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克兰默提出的请欧洲各大学裁定亨利八世与凯瑟琳婚姻的建议大获成功，作为回报，克兰默这位年轻的讲师被任命为英国驻神圣罗马帝国大使。当时，即便是意大利的博洛尼亚大学（the University of Bologna）也宣称，亨利八世是对的，教皇不能违反禁止近亲结婚这一重要法律。巴黎大学、图卢兹大学、奥尔良大学、帕多瓦大学、弗拉拉大学、帕维亚大学、牛津大学和剑桥大学等其他许多大学也纷纷响应。亨利八世一直觉得自己是对的，这些大学的赞同似乎证明了他的正确性。他决意采取激烈措施打击英格兰教会，以表达对教皇的不满。亨利八世问道：为什么要给予教会避难权来抵制国王的法律？为什么教区牧师可以拿着几份俸金，在远离教职的地方生活，那些收入微薄者却要替他们处理教区事务？为什么意大利人可以享用英国教区的收入？为什么神职人员检验教区居民死后的遗嘱与赠礼时，还要收取费用？亨利八世准备让他那些博学的下议院议员们提出改革的建议。
早在1515年，就有一起著名案件动摇了教会在英格兰的地位。伦敦服装商理查德·亨尼起来反对教会收税，这一纠纷后来发酵为对教会权威的勇敢挑战。结果，亨尼被教会逮捕，关进了罗拉得塔（the Lollards’ Tower）。后来，有人发现，亨尼吊死塔中。他是自杀还是他杀？议会及伦敦城的反对态度越来越强硬，矛头甚至指向伦敦主教本人。但这些关于宗教改革的早期呼声还是被当时沃尔西的巨大权力所平息。现在，下议院的议员们又要热切地重新开始这一被中断的事业了。议会里的所有律师成立了一个委员会，他们以空前速度，起草了一些必要法案。在主教和修道院院长多于世俗贵族的上议院，他们也同意修改避难权和取消殡仪费的法案，因为这些法案只影响下层神职人员的利益。但当取消遗嘱检验费的法案被提交到上议院时，所有主教，“特别是”坎特伯雷大主教，均眉头紧锁，并意见纷纷。旧派势力代表人物、罗彻斯特主教费希尔警告上议院，宗教改革会引发社会革命，约翰·胡斯所领导的捷克全国性叛乱就是一例。
他说：“各位大人，你们看看下议院每天都给我们提出些什么法案，每一项都旨在摧毁教会。看在上帝的份儿上，请看看波西米亚（Bohemia）王国已经变成什么模样，教会在那里崩溃后，这个王国的荣耀也就不复存在。现在，下议院不干别的，只为打倒教会。我认为，这只是因为他们缺乏信仰。”
不久之后，下议院就获悉费希尔这次大胆演说的内容，他们还指出了费希尔最后几句话中的言外之意——下议院的法律是由异教徒炮制的，因而没有保留价值。以议长为首的下议院30位重要议员组成代表团，去向国王申诉。亨利八世把那些惹出事端的主教们召集来，让费希尔做出解释。费希尔改口，称自己只是说波西米亚人缺乏信仰，而并没有说下议院也是如此。其他主教也随声附和。但据说，“这一温和的辩解并未让下议院满意。”经过上、下两院激烈交锋，《遗嘱检验法案》（the Probate Bill）在上议院被强制通过，两院间的仇恨由此进一步加深。此次交锋之初，下议院在精神上便团结一致，它的存在时间比之前其他所有议会都长，并积极采取报复措施反对主教们，因为他们认为主教们在《遗嘱检验法案》上，采取了敷衍和欺骗的态度。下议院对主教们的敌意慢慢郁积，并持续百余年。
亨利八世对于下议院的所作所为非常高兴，逢人便讲。他对神圣罗马帝国大使说：“我们已经下令对我国的宗教界进行改革。我们取消了教士们滥用权力所摊派的税务，打击了他们的贪欲，我们还禁止主教将第一年收入奉献给罗马教廷，并且不允许教士们拿一份以上的俸金。”但他也同时声明，自己在教义方面，仍坚持正统，他只是遵从科利特以及其他一些自己从青年时期就熟知的神学家们的原则，这些神学家们认为，天主教徒也可以对教皇制度进行批评。他说：“如果路德仅仅只是谴责教士的罪行、恶习和错误，而不是去攻击教会的仪式及其他制度，我们本来都会支持他的。”亨利说了这番直白且颇有道理的话后，在罗马举行的关于废除他婚姻的谈判却遇到更大困难。但亨利八世一生只是越挫越勇，这一次，他也决心说到做到。
1530年12月，检查总长控告全体教士违反了十四世纪颁布的、旨在限制教皇的权力的《普雷穆奈尔法规》。教士们由于默许教皇大使沃尔西的许多高压手段，而触犯该法规。亨利八世在得到议会支持，于遗嘱检验一事上打败主教团后认为，主教会议不会再反对自己了。当教皇使节介入，鼓励教士们反对国王亨利八世时，在场所有教士都大为吃惊，并深表反感。还没等他张口，他们就请教皇使节不要给他们惹事，因为国王没有允许他们同他讲话。亨利八世赦免了主教们违反《普雷穆奈尔法规》的罪过，作为回报，他从主教会议那里索取了大量金钱。其中，有坎特伯雷大主教辖区的十万英镑，约克大主教辖区的一万九千英镑，这比他们一开始打算交纳的金额要多得多。经过进一步谈判，亨利还获得了一个新头衔。1531年2月7日，教士们承认国王是“他们的特殊保护者，唯一且至高无上的君主，在不违反基督教宗教法的情况下，甚至奉他为最高宗教首领。”
自从在1529年的遗嘱检验一事中大展身手后，议会就处于休会阶段。现在，国王将他们重新召集，目的在于让他们听取和传播国王关于离婚问题的看法。国务大臣莫尔来到议会说：“有些人说国王坚持离婚是因为他爱上一个女人，而非出于良心上的不安，这是不对的。”接着，他宣读了国外十二所大学对此事的看法，并展示了国外学者所著的一百本“书”。十二所大学和这些书都认为，国王的婚姻不合法。之后，莫尔说：“接下来，你们这些下议院议员就可以在各自的郡里，把你们在这里的见闻进行披露了。这样一来，人们都会清楚地看到，国王离婚并非如一些外人所传，是为了寻欢作乐，他这样做，只是为了让自己的良心不再受谴责，并保证王位后继有人。”
在这期间，王后凯瑟琳仍住在宫中。尽管亨利公开与安妮骑马游玩并谈天说地，但他却仍让凯瑟琳负责管理他的私人衣柜，其中就包括监督洗衣房与国王内衣的制作。当亨利八世需要衣服时，他仍去找凯瑟琳，而不是安妮。安妮对此分外嫉妒，但亨利八世就是不肯改掉这一老习惯。随后，博林家族的人想出新招，劝说凯瑟琳放弃这一权利。1531年6月1日，诺福克、萨福克、加德纳和安妮的父亲威尔特郡伯爵、诺森伯兰以及其他一些人去找凯瑟琳王后。像往常一样，她依然拒绝放弃任何权利。7月中旬，安妮与亨利八世去远离温莎城堡的地方打猎，这次走的时间比以往任何一次都长。凯瑟琳日复一日地等啊等，一个月后，还是没有收到亨利八世要回来的消息。最后，信使终于来了，说亨利八世将要回宫，但他并不想见王后凯瑟琳，而是命令凯瑟琳马上搬到哈福德郡的穆尔，隐居于沃尔西的旧宅。从那以后，凯瑟琳与她的女儿玛丽就被永远赶出了王宫。
1531年冬，亨利八世遇到了最严重的统治危机。罗马教会起草一份文件，要将亨利逐出教会，甚至还要剥夺他的教权，并命令他在十五天内，与情妇安妮断绝关系，不过上面并未写明具体的惩罚措施。教皇的盛怒像阴云般笼罩英格兰。宫廷里，圣诞节也过得死气沉沉。一位编年史家记述道：“人人都说那个圣诞节宫廷里没有音乐，因为凯瑟琳王后与侍女们都不在宫中。”但就像是统治初期远征波尔多失败后的艰难岁月一样，亨利八世还是决定不屈不挠干到底，反对声只会让他对自己的计划更加坚定。他曾向神圣罗马帝国大使炫耀过的关于主教向教皇交纳任职第一年俸金的法案（The Annates Bill）已经起草完毕，以作为应付最坏局面的一种斗争举措。该法案使亨利武装起来，去与教皇进行战斗。此番斗争要比《大宪章》通过之前的斗争更加激烈。法案前言写道，如果罗马教廷对英格兰采取革除教籍、停止宗教活动或强制性的法律措施，那么各种宗教仪式仍应照常进行，任何主教与牧师不得执行或公布剥夺教权的禁令。如果国王所任命的主教因罗马教皇发令而无法就职，那么他应由大主教或受命而未上任的大主教执礼使之就职。作为教皇收入的主要来源，主教上任后第一年的俸金被降到之前数额的百分之五。
亨利费了九牛二虎之力，才设法让议会通过了该法案。为此，他至少亲自去了三次上议院，即便如此，法案似乎还是难以通过。之后，他想出一个别出心裁的权宜之计——把议会公开分为两派。“按照他的计划，那些希望国王幸福、国家繁荣的议员们站在一边，反对这一法案的人则站在另一边。因为害怕亨利发怒，反对派中有些议员改变了立场。”在经过一番重大修正后，该法案终获通过。
接下来，亨利八世要做的就是让教士们服从于国王的无上权威。亨利让下议院准备了一份名为《关于取消主教审判权的呼吁书》的文件，用于打击宗教法庭的权威。对于享有司法权的主教和他们的副手来说，审判权只是个法律术语。尽管主教会议起初采取强硬态度，后来含糊其词地表示顺从，但亨利拒绝让步。最后，主教会议同意了亨利所提出的条款，使他成为英格兰教会的实际统治者。1532年5月16日下午，当这些条款被呈阅给亨利批准时，托马斯·莫尔爵士辞去了国务大臣之位，因为他反对国王的最高权力染指精神领域的事务。他曾忠贞不渝地在各个方面为亨利效劳，现在，莫尔发现，亨利的事业必将与自己的虔诚信仰发生冲突。
英国的宗教改革进程缓慢。作为一名机会主义者，国王亨利见风使舵，试探着前进，直到英格兰彻底摆脱罗马教廷的控制为止。在很大程度上，沃尔西为此铺平了道路。危急关头，他曾支持罗马教权，作为回报，罗马教廷给了沃尔西通常只有教皇本人或是教皇使节才能行使的大权。因此，英格兰就比基督教世界里的其他任何地区，都更熟悉由某个教士代行教皇职权的状况，从而使这些权力也比较容易移交给国王。沃尔西让教皇的权威比以往更广泛地参与到人们的日常生活，从而使人们心生厌恶。国王离婚一事的主要反对者沃哈姆大主教于八月去世，这增加了亨利离婚的可能性，但也带来很多问题。亨利并没有匆忙任命新的大主教，他得思考一下，接下来该怎么办。如果未来发生斗争，他的那些主教会忘记就职典礼上对教皇所发下的誓言吗？会不会有叛乱？凯瑟琳的外甥、神圣罗马帝国的皇帝会不会从低地国家入侵英格兰？法国的中立靠得住吗？
为了亲自权衡上述因素，亨利仅带着几位朋友前往布伦，与法王弗朗西斯一世进行私人会谈，这其中，就包括安娜·博林。从布伦返回时，亨利已顾虑全无，他确信自己甚至可以任命引人注目的坎特伯雷大主教，便将克兰默大使从神圣罗马帝国召回。克兰默结过两次婚，第二次是在任命仪式结束后，在德意志按照当地教士的新方式结的，新娘子是一位路德派知名信徒的侄女。因为英格兰法律仍禁止教士结婚，克兰默的妻子便乔装先行。1532年11月1日，克兰默在曼图亚向神圣罗马帝国皇帝告别后，于第二天动身，在12月中旬抵达伦敦。一周后，他被任命为坎特伯雷大主教，并走马上任。从那以后，直到亨利八世去世，克兰默的妻子就一直过着隐匿的生活。据说，如果她陪克兰默外出，只得藏在一个巨大的特制行李箱里。
一个月后，亨利八世与安娜·博林秘密结婚。历史学家们至今尚未查出婚礼在哪里举行，以及是谁主持了仪式，而只知道克兰默并不是主持人。后来，克兰默和神圣罗马帝国的大使都说，婚礼是1533年1月举行的。在罗马天主教看来，亨利八世毫无疑问犯了重婚罪，因为他与阿拉贡的凯瑟琳已结婚近二十五年，这段婚姻尚未被罗马或英格兰的任何法庭或法案废除。亨利只是装作自己从未合法结过婚，然后让律师和教士替自己去修补漏洞。
克兰默以传统的程序就任大主教。亨利要求教皇批准，并威胁教皇，要严格实施《主教就任第一年俸禄法案》，最后如愿得到教廷的批准。克兰默照例宣誓服从教皇，但在此前后，都宣布保留一定权力。就这样，他以完整的仪式就任大主教。这个要把宗教改革进行到底的人现在为教皇所承认，并被授予全权，这一点非常重要。上任两天后，他向议会递交一项法案，授权坎特伯雷大主教审理英格兰宗教法庭中的所有上诉案件，这一权力之前为教皇所有。谁想要去国外进行诉讼，就会受到《普雷穆奈尔法规》的严厉惩罚。英国法庭的判决将不再受到教皇裁决或革除教籍的影响，任何拒绝主持圣礼的教士都有可能被关押起来。这一旨在废除教皇在英格兰残存权力的法案是托马斯·克伦威尔的杰作，它在预定日期，获得议会通过，被称为《上诉法案》。一个月后，亨利亲自写了一封信，将自己描述为是“国王和君主，除上帝外，不承认任何权威，且不受尘世间任何法律的约束”。英格兰与罗马就此完全决裂。
在建立起自己至高无上的地位后，亨利开始有所行动。在1533年的主教会议上，亨利提出两个问题：哥哥生前已与嫂子同房但无子嗣，弟弟再与嫂子结婚，这样做是不是违反了宗教法而不应得到教皇的特许？与会的大主教与教士们回答：是的。罗彻斯特主教费希尔却说：不是。亚瑟王子和凯瑟琳王后有没有同过房？教士们说：有过。费希尔却说：没有。于是，费希尔主教被抓了起来，关进伦敦塔。大约十天后，诺福克公爵和国王的特使去安普希尔（Ampthill）觐见凯瑟琳王后，告诉她应该主动放弃王后头衔的种种原因。他们说，凯瑟琳正在阻塞王位继承的道路，因为她的女儿不会被全国承认为是女王。如果胡搅蛮缠，英格兰可能陷入混乱之中。要是放弃王后头衔，则她仍将享有崇高地位。凯瑟琳拒绝这样做，于是，诺福克等人向她宣布了主教会议的决定，称他们将采取措施剥夺她的王后桂冠，因为这一桂冠已不再属于她了。凯瑟琳表示坚决反对，但特使们又宣布了另一条消息：不管怎样，凯瑟琳都不再是王后了，因为亨利已与安妮·博林结了婚。
亨利的秘密婚姻就这样为人所知了。两个星期后，克兰默在邓斯特布尔开庭，派诉监去安普希尔，传凯瑟琳出庭，凯瑟琳对此表示拒绝。于是，在她缺席的情况下，大主教宣读了审判结果：凯瑟琳与亨利的婚姻是客观事实，但并不合法，它从一开始就是无效的。五天后，亨利与安妮的婚姻得到了法律上的承认。6月1日，王后安妮·博林在威斯敏斯特大教堂加冕。
过了一个月，人们明显看出新王后怀孕了。随着预产期的临近，亨利陪她住在格林威治，想尽办法使安妮免受打扰。海陆边境不断传来坏消息，亨利常常骑马到郊外召开政务会，以免安妮王后猜测局势恶化，但也可能是为了避开那些讨厌的人。国库里有一张富丽堂皇、价值连城的大床，这是一位法国贵族的部分赎金。现在，它被搬了出来。就是在这张床上，1533年9月7日，未来的伊丽莎白女王出生了。
人们燃起篝火，庆祝小公主出生，可亨利心里并不高兴，他还是渴望能有一个儿子来继承王位。为此，他不惜与全世界对抗，可能还犯了重婚罪，并冒着被教皇废黜以及遭到入侵的风险，所有这一切努力，却只是又让他添了一个女儿。据记载，一位老保姆问亨利：“您想看看您的小女儿吗？”亨利怒气冲冲地回答道：“我的女儿，我的女儿！你这个老家伙！老巫婆！看你再敢对我胡说！”说完他便跨马扬鞭离开格林威治，离开了安妮，三天后，他来到了德高望重的老臣约翰·西摩爵士在威尔特郡（Wiltshire）的宅邸。约翰·西摩爵士有一个聪明的儿子以及一个漂亮女儿。儿子在外交界工作，女儿曾是凯瑟琳王后的宫女。简·西摩年方二五，虽有迷人之处，却并不是绝代佳人。神圣罗马帝国大使写道：“她的皮肤非常白，可以说是相当苍白。她并不是特别聪明，据说还相当傲慢。”但她生性活泼，讨人喜欢，亨利便爱上了她。
伊丽莎白公主出生后，国内谴责国王亨利及其宗教手段的呼声再也压制不下去了。人们说，如果是在两位公主之间选择继承人，那为什么不选嫡出的玛丽呢？但亨利对此不予理睬，颁布法案立伊丽莎白为继承人。1534年3月，英格兰全国所有达到法定年龄之人，不分男女，都被迫宣誓效忠该法案，并反对在英格兰树立外来权威。教士只有得到特别许可，才能进行布道。当局还为所有教堂规定了义务祈祷文，其中有这样一段话：“亨利八世的地位仅次于上帝，是英格兰天主教会唯一且最高领袖，安妮是他的妻子，女儿伊丽莎白公主是他们的继承人。”谁要出版或发表恶意言论，说亨利是专制暴君或异教徒，则以逆君之罪论处。亨利的统治越来越血腥残暴，数百人由于犯此罪而被绞死，或被挖出内脏、惨遭解肢。
费希尔与托马斯·莫尔爵士均拒绝宣誓，便被关押在伦敦塔中数月。开庭审判时，莫尔爵士为自己进行了精彩辩护，但国王亨利八世此前对他的信任现已转变为极度的厌恶。在亨利的施压下，法官宣布莫尔爵士犯有叛国罪。费希尔被关押于伦敦塔时，罗马教皇任命了七位红衣主教，其中一位便是“被英格兰国王所囚禁的罗彻斯特主教约翰”。亨利八世很快便知道了这一消息，他几次怒气冲冲地说，要把费希尔的头割下来送到罗马，好去戴红衣主教那顶帽子。1535年6月和7月，费希尔与莫尔被分别处决。对于他们的死，亨利八世应负主要责任，这是他人生的污点。很快，教皇就将亨利驱逐出教会，并在名义上废黜了他的王位。
费希尔和莫尔反对亨利八世在教会中拥有最高统治权，是一种崇高且充满英雄主义的壮举。他们意识到现存天主教制度有弊端，但也惧怕并厌恶极富侵略性的民族主义情绪破坏天主教世界的统一。他们看出，与罗马教会决裂必然导致肆无忌惮的暴君专制主义。莫尔挺身而出，捍卫中世纪人所认为的最美好的东西。在历史上，他代表着一种中世纪的普世性、宗教信仰以及对来世的希望。亨利八世用他那残忍的斧头，不仅砍死了一位聪颖睿智的大臣，也砍死了一个制度。尽管这一制度还未实现自己的理想便中途夭折，但它却以美好的理想，点缀着人类社会漫长的发展历程。
亨利八世仍在对简·西摩大献殷勤。就在这时，消息传出，安妮又怀孕了，但这次亨利拒绝与安妮保持任何联系。安妮憔悴不堪，为疾病所困扰，失去了生机与活力。宫里传言说，三个月里，亨利只与安妮说过十次话，而以前，他几乎一个小时也离不开安妮。安妮因为焦虑而心烦意乱，担心人们会支持凯瑟琳王后与玛丽公主而发动一场叛乱，反对自己与襁褓中的伊丽莎白。安妮擅作主张，没有与国王亨利八世或政务会商量，私下派保姆去见玛丽，向她做出各种许诺，要她发誓遵守《王位继承法案》，并公开声明放弃王位继承权。向玛丽做出种种许诺后，来者又对玛丽进行威胁，但玛丽拒绝让步。一天，在保姆汇报了此事的波折后，安妮泪如泉涌。没过多久，安妮的叔叔诺福克公爵大步走进卧室，告诉安妮说，亨利外出打猎时，受了重伤。安妮既难过又惊恐，几乎晕了过去。五天后，安妮不幸流产。
亨利八世非但不同情安妮，反而异常愤怒。他去看望安妮时，一遍又一遍地说：“看来上帝不让我有个儿子。”离开时，亨利又对安妮生气地说，等她身子好些了，还会再同她谈谈。安妮说，没有生下这个孩子并不是自己的错，而是因为听到亨利从马上摔下来的消息后受了惊。她还说，自己深爱着亨利，远比凯瑟琳的对亨利的情谊重。现在，见到亨利又爱上了别人，她伤心欲绝。安妮一提到简·西摩，亨利就怒发冲冠，拂袖而去，一连许多天都不肯见她。简·西摩被安置在格林威治，她身边的一位男仆被神圣罗马帝国的大使所收买，我们因此知道了亨利是如何追求简·西摩的。
一天，亨利从伦敦派一名侍从到格林威治，给简·西摩送去一个装满金子的钱袋以及一封他的亲笔信。简亲吻了一下信件，没有打开，就原封不动地还给侍从。之后，她跪下说：“请你恳求国王从我这种谨慎的方式中明白，我是一名白璧无瑕的大家闺秀，名誉是我最为珍视的宝物，我宁为玉碎，也不愿玷污自己的声誉。如果国王想送给我一些钱当礼物，还是请他在上帝给我找到丈夫结婚时再这样做吧。”亨利大喜过望，说简品德高尚。为了表示自己也有同样高尚的动机，他保证今后只在简亲戚在场时才与她讲话。
1536年1月，凯瑟琳王后去世。如果亨利有意再婚，那么他现在可以遗弃安妮皇后，从而避免人们对他先前婚姻所提出的难堪问题。西摩家族的人早已四处散布说，由于安妮王后求子心切，在伊丽莎白出生后不久，就对国王不忠，拥有好几个情人。如果情况属实，定是大罪。于是，安妮王后被监视起来。一个星期天，人们看到亨利·诺里斯与弗朗西斯·韦斯顿爵士这两位年轻的朝臣走进安妮王后的卧室，据说有人无意中听到他们在向安妮王后示爱。第二天，一份羊皮纸文件摆在亨利面前，建议授权政务会成员和法官组成一个强有力的陪审团，由国务大臣或四个陪审团成员主持工作，专门调查并审理这一欺君之罪。亨利八世签署了这份文件。星期二那天，政务会从白天到晚上审讯了一天，但未找到充分证据。接下来的星期日，斯米顿这位擅长演奏诗琴的内廷官员被当作安妮的情人而逮捕起来。他受到严刑拷打，很快便认罪了。星期一，诺里斯参加了在格林威治举行的五月骑马比武大会。比武结束后，亨利八世骑马返回伦敦时，把诺里斯叫到身边，告诉了他自己的怀疑。尽管诺里斯矢口否认，但他还是遭到逮捕，被关押在伦敦塔中。
第二天一早，安妮被政务会传讯。尽管安妮的叔叔诺福克公爵负责此次审查，但安妮还是在事后抱怨说，不应对英格兰王后如此粗暴。审查结束时，安妮被关押监视起来，等涨潮了就将她送往上游的伦敦塔。这一消息很快便传开了，人们聚集在河岸边，看到一只船载着安妮快速向上游驶去。船上有一队警卫，安妮的叔叔诺福克公爵及牛津勋爵和桑兹勋爵这两位大臣也在上面。到达叛徒门后，安妮被移交给伦敦塔的负责人威廉·金斯顿爵士。
当天晚上在约克宫，亨利的私生子里士满伯爵像往常一样对自己的父亲道晚安，这时，亨利却失声痛哭：“多亏上帝的仁慈，你与你妹妹玛丽才逃离那个狠毒淫妇的魔掌。她想毒死你们两个。”亨利过起了醉饮食饱、歌舞升平的日子，想以此来忘记自己这段耻辱经历。神圣罗马帝国的大使对此有过记述，尽管他的话语中可能带有一些偏见：“在逮捕安妮后，陛下比以前更开心了。他总是四处与女人们吃饭，有时过了午夜才沿着河边返回，回宫后还要再欣赏一番丝竹声乐。演奏者们则卖力表演，以衬托出亨利在终于摆脱掉那个身形单薄的老女人后的欢愉心情。”但实际上，安妮当时只有二十九岁。“最近，亨利与卡莱尔主教以及几位女士吃饭，第二天，卡莱尔主教告诉我，亨利高兴得几乎发狂。”
星期五上午，一个一周前任命的特别法庭开始对安妮的几个情人进行审判，法庭成员包括最高法庭的几乎全体法官，以及安妮的父亲威尔特郡伯爵。特别陪审团由十二位骑士组成，他们判定被告们有罪，安妮的这几个情人便被处以绞刑、掏出内脏并断掉四肢，但要等到对安妮进行审判后，才对这些人行刑。星期一早晨，对安妮的审判在伦敦塔的大厅里进行。占当时贵族半数的二十六名贵族坐在高高的台子上，诺福克公爵是主审法官。为进行此次审判，他被任命为上议院特别刑事审判长。大法官托马斯·奥德利爵士由于出身平民，而无权审讯王后，所以只能坐在诺福克公爵身旁，为他提供法律意见。现场还有奉王命而来的伦敦市长、郡长代表团以及民众代表。安妮被伦敦塔负责人的副官埃德蒙·沃尔辛汉姆爵士带了进来，听取总检察长宣读对她的起诉书。她被指控对亨利八世不忠，答应在亨利死后就与诺里斯结婚，并把挂在项链下端的一个有毒盒子交给诺里斯，想让他毒死凯瑟琳与玛丽，以及与她的哥哥乱伦等。安妮王后对这些罪状坚决否认，并一一做了详细回答。贵族们退庭进行商议，不久之后重新开庭，宣判安妮有罪。诺福克公爵宣读了判决结果：判处安妮王后火刑或斩首，具体采取哪种刑罚，依国王亨利的意思而定。
安妮勇敢而平静地接受了这一判决结果。她说，如果国王允许，自己想像法国贵族那样，被刀砍头，而非像英国贵族那样，被用斧子砍头。亨利同意了她的请求，但在王国境内却找不到一位能用刀来行刑的刽子手。因此，安妮的死刑便从星期四推迟到星期五，最后从神圣罗马帝国的圣·奥默尔爵士那里借来一位擅长使刀的刽子手。星期四晚上，安妮几乎一夜无眠。伦敦塔的院子正为她搭起一座5英尺高的低矮断头台，锤子的敲打声从远远隐隐传来。第二天一早，民众就来到伦敦塔的院子里，不久之后，大法官与亨利八世的儿子里士满伯爵、克伦威尔、伦敦市长以及郡长们也陆续到来。
1536年5月19日，当伦敦塔的负责人带着安妮出现在刑场时，刽子手早已倚着他那把沉重的大砍刀在那里等候了。安妮穿着一件漂亮的、用皮毛做装饰的深灰色锦缎晚礼服，并露出里面猩红色的长袍来。她选择这件礼服，是为了露出脖子，便于行刑。当局给了她一大笔钱，让她施舍给在场的民众。安妮对他们简单地说：“我来这里不是为了对你们进行说教的，而是要去死。请为国王祈祷吧，因为他是个好人，并尽他所能地对我好。我并不怨恨那些判处我死刑的法官以及其他任何人，因为是我触犯了英格兰法律，情愿一死。”随后，她摘去镶有珍珠的头巾，露出了她为避免妨碍刽子手行刑而仔细扎好的头发。
“请为我祈祷吧。”说完安妮便跪了下去，一位侍女上前用布蒙住了她的眼睛。在念主祷文前，安妮低头小声说：“愿上帝保佑我的灵魂。”刽子手走上前来慢慢举起砍刀时，她又重复说道：“愿上帝保佑我的灵魂。”大刀在空中划过，只一下，刽子手就完成了他的任务。
得知安妮被处决后，亨利穿上黄色衣服，帽子上插着一根羽毛。十天后，他在约克宫与简·西摩秘密结婚。简是亨利长久以来所盼望的那种对丈夫温柔顺从的妻子，安妮则太过强势，且容易感情冲动。一位大使在安妮被砍头的两年前写道：“如果那个女人想要什么东西，没人敢反对，即便有这个胆儿，也没能力忤逆她，就连国王本人也不例外。据说，国王也屈服于安妮的意志。当亨利不让安妮干她想做的事情时，安妮仍会去做，还故意大发脾气。”简则是另一种风格，尽管她也生性骄傲，但却为人温和。亨利与她度过了十八个月的快乐时光，她也是唯一一位让亨利惋惜并悼念的王后。在生下她的第一个孩子，也就是未来的爱德华六世（Edward VI）不久后，简就去世了，死时才二十二岁。亨利以皇家礼遇将简安葬在温莎的圣乔治教堂（St. George's Chapel at Windsor），他自己死后，则长眠在简的身旁。