，产生出经忏符箓、修仙学佛等等迷信。这种迷信支配了数千年来全国民众的生活，当时虽曾有张衡等的反对谶纬，王充等的破除迷信，仍旧不能挽回这一时代的风气。