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加密技术的应用可以追溯到数千年前的军事活动。我国周朝兵书《六韬》中就有用不同长短的“符”及其组合表示信息的记录。古希腊城邦的战争中，也有使用简单密码保护军事情报的记录。在“二战”中，美军对日军的密码破译成为左右太平洋战争战局的关键点。特别是20世纪的后几十年中，密码学经历了日新月异的发展。
人们一般将密码技术的发展历程大致划分为三个阶段。
第一个阶段的密码技术主要是简单的古典密码，如移位码和仿射密码等。这类密码通常基于简单的经验设计或代数设计。人们常将这个阶段的密码算法称为“古典”密码算法或“经典”密码算法。
第二阶段开启的标志是在1949年，Claude Elwood Shannon发表了具有广泛影响力的学术论文“Communication Theory of Secrecy Systems”。Shannon（香农）生于1916年，曾获得麻省理工学院博士学位，他的主要研究成果都在麻省理工学院和贝尔实验室完成。香农启发人们基于信息和编码理论研究密码，真正意义上将密码研究带入了“密码学”的学科研究时代。
第三个阶段的标志是非对称加密技术的发源。1976年，Whitfield Diffie与Martin Hellman发表的论文“New Directions in Cryptography”给出了一种新的思路：加密和解密可以使用不同的函数及密钥，规避了使用同一密钥时密钥本身的泄密问题。后来，一些专家和学者基于这一全新思路构建了许多非对称加密算法。非对称加密技术是诸多互联网安全协议的重要技术基础，为互联网应用的迅猛发展提供了安全保障。Whitfield和Martin由于在密码学方面做出了卓越贡献而荣获2015年的ACM图灵奖。