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按照当时的政治制度，赫拉克利特是爱菲斯城邦的王位继承人，但他目睹市民的社会生活日趋变坏，权贵们的生活日益奢侈淫逸，感到十分痛心。有一次，爱菲斯被波斯人包围，生活来源被断绝，但在这样的形势下，许多人依然花天酒地。不久，城里的人就受到了饥饿的威胁。为了解决生活来源问题，城邦召开公民大会。会上，那些每天耗费大量生活资料的人不着边际地高谈阔论，讨论了半天也没有找到一个解决问题的方案。人们问赫拉克利特有何高见，他一言不发，转身回去拿来大麦面和水，在公民大会上吃喝了起来。这一举动立即被人们理解，就是说，大家都节俭就可以解决问题。人们感到无需再讨论了，默默地散去。赫拉克利特认识到，要改变败坏的社会风气，重要的是要使人们有正确的思想来指导生活，为此必须钻研学问。于是，他放弃王位，隐居郊外山里的狩猎女神庙宇之中，潜心研究学问。
后来，波斯的国王读了他写的《论自然》，特地派使者去请他到波斯讲课，并许以荣华富贵。赫拉克利特拒绝了，他在信中写道：“那样多的世人生活着，对于真理和正义都是陌生的。他们由于可恶的愚昧而保持着无节制的生活和虚妄的意见。但是我呢，由于已经遗忘了一切罪恶，遗弃了跟随我的无度的嫉妒和居高位的傲慢，因此，我将不应邀来波斯，而在此山野中满足于我的卑微，并保持我的素志。”
由于长期靠吃树皮和草根度日，赫拉克利特最后得了水肿病，不得不返回城邦里求医。他用打哑谜的形式问医生能否使阴雨天变得干燥，医生不懂他的意思，他就对医治失望了，于是跑到牛厩里，把脚伸到牛粪中去，想用牛粪的热力把身体内的水弄干。可是，这种办法对水肿病没有疗效，他最终死于疾病。