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汉代人的书序不像我们今天放在书的开头而是放在书尾，《太史公自序》亦不例外。本书为了便于今人阅读，按照今日的习惯把这一篇的节选放在了开篇。序中不但叙述了司马氏的家传，还阐述了《史记》的编纂旨趣。关于后者，读者可参见本书导读的介绍，这里仅选录了司马氏的家传。
家传在简短概述了司马氏的渊源变迁之后，司马迁记述了自幼萌生之继承家学父业的朴素动机。年轻时，他在周游祖国大地、接受儒学教育、聆听父亲遗嘱之后，立下继周公、孔子遗绪，总结天下兴衰沿革的大志，以及成为史官之后开始撰写通史，即便在遭受人生巨大挫折之后仍然矢志不渝、最终完成《史记》的经历。从中我们可以看到，汉代之所以能够成为创造灿烂文化的伟大时代，其中一个重要原因就是当时有着像司马迁那样气魄恢宏的历史创造者。
司马氏世典周史。惠、襄之间，司马氏去周适晋。晋中军随会奔秦，而司马氏入少梁 [1] 。自司马氏去周适晋，分散，或在卫，或在赵，或在秦。汉之伐楚，卬（ánɡ）归汉，以其地为河内郡。昌生无泽，无泽为汉市长。无泽生喜，喜为五大夫，卒，皆葬高门。喜生谈，谈为太史公 [2] 。太史公既掌天官，不治民。有子曰迁。
[1] 少梁：国名。春秋的梁国，至战国为魏邑。今陕西韩城。
[2] 太史公：即指太史令。
司马氏世代掌管周王室的时事、史料记录。周惠王和周襄王时，司马氏离开周迁移至晋。晋的中军（官名）随会出奔秦时，司马氏也移居少梁。自司马氏离开周至晋，族人分散，有的在卫，有的在赵，有的在秦。汉王攻伐楚王时，司马卬归属于汉，其领地在河内郡。司马昌生司马无泽，司马无泽为国都长安的市长（管理市场的长官）。司马无泽生司马喜，司马喜为五大夫，他们死后都葬于高门。司马喜生司马谈，司马谈做了太史公。太史公负责掌管天文，不参与民事。他有一个儿子，取名为迁。
迁生龙门，耕牧河山之阳。年十岁则诵古文。二十而南游江、淮，上会稽，探禹穴 [1] ，窥九疑 [2] ，浮于沅、湘；北涉汶、泗，讲业齐、鲁之都，观孔子之遗风，乡射邹、峄；厄困鄱、薛、彭城，过梁、楚以归。于是迁仕为郎中 [3] ，奉使西征巴、蜀以南，南略邛、笮、昆明，还报命。
[1] 禹穴：会稽山上的一个洞穴，相传禹曾进入此穴。
[2] 九疑：山名。在今湖南省东南部，相传舜巡狩至此而死，葬于此。
[3] 郎中：皇帝的侍从吏员，上属郎中令。
司马迁出生于龙门（今陕西韩城），曾在龙门山南耕作、放牧。十岁就诵读古文经书，二十岁南下游历长江、淮河一带，登会稽山探访过禹穴，造访九疑山（今九嶷山），乘船行于沅水和湘水（湖南的两条河）；北上渡汶水（在山东）、泗水（在江苏），在齐、鲁之都游学，领略孔子遗风，还到邹、峄参加了乡射之礼，途经鄱（今山东境内）、薛（同上）、彭城时遭遇困境，最后经由梁、楚返回。此后司马迁做了郎中。他曾奉命远征出使巴、蜀以南，攻略邛都、笮、昆明（西南夷）等地，之后回朝复命。
是岁天子始建汉家之封 [1] ，而太史公留滞周南，不得与从事，故发愤且卒。而子迁适使反，见父于河雒之间。太史公执迁手而泣曰：『余先周室之太史也。自上世尝显功名于虞、夏，典天官事。后世中衰，绝于予乎？汝复为太史，则续吾祖矣。今天子接千岁之统，封泰山，而余不得从行，是命也夫，命也夫！余死，汝必为太史；为太史，无忘吾所欲论著矣。且夫孝始于事亲，中于事君，终于立身。扬名于后世，以显父母，此孝之大者。夫天下称诵周公，言其能论歌文、武之德，宣周、邵之风，达太王王季之思虑，爰及公刘，以尊后稷也。幽、厉之后，王道缺，礼乐衰，孔子修旧起废，论《诗》、《书》，作《春秋》，则学者至今则之。自获麟 [2] 以来四百有余岁，而诸侯相兼，史记 [3] 放绝。今汉兴，海内一统，明主贤君忠臣死义之士，余为太史而弗论载，废天下之史文，余甚惧焉，汝其念哉！』迁俯首流涕曰：『小子不敏，请悉论先人所次 [4] 旧闻，弗敢阙。』
[1] 封：帝王筑坛祭祀天地及四方山岳之神。
[2] 获麟：指春秋鲁哀公十四年（前四百八十一年）猎获麒麟之事。相传孔子作《春秋》至此搁笔。四百有余岁只是个概数，获麟至元封元年，实际为三百七十二年。
[3] 史记：泛指历史记录。
[4] 次：编排，排列。
这一年（元封元年，前一一〇年），天子首次于泰山举行汉朝的封禅之礼。然而，太史公却没有随同，而留在了周南（雒阳，今河南洛阳），未能参加封禅之事。因此他含恨将死，而正好他儿子司马迁出使回来，在洛阳拜见了父亲。太史公拉着儿子的手落泪说：“我们的祖先是周王室的太史。更早的祖先在虞、夏时代就有过显赫的功名，掌管天文。后世中衰，到我这里难道要完结了吗？如你也能当上太史令，就继承我们祖先的事业。当今天子上接千年皇统，在泰山举行封禅之礼，可我却不得随行，这也是命吧，是命吧！我死后，想必你也会做太史；你一旦做了太史，不得忘记我所要阐发的论议和著述。而且，孝道始于侍奉父母，中间是侍奉国君，最终在于立身。能够以扬名于后世来彰显父母，这才是最大的孝道。天下人赞扬周公，就因为他能够歌颂文王、武王的功德，宣扬周、邵（《诗经》之《周南》、《召南》）的讽诵，传达太王、王季的思虑，言及公刘（后稷之曾孙），推崇后稷（周之始祖）。幽王、厉王以后，王道残缺，礼崩乐坏，孔子整修旧制，振兴废礼，论定《诗》、《书》，撰述《春秋》，学者至今还能视其为行为的准则。而自获麟以来四百多年了，其间诸侯相互兼并，史官记载也被废弃了。当今汉朝兴起，海内统一，明主、贤君、忠臣、义士很多，我身为太史，未能对他们论述记载，断绝了天下的历史文献，对此我甚是惶恐，你一定要实现这一愿望！”司马迁垂首流泪说：“儿虽不才，但一定要把您所整理的资料予以阐发，不敢有所缺失。”
[1] ：即“籀”字。语见《说文》：“籀，读书也。”
[2] 朔旦：初一。
[3] 明堂：古代帝王宣明政教的殿堂。
太史公去世三年后，司马迁做了太史令，开始阅读史官的记录以及石室、金匮（国家图书馆）的藏书。五年后，正当太初元年（前一〇四年），这一年十一月甲子日既是初一，又是冬至，首次改订天历（采用了太初历，即夏代所用的夏历），在明堂举行改历仪式，让诸神接受新纪元。
太史公 [1] 曰：『先人有言：「自周公卒五百岁而有孔子。孔子卒后至于今五百岁，有能绍 [2] 明世，正《易传》，继《春秋》，本《诗》、《书》、《礼》、《乐》之际？」意在斯乎！意在斯乎！小子何敢让焉。』
[1] 太史公：指司马迁。由于《太史公自序》本由司马谈所作，后经司马迁修改而成，故“太史公”或指司马谈，或指司马迁。
[2] 绍：接续，继承。
太史公（指司马迁）说：“父亲曾说过：‘周公死后五百年出了孔子，孔子死后至今又有五百年了，该有能继承清明之世，订正《易传》，续写《春秋》，追溯《诗》、《书》、《礼》、《乐》关系的人了吧？’家父的愿望正在于此吧！正在于此吧！我怎敢对此推让呢？”
于是论次 [1] 其文。七年而太史公遭李陵之祸，幽于缧绁（léi xiè） [2] 。乃喟然而叹曰：『是余之罪也夫！是余之罪也夫！身毁不用矣。』退而深惟曰：『夫《诗》《书》隐约者，欲遂其志之思也。昔西伯拘羑（yǒu）里，演《周易》；孔子厄陈、蔡，作《春秋》；屈原放逐，著《离骚》；左丘失明，厥有《国语》；孙子膑脚，而论兵法；不韦迁蜀，世传《吕览》；韩非囚秦，《说难》、《孤愤》；《诗》三百篇，大抵贤圣发愤之所为作也。此人皆意有所郁结，不得通其道也，故述往事，思来者 [3] 。』于是卒述陶唐以来，至于麟止，自黄帝始。
[1] 论次：论定，编排。
[2] 缧绁：捆绑犯人的绳索。引申为牢狱。
[3] 来者：今后，未来。
于是论定编次该文（即《太史公书》，亦即《史记》）。过了七年，太史公遭受李陵之祸（因对远征匈奴被俘的李陵有所辩护而受宫刑），被关进牢狱。于是慨然而叹说：“这是我的罪过吧！这是我的罪过吧！我的身体已毁，没有用了！”退而深思说：“《诗》、《书》之所以言简意深，想要表达的是作者的志向。昔日西伯（周文王）被囚禁在羑里，而推演了《周易》；孔子在陈国、蔡国陷入困苦，而作《春秋》；屈原被流放而著《离骚》；左丘氏双目失明，乃有《国语》；孙膑腿受膑刑，而论定《兵法》；吕不韦流放蜀地，《吕览》世代相传；韩非被囚禁于秦国，写下《说难》、《孤愤》；《诗经》三百篇，大部分都是贤人、圣人的激愤之作。这些人都是心愿有所郁积，而得不到抒发，所以才著述往事，想望未来。”于是著述了上起陶唐（尧的国号），下至麟止（汉武帝在雍地猎获白麟，以金铸造麟趾〈止〉。司马迁效法《春秋》也搁笔于“获麟”）的历史，而第一篇则是从黄帝写起的。
“此人皆意有所郁结，不得通其道也，故述往事，思来者。”
人的一生总会遇到这样那样的挫折，历史上的伟人亦无例外：周文王被囚禁而推演了《周易》，孔子周游各国困苦重重而作《春秋》，屈原被流放而著《离骚》，左丘氏双目失明乃作《国语》，孙膑腿受膑刑而论定《兵法》，吕不韦虽流放蜀地而《吕览》世代相传，韩非被囚禁于秦国写下《说难》、《孤愤》。司马迁在遭受人生巨大打击之后也曾郁闷，但他没有放弃史家的使命，反而以历代贤人、圣人的愤写之作自励，著述往事，想望未来。最终，将一己私念融入民族繁衍的长河，著述了有“千古绝唱”之称的《史记》！