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关于科摩罗的早期历史，因为缺乏史料，无法确切考证。第一批到达群岛的可能是植物采集者、猎人或动物饲养者。群岛上曾发现尖锐的岩石薄片工具以及燃烧痕迹，但缺乏更为充分的人类活动考古学证据支持。自20世纪80年代以来，随着考古学、语言学、遗传学等学科的发展，有关科摩罗早期历史的研究取得了重要突破。联合国教科文组织编著的《非洲通史》、中国学者许永璋编著的《非洲五十四国简史》、美国学者Wynne-Jones和LaViolette编著的《斯瓦希里世界》（ The Swahili World ）等相关著述，认为科摩罗群岛的早期居民包括阿拉伯人、古代马达加斯加人、东非人和东南亚人。
早在公元纪年前，阿拉伯人就长期在东非沿海和印度洋地区经商，公元初年成书的《古红海环航记》（ The Periplus of the Erythraean Sea ）记载了阿拉伯人在印度洋的贸易活动。公元2世纪，希腊地理学家克罗狄斯·托勒密（Claudius Ptolemaeus）在《地理学指南》（ Guide to Geographia ）中记录了阿拉伯人在印度洋上的贸易路线。自公元初年起，阿拉伯人开始与马达加斯加西北部的萨卡拉瓦人进行贸易，将科摩罗群岛作为贸易中转站，并陆续移居岛上。
马达加斯加岛在地理上毗邻科摩罗群岛，古代马达加斯加人以及迁往马达加斯加的古代印度尼西亚人，很可能途经科摩罗群岛并留居此地。据考古研究发现，昂儒昂岛的瓦尼至今保留着传统类型的陶器，尤其是饭锅的形状和装饰风格与马达加斯加的同类器物十分相似；昂儒昂人和一些马达加斯加人禁止捕捞鳗鱼的做法非常相似，马达加斯加对鳗鱼的命名与昂儒昂岛一样，均由印度尼西亚语的词汇派生而来。20世纪80年代，在昂儒昂岛的考古遗址中发掘了一批年代约为公元5～6世纪的陶器碎片，其中发现一种被称作马吉卡沃（Majikavo）的当地陶器，饰以贝壳形的花纹，与马达加斯加北部诸遗址所发现的陶器有某种相似之处。
在科摩罗群岛登伯尼时期（Dembeni Phase）的遗址中，曾发掘出一种当地生产的颇具特色的红黑色陶器，与同时期基尔瓦和曼达较深的地层中所发现的陶器类似。大科摩罗岛曾发掘出具有东非特征的墓葬，墓主是一个尸骸保存完整的成年人，具有东非人的身体特征，并按东非风俗切掉门牙，头朝南埋葬。据此推断，群岛的早期定居者有东非沿海民族。这与大科摩罗岛关于祖先来自非洲大陆的传说大致吻合。民间流传，在大科摩罗岛最南端的曼伯尼（Membeni）海滩曾出现说班图语的自称森林人（Wanyika）的居住者。据大科摩罗岛的赛义德·巴卡里（Said Bakari）于1897年编写的《大科摩罗岛编年史》记载，第一批居民从肯尼亚海岸姆里马（Mrima）来到大科摩罗岛，建造了村庄。从语言学角度来看，大部分科摩罗人讲的班图语，与肯尼亚北部海岸和东非海岸的斯瓦希里语密切相关。从遗传学角度来看，现代科摩罗人遗传基因主要来自非洲人类，但因缺乏DNA研究证据，尚无法揭示科摩罗人种发生变化的具体时间。
东非海岸和岛屿出土的古生物显示，公元7～8世纪东非海岸和近岸岛屿农作物主要是非洲作物，如高粱和珍珠粟，以及少量亚洲作物水稻和中东作物小麦。科摩罗农作物主要是亚洲作物，如水稻、绿豆和棉花，非洲作物则较为少见。这些亚洲作物的起源地为东南亚，由此推断公元8世纪之前已有东南亚人移居科摩罗。马达加斯加的主要种植作物同样是亚洲作物，最早种植时间约为公元10世纪。上文提到的登伯尼时期一种以贝壳形花纹装饰的陶器，与当时非洲东海岸通常生产的以三角形图案装饰的陶器不同，而与东南亚部分岛屿生产的陶器风格大致相同，这项考古学证据也支持古代东南亚人曾移居科摩罗的观点。但从语言学角度来看，未发现科摩罗语言与古代东南亚语言存在相似之处，很可能东南亚人在科摩罗定居后，语言被非洲班图语逐渐取代。
在此后更晚的时期，随着印度洋区域贸易的兴盛以及穆斯林势力的扩张，以阿拉伯人为主，设拉子人、班图人、东非沿海斯瓦希里各民族，以及欧洲葡萄牙人、法国人等陆续来到科摩罗，通过通婚等形式逐渐融合，形成了科摩罗民族的主体。
关于科摩罗群岛政权最早出现地目前尚无定论。根据当地传说，它很可能是在昂儒昂岛。较之其他三岛，昂儒昂岛的水源更为充足，更适宜农业耕作和人类居住，在地理位置上也居于四个岛屿的中心。
目前已知最早的古代政权首领为贝贾（Beja）和法尼（Fani）。由于缺乏考古学、语言学和历史学研究资料，人们对于贝贾的了解甚少，贝贾和法尼的统治时期在具体年代上也较难区分。贝贾在9世纪时可能已经出现，根据岛上口头传说，“设拉子人掌握植物学、医学和制药方面的知识，可以避免疾病的危害，人口迅速增长，后来向更远的地方扩散，并选出了首领，称为贝贾”。贝贾可能是指最早的设拉子首领。一些苏丹国也发现了这一名称，如Fabedja。法尼在11世纪已经出现，是设拉子人的首领，也是伊斯兰部落酋长，建造了岛上最早的清真寺。自12世纪以来，法尼的影响力日益扩大，在此后的三个世纪内逐渐超越并取代了贝贾。受东非习俗的影响，男性或女性都可担任这些政权的首领。
关于群岛的社会形态，学界对公元8～10世纪登伯尼时期有较为明确的认知。登伯尼位于马约特岛，在科摩罗群岛的考古发掘中，考古学家发现该地区的居住点遗址非常具有代表性。考古学家亨利·怀特（Henry Wright）将这一时期命名为登伯尼时期。这些居住点分布在四个岛屿上：大科摩罗岛包括曼伯尼、纳玛维（Gnamawi）、巴昔尔（M’Bachile）三处，莫埃利岛有莫德瓦（Mro Dewa）一处，昂儒昂岛包括锡马（Sima）、多莫尼（Domoni）两处，马约特岛有登伯尼（Dembeni）和孔戈（Kongo）两处。其中，巴昔尔遗址靠近大科摩罗岛西海岸的一处海湾，锡马遗址位于昂儒昂岛南岸海拔50～100米的山脊上，附近有永久淡水水源，登伯尼遗址位于马约特岛东岸海拔60米的山脊上，能俯瞰该岛最大的淡水河源头，三处遗址都已出现做工精致的饮食器皿和进口陶器，说明对外贸易活动较为活跃。在这一时期，每个岛屿至少有一个占地3～5公顷的大型村庄，每个村庄可容纳500人以内。考古发掘发现，该时期的社会等级观念较为薄弱，贫富差异不明显。居民大量种植水稻，也种植一些其他谷物及棉花、椰子、竹子，基本可以实现自给自足。同时发现当时的居民已掌握捕鱼技术，能够驾驶独木舟，使用渔网、渔线、长矛等工具在近海和湖泊捕获鱼类、海龟和贝类，也捕猎马岛猬，饲养山羊、鸡、牛等家畜。掌握了冶炼技术和木材加工技术，能够生产贝珠等手工艺品。出现了纺锤和简单的服装制造业。普遍使用从马达加斯加进口的皂石煮食锅。这一时期还出现了一种新的中东陶器，即彩色刻花陶器，马吉卡沃陶器采用一种更加简单的花纹，被称为汉荣德罗。
11～14世纪，群岛的部分居住点发生转移，小村庄开始聚集在城镇周围，并出现了一定程度的社会等级。每个岛屿的人口均超过1000人，随着人口的增长，农业生产的规模日益扩大。这一时期的陶器生产量较大，同时使用珊瑚灰等原材料烧制水泥和灰泥。各岛的陶器在造型上极为相似，表明各岛相互之间的联系频繁。13世纪后，登伯尼开始衰落，逐渐被同岛的钦贡尼（Tsingoni）取代。13～14世纪，大科摩罗岛的居住点开始向东海岸转移，内陆居住点依然较多，考古发现大量坟墓和石头建筑遗址。11～13世纪，昂儒昂岛的锡马和多莫尼已经出现城镇，这些城镇的占地约8公顷，另外还有两个占地约3～4公顷的大村庄和两个占地约0.3公顷的小村庄，各定居点较为分散。至14～15世纪，定居点数量增加到10个，最大的定居点仍然在锡马和多莫尼，面积已扩展到11公顷。锡马和多莫尼以古代清真寺闻名，考古发掘发现了11～12世纪科摩罗群岛采用石头建造的清真寺遗址，还发掘了另外五座13世纪的清真寺，其中一座清真寺位于莫罗尼，经修缮后至今仍在使用。这些清真寺与非洲东海岸的清真寺在整体设计和细节上较为相似。目前，莫埃利岛的居住点还未发现15世纪之前建造的清真寺和建筑物遗址。
科摩罗地处印度洋多条贸易通道的交会点，一直是重要的中转站和补给站，对外贸易成为其社会经济发展的重要组成部分。古代科摩罗群岛主要有三个贸易港口，均建有石头建筑，占地5～15公顷不等。登伯尼港口规模最大，主要在9～13世纪使用，占地约14公顷，建有防风设施；古锡马港口在9～16世纪使用，建有防风设施；莫德瓦港口在9～15世纪使用，港口的条件一般，未建防风设施。科摩罗群岛很早便参与印度洋地区的多边贸易，主要与撒那威、索哈尔、基尔瓦、曼达、沙加等城市进行贸易活动。在东非斯瓦希里文明兴盛期，东非沿海特别是来自基尔瓦的船只，频繁与科摩罗和马达加斯加交易，主要商品包括东方的陶器、中东的（不透明的涂锡的）陶器，以及玻璃器皿和其他奢侈品。科摩罗群岛的进口商品主要包括来自近东和南亚的碗、罐，中国的陶瓷；同时向印度和中东出口铁、树木、树胶、海贝和海龟。科摩罗人与马达加斯加人到索法拉海岸寻找黄金和奴隶，从马达加斯加转运绿泥石片岩、黄金、大块水晶，销往埃及、波斯等地，用于制造奢侈品。1154年，阿拉伯地理学家艾德里西（Al-Idrisi）在地图上标注了科摩罗群岛的位置，地图所附的文字描述了科摩罗群岛与印度尼西亚东部的贸易活动。15世纪，著名的阿拉伯海员伊本·马吉德（Ibn Majid）绘制了科摩罗和东非沿海港口蒙巴萨、桑给巴尔、基尔瓦之间的航线。到16世纪，科摩罗群岛已经成为区域贸易的中心，向东非和中东的港口出口大米、龙涎香、香料和奴隶，以换取鸦片、棉布和其他物品。
公元7世纪初，伊斯兰教在阿拉伯半岛开始兴起，随后传入科摩罗。根据科摩罗当地的传说，632年，大科摩罗岛居民派遣了一位名为Mtswa-Mwindza（或Said Muhammad）的使者到圣地麦加朝见先知穆罕默德，使者回来后即带领同胞开始信仰伊斯兰教。在大科摩罗岛北部的一处渔村遗址发现了伊斯兰墓葬。从墓葬的时间推算，科摩罗人在登伯尼时期已经开始信仰伊斯兰教。
伊斯兰教在科摩罗的传播主要有两个因素：一是政治因素，随着非洲大陆阿拉伯封建政权的更迭，阿拉伯王室为逃避迫害，前后几次大规模迁入科摩罗群岛，建立新的政权，带来大量穆斯林人口；二是贸易因素，由于东非沿海商业据点的兴起以及斯瓦希里航海术的广泛传播，穆斯林经常成群结队自东海岸来到科摩罗群岛和马达加斯加设立商贸据点，开始在群岛传播伊斯兰教。随着穆斯林统治地位的确立，15世纪群岛最终完成伊斯兰化。
公元615～617年，因古莱什人对穆斯林迫害日益加剧，先知穆罕默德允许其追随者迁到阿比西尼亚（今埃塞俄比亚），科摩罗群岛上开始出现穆斯林。公元660年，为逃避部族间因争夺哈里发继承权引起的战祸，许多阿拉伯人移居到非洲东北沿海地区和印度洋诸岛，其中一部分来到科摩罗。公元975年，穆斯林波斯设拉子（起源于伊朗设拉子市）地方的王子哈桑·伊本·阿里带领全家人分乘7艘大船从波斯南部出发，来到东非海岸，以基尔瓦为中心，建立了强大的僧祗帝国，在昂儒昂岛上建立了居民点。约40年后，由于内部争斗，阿里的一些后代移居马约特岛。公元13世纪前后，波斯湾设拉子人和红海地区的阿拉伯人大批移居科摩罗。13世纪末，基尔瓦王朝发生政变，希拉齐王子流亡大科摩罗岛。15世纪逊尼派穆斯林在昂儒昂岛和马达加斯加岛建立新的设拉子定居点，建立起真正意义上的苏丹国。新到来的逊尼派势力与当地政权首领的女儿朱姆贝（Jumbe）通婚，开启了以“卡迪”（Qadi，教法执行官）、“纳伊布”（Naib，村庄法官）和“马吉里斯”（Madjelisse，法理学家团体）为主的新司法体制，与此前移居岛上的什叶派、扎伊德派、伊巴迪派穆斯林势力形成竞争关系。