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在定阉党逆案的同时，为遭迫害的志士仁人平反昭雪的运动也在逐渐展开。天启年间，魏忠贤结党营私，排斥异己，主要是以打击东林人士的形式展开。魏广微秉承魏忠贤的旨意，编《缙绅便览》一册，把叶向高、韩爌、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗、魏大中、黄尊素、周宗建、李应昇等六七十名官员诬为“邪党”，加以评点，极重者三点，次者二点，又次者一点，密付魏贼进于御前，借事摈斥。崔呈秀因天启初年见东林势盛谋求加入遭到拒绝，后又因贪污遭都御史高攀龙、吏部尚书赵南星揭发被惩处，怀恨在心，向魏忠贤呈上《同志录》，开列东林党人名单，同时以不附东林的《天鉴录》陪衬，要魏忠贤凭此任免升降官员，善类为之一空。暮夜乞怜者莫不缘呈秀以进，蝇集蚁附，其门如市。
还有一个王绍徽，万历年间就以排击东林而臭名昭著，巴结魏阉爬上吏部尚书之位，极尽阿谀奉承之能事，仿《水浒传》一百零八将编东林一百零八人为《点将录》，为首的是托塔天王李三才、及时雨叶向高，以下有玉麒麟赵南星、智多星缪昌期、入云龙高攀龙、神机军师顾大章、黑旋风魏大中、大刀杨涟、豹子头左光斗、急先锋黄尊素等三十六天罡星七十二地煞星，要魏阉按名黜汰。
对于魏忠贤的倒行逆施，一些刚直不阿的官员并没有束手坐视。天启四年六月初一日，左副都御史杨涟首先开炮，向皇上呈进弹劾魏忠贤二十四大罪状的奏疏，以无所畏惧的姿态指出，这些罪状昭然在人耳目，廷臣畏祸而不敢言，外廷结舌而莫敢奏；掖庭之中但知有忠贤而不知有陛下，都城之内亦但知有忠贤而不知有陛下；陛下春秋鼎盛，生杀予夺岂不可以自主？何为受制幺麽小丑，令中外大小惴惴莫必其命！
这种义正词严的声讨，使平素肆无忌惮的魏忠贤顿时慌了手脚，惊怖累日，在皇上面前大哭道：“外边有人计害奴婢，且谤皇爷。”接着，吏科都给事中魏大中，御史黄尊素、李应昇、袁化中，南京兵部尚书陈道亨、右侍郎岳元声等人，接二连三地上疏弹劾魏忠贤，掀起了颇具声势的倒魏风潮。在朱由校的支持纵容下，魏忠贤不但平息了这一风潮，而且变本加厉地打击报复。天启五年的六君子之狱，逮捕了杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章；天启六年的七君子之狱，逮捕高攀龙、周宗建、缪昌期、李应昇、周顺昌、黄尊素、周起元，非刑拷打，诬陷栽赃，无所不用其极，这些正直朝臣都被迫害致死。
现在魏忠贤既然已倒，旧事就有重新审理的必要。崇祯元年正月，翰林院编修倪元璐连上两疏，议论此事。他首先从“邪党”谈起：以东林为邪党，将复以何名加诸魏忠贤、崔呈秀之辈？既然魏、崔是邪党，那么以前弹劾魏、崔者还可称为邪党吗？东林乃天下人才之渊薮，所宗主者大都禀清挺之标，所引援者也每多气魄之俦、才干之杰，只是绳人过刻、持论太深。其中也不无匪类，那是屈指可数的几个，现在称为邪党，那就无人不是邪党了。他还对诸臣深防报复的顾虑作了分析，说近年来借打击东林以献媚崔、魏者，其人自败，何待东林报复！如其人不附崔、魏，又怎么能攻而去之？朱由检看了，对他牵扯到韩爌、文震孟的起用阻力重重，以为是影射自己，便批驳道：“朕屡旨起废，务秉虚公，有何方隅未化，正气未伸？”
其实，倪元璐旨在为东林翻案，无意影射皇上。对此，阉党分子十分敏感，杨维垣上了《词臣持论甚谬》一疏予以反击，责难倪元璐盛称东林，说今之忠直原不当以崔、魏为对案。倪元璐上疏驳斥道：东林中有首劾魏忠贤的杨涟，以及提审崔呈秀的高攀龙，而时至今日，杨维垣对于穷凶极恶的魏忠贤仍口口声声称赞，什么“厂臣公，厂臣不爱钱，厂臣为国为民”。东林自邹元标、王纪、高攀龙、杨涟外，如顾宪成、冯从吾、陈大绶、周顺昌、魏大中、周起元、周宗建等之真理学、真气节、真清操、真吏治，赵南星之真骨力、真担当。总之，东林在今日，当曲原其高明之概，不当毛举其纤介之瑕，而揭揭焉代逆珰分谤。朱由检以为他们仍在纠缠旧账，斤斤计较于门户之见，便劝诫道：“朕总览人才，一秉虚公，诸臣亦宜消融意见，不得互相诋訾。”
随着魏、客、崔三犯的戮尸于市，“五虎”“五彪”的分别惩处，朱由检对东林的态度逐渐明朗化，决定对遭到阉党迫害的官员平反昭雪。
崇祯元年（1628年）二月，朱由检先是宣布免去杨涟等人在狱中被强加的诬赃，接着又指示吏部对遭阉党冤陷诸臣复原官，给还诰敕，涉及大学士刘一燝、韩爌，吏部尚书周嘉谟，礼部尚书孙慎行，以及詹事钱谦益，翰林文震孟、陈子壮等九十余人。朱由检指出：“废籍诸臣沉沦已久，朕此番昭雪，非徒弘旷荡之恩，正欲考其进退始末，以衡人品。周嘉谟等九十余员削逐情节，还着分别项款细开具奏。”这意味着对遭阉党迫害而革职的诸大臣平反昭雪，分别情况，逐步起用。在斥逐阉党奸邪官员之后，必将出现官僚队伍空缺的状态，及时更新官员，有破有立，有退有进，有黜有陟，这才是为政之道。不久，他宣布恢复这九十余人的原先官职，补给诰命，品望年力可用者酌情起用。此举显现了改元崇祯以后万象更新的气象，维新之治初露端倪。
对于已经冤死的官员们，朱由检以为必须平反昭雪，申冤洗耻，只有这样才能宣扬士大夫崇尚气节的伦理道德。他接受了工科给事中颜继祖提出的关于为被迫害致死的万燝、周起元、周顺昌、周宗建、李应昇、黄尊素、缪昌期等人恢复名誉的建议，命有关部门研究此事。几天后，他根据部议，正式公布对原都察院左都御史邹元标、高攀龙，左副都御史杨涟，左佥都御史左光斗，工部尚书冯从吾，应天巡抚周起元，给事中魏大中，太仆寺少卿周朝瑞，御史周宗建、黄尊素、李应昇，吏部员外郎周顺昌，工部郎中万燝，左谕德缪昌期等人，恢复名誉，各赠荫有差。并且对逮捕、拷打、诬赃直至谋杀上述仁人志士的凶手李实、李永贞、刘若愚及许显纯提审追究。这一褒一贬一奖一惩，以明显的反差向人们表明正义与邪恶的大是大非是不应颠倒也不应含糊的。
朱由检这种是非分明的表态，立即在社会上激起强烈的反响。被阉党迫害致死的志士仁人的后辈及主持正义的官员们掀起了哭诉申冤的浪潮。
首先上疏的是浙江诸生黄宗羲，他为已故的父亲、原山东道御史黄尊素鸣冤。黄宗羲是当时的著名才子，日后成为赫赫有名的思想家，他写的讼冤疏文自然值得一读，特节录于下：
父尊素中万历丙辰（四十四年）进士，授宁国府推官，壬戌（天启二年）除山东道御史。直节自持，入班未逾一载而疏十三上。时魏逆与客氏表里为奸，形如厝火，势必燎原。臣父预抱隐忧，因灾异示警，直陈时政得失，谓阿保重于赵娆（按：赵娆，汉桓帝乳母，谄事太后），禁旅近于唐末，萧墙之忧惨于戎敌。毫末不札，将寻斧柯。当奉严旨切责。此甲子（天启四年）三月初六日也。
至初九日，复上《圣断不可不早》一疏。谓忠贤与其私人，柴栅既深，螫辣谁何！势必台谏折之不足，即干戈取之亦难，请先帝默察人情，自为国计，即日罢忠贤厂务。于是，忠贤不杀臣父不已。
至七月初七日，业已杖死工部郎中万燝。臣父首上《士气已极》一疏，论奸人必借廷杖以快其私，将为所欲为而莫有顾忌，而祸移诸臣。时尚众正在朝，虽逢所甚怒，得不即同燝死。
未几，逆徒曹钦程首发大难于内，腹心李实罗织无端于外，交口蔑诬，倏而削夺，倏而逮系矣。时值缇骑激变于姑苏，留滞不前。臣父闻之，即拊心自念，忠良总人臣之义，生死皆君父之恩，即日投呈按臣，赍本步行至京就系。迨下镇抚司打问，许显纯、崔应元承顺逆指，酷刑严拷，体无完肤，诬坐赃银二千八百两。臣痛父血，比遍贷臣乡之商于京者，并父之同年、门生，差足交赃将完，而杀机遂决矣！
一日，狱卒告臣父曰：内传今夜取汝命，汝有后事可即书以遗寄。臣父乃于三木囊头之时，北向叩头谢恩，从容赋绝命诗一首，中有“正气长留海岳愁，浩然一往复何求”等语。自是而臣父毕命于是夕矣……
黄宗羲为父讼冤的疏文，声声泪字字血，读来令人扼腕，令人叹息，令人拍案而起！
几天后，户科给事中瞿式耜上疏，为冤死狱中的杨涟、魏大中、周顺昌三人大义凛然的风节叫好，并为他们伸张正义，堪称当时拨乱反正的一篇佳作。
关于杨涟，他说：
自为诸生，孝友端方，慨然以澄清天下为己任。其筮仕臣乡常熟也，铁面冰棱，吏胥不敢仰视，而爱民如子……入计时，欲送其母归楚，至不能治装以去。及居言路（出任给事中），扬清激浊，屏绝馈遗。但言及国家之事，未有不耳热面赤……临死之日，旁无一语，但呼高皇帝陛下而已……夫人臣抗节直言，慷慨杀身，历代常有，如涟之贫不言清，劳不言功，从容就死，无怨无尤，斯亦可谓人臣之极则矣。
关于魏大中，他说：
自成进士以至授职行人，擢选谏职（给事中），从未尝受人一钱。官至吏垣（吏科都给事中），犹赁屋以居。逮之日，阖郡哭声震天，呼冤踊地……至其诣镇抚（司）也，大中受殊刑未死，狱吏以藁席卷其肢体，倒竖于地三日，启而视之，犹目睛毂毂如转轮。既死，魏贼令狱卒投其尸以饲狗，所存者狗之余耳。大中之下狱也，严戒其子学洢，不令至狱门。比学洢扶柩而归，犹未知大中之死状。至病中，忽然闻之，一号而恸，再号遂绝。
关于周顺昌，他说：
顺昌赋性清严，嫉恶如仇，官福州司理（推官），墨吏望风咸解绶去。值税珰高宷肆毒，顺昌挺身抗其凶锋，民赖以静。擢居吏部，一洗陋习，四方竿牍绝勿敢通。请告归籍，肩舆一乘，行李二担而已。魏大中逮过阊门，顺昌以大中必死，亲诣其船，以女许大中之孙。缇骑以闻，（魏）珰衔之最毒，遂假手李实（苏杭织造太监），一疏逮贤臣七人（高攀龙、缪昌期、周宗建、李应昇、周顺昌、黄尊素、周起元），而顺昌与焉。顺昌居乡，不畏高明，不侮鳏寡，以故俄顷之间，吴阊数万士民狂号乱哭，众愤所激，击死官旗，几成大变……至镇抚司，极口唾骂，而昌因此被刑尤烈。昌已死，狱卒以磁锋割其股，血溃而苏，复枷至锦衣（卫）堂上。昌触石碎首，血溅几案，复加重刑，立时殒命。使诸臣之死尽如昌，魏贼亦为之寒心也。
读了这一声泪俱下的疏文，令人义愤填膺，杨涟、魏大中、周顺昌这些官僚队伍中的精英分子，清正廉洁，刚直不阿，贫贱不能移，威武不能屈，为国为民与邪恶势力搏斗，赴汤蹈火在所不辞。他们的这种高风亮节，不独令当时也令后世的佞臣贪官们羞愧得无地容身。瞿式耜所说，其实仅仅刻画了魏忠贤指使爪牙残害忠良罪行之一二。杨涟、魏大中、周顺昌等君子在狱中所受到的凌辱折磨，实在惨不忍睹，令人不忍转述。倘读者欲知其详，不妨读一下黄煜《碧血录》、朱长祚《玉镜新谭》吧！
到了十月，生员魏学濂刺血上书，为父亲魏大中鸣冤，请求严惩凶手。他说：
阮大铖兄傅应星、傅继教，以固援于内，并率傅櫆兄事应星、继教，以植党于外。既夜，叩忠贤于涿州，进《百官图》，导之杀人，以肆毒于外。又嗾傅櫆道旁伏谒忠贤，借汪文言为阱于国中，以授题于内。陈九畴以谢应祥之推故，逐臣父于前，倪文焕以周顺昌之订婚，促杀臣父于后。乞下所司提鞫，魏忠贤、许显纯已正刑章，以其首赐臣，俾臣偕惨死诸臣之子孙，于镇抚司牢穴之前呼其先人，痛哭浇奠。
朱由检阅后下旨：令看议学濂。又颂其兄学洢死父之孝，请得附祠，允之。赠魏大中太常寺卿。他还为此事写了一道制文：“……尔魏大中，其生有自，视死如归，原其至清绝尘，大刚制物，可以贪绳蝉蚓，肉视虎狼。故累百知一鹗之可尊……今者世灰大涤，天宇重晶，朕是用章阐幽忠，崇敷显秩，震雷一夕……特追赠尔为太常寺卿。以尔臣忠，彰为子孝，洢濂之义，生死同揆……”这是朱由检对于受阉党迫害致死的仁人志士高风亮节的表彰，希望在他急于求治的当口，大臣们能以这些清正廉洁、刚直不阿的官员们为榜样，弘扬这种大义凛然的正气。
几天后，杨涟之子杨之易向皇上呈血书，并递上了父亲临死前在狱中所写的绝笔：
枉死北镇抚司杨涟绝笔书于狱神之前：
涟以痴心报国，不惜身家，久付七尺于不问矣！目前赴逮，不为张俭之逃亡，杨震之仰药，亦谓雷霆雨露，莫非天恩，故赤日长途，锒铛不脱，欲以身之生死归之朝廷……
不意身一入都，侦逻满目，即发一揭，亦不可得。下情不通，至于如此！……生死顷刻，犹冀缓死杖下，见天有日。乃就本司不时追赃，限之狠打，此岂皇上如天之意，国家慎刑之典，祖宗待臣之礼！不过仇我者立追我性命耳！
他在追述了移宫一案的是非曲直后，接着说：
但愿国家强固，圣德刚明，海内长享太平之福。涟即身无完肉，尸供蛆蚁，原所甘心。不敢求仁得仁，终不作一怨尤字也。而痴愚念头到死不改，还愿在朝臣子共从君父起念，于祖制国法国体，大家共当留心。
这份绝笔，原本是杨涟写给当时的皇上——朱由校的，希望有朝一日能付之实录。现在送到了朱由检手上，使他的遗愿获得了实现，多少可以瞑目于地下了。
据说这篇二千余言的绝笔，杨涟在狱中草成后，又亲自誊清，在床褥上叩首托付给同狱难友顾大章。狱中耳目严密，顾大章把它藏在关圣大帝画像后面，以后又埋于狱室北壁下。一个偶然的机会，才得以从狱中传出。
杨涟死前还写了一篇二百八十字的血书，藏在枕头里，死后随尸体抬出，才落到家属手中。血书中流露了他视死如归的凛然气节：“仁义一生，死于诏狱，难言不得死所，何憾于天，何怨于人？惟我身副宪臣，曾受顾命，孔子云：托孤寄命，临大节而不可夺。持此一念，终可以见先帝于在天，对二祖十宗，与皇天后土，天下万世矣！大笑大笑还大笑，刀砍东风，于我何有哉！”
两个月后，周顺昌之子生员周茂兰也上血书为父讼冤。朱由检接二连三收到血书，批示说“血书原非奏体，以后悉行禁止”，以示下不为例。不过他对于这些被害朝士们是深为感愍的。在收到周茂兰的血书后，特地下旨赠周顺昌太常寺卿，还为此写了一篇制文：
夫孤情之所独抗，得死而成；正气之所不徂，造生弥永。……尔吏部文选司员外郎周顺昌，希圣得清，择节取苦……当其出为从事，入典铨衡，并以晶心，章其茂节……于是飞章告密，槛车下征，而众乃成城，吴几为沼，至于焚香进食，以礼遇囚，飞甓投竿，而杀诏使。鱼惊兽乱，釜沸波翻……而尔对簿不屈，绝命弥雄……今捩轴既旋，衮钺并设。碑踣元祐（指定阉党逆案），大升公正之群；墓显汤阴，恍见孤忠之气。用赠尔太常寺卿。国家谨严近寺，培养人才，而在旁之奸烈于二正，岁寒之节见彼前贤，要以道极一时，义激天下，明兴以来，一人而已……
这不仅是朱由检对周顺昌为官时能“择节取苦”，被迫害致死能慷慨从容，给予高度评价，比喻为屈原、岳飞，也是对天启年间受阉党迫害的诸君子的普遍赞扬。因此，在崇祯二年（1629年）三月定逆案时，他特别强调指出，魏贼得势，一时外廷朋奸误国，阴谋指授，肆罗织以屠善良。这笔账在惩处逆案中人时已作了清算。
到了这年九月，朱由检正式下旨，为已故诸君子追赠官衔、谥号，其中就有：
故都察院左都御史赠太子太保高攀龙，谥忠宪；
故都察院左副都御史赠右都御史杨涟，谥忠烈；
故吏科都给事中赠太常寺卿魏大中，谥忠节；
故吏部员外郎赠太常寺卿周顺昌，谥忠介。
这些谥号的共同点是突出一个“忠”字，即忠于大明王朝及其象征——皇帝，其中不免带有若干愚忠成分，但他们无所畏惧地与邪恶势力搏斗以捍卫大明王朝的根本利益，这一点总是值得赞许的，朱由检表彰他们的动机也正在于此。在正义与邪恶的较量中，提倡这种精神，让人们看到在与邪恶势力搏斗中献身的价值。若干年后，这些仁人志士的后人为国家的生死存亡而赴汤蹈火，再一次演出了可歌可泣的一幕，支撑他们的仍是这种精神。