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在宋室南移之后的近800年封建王朝历史中，我国的经济重心完全实现南移，政治重心也远离河南，中原地区失去了凝聚力和向心力，从此不再是历史的舞台中央，渐渐被边缘化。明代著名人文地理学家王士性曾意味深长地指出：“自昔以雍、冀、河、洛为中国，楚、吴、越为夷，今声名文物，反以东南为盛，大河南北不无少让何？”
然而，就历史实际情况而言，河南等地也并非像其形容的那样凄凉。经济重心的南移并不代表北方的一蹶不振，河南经济社会在相对不利的条件下仍然顽强地向前发展。多数情况下，河南的整体实力不仅在黄河流域依旧首屈一指，而且在全国范围内也不容小觑。
不可否认的是，经济重心的南移、王朝更迭、自然灾害等因素确实给宋室南移之后的中原大地带来了很大影响。河南为北宋末年金兵南侵的中心地带，之后又是宋金战争的主要战场，遭受了难以估量的战争洗劫。“靖康之后，金虏侵陵中国，露居异俗，凡所经过，尽皆焚燹。”
元末明初的战乱也让河南残破不已。明都督府左断事高巍在其上疏中说：“臣观河南、山东、北平数千里沃壤之土，自兵燹以来，尽化为榛莽之墟。土著之民流离，军伍百不存一。地广民稀，开辟之无方，展转于臣心久矣。”
明末清初，长达半个世纪的战争动乱，使河南成为受破坏最严重的地区之一。清初河南各地普遍土地荒芜，人口减员。顺治元年，河南黄河以北各县因“兵燹之余，无人佃种”，荒地面积几乎相当于明代时河南全省的1/8。
尽管如此，河南在历经破败凋零之后，通常也会出现乱而后治的景象。
金朝中后期，中原社会趋于安宁，河南的经济得到很大恢复。金宣宗兴定三年（1219），河南的垦田面积大为增加，“河南军民田总一百九十七万顷有奇，见耕种者九十六万余顷”，与北宋相比，增加了近3倍。
豫西地区是金代主要的冶铁区之一，豫西山地的冶铁点占全国总数的30%，汝州、鲁州、宝丰、邓州等都是当时著名的冶铁之地。
开封两度成为金朝的首都，城市进行了大规模重建，城市建筑尤其是宫殿建筑重新恢复到北宋的盛况，并再次成为人口最多的城市。到了元代，河南的经济地位仍然为时人所看重。正如元惠宗时期的著名画家朱德润所说：“国家自中州入职方，而河南行省尤为关键之地。盖其背山背河，土腴民秀，为中州都会。其力足以内藩京师，其势足以外控诸夏，而其岁产之人，又足为兵赋之供也。”
为恢复生产，元朝政府在赋税、土地权益等方面优待垦荒农民，大大提高了农民开荒的积极性。政府还直接组织了史上前所未有的大规模屯田。据元史记载，全国有屯田130处、17万余顷，而河南行省的屯田面积则达到64000余顷，占全国的比重高达1/3。河南从金朝灭亡时的“民疏土旷”，到元世祖后期已经是“地窄人稠，与江南无异”，黄河两岸荒芜的土地，“从蓁灌莽，尽化膏沃”
。在农作物品种方面，棉花种植也开始从闽广一带向中原传播。元末诗人迺贤的诗作《新乡媪》中提到的“日间炊黍饷夫耕，夜纺棉花到天晓”，是历史上河南乃至黄河以北有关棉纺织业发展的最早记录。自北宋以后，瓷器制造业中心开始南移，但在禹州、汤阳、安阳、鹤壁、临汝等地尚有瓷器生产，汝瓷和钧瓷仍是北方著名的瓷器，且取得了新的发展。学界认为：“钧瓷的烧造虽始于北宋，但钧窑之形成一个窑系主要在元代。元代烧制钧瓷的窑场主要是在北方广大地区。”
明清时期，河南是重要的产粮、产棉大省，大批来自陕西、山西、直隶的商人到河南采购小麦、高粱、芝麻、大豆、谷子等农作物。“他省客商来豫籴麦者，陆则车运，水则船装，往来如织，不绝于道。”
河南各州县城乡市镇，粮行生意兴隆，还有专门的粮食销售市场。棉花、棉纺织品是河南集市贸易的又一大宗商品。棉纺织业成为省内覆盖面最广也最为发达的手工业部门，在清代著名的棉布产区孟州，“孟布驰名，自陕、甘以至边墙一带，远商云集，每日城镇、市集收布特多”
。自明代以来，江西景德镇成为全国的陶瓷中心，河南的官窑虽然大不如前，但各地的民间窑场仍有一定规模，这些民窑“虽不能与景德镇之御窑相比，然亦一时之杰，足以为御窑之附庸也”。商品经济的发展带来了集市贸易的兴盛，其中最具有代表性的即是朱仙镇。贾鲁河开通后，由于朱仙镇有水陆交汇、南北要冲之利，西北的山产皮货由此南运，东南的瓷器、茶盐、粮布、杂货等由此北输，散销于华北西北。朱仙镇一时舟楫如林，商旅云集，一跃成为北方最大的水路交通转运码头，人口达30余万，有商户4万余户，
和湖北汉口镇、广东佛山镇、江西景德镇并称天下四大镇。商人群体也在繁荣的商业贸易中壮大起来。河南商人在商界有一定影响的主要是来自怀庆府的怀庆商帮（简称怀商），他们虽然没有徽商、晋商、陕商那样活跃，但也勤奋经营，奔走于大河南北，远至陕甘、三晋、江浙、两湖以及东北等地，在明清商帮中占有较为重要的地位。总体而言，明清时期的河南虽然难以与强势发展的南方相比拟，但经济社会发展并非毫无起色，甚至在个别时期还比较靠前，如从乾隆三十一年（1766）各地田地、赋银、赋粮情况来看，河南农田数量占全国的9.8%，位居全国第2，赋税总数占全国的9.2%，位居全国第4，
经济地位的举足轻重可见一斑。
鸦片战争以后，河南不像沿海省份那样直接遭受帝国主义列强的侵略，但也直接或间接地受到了西方资本主义的影响，以家庭为生产单位的自给自足的自然经济逐渐瓦解，并呈现半殖民地半封建的经济属性。然而在近代中国的经济格局中，由于远离通商口岸、官僚迂腐守旧等原因，河南近代工业起步较晚，不仅晚于沿海，甚至晚于晋、陕、川、甘、黔等内陆省份。进入20世纪以后，河南的资本主义工业有了一定发展，虽然力量相当弱小，但也给陈旧的经济结构注入了新的成分，特别是京汉、道清、汴洛等铁路的开通，极大地改变了河南的交通运输格局以及河南在全国交通运输网络中的地位，郑州成为新兴的交通枢纽。“汴省自铁轨交达，风气大开，商务、实业，进步甚速”
，铁路以其巨大的推动力对河南的经济发展和社会生活产生了深远的影响。
金元以后，河南的文化科技事业由盛转衰，总体已难以与江南等地比肩，但也在部分领域有所作为，延续着中原文脉。
兴起于两宋之际的程朱理学在元代成为官方哲学，其中发挥了关键性作用的人物即是河内（今河南沁阳）人许衡。他与刘因、吴澄并称元代三大学者。在许衡看来，“考之前代，北方之有中国者，必行汉法，乃可长久”，程朱理学就是理想的“汉法”。许衡主张，“理”是事物的“所以然”和“所当然”，前者叫“命”，后者叫“义”，都是人们穷理的对象，“人心如印板，惟板本不差，则虽摹之千万纸皆不差；本既差，则摹之于纸，无不差者”
。从元以至清末，封建统治者都把理学作为思想的“样板”而极力倡导。元以后，河南虽然没有出现特别有名的理学大家，但在明朝程朱理学、陆王心学盛行时，却站出来两位批判理学的唯物主义思想家——王廷相和吕坤。王廷相为仪封（今河南兰考）人，曾官至明朝左都御史。他明确反对朱熹的“理能生气”论，认为“理载于气，非能生气”，也即是说规律只能存在于事物之中，而不在事物之外之先。他还反对王守仁的“致良知”学说，批评其空虚无用，“其不误人家国之事者几希矣”
。另一位河南籍哲学家吕坤则坚持气一元论，认为“天地万物只是一气聚散，更无别个”，“道器非两物，理器非两件，成象成形者器，所以然者道；生物成物者气，所以然者理”，批判了理学家把“道”与“器”、“理”与“气”分割开来和“理在气先”的说法。
清代时，河南的孙奇逢、汤斌、李来章、窦克勤、张伯行、耿介、张沐和冉觐祖被称为“中州八先生”。他们对于理学的研究代表了清前期的最高水平，影响了清初河南全省乃至全国的学风与民风，在重塑封建统治思想方面发挥了重大作用。
在文学方面，元代时，一批河南籍的文学批评家、诗人、散文作家，在各自领域内都取得了不小的成就。彰德（今河南安阳）人郑庭玉在元曲方面造诣匪浅，其所著杂剧20余种，其中的《看钱奴》是元代世情剧代表作之一。他的作品多取材自社会穷苦人民的生活，无论宾白还是曲辞都具有很强的通俗性和社会性。洛阳人姚燧也是元代有名的文学家和古文大家。黄宗羲曾言，“唐之韩柳，宋之欧曾，金之元好问，元之虞集、姚燧，其文皆非有明一代作者所能及”
。由此可见，姚氏在我国文学史当中的地位。明时，黄河流域出现了著名的文学流派“前七子”，他们极力反对内容空洞贫乏、矫揉造作、粉饰太平的明初台阁体，主张“文必秦汉，诗必盛唐”。河南这一时期的著名文学家李梦阳、何景明等人，即是前七子文学复古运动的领袖。李梦阳旗帜鲜明地反对“台阁体”，借助提倡复古以唤醒民心，寄其救世之志。何景明也是“前七子”中有影响的人物，他虽然倡导文学复古，但反对机械地模拟，主张在模拟时要“领会神情”，“不拘形迹”。李、何二人是受到黄河文化滋养和熏陶的文坛巨匠，在明代中期为扫荡萎靡纤弱的文风做出了杰出贡献。清代的河南文学家首推侯方域。侯氏性格豪放，笔力雄健，应试不第后在家乡商丘设雪园社，以文会友。他与宋荦、贾开宗、徐作肃、徐世琛、徐邻唐合称“雪园六子”。清初文坛一度形成了以侯方域为首的诗人群落，这里成为河南乃至全国诗文创作与交流的中心。
在自然科学领域，元代以降，河南乃至中国在天文学、地理学、机械制造、生物学等方面已经落后于欧洲许多国家，但一些传统的自然科学仍然得到缓慢发展，其中明代的部分河南人走在了全国前列。朱元璋第五子朱橚长期生活在开封府，他虽然没有耀眼的政绩，却在医学、植物学、文学等领域成就斐然，所著《救荒本草》一书是我国最早以植物群为基础的河南植物志，其中不乏科学的思想和方法。怀庆（今河南庆阳）人朱载堉潜心研究音律学、数学、天文历法等，著述颇丰，被誉为“乐圣”。其中的《音律全书》约十万言，提出了“新法密律”即十二平均律，是世界音乐史上首次运用数学将八度分为十二个音程相等的半音音乐律制，解决了长期以来前人未能解决的旋宫转调问题。此法被广泛运用于键盘乐器及竖琴等乐器，欧洲直到1636年才有法国科学家提出相同的理论。此外，明清时期的科技领域不能不提的是坐落于登封市告成镇的观星台。观星台由元代著名天文学家郭守敬设计，不仅可以用来观星，也用于观测日影，是一座集观星、测影、计时、计历等多种功能于一体的天文建筑，至今结构完整，石圭基本完好，是我国现存最早的天文台建筑，也是世界上最重要的天文遗迹之一。金元时期，河南在医学领域最负盛名的当属被誉为四大名医之一的张从正，他精于医术，主张除病必祛邪，创立了独特的攻邪派理论，为我国中医学的发展做出了巨大贡献。元代针灸学家滑寿为许州襄城（今河南襄城）人，所著《十四经发挥》是一部影响较大的针灸学著作，在日本被视为“习医之根本”。日本的针灸取穴多以滑氏为标准。滑寿的《诊家枢要》详细论述了人体不同脉象，成为后世医学者必读之书。
由于唐宋时期的经济社会发展，黄土高原地区的植被遭到破坏，黄河中下游河患日益严重的趋势已经不可逆转。自宋代起，黄河一改800年安流局面，进入多灾多难的时期，不断在中下游决溢，致使黄河中下游的区域范围不断在变化。黄河的决溢又进一步扰乱了黄河下游的其他水系，使之淤积或改道，特别是黄河由淮河入海后，河道形势更加严峻复杂，淤积严重，决口频繁，有时一次多达几处、十几处甚至几十处，淹没数十州县，不仅给沿线城市带来安全威胁，而且恶化了区域生态环境，给人们的生命财产带来巨大损失。以开封为例，历史上的开封城屡建屡毁，屡建屡淹，水淹之祸大都源自黄河水患。从金代明昌五年（1194）至1949年的750余年间，黄河在开封境内决溢338次，致使该城15次受淹，数次被夷为平地。经考古工作者在20世纪80年代以后的数年发掘，证实了开封地下的“城摞城”达6层之多。
河南是黄河泛滥的重灾区，
虽然金元以后不再是全国的政治、经济和文化中心，但依然是黄河防护的重点区域所在。金代治黄河以防御为主，曾多次增修堤岸，但并没有改变黄河频繁决溢的局面，而元代著名的河防大臣贾鲁则在治理黄河方面卓有成效。1344年，黄河在山东曹县决口，豫、鲁、皖、苏交界地区成千里泽国。1352年，担任总治河防使的贾鲁采用疏塞并举、先疏后塞的办法，主持疏通黄河故道和支流河道，开凿新河道，并首次采用沉船法堵塞缺口和豁口，最终平息了多年的水患。贾鲁堵口工程规模之浩大，为封建时代治河史上罕见。为念其功绩，后人将贾鲁整治过的汴河和蔡河统称为“贾鲁河”。明代时的治黄方略主要是“北岸筑堤，南岸分流”。明代副都御史刘大夏主持修筑的延绵百里的“太行堤”，主要位于河南境内。明后期潘季驯的四次治河活动以及他提出的“束水攻沙”治河理论，不仅在当时取得了“留连数年，河道无大患”的良好效果，
而且对后世治理黄河水患也具有重要借鉴意义。清代治理黄河以康熙年间成效最为显著。康熙初期河患频仍，靳辅和陈湟采用疏浚河道、堵塞决口、坚筑河堤、闸坝分洪的办法，对黄河和运河进行了大规模治理。1855年，黄河在兰仪（今河南兰考）铜瓦厢决口，形成由大清河至山东利津进入渤海的新河道，结束了黄河长期南流夺淮入海的局面。1938年，国民党政府为阻止日本侵略军西进，掘开花园口黄河大堤，造成黄河南泛，改道夺淮入海，形成了54000多平方公里的黄泛区。解放战争时期，黄河下游解放区在黄河回归故道前后进行的复堤治险和黄河下游防洪抢险则成为人民治黄的开端。
在农田水利方面，黄河频繁决溢淤淀河流，湮废湖泊，撂下大片沙荒碱地，在很大程度上影响了农田水利事业的发展。金元时期，河南水害战乱深重，水利时兴时废，仅在某些时候开展过一些治理活动。明前期，中央政府和河南地方政府都比较重视农田水利建设，河南大兴陂塘，兴建了一批骨干工程，农田水利事业得到较快发展。沁河流域的人民对引沁灌渠进行了大力修治，特别是万历年间袁应泰主持开凿的广济渠和“二十四堰”，灌溉成效显著。清代中前期，黄河中下游的农田水利仍有所发展，伊洛河和沁河流域都兴建了一些小型水利工程。这些工程设施虽然规模不大，但数量可观。乾隆年间，时任河南巡抚的阿思哈就称赞“嵩县知县康基渊挑浚伊河两旁古渠并开山间诸流，可资引导者一律疏治深通，灌田面积六万二千余亩” [1] ，并上奏朝廷请予嘉奖。民国时期的黄河中下游水利事业也出现了一些新气象。冯玉祥主政河南时期，将发展水利事业作为施政第一要务，多方筹集水利事业经费，大力培育水利科技人才，积极开展水利工程规划和建设，并广泛动员凿井和开发利用山泉以抗旱灾。1930年至1938年，河南省政府还先后制订了《洛阳周口新乡灌田场计划》《改革河南各水利局计划》《河南省防水防旱计划》等，以统筹谋划，有效提高农田抗灾能力。