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吉藏与三论宗是紧密相连的。所谓“三论”是中土对于龙树颂青目释的《中论》，龙树的《十二门论》，提婆颂、婆薮释的《百论》的概括性称呼。这三种经论都是鸠摩罗什所译，在南北朝时期成为中土僧人细心研习的重要佛教典籍。关于“三论宗”宗系，传统上依据日本僧人凝然《八宗纲要》的说法，以为三论宗起自罗什，至吉藏已经传授七代。实际上，“三论学的传承关系由僧朗至吉藏一段是的然有据，但罗什至僧朗一节则暧昧不清，且被以上三书
列入‘三论宗’系谱中人，均未尝以‘三论宗’自命其学。因此，若从历史立场看，所谓‘三论宗’只不过是后人在对佛教各传统作整理时所安立的名辞，视其为一思想潮流无可厚非，若必要模仿日后禅宗与日本佛教宗派成例，替它订立一先后相承的谱系，难免会出现许多穿凿和争论”
。此外，在吉藏圆寂后，单独的三论传承宣告结束，而“三论”所代表的中道思维成为隋唐佛教其他宗派创立自己思想体系的理论方法。因此，三论宗是否一个严格的佛教派别是有疑问的。在此，为了叙述问题的方便，我们姑且沿用传统的看法。
吉藏（549～623），俗姓安，本西域安息人，先世迁居金陵而生吉藏。七岁时，随法朗出家，受戒之后学解日进，声望日高。隋朝江浙平定以后，吉藏移居会稽秦望山嘉祥寺，从其受学者多达千人。隋开皇末，吉藏受晋王杨广邀请移住扬州慧日道场。开皇十九年（599），吉藏随晋王至长安，被安置在京师日严寺。唐代武德初年，吉藏被朝廷选为十大德之一，武德六年（623）五月圆寂，世寿七十五岁。吉藏的学说渊源于摄山学系，一生学问有三变：最初宗承法朗，深究《三论》和《涅槃》；继而摄取天台思想；最后，倾其全力于“三论”的宣扬，撰著《三论玄义》，建立了自己的宗要。从总体上概括，吉藏的思想有两大要点：一是以单、复四句及四重二谛的观点阐述中观思想，二是接续道生所开创的方向而倡言“中道佛性”。
二谛论和中道观是中观思想的核心，作为中土三论宗的理论大师，吉藏学说的创发性也主要集中于此。吉藏在继承印度中观思想的基础上，一方面对南北朝诸家师说做了批判性清理，另一方面又不可避免地受盛行中土的涅槃佛性学说和唯识古学影响，对印度中观学说做了些许改变。前者集中体现在“四重二谛”的归纳说明上，后者之中最突出的莫过于“以中道为二谛体”及“以中道释佛性”的主张。
“二谛”在佛学中一般指真谛和俗谛，前者又名胜义谛、第一义谛或空谛，后者又名世谛、世欲谛或有谛。二谛理论印度大乘佛教都讲，但诸派所言略有不同。龙树、提婆将二谛看作佛说法的两种言说方式，认为都属于言教。吉藏是竭力反对成实师之“境二谛”而倡“教二谛”的。为详细说明言教二谛，吉藏提到了“于二谛”“教二谛”的名目：“有两种二谛：一于谛，二教谛。于谛者，如《论》文：诸法性空，世间颠倒谓有；于世人为实，名之为谛。诸贤圣真知颠倒；性空于贤人是实，名之为谛。此即二于谛。诸佛依此而说，名为教谛也。”
所谓“于二谛”可从两方面看：世人不明诸法性空而倒执其为实有，在世间凡夫看来是“实”，故称此为“于谛”之俗谛；反之，诸贤圣则知世间诸法性空非有，性空在贤人看来是“实”（即真理），故称此为“于谛”之真谛。诸佛为了引导凡夫走上解脱之路，偶尔也会以方便而说万物为实际存在。但诸佛的这一说法却不同于凡夫之执有为“实”。因为佛是知其非实而姑妄说之的，当然不同于“于二谛”之俗谛，而属“教二谛”之俗谛。在此，须特别强调吉藏对“教二谛”之真谛的解释。佛陀依据“于二谛”之真谛宣说的万法性空之理或境，虽然有别于圣者的执其为“实际存在”，但仍属言教范围，此“教二谛”之真谛并非三论宗的最高真理。吉藏明确指出诸法实相是“绝四句”的，是不可言诠的。因此，即便是“教二谛”之真谛亦非“实相”，何况清辨所言之“真谛”呢？吉藏相当明确地将二谛当作“理”、“教”及“境”，均非究竟之谈，而系方便施设，仍须破除。在吉藏看来，究竟的真理既不是俗谛也不是真谛，而是“非真非俗”之中道。
“中道”是般若学最基本的范畴，但在龙树哲学中其确切含义为何，近代学者并未取得一致意见。从《中论》全书之侧重来看，以“八不”言中道是其核心，但中国佛教着重引申的却是“三是偈”。龙树在《中论·观四谛品》有偈云：“众因缘生法，我说即是空，亦为是假名，亦是中道义。”对于此偈，历来有不同的解释。近代许多学者依据存世的梵文原本再辅之以青目、月称等人的解释，认为此偈中“众因缘生法”是主词，“我说即是空”是其谓词，而第三句、第四句则是对“我说即是空”的说明解释。这样，全偈的含义就变成了“因缘法”即空，空即假名即中道。
传统的中国佛学家是以首句“众因缘生法”为全偈之主词，而以其余三偈为谓词；其中第二句、第三句是对主词做的两种不同角度的说明，第四句“亦是中道义”则是“空”与“假名”综合而成的“中道义”。这一解释为中国古代大多数佛教宗派所接受，天台宗以此为据发展出“三谛”说，三论宗则据此诠释其独特的中道二谛观。
对于中道与二谛的关系，吉藏在《大乘玄论》中曾列出当时流行的五种说法。其一，以俗谛之“有”为体，真谛之空为用；其二，以真谛之空为体，俗谛之有为用；其三，二谛各自有体；其四，二谛之体为一，但作用却分为二；其五，二谛以中道为体。
对于上述五说，吉藏均不赞成。前二种或者偏于“有”而论二谛之本质，或者偏于“空”而言之，都是不符合中观学原理的。而第三、第四两种说法，或将“体”分为二，或将体、用分列，太过支离，与中观理论相距更远。相对而言，第五种看法近于吉藏之说，但只是貌似，而实质大异。吉藏以为中道为“第三谛”：“今意有第三谛，彼无第三谛。彼以理为谛，今以教为谛。彼以二谛为天然之理，今明唯一实谛，方便说二。”
在此，吉藏将中道作为“唯一实谛”，而将俗谛、真谛作为方便说，这样便有了真、俗、中道三谛。这一说法便与前述“四重二谛”之第四重照应，“说此三门为令悟不三”中之“不三”即指“三谛”而言。
吉藏将中道从真、俗二谛中分离出来，并且以中道作为二谛之体——本质或本体。这一说法在印度中观学中是难于想象的，但却与稍前于吉藏的天台宗智
所见略同。在此，我们不想过多地纠缠于中、印佛学的得失评价上，而是想尽可能准确地界定一下吉藏所言的中道的含义。
吉藏所言中道第三谛大致有三层含义。第一，中道是非真非俗之二谛合明。吉藏曾将此义与开善智藏所言做过比较：“二谛合明中道者，非真非俗，为二谛合明中道，此异真谛中道。真谛中非有非无，不非真非俗；二谛合明中道，即非真非俗也。”
第二，中道是绝于四句、离于语言的。吉藏曾明确讲过：“二谛非一非异，离四句为体。亦明非一非异，非不相离即，非即是即，离四句为即。”
第三，中道是正因佛性。吉藏在《大乘玄论》等著述中批判了十一家佛性说，而赞同中道为正因佛性。此说并非吉藏首创，但其诠释却出自己意。在吉藏看来，“佛性不但是‘非真非俗’的‘中道’，而且是‘非因非果乃至非本有非始有’的”
。一言以蔽之，中道佛性超越了任何互相矛盾对立的概念，当然也超越了语言。诚如杨惠南先生所言，吉藏之三论学有明显的偏“有”倾向，这是与龙树、提婆甚及罗什、僧肇等师大异其趣的。最明显的莫过于将中道作为正因佛性，并且有意将其与如来藏、阿黎耶识等同。这充分说明了中国佛学本体性思维的惯性如何之大，也反映了在心性问题成为当时讨论中心的情势下，三论学者已经无法置身事外。不过，也应该看到，在根本立场上吉藏并未偏离中观学的理论旨趣。吉藏之所以以中道第三谛为二谛体，目的无非有二：其一，为坚定诸法实相不可言诠的超言绝虑的立场；其二，为令众生破除言教、语言直接悟入无所得之中道理体（最高真理）。贯穿于二者之中的线索便是众生心性与语言概不相涉，解脱之路首要在于脱离语言及其意义的生成循环。