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应急医疗设施的建设应结合当地疫情防控的实际需要和现有医疗设施的实际情况，充分利用现有资源，因地制宜，选用适宜技术，采用快速有效的建设方式，在有限时间内完成。
鼓励优先采用装配式建造方式。新建工程项目宜采用整体式、模块化结构，特殊功能区域和连接部位可采用成品轻质板材，现场组接。
应急医疗设施设计应当遵照控制传染源、切断传染链、隔离易感人群的基本原则，满足传染病医院的医疗流程要求，按照生物安全原则，做到医患分区分流、洁污分区分流。
医患分区分流是指医患分区，分为清洁区、半清洁区、半污染区和污染区；相邻区域之间应设置相应的卫生通过间或缓冲间，严格划分医护人员与患者的交通流线。其中，清洁区是指医护生活区，医护人员开展医疗工作前后居住、停留的宿舍区域，包括换岗后的医护人员须在该区域隔离两周的临时居住区；半清洁区是指医护工作辅助区，包括医护会诊室、休息室、为患者服务的备餐间、医护开水间、医护集中更衣淋浴间、医护卫生间等用房；半污染区是指医护工作区，包括护士站、医生办公室、库房等，以及与负压病房相连的医护走廊；污染区是指诊疗区和病房区，包括接诊室、各类医技检查室、检验室、病区内护士站、处置室、负压病房、负压隔离病房、呼吸重症监护病房（RICU，Respiratory Intensive Care Unit）、病房缓冲间、病房卫生间、患者走廊、污物间、患者开水间等用房。
洁污分区分流是指清洁物流和污染物流分设专用路线，各种流线避免交叉。
应急医疗设施设计应严控院内交叉感染，严防环境污染，确保医疗机构安全、高效运行，做到生物安全、环境安全、结构安全、消防安全、质量可靠和经济合理。为医护人员提供安全可靠的工作环境，为患者提供安全便捷的就医环境。
有效组织气流是指严格控制空气按不同压力梯度由清洁区向半污染区及污染区单向流动。
利用信息化手段加强管控包括：利用信息化手段，开展医护人员对患者的隔离观察和与患者的有效沟通，保证生物安全；负压病房区域出入口设置门禁系统，实现对病患活动范围的有效管理；可利用5G信号全覆盖，为远程会诊提供可靠保障。
机电专业设施设备的安装位置和布线应当与建筑功能及结构布置相匹配，利于快速安装，保证医疗使用效果。机电管道穿越房间墙处应当采取密封措施。