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自闭谱系障碍诊断标准与分类的争议点之一是围绕自闭谱系障碍的共病问题，即在同一时间表现出多种症状。
在DSM-Ⅴ中有对自闭谱系障碍的共病进行说明
：自闭谱系障碍常常与智力损害和结构性语言障碍有关（即不能使用恰当的语法理解和构建句子）。许多自闭谱系障碍个体存在不构成该障碍诊断标准的精神疾病症状，大约有70％的自闭谱系障碍个体可能有一种共病的精神障碍，40％可能有两种或多种共病的精神障碍。有的孩子可能同时满足注意缺陷／多动障碍和自闭谱系障碍两种诊断标准。也有自闭谱系障碍孩子可能会同时存在发育性协调障碍、焦虑障碍、抑郁障碍的诊断及其他共病。在那些无口语或有语言障碍的个体中，如果观察到例如睡眠或进食的改变和挑战性行为增加的迹象，应进行焦虑或抑郁的评估。自闭谱系障碍个体中特定的学习困难（识字和识数）很常见。与自闭谱系障碍有关的常见的躯体疾病包括癫痫、睡眠问题和便秘。回避性／限制性摄食障碍是自闭谱系障碍个体中相当常见的特征，并且可能持续存在极端和有限的食物偏好。
综合多项研究来看 [1] ，自闭谱系障碍的共病可能包括以下几种：
注意缺陷／多动障碍是儿童期常见的一类心理行为障碍。其亚型包括注意缺陷型、多动冲动型（多动症）和联合型。主要表现为注意力不集中和注意时间短暂、活动过度和冲动。ADHD是ASD儿童最常见的共患病之一，共患率在40％～70％。
智力障碍是自闭症最主要的共病，不少教科书的数据是：约75％的自闭症会伴随智力障碍，但新的研究也发现，大部分伴有智力障碍的自闭症儿童的智力障碍是轻度的（但由于传统的智力测验标准的局限，自闭症儿童的智商分数不一定能完全反映智力水平）。针对学前阶段自闭症儿童进行调查，发现有下降至25％～50％的趋势，原因可能是预防医学的发展及早期干预的作用。
自闭症儿童通常有言语障碍，表现为语言使用形式和内容与典型发展儿童有本质区别。国内有学者发现自闭症儿童首诊主诉通常以言语障碍为主，约占84％。国外相关的研究表明，25％～50％的典型自闭症儿童终身有失语症状或只能说极为有限的单词。
在ASD儿童中常存在各种情感和行为障碍，焦虑是普遍存在的。有数据显示11％～84％的ASD儿童存在焦虑症状。而高功能自闭症和阿斯伯格综合征具有焦虑情绪问题的高风险。除焦虑外，还常伴有过度恐惧、惊吓、痴迷和强迫行为，对危险的感知缺乏或过度反应，对疼痛不敏感或缺乏，而对触觉或声音过度敏感，易发脾气，有攻击性行为和自我伤害行为（如撞头、自己咬自己）等一种或多种行为障碍。
癫痫与自闭症的关联最早见于1943年Kanner的描述。在临床上发现，伴随癫痫的自闭症儿童人数约在三分之一。也有学者指出ASD儿童伴有癫痫发作的发生率在13％～30％之间。通常情况下自闭谱系障碍儿童的智力障碍越严重，伴有癫痫的可能性越大。尽管癫痫在儿童生命的早期也会间或发生，但第一次发作通常是在自闭谱系障碍儿童青少年时期甚至是成年时期。进行癫痫治疗非常重要，因为癫痫活动会影响大脑的功能和发展。
约有50％或更高比例的自闭症儿童与青少年有睡眠问题。睡眠障碍可加重自闭谱系障碍儿童的社交困难、刻板行为、认知行为障碍的症状，引起家长焦虑、抑郁，睡眠问题对自闭谱系障碍儿童及家长的影响，甚至可能超过自闭谱系障碍本身的社交缺陷所带来的影响。饮食问题在自闭谱系障碍儿童中也很普遍。刊登在美国儿科协会杂志上的研究发现，自闭谱系障碍儿童通常在婴儿期就开始有饮食障碍。
除了上述共病之外，自闭谱系障碍儿童还伴随着其他共患病，如强迫症、精神发育迟滞、运动协调障碍、胃肠道功能紊乱、免疫功能紊乱等。由于各种共病的存在，使得自闭谱系障碍儿童的临床表现更加复杂，从而使得自闭谱系障碍诊断和干预更加困难。因此，充分认识并重视自闭谱系障碍儿童的共患病具有非常重要的意义。
[1] 鲁明辉，缪玉，＆杨广学．（2015）．自闭谱系障碍共病研究现状与启示． 现代特殊教育 （2），pp．34—40．王艺（2016）．儿童孤独症谱系障碍的常见共患病．文汇报，第6版．张世彗，蓝玮琛（2014）．特殊教育学生评量．台北：心理出版社．苏雪云（2014）．如何理解自闭谱系障碍和早期干预．北京：北京大学出版社，pp．22—23．