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袁世凯的政治经验远比原革命党人和立宪派人要丰富得多。他虽被选为临时大总统，但深知自己的脚跟一时并没有真正站稳。他看清一个事实，经过辛亥革命这场大风暴冲刷后，中国的旧社会秩序已被冲乱，原来集结在清朝政府周围的旧社会势力已被打散，把他们重新在自己周围集结起来需要一个过程；他虽然拥有北洋六镇的重兵，但能直接控制的还只有直隶、河南、山东等几个省；原革命党人在中国南部还有相当大的实力，消除它需要做种种准备；对刚建立并取得民众认可的共和政体和种种制度，不能立刻不顾一切地加以废弃；在财政上也要取得外国借款的支持，一时还没有落实。这些，都需要有一段时间来准备。
袁世凯是口中说一套、心里想着另一套的能手。当他觉得自己还没有准备好的时候，可以说许多好听的空话让对方放心。一九一二年三月八日，他打电报给在南京的参议院，宣誓效忠共和，信誓旦旦地说：“民国建设造端，百凡待治。世凯深愿竭其能力，发扬共和之精神，涤荡专制之瑕秽，谨守宪法，依国民之愿望，蕲达国家于安全强固之域，俾五大民族，同臻乐利。”
十日，他在北京宣誓就职。《中华民国临时约法》规定政府采取责任内阁制。经参议院同意，袁世凯在十三日任命唐绍仪为第一任国务总理。四月二十九日，参议院移至北京开会。袁世凯又在第一天到会宣言。他在宣言中强调：“现值改革之后，亟当维持秩序，利用厚生，建设从稳健入手，措置以实事为归。”为了使西方列强放心，他在这篇宣言中又说：“以开诚布公巩固邦交为重。凡从前缔结之条约，均当切实遵守。其已缔约而未办之事，迅速举办。”
袁世凯的心中，其实从来没有相信过共和政体。他在宣誓中所说的那些话，不过是不得已情况下应付民众的权宜之计。在他看来，就职后最重要的是先将局面稳住，把一切大权集中到自己手里，并千方百计消除原革命党人的势力。
唐绍仪本来是袁世凯的心腹，长期追随袁，并在袁的提拔下一步步升任清末的奉天巡抚、邮传部尚书等职，辛亥革命起来后充当过南北和议的北方总代表。但他早年曾在香港读书，以后又在美国留学过七年，受到西方民主思想的一些影响。袁世凯要他出任国务总理，原是为了便于自己控制政府，但唐绍仪却真想实行起“责任内阁”来，同袁发生过多次争执。这自然是袁世凯不能容忍的。“一天，唐又到总统府报告一些问题，袁忽然很不耐烦地说：‘少川，我已经老了，你就来做总统吧！’唐听了大为吃惊，才明白袁的确对他存有芥蒂了。”
《临时约法》本来规定由国务院负政府的实际责任，总统发布法律、命令、公文需国务院副署才能有效。唐绍仪原曾征得袁的同意，准备任命王芝祥为直隶都督。六月十五日，袁把没有经过国务院副署的派王为南方宣慰使的命令公布出来，随后又任命他的嫡系大将冯国璋为直隶都督。唐绍仪明白了这是袁对他决裂的表示，只得留下辞呈，悄悄离开北京。唐内阁一共只存在三个多月。
唐绍仪的去职，不是一般的内阁人事变动，而是袁世凯做了临时大总统后第一次公然破坏《临时约法》，并且把责任内阁制破坏无遗的重大政治行动。但它在社会上没有引起多大反响，就是国民党人也采取了隐忍退让的态度。这使袁世凯更加胆壮，步步进逼地展开他独揽大权的活动。
解决了身边的问题后，在袁世凯看来，最重要的是要对付南方的国民党势力。其中最重要的是，当临时政府从南京北迁后，黄兴担任南京留守，直接统率着驻守南京的十几万军队。这在袁世凯看来，是有如芒刺在背的巨大威胁。这个威胁不解除，他就难以放开手脚独揽大权以致重新抛弃共和政体。
为了扫除这个障碍，袁世凯并不立刻采取强硬手段，而是使用釜底抽薪的巧妙做法，那就是对驻南京的十几万军队不拨军饷。军队发不出军饷是难以维持的。黄兴在两次致总理和财政总长告急电中先后陈述了他的窘境：
此间经济又已告罄，千方罗掘，敷衍至今，日来奇窘之状，几于不敢告人，不但各军积欠饷项无从发给，即目前伙食已无术支持，告急之声，不绝于耳，似此情形，一两日内，必有绝大险象。
前尚可借军钞救济，今则坐困穷城。此间军队伙食已数日不能发给，今日有数处竟日仅一粥。每日索饷者门为之塞，危险情形，日逼一日，加以急报密陈，日必数十至，哗溃之势，已渐发端。二日内倘再无款救宁，大乱立至。
江南是财富之区。为什么黄兴的军饷来源全待袁世凯政府拨给，坐困愁城，而不敢采取断然措施，自行就地筹措？原因在于他太天真太老实了，没有看透袁世凯要置革命党人于死地而后快，不但没有从中警醒而速谋应对之策，相反，还把袁看作代表“合法”的中央政府，让“统一”“遵守法纪”这些观念束缚住自己的手脚，从而处于任人宰割、束手待毙的状态。他在被迫卸任南京留守前后的通电中说得很明白：
今兹所请，非敢自图暇逸，实为国家制度计，统一政府既经成立，断不可于南京一隅，长留此特立之机关，以破国家统一之制，致令南北人士互相猜疑，外患内忧因以乘隙而起，甚非兴爱国之本心也。况整理南方军队之办法已略有端绪，但循此而行，则云屯雾集之军队，不难渐次消散，裁此机关，事实上并无窒碍，而少一机关之糜费，于国家财政尤不无微补。
窃以留守机关一日不取消，行政一日不能统一，即南北疑虑一日不能消除。
起义光复之人，断无拥兵自卫之举。嗣因北方言论猜疑环生，不审内容，每多臆测，以为南方存此特别机关，势同树敌。且北方来电，谓此次借款，外人亦注意南方军队。兴睹此情形，殊非国福。窃恐内讧叠起，外患丛生。又以宁垣军队整理已有端倪，地方秩序自赣军变后亦渐回复。不如将留守机关早日取消，可使南北猜疑尽泯，庶几行政统一，民国基础日趋巩固。故自去月十三日起，叠次电请大总统取消留守一职，至本月（引者注：指六月）四日始奉令允许。
明明已经看到“北方猜疑环生”，当袁世凯用“拥兵自卫”“势同树敌”这些话来指责南方时，黄兴却担心保留南京留守机关会引起“内讧叠起，外患丛生”，以为只有自请卸职、解散军队，才能显示诚意，使“南北猜疑尽泯”，达到“行政统一，民国基础日趋巩固”的结果。这不是自己往对方设下的圈套里钻吗？
在这种思想指导下，黄兴不仅撤销了南京留守府，而且将南京的十几万军队，除保留第八师，并将苏、浙、粤各省军队调回原省外，其他全行裁撤。据日本参谋本部的材料，在一片裁军声中，江苏在黄兴主持下裁得最多，一共减少了七个师。
其他南方各省也纷纷裁军。只有江西都督李烈钧坚持将所部编为两个师。同黄兴十分亲近的周震鳞回忆道：当时袁世凯“借口南方军队骤增，糜饷过巨，南北既已统一，国民希望和平，倡议裁兵。克强先生（引者注：即黄兴）当以既经让出政权，为了表示和平建设，也同意裁兵倡议，当即通令南方各省革命军队严加裁汰。各省多数革命同志，起初对此举是不愿意的；但是，克强先生坚持了他的意见，说是要想训练精兵，也必须先汰冗兵。各省同志一方面感到兵增饷绌，另方面恐怕加重人民负担，也就奉命执行了”
。湖南在已参加国民党的谭延闿主持下，甚至把全部军队尽行遣散。
尽管黄兴在主观上企图以裁遣军队来表示诚意，换取袁世凯的让步，结果适得其反。它只是加强了袁世凯的实力优势和野心，而使革命派的力量大大削弱。革命派之所以放下手上的武器，正是因为他们先已解除自己思想上的武装。当袁世凯一翻脸发动突然袭击时，他们就双手空空，陷入极大的混乱中。
可是，擅弄权术的袁世凯认为立刻翻脸的时机还没有成熟。为了采取那样的大动作，还需要再有一点准备的时间。他很懂得什么时候应该采取强硬措施，什么时候又应该把空气暂时缓和一下。
责任内阁制已被推倒，中央政府的大权集中在他一个人手里。南京留守府已经裁撤，南方的军队正被大批遣散。这两件事做到了，袁世凯的心放下了一大半。于是，他又作出姿态，在一九一二年八月邀请孙中山、黄兴北上，共商国是。孙中山到北京后停留了一个月，受到隆重欢迎，并同袁世凯会谈十三次。每次会谈，都有总统府秘书长梁士诒在座。谈话时间从下午四时到晚上十时或十二时，有三次谈到午夜二时。袁世凯在谈话时竭力迎合孙中山。梁士诒后来对他的秘书讲了一段经过：
一夕孙语袁，请袁练成陆军一百万，自任经营铁路，延长二十万里。袁微笑曰：“办路事君自有把握，若练精兵百万恐非易易耳。”某夕夜深，先生（引者注：指梁士诒）送回行馆，中山要先生叙谈，问曰：“我与项城（引者注：指袁世凯）谈话，所见略同。我之政见，彼亦多能领会。惟有一事我至今尚疑，君为我释之！”先生曰：“何也？”中山曰：“中国以农立国，倘不能于农民自身求彻底解决，则革新匪易。欲求解决农民自身问题，非耕者有其田不可。我说及此项政见时，意以为项城必反对。孰知彼不特不反对，且肯定以为事所当然，此我所不解也。”
袁世凯实在是个出色的演员。会谈后，又特授孙中山以筹划全国铁路全权，任黄兴督办汉粤川铁路。孙中山十分兴奋。他在北京时就一再表示：“现在政治之事，有袁大总统及一般国务员担任，鄙人从此即不厕身政界，专求在社会上作成一种事业。”“维持现状，我不如袁，规划将来，袁不如我。为中国目前计，此十年内，似仍宜以袁氏为总统，我专尽力于社会事业，十年以后，国民欲我出来服役，尚不为迟。”他答记者黄远庸问时，“（黄）问：究竟先生对于袁总统之批评何如？（孙）答：他是很有肩膀的，很喜欢办事的，民国现在很难得这么一个人。问：他的新知识、新思想恐怕不够么？答：他是很清楚的。像他向来没有到过外国的人，能够这么清楚，总算难得的。问：他有野心没有：答：那是没有的。他不承认共和则已，既已承认共和，若是一朝反悔，就将失信于天下，外国人也有不能答应的。”回到上海后，孙中山在国民党欢迎会上的演说又这样讲：“余在京与袁总统时相晤谈，讨论国家大政策，亦颇入于精微。故余信袁之为人，很有肩膀，其头脑亦甚清楚，见天下事均能明彻，而思想亦很新。不过，作事手腕稍涉于旧，盖办事本不能全采新法。”“欲治民国，非具新思想、旧经练旧手段者不可，而袁总统适足当之。”
他万万没有想到，当袁世凯以十分“真诚”的姿态同他商谈合作时，其实暗中正磨刀霍霍，在伺机狠下毒手。因此，在袁世凯突然翻脸下手时，国民党人几乎完全处于毫无戒备而张皇失措的状态。这真是沉痛的教训。
《临时约法》本来规定在参议院成立后十个月内应该举行国会选举。国会选举活动从一九一二年十二月上旬开始，到第二年三月基本结束。袁世凯只把国会看作点缀门面的装饰品，并不在乎，没有在这方面花多少力气。选举的结果，当选的参议院议员二百六十六人，众议院议员五百九十六人。据张玉法的统计：以党籍来说，参议院党籍可知者，国民党占全院百分之五十四点五，共和、民主、统一、进步党系只占全院百分之九点四；众议院党籍可知者，国民党占全院百分之六十点四，共和、民主、统一党系的占全院百分之二十点六，其他合占百分之一点七。以年龄来说，参议院有年龄可据者，平均年龄为三十六点八岁；众议院有年龄可据者，平均年龄为三十六点一岁。以学历来说，参议院有学历可查者，有传统功名的占百分之三十四点四，在国内受新式教育的占百分之二十八点一，在国外受新式教育的占百分之三十七点五；众议院有学历可查的，有传统功名的占百分之三十四点五，在国内受新式教育的占百分之二十二点四，在国外受新式教育的占百分之四十三点一。以经历来说，参议院中有经历可查的，官僚占百分之三十九点八，议员占百分之三十二点三，教员占百分之十五点五，自由职业者（记者、律师等）占百分之四点九，社会团体职员占百分之三点五；众议院中有经历可查的，官僚占百分之三十三点二，议员占百分之三十八点一，教员占百分之十八点五，自由职业者占百分之四点二，社会团体职员占百分之三，其他占百分之三。
总之，无论在参议院还是在众议院，国民党据有的议席都超过半数。一九一三年三月十九日，确定四月八日举行国会开会典礼。
国会将要担负制定宪法和选举正式大总统等任务。这使崇信西方政党政治的宋教仁十分兴奋。他深信：“世界上的民主国家，政治的权威是集中于国会的。”
以为中国政治从此将开始一个新纪元。他热烈期待的西方式议会政治理想仿佛离实现已经不远。可是，事实的回答太无情了。三月二十日，他准备从上海北上准备国会的召开。当他在黄兴等陪同下来到上海火车站时，突然遭到刺客向他连开三枪，两天后因伤重不治去世。不久，上海租界当局根据线索进行搜查时，搜获要犯应桂馨同内务部秘书洪述祖、国务总理赵秉钧的来往函电，直接涉及袁世凯，舆论为之大哗。
这件事对国民党人说来，有如晴天霹雳一样。正在日本考察铁路的孙中山顾不上再考察什么铁路了，立刻赶回国内。在血淋淋的事实面前，他抛弃了一度产生过的对袁世凯的浓厚幻想，看清已不可能依靠法律等手段来解决问题，于是召开军事会议，力主武力讨袁。但是黄兴等却反对，主张：“民国元气未复，仍不如以法律解决之为愈。证据确凿，俟国民大会发表后，可组织特别法庭，缺席裁判，何患效力不复生？”
汪精卫等也奔走南北，竭力谋求在妥协的基础上和平解决。至于已成为各省都督和国会议员的国民党人，由于对既得利益的恋栈，响应孙中山号令的更是寥若晨星。从辛亥革命到这时，时间刚过去一年。但是，革命的热情已普遍衰退，妥协的声浪成为主流。孙中山的战斗要求，不仅不能召唤他们再参加到战斗的行列中来，反而引来一片“孙大炮”的讥笑声。
广大下层群众，在辛亥革命后早已被革命党人撇在一边。同盟会改组为国民党后的党纲，对民众没有什么吸引力。在国民党担任都督的南方许多省内，民众同样不曾得到多少实际利益，有的倒是遭受残酷镇压和换汤不换药的各种苛捐杂税。在他们眼中，国民党和袁世凯之间的冲突，只是一群官僚政客与另一群官僚政客之间的争权夺利，跟他们并不相干，自然不可能再有多少热情起来给国民党以有力的支持。
值得注意的是，民族工商业者，特别是上海的新兴资产阶级，在辛亥革命时期曾积极投入反清的武装斗争，并以为民国成立是他们发展实业的大好机会。这时，他们生怕对袁世凯的反抗会破坏他们发展实业的这个大好机会，因而对孙中山提出的“二次革命”普遍抱着反对的态度。当时有人在报纸上透露他们这种心情：“商界何以反对南方兵事？盖兵事一起，商人之损失无限。此不独中国之商人然也，即外国商人亦甚望贸易之国处于平静之地位，安居乐业，勿复惊扰。且商业凋零，则人民均受其影响，故彼等之反对亦有不得已之苦衷。”
软弱的中国民族资产阶级不能产生自己的“狄克推多”，就祈求在袁世凯的庇护下，得以平静地发展自己的实业。当然，这种希望最后注定是要落空的。
“国民党仍然举棋不定，意气大非两年前可比，持重不敢轻发。社会人心对袁尚未完全绝望，认为他有经验能力，国民党迹近好乱，反袁为一党之私。”
一年多前曾经鼓动起全国规模的革命大风暴的革命党人，曾几何时，已处在分崩离析和完全孤立的境地。环顾四周，找不到多少支持和援救的力量。
袁世凯却不会讲什么仁慈。议员们还在国会中高谈阔论的时候，他却忙着调兵遣将。等到他准备好了，特别是四月二十七日不经国会讨论而同英、法、德、日、俄五国银行团签订以盐务收入等为担保的二千五百万英镑的善后大借款合同以及完成了南下的军事部署以后，他的脸就毫不留情地翻过来了，下令罢免江西、安徽、广东三省的国民党籍都督李烈钧、柏文蔚、胡汉民三人，并且嘲弄地说：
现在看透孙、黄，除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱。我受四万万人民付托之重，不能以四万万人之财产生命，听人捣乱！自信政治军事经验，外交信用，不下于人。若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让。彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之。
革命党人正陷于内部的争论中。但困兽犹斗，被袁世凯逼迫到这等地步，使一部分革命党人不得不起而反抗。七月十二日，李烈钧在江西湖口宣布独立，通电讨袁。十五日，黄兴入南京，就任江苏讨袁军总司令。安徽、广东、上海、福建、湖南、重庆等相继宣布独立。这就是历史上所说的“二次革命”。
“二次革命”只是昙花一现，前后不到两个月。在袁世凯的几路进军和对南方军人的暗中收买下，南方各省的独立和抵抗很快就烟消云散。这个失败，严格地讲，并没有经过大规模的战争，除江西、南京等地进行了短时间抵抗以外，大体上是在国民党内部自行瓦解中崩溃下去的。江苏、安徽、江西、广东的失败，首先都由于内部的叛变。至于湖南、福建两省的态度原来就不坚决，一直抱着首鼠两端的观望心理，不久就自己取消独立。湖南都督谭延闿在取消独立的通电中厚颜地说：“湖南宣布独立，水到渠成，延闿不任其咎；湖南取消独立，瓜熟蒂落，延闿不居其功。”
“二次革命”失败后，孙中山、黄兴等都遭到袁世凯政府的通缉，被迫和许多革命党人一起流亡日本。这些流亡者中思想十分混乱，有如《中华革命党成立通告》中所说：
以“宋案”、借款之故，促起二次革命；不幸精神溃散，相继败走，扶桑三岛，遂为亡命客集中之地矣。谈及将来事业，意见纷歧，或缄口不谈革命，或期革命以十年，种种灰心，互相诟谇，二十年来之革命精神与革命团体，几乎一蹶不振。
孙中山力图总结这次失败的教训。他认为问题在于：国民党抛弃了革命的宗旨；内部组织涣散，不能采取统一行动。鉴于前一点，他重新组织中华革命党，来代替国民党。鉴于后一点，他规定入党办法要盖指模，并宣誓服从孙中山。黄兴和另一些革命党人持有不同意见，特别对入党办法不满，没有参加中华革命党。中华革命党虽然成立了，但远处海外，人数不多，影响不大，难以有大的作为。但孙中山在极端困难的情况下，重新高举革命的大旗，不屈不挠地坚持斗争，这种精神是十分可贵的。
袁世凯挟一战胜利之势，又撤换了一批南方的都督（包括湖北都督黎元洪、湖南都督谭延闿等），以自己的部下取代；还有一批原国民党籍的都督（如山西都督阎锡山等）转而依附袁世凯。这以前，袁世凯虽控制中央，实际控制的地区只限于直隶、山东、河南等省。此时除了西南的云南、贵州、广西三省和远在西北的新疆以外，其他各省都落入袁世凯的直接控制之下，国内政治格局发生重大变化。
至于国民党员占优势的国会参众两院已成袁世凯掌中之物。那些国民党籍的议员，哪里还敢再妄想凭着“议会中的多数”来约束袁世凯的行动，只是一心恋栈自己的地位，甚至向袁世凯献媚。“京师总检察所因缄代理国民党理事长吴景濂，饬速削除黄兴、李烈钧、柏文蔚、陈其美等党籍，否则认为内乱机关。吴氏从命，始得无事。”
这时，袁世凯因为正式大总统需要由国会选出，可以披上一点“合法”的外衣，还让这个对他已无能为害的机构暂时再保存一点时间。十月六日，进行正式大总统的选举。这时，没有另一个人出来竞选总统，袁的当选已毫无问题，但他还不放心，又“派出几千名便衣军警、侦探、兵痞和流氓组成所谓公民团，在选举的这天，把国会包围得水泄不通，议员们只许进不许出，并且耀武扬威地大喊大叫：‘今天不选出我们中意的大总统，你们就休想出院！’”
。这样做，引起一部分议员的反感。选举会从上午八时起一直进行到晚上十时才结束，投了三次票，终于勉强选出袁世凯为正式大总统。第二天，又选出黎元洪为副总统。这两天内，日、俄、法、英、德、奥、意等国相继发出照会承认中华民国，表明他们对袁世凯的支持。
袁世凯一当上正式大总统，国会对他已没有什么用了。不到一个月，他就在十一月四日下令解散国民党，派军警包围国会参众两院，并到国民党议员家里，追缴他们的议员证书、徽章，两天合计四百三十八件。这样，国会因不足法定人数而无法开会。第二年一月十日，袁世凯正式下令解散国会，把这个形式上号称代表民意的立法机关用非法手段取消了。
当年的革命党人满心以为只要实行了西方民主议会政治、政党内阁那套政治制度，中国的问题就可以得到解决。可是，那些说起来很动听的东西，在西方国家也许取得过一些成效，如果不顾中国国情，硬搬到中国社会中来，却全然变样。一开始，普选徒具形式，而且弊端丛生；多党制成了拉帮结派，党同伐异；国民党在国会竞选中取得了多数席位，对国民的实际利益却一无所补。等到袁世凯代表的旧势力做好了准备，猛扑过来，就连那点形式上的东西也毫不费力地被抛到九霄云外。种瓜得豆，这真是创业者始料所不及的。