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任何系统的研制，都必须有理论和方法的指导，兵棋系统也不例外。没有正确的理论和方法为依托，整个研制工作只能是“盲人骑瞎马”，是不可能成功的。系统设计是任何军事信息系统进入工程实现阶段后的第一个重要问题。系统设计的水平，很大程度上决定了系统的可用性。在我军过去三十多年的作战模拟系统研发中，一些专家不断总结、提出系统设计的基本理论与方法，尤其是20世纪90年代提出了系统军事总体设计的概念，21世纪初以军事总体设计为主体的系统设计理论日趋成熟
。但是，随着信息化条件下联合作战越来越复杂，对于各种军事信息系统的设计要求越来越高，以及计算机技术和人工智能技术的迅猛发展。军事总体设计与技术总体设计的“二分法”，已经难以解决军事指挥人员和计算机技术人员之间的“鸿沟”，甚至在某种程度上反而加剧了军事与技术之间的脱节问题。因此，需要针对军事和技术的有机融合，创新系统设计的基本理论。