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不管动物还是植物，物种（或简称“种”）都是讨论生物多样性时的常用术语。考量某地的生物多样性时，物种数量是我们参考的首要数据。由于生物本身一些生理需求的限制，每个物种都有特定的活动范围，有些物种也许能遍布某一大洲，有些却只能生活在特定的区域中。一片地域内的所有物种综合在一起，就形成了可用来描述该地域特征的特定生物群。不过在生物学中，我们该如何界定和描述“ 生物种 ”这一概念呢？基本的定义必须能够让人们利用它有效识别该区域的物种，且能在全世界范围内进行比较。一般来说，一种生物能通过与同种生物繁殖来分享遗传信息，但不能与别的物种繁殖。正因为不同物种之间不交换基因，所以即便是亲缘关系较近的不同物种，也可以通过外形进行区分。关于这一点我们会在第三章中详细讨论，不过物种确实可以视为分类学中最基础且最具象的元素。民间对生物的分类常常和研究者的分类一致，这也证明了物种的概念是实用的。生物学家恩斯特·迈尔在新几内亚的阿尔菲卡山区研究鸟类时，发现当地土著能辨别出136个种，而他经过仔细研究后，最终鉴别出137个种。大部分物种的区分依据看起来真实存在，而非见仁见智。这个世界上确实存在着数量庞大的不同物种。
种是生物分类的最低一级，越高的分类等级包含的生物种类越多，也代表着生物世界更大的群体。我们将几个拥有相似特征的种放在一起，归为属，相似的属归为科，相似的科归为目，相似的目归为纲。最终，纲还要隶属于一个更大的分类单位——门（植物：division；动物：phyla）。植物都是植物界的成员，动物都是动物界的成员，真菌、细菌以及众多微生物都分属于不同的界。这就是我们的生物分类系统，是我们对自然世界分门别类，加以了解的一种方法。过去200年来，这种方法收到了令人非常满意的效果。举例来说，狼这种生物就被认定为一个单独的种，隶属于犬属。该属还包括豺、家犬，它们又都隶属于犬科、哺乳纲，是脊索动物门（狭义来说就是拥有脊椎的动物）的一员。每个更高的等级都更大，更“包容”。尽管这种分类方法早在“进化”的概念出现前就诞生了，但它还是能和上亿年的生物发展史轻松契合。从演化的角度来看，越高、越“包容”的分类等级（如目或门）就越古老，也会越早地拥有自己名下的成员。动物界下最大的分类单位是门，不同的门之间差异巨大，鱼类（脊索动物门）就和水母（刺胞动物门）大相径庭，两者又都跟蛤（软体动物门）截然不同。这些主要的门早在5亿年前就已经走上了不同的发展道路。与此相对，种则被视为进化树上最新长出的细枝。在本书中，我们最常谈到的还是物种。
然而，靠统计物种数量来度量生物多样性还有一个问题——哪些动植物该被优先统计呢？我们既没有足够的时间、金钱，也没有能力去寻找并统计全部的生物种。如今，约有180万种生物被记载并公布，远远超过任何调查所能承受的数量。
若要高效，我们就要尽量少费力气。事实上，我们只在几个主要类别上有比较准确的数据。昆虫就别想数清楚了，它们种类太多，身体太小，抽样又太不完善，鉴别起来也太麻烦。除了蝴蝶相对容易一些，想给全世界各种昆虫来个大清算目前来看还不可行。没办法，我们只好去统计其他常见的生物，在陆地上，可以选择鸟类、哺乳动物、爬行动物、两栖动物，或较高等的维管植物。
鸟类是衡量地域生物多样性时一种尤为常用的指示生物，这主要基于两个原因：首先，对鸟类的研究已经非常完善，在所有动物中，我们对鸟类最为了解；其次，鸟类一般色彩艳丽、鸣叫不停，且大都在白天活动，十分容易观测。许多哺乳动物与鸟类相反，只在夜晚出没，因此成功避开了人们的监测。而植物虽然不会动，还很显眼，但它们会带来其他的难题。观测高等植物一般需要找到它们的花、果实和种子——说起来容易做起来难。某些热带植物可能要等好多年才会开花结果，沙漠植物也类似，由于只有在充足的降水后才会开花，它们通常一年有大半时间都处于无叶无花的状态。若降雨量不够，许多沙漠植物甚至根本不会开花。你只能等到明年的雨季时再来试试看。鉴于上述原因，观测、统计植物需要人们多年不间断的努力。当然，完整统计鸟类、哺乳动物、爬行动物或两栖动物的数量不花上几年时间来铺设雾网、制作陷阱和观测记录，肯定也不行。总之，完善一片地域的动植物统计数据需要付出大量时间和精力，不间断地进行研究，其间还经常有新发现。最近一份关于澳大利亚壁虎和马达加斯加蛙类的研究，就证明了世界上还有许多未被发现和记录的物种，等待我们去认识。