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从汉末至南北朝的数百年间，是中国历史上动荡的一段时期，政权更替不断，天下大乱，民不聊生。佛教理论对人生苦难从本体论到认识论进行了阐释，禅学引导人们通过对内心调御、对有限的生命本体和精神层面的追求，受到多数民众的追捧，这为佛教的传播与发展提供了良好机缘。而且东晋南北朝的帝王将相多数崇信佛教，北方有前秦苻坚、后秦姚兴、后赵石虎、石勒等，南方有齐竟陵王萧子良、梁武帝萧衍等，他们建寺度僧、礼佛修禅、讲经说法、设斋供僧；“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”正是这一时期的真实写照。《法苑珠林》记载当时梁朝有寺院二千八百四十六所，僧尼八万二千七百人，可谓盛况空前。从北到南，整个社会刮起了一股佛化之风。关中、洛阳是来华传译佛经僧人的集结地，又是战乱的中心，佛教僧人随逃难的人群游走各地，遂将佛法传播于大江南北。在南方，航海而来的印度僧人经由越南、柬埔寨至广州、交州等地，随着佛教的大力传播，现实社会状况的不断变化也在改变着人们对佛教追求的取向。随缘适意成了佛教生存发展的要素，道安、慧远、僧肇等高僧为因应当机，开始思索将印度佛教与中国传统文化相融合，将佛教与老庄玄学及儒家心性学融会贯通，在佛教不断中国化的同时，出现了南方佛教重玄理意思、北方佛教重实践修持的新格局。
另外，深受梁武帝器重的宝志禅师与傅大士彼此唱和，宝志禅师首倡“即心即佛，一切无非佛事，何须摄念坐禅”（《景德传灯录》卷十九）的新说。傅大士“以虚怀为本，不著为宗”的禅观，极力推崇般若学的离言扫相和涅槃学的自心佛性论，这些殊胜因缘为菩提达摩祖师来华传播如来禅创造了良好条件。
梁普通七年（526）菩提达摩祖师航海至广州，刺史萧昂备礼接待，优遇有加。菩提达摩（？～536）原名菩提多罗，南天竺国香至王三子，为刹帝利种姓。依印度禅宗二十七祖般若多罗出家，法名达摩，有“通达”之义。从师受禅法为印度禅宗二十八祖，遵师父遗命，在师父圆寂后先于南天竺行化六十余年，始东来弘化。经刺史萧昂奏请，次年梁武帝便遣使迎请菩提达摩至金陵。经过与武帝“金陵对话”，达摩祖师明白机缘不契，于是一苇渡江来到北魏境内的嵩山少林寺西北五乳峰下面壁而坐，终日默然不语，人谓“壁观婆罗门”。距嵩山少林寺数里之遥的“达摩洞”传说就是当年达摩面壁九年静坐的所在。直到二祖慧可前来求法，并以“立雪断臂”以示求法的决心，达摩祖师心里明白可以付法的匠材终于出现了。二人在一番关于“安心”的精彩对话后，慧可大师于言下顿然省悟。慧可大师要求安的心，当然不是我们常人所认知的这颗“肉团心”，他是人人本具，可以觉悟成佛的真如自性、在圣不增在凡不减的涅槃佛性，虽昼夜奔波不停，却不知究竟落在何处。达摩祖师的索心、慧可法师的觅心了不可得，终于明白妄退真现就是安住当下、不起染着的寂然三昧。于是，达摩祖师便把历代祖师单传直指的“正法眼藏”付于慧可法师，以四卷《楞伽经》、一领袈裟为传法信物，并咐嘱传法偈：“吾本来兹土，传法度迷情。一花开五叶，结果自然成。”这首偈语等于是对禅宗在中土的传承发展做了前瞻性的预言。在达摩祖师来中土传播禅法以前或同时期，中土从事禅经翻译、修持禅业、传授禅法的著名僧人已有70余人，所以说达摩祖师最初并没有引起人们的重视。直到达摩祖师顺应中国佛教禅学发展的趋势，在禅学理论上继竺道生会通般若实相与涅槃佛性以后，又融会了般若实相的心性本净说与禅法相结合。这一时期，中国禅学的特点是注重义理辨析与讲解的形式化，随着魏晋玄学和般若学的影响，融实相与心性为一体的般若禅正逐步破除禅修的形式化。从道安、慧远到竺道生，禅修已经从注重外在的形式转向内心的体悟，强调即心即佛。但是对如何契入“直指人心，见性成佛”的禅趣却产生了困惑与疑虑。此时达摩祖师的“二入四行”安心禅法等于是给他们注入了一股清新剂，达摩祖师一改传统的禅修方法，崇尚虚宗而不着言相，重视实践而不重形式，提倡坐禅的同时更强调在禅行中自证本心，契悟实相，重心不再放在身姿呼吸的调控当中。这种简便易行的如来禅修持方法，加快了禅朝向中国化转变的脚步。
达摩祖师的禅法对中国禅的影响是多方面的，其“籍教悟宗”虽不废言教，却有着抬高“悟宗”的倾向，对“宗”与“教”的界定开启了后世“宗门”与“教下”之分的先河，也为日后禅宗强调“以心传心、不立文字”的“教外别传”提供了理论依据。其“二入”（理入、行入）是般若空相和佛性实有的结合，将《般若》破相离执与《楞伽》心性本净作为禅法的理论基础，既强调依“凡圣同一真性”而修，又强调要“不随于言教”，随缘而行，行而无所行。这种对空、有理论的诠释成为达摩祖师如来禅法乃至整个中国禅宗的立宗根本。
禅宗是佛教文化在中国影响最大的一个派别。禅宗祖庭是今天的河南嵩山少林寺，始于菩提达摩，下传弟子慧可、僧璨、道信、弘忍，而到了五祖弘忍后分为南宗慧能、北宗神秀，时称南能北秀。关于南能北秀，在佛教中有一个流传深远的故事。当年五祖弘忍在湖北的黄梅东山寺弘法，坐下弟子五百余人，可谓人才济济。诸多弟子中尤以大师兄神秀最为出众，弘忍也表示过，自己弟子众多，但无一人能超越神秀的见性。神秀也被大家一致认为将会继承五祖弘忍的衣钵。一日，弘忍把大众召集到一起，说：“生死事大，无常迅速。我已经老了，当选一名接法人，以确保祖师的法脉不断。佛法不可思议，贵在实证，你们千万不要以为记住了我所说的法语，就算了事。你们各自根据自己的修行体会，写一首偈子给我看看，如果有人契悟了佛意，我就把法衣传付给他，立他为六祖。”神秀经过一番冥想之后，作了一首偈子写在寺院的墙壁上：“身是菩提树，心是明镜台。时时勤拂拭，勿使惹尘埃。”此偈一出，全寺竞相传告，五祖弘忍也对神秀的这种思想表示认同。而在围观的人群中，却有一人对此不以为然。此人名慧能，是厨房的一名火头僧，自幼家贫，故也不会识字，但此人却对神秀所作的偈子表示不以为然，并随口另作一偈，请一位弟子代笔也写在墙上：“菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃。”偈子一出，弘忍大惊，但却表现得不动声色，伸手把偈子抹掉，说了一句“尚未见性”，并用拄杖在慧能的头上敲了三下。慧能领悟过来，当夜三更，偷偷到了弘忍的居所，弘忍为其讲解《金刚经》的精髓，慧能听到“应无所住而生其心”时，顿时彻悟。弘忍便将衣钵传予慧能。
慧能继承五祖弘忍的衣钵，成为禅宗的六祖，回到家乡岭南弘扬佛法，一日适见风吹幡动，一僧曰风动，一僧曰幡动，争论不下，慧能对曰：“不是风动，亦非幡动，仁者心动。”而神秀则得到了武则天与唐中宗的赏识，继续在北方传法。其实从二人所作的两首偈子不难看出二人思想的区别，神秀主张渐悟，即以循序渐进的方式指导弟子令其开悟，但不久即衰落下来，而慧能主张顿悟，即不分阶段、顿速觉悟的修行方式，在中唐以后渐兴，成为禅宗主流，高速发展之后，禅宗进入开枝散叶的发展时期。
禅宗的发展时期主要集中在南方地区，其中尤其以江西最为出众。禅宗开枝散叶发展为五家七宗，分别是沩仰宗、临济宗、曹洞宗、云门宗、法眼宗，其中临济宗下又发展出黄龙派和杨岐派，共称五家七宗。唐宋年间，江西与湖南是禅宗发展史上最重要的两个地区，马祖道一及百丈怀海师徒二人的道场都在江西，而石头希迁和南岳怀让两位禅师的道场均在湖南，所以佛教的诸多弟子为求取佛法，往来于两地之间，称之为走江湖。江湖也是由此得名。五家七宗当中，其中沩仰宗发源于湖南沩山和江西仰山，临济宗祖庭在江西宜丰黄檗山，曹洞宗祖庭在江西宜丰的曹山和洞山；而黄龙派和杨岐派分别发源于江西修水黄龙山和江西袁州杨岐山。五家七宗到了宋朝末年，沩仰宗、云门宗、法眼宗都已失传，曹洞宗的曹宗在四代以后也已经失传，只留下洞宗法系和临济宗在现今的江西九江真如禅寺延续。
云居山真如禅寺位于江西九江永修县的云居山，它始于唐宪宗元和三年（808），一直延续到清朝后期，始终是佛教禅宗的重要寺院。1953年，虚云长老主持了重建工作，虚云老和尚以百岁高龄率僧众开荒垦地，躬耕陇亩，打地抛砖，重建寺庙，再塑佛像。主持振兴禅宗，提倡持戒，实行农禅并举，禅净并重。千百年来云居山高僧辈出，现为国家重点开放寺庙，又是全国佛教三大样板丛林之一。
日本禅宗来自中国，在日本佛教史、日本思想史、日本文化史，以及整个日本的历史上留下了深远的影响。当禅宗在中国发展至顶峰，在它最丰富饱满的时候，天时、地利、人和，自然地就传到了东邻这个被称为“扶桑”的岛国。日本禅宗是随中日两国禅师的密切交往而形成并逐步发展的。日僧明庵荣西可谓日本禅宗的创始人。在宋代，他两次来中国，受传临济心印，归国后大兴临济禅法，从而，临济宗作为日本禅宗的最早宗派诞生于日本。
明庵荣西之后，其弟子们承师遗志，做了不懈的努力，其结果表现在两个方面：其一，行勇、荣朝以至法孙辨圆、觉心等致力于荣西开创的事业，进一步在日本弘扬、传布临济宗，使临济宗的组织、礼仪等方面不断完善，临济宗的势力因而大增，声势宏远；其二，明庵荣西的再传弟子希玄道元随师明全入宋求法，历访名刹，遍参大德，最后得天童寺长翁如净的启发而豁然开悟，并蒙印可，传授秘蕴和衣具顶相，归国后，大力弘扬曹洞宗风，从而开创了日本禅宗的另一大派——曹洞宗。从此，临济、曹洞两宗作为日本禅宗的两大宗派，一直并行发展，源远流长，在日本禅宗史、日本佛教史上具有重要的历史地位。
中国宋末元初，为避战乱而东渡扶桑的中国禅僧陡增，使日本禅宗获得了迅速的发展，一时之间，禅风大振，几乎压倒佛教的其他所有宗派。据说当时传到日本的禅宗流派就有二十四派之多。然而，这林林总总的分支派别实际都还是在临济禅、曹洞禅两大主脉上展开。临济、曹洞两宗经过镰仓、南北朝与室町时代，名师辈出，更为兴盛。临济宗的“梦窗国师”和“大灯国师”分别开创了“五山十刹”的官寺禅派和主要在民间传播的大德寺派、妙心寺派，形成了日本临济宗发展的两大线索。曹洞宗的莹山绍瑾则一改道元以来只重视打坐的枯淡的禅风，将流行于民间的一些祈祷、修法仪式也吸收进曹洞禅法，致力于禅的民众化，故在民间大受欢迎。绍瑾的弟子明峰索哲、峨山绍硕又开创了“明峰派”“峨山五派”，他们分别传授佛法于西方，曹洞宗大盛。日本禅宗在经历了镰仓、南北朝与室町的鼎盛后，进入江户时代，已开始出现颓势。但这时中国黄檗山住持、临济高僧隐元隆琦的到来，打破了当时禅林的沉寂局面。隐元在宇治建立了黄檗山万福寺，创立了日本黄檗宗，成为日本佛教史上一大事件。黄檗宗作为日本禅宗又一独立的宗派，表明日本禅宗已经完成了它最后的宗教组织建设。隐元还将中国明代盛行的“念佛禅”带到了日本。这一从中国传来的独特禅法不仅在日本站住了脚，而且大大刺激了日本已处于停滞状态的临济、曹洞两宗。两宗重振宗风，终于使日本禅宗三派鼎立，长盛不衰。
禅宗之所以能如此地在日本武士中受欢迎，乃至成为“武士的宗教”，如前所说主要与其修行方式以及幕府统治下的社会环境有关。另外，禅宗的许多宗教特质也被认为吻合武士道精神。如禅僧视死如归、生死一如的思想，对武士的忠孝、武勇、不畏生死的精神就影响很大。又如禅宗以寡欲质素为宗旨，要求禅僧克服营私纵欲的念头，这与武士们提倡的廉洁操守也很相似。另外，禅宗把佛教的教理化为具体的日常生活，搬柴运水，都是佛事，不立文学，以心传心，见性成法，这种简单易行的方法，更受广大武士的欢迎。
总之，日本武士道的德目，以忠孝、武勇、慈悲、礼让、勤俭、质素为主。而这些内容，几乎可说全与禅宗的教义相契合，所以禅宗自中国传入日本后，进一步激发了日本的武士道精神，在武士阶层中广为流行，乃至被定为完成武士人格修养的基本方法。武士们对禅宗的修行方式颇为注重，禅宗的高僧得到幕府将军和武士的尊敬、拥戴，无论是“临济将军”，还是“曹洞土民”。这也是禅宗能在近七百年的幕府政治中，保持繁盛局面的原因之一。
传说，释迦拈花，迦叶微笑，达摩西来，一苇渡江，禅的真谛便从印度传到了中国；而六祖惠能一首传遍天下的偈子——“本来无一物，何处惹尘埃”，又把这印度的土产变成了中国的土产；过了不久，唐朝僧人义空东渡日本，把这中国型的禅宗传给了东邻；二三百年后，明庵荣西禅师从南宋学了临济宗黄龙派的秘义，又在日本开了八九百年的禅风。20世纪末，一个日本青年铃木大拙乘坐海轮，到了太平洋彼岸的美国，传去了日本式的禅学，自那以后，他用英文写了不少弘扬禅宗的著作，使黄头发蓝眼睛、高鼻子白皮肤的欧美人对这种东方的智慧入了迷；而20世纪80年代，禅宗又出口转内销而使不少中国人对这原产自中国的神秘宗教产生了兴趣。
1893年世界宗教会议在美国芝加哥召开，铃木大拙陪同释宗演前往芝加哥，并为释宗演翻译演说稿。在这次会上，他结识了当时美国著名的学者保罗·卡洛斯（Paul Carus）。两年后，铃木大拙将保罗·卡洛斯的名著《佛陀的福音》（ The Gospel of Buddha ）译成日文在日本出版。铃木大拙对佛学的深刻理解与对英文的娴熟把握，使保罗·卡洛斯对这位青年人肃然起敬，便邀请他到美国为他所创办的敞院出版社（Open Court Publishing Company）编辑佛学书籍。在释宗演的劝说下，铃木大拙乘坐轮船，于1897年2月16日离开横滨，经过12个昼夜的航行，到达美国。于是，他在美国一住便是十几年，开始了他不懈地向西方宣传佛教尤其是禅宗思想的生涯。
铃木大拙是东西方均为熟知的近代禅学大师，1870年他生于日本石川县金泽市，1887年曾与西田几多郎同在一所中学学习，1891年赴东京，入早稻田大学（东京专门学校前身），同年初，入圆觉寺令北拱川之门，热衷于参禅。次年，令北拱川去世，转而师事释宗演，继续参禅。其间曾受西田几多郎劝说而入东京帝国大学。1893年，美国芝加哥召开“世界宗教大会”，铃木随师赴美，担任英译。1897年应邀去美从事汉文典籍如《老子道德经》《大乘起信论》等的英译工作，并出版了《大乘佛教概论》（英文）一书。1909年回国，任学习院大学教授，兼任东京帝国大学讲师。1921年因其师释宗演去世，停止参禅，离开学习院，任京都大谷大学教授，并在大学内设“东方佛教学会”，发行《东方佛教》季刊，达20年之久。1933年因《楞伽经研究》（英文）一书而获文学博士学位。1936年出席伦敦世界信仰大会，会后在美国大学讲授“禅与日本文化”；同年秋，在美国各大学讲授同一专题。1950年至1958年，在美国各大学讲授“禅与华严”课程。1966年去世。
铃木大拙在禅学上的一大贡献是给后世留下了整整31卷的《铃木大拙全集》和12卷的《铃木大拙禅选集》。其中主要著作有《禅学入门》《禅与念佛心理学的基础》《神秘主义和禅》《禅和日本文化》《禅与生活》《禅学随笔》《禅问答和悟》《禅佛教论集》《禅思想史研究》《禅与精神分析》等。铃木晚年住镰仓，创设松冈文库，专事禅书、经典的英译工作。他的禅学著作大部分以英文刊行，因而在西方世界颇有影响，《禅佛教论集》（第一卷）出版于1927年，被视为禅宗传入西方之始。“伟大的智者铃木大拙，他的富有魅力、充满了生活力的作品，应当是西方人的新的‘福音书’。”（《禅的精神：一种生活方式》）还有的人干脆赞叹“铃木博士是个圣人”，并认为：“铃木博士那种绝不妥协、满含诗意，而且深度、宗教性的解释，在他的追随者看来，实在是灵与智慧的双重挑战。”（《禅与心理分析》卷首附《铃木大拙博士访问记》）
由于经济大萧条和两次世界大战，佛教在美国的发展中断，20世纪50年代起，美国公众在新的社会背景下重新认识佛教。铃木大拙从1950年至1958年在哥伦比亚大学讲授禅学，推动了美国禅学的发展。禅宗中心在美国不断涌现，目前日本系统的禅宗中心有好几十个，它们出版各种期刊，开展东方文化研究，从事禅法训练，同时经营农场。主要的禅宗中心设在罗彻斯特、纽约、洛杉矶、旧金山等地。
中国佛教禅宗过去主要在散居海外的华侨以及华侨僧侣中传播，数十年来也逐渐传至欧美。出生于黑龙江的宣化禅师于50年代由香港赴美传授禅法，在旧金山创建“中美佛教总会”，所建道场有万佛城、金山禅寺、金轮寺等多处。
禅宗在美国的传播，渗透到哲学、文艺、音乐、医学、心理学、社会学各个领域，美国学者亚米斯的《禅与美国思想》、杜姆林的《现代世界佛教》、卡普洛的《禅门三柱》、弗洛姆的《心理分析与佛教禅宗》、格雷厄姆的《天主教禅》等著作都是这些方面的反映。
在欧洲，佛教徒的数目在稳步地增长，虽然上座部佛教传统在那里占有统治地位，但是禅宗在20世纪50年代已经流行。许多著名大学都有研究禅宗的机构或团体，而且在逐年增多；用欧洲各种文字出版的阐述禅宗思想的著作也日益增多，还定期编译出版了禅宗典籍目录。大批禅宗信徒不断前往国外禅宗寺院朝拜和修习禅定。由于信徒人数剧增，在欧洲相继出现了很多的禅寺、禅堂、禅宗学校、禅定中心、修禅兼研究中心，如西德汉堡禅中心、法国格雷茨欧洲第一禅寺、法国马赛法华禅寺、意大利威尼斯禅宗研究中心等。担任禅师和教师的不仅有外国人，还有很多本国人。世界佛教徒联谊会第十二届大会还通过决议，吸收“欧洲禅宗联盟”作为区域中心，其机构设于巴黎。这标志着佛教禅宗在西方的传播及影响已进入一个新的阶段。