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魏忠贤一死，引起政局的极大震动，阉党的土崩瓦解是指日可待的。魏阉是一个精通权谋术数的宵小之徒，得势后倾全力结党拉派，经营自己的小山头。正如《明史·魏忠贤传》所说：“当此之时，内外大权一归忠贤。内竖（宦官）自王体乾等外，又有李朝钦、王朝辅、孙进、王国泰、梁栋等三十余人，为左右拥护。外廷文臣则崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕主谋议，号‘五虎’；武臣则田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元主杀戮，号‘五彪’。又吏部尚书周应秋、太仆少卿曹钦程等，号‘十狗’。又有‘十孩儿’、‘四十孙’之号。而为呈秀辈门下者，又不可数计。自内阁、六部至四方总督、巡抚，遍置死党。”已成盘根错节之势，不连根铲除、彻底清算，势必贻留后患。对于这一层，朱由检是有充分估计的，他决定进行一场政治大清算，为维新之治扫清道路；其他事务可以暂缓，唯独这件事必须趁热打铁，穷追不舍。
长期以来言路被魏阉钳制，不少负有监督纠弹责任的给事中、御史慑于其淫威，卖身投靠，要仰赖这些言官去清算阉党是不可能的。朱由检考虑到这一点，特地下了考选令，先后任命曹师稷、颜继祖、宗鸣梧、瞿式耜、钟炌等人为给事中，吴焕、叶成章、任赞化等人为御史，希望他们以纠弹阉党为职责，使朝政渐趋清明。此端一开，那些受蒙蔽的言官也多反戈一击，终于形成了从天启七年十一月至崇祯二年三月持续一年多的政治清算风潮。
第一步，必须对畏罪自杀的魏忠贤以及已遭贬斥的崔呈秀、客氏之流，声讨罪状，明正典刑，为清算其党羽造成舆论。
首当其冲的是号称魏忠贤“五虎”之首的崔呈秀（“五虎”，崔呈秀之外还有工部尚书吴淳夫、兵部尚书田吉、太常寺卿倪文焕、副都御史李夔龙）。朱由校驾崩后，群臣入宫行哭临礼，魏单独召见崔，屏退左右窃窃私语多时，两人究竟说了些什么，秘而不宣。据传闻，魏欲自篡，崔“以时未可而止之”。可见两人的关系非同一般，无怪乎杨维垣要抛崔保魏了。不曾料到，魏竟死在崔之前，崔的下场不妙是显而易见的。
十一月初九日，户部员外郎王守履上疏，揭发崔呈秀可杀之罪状，诸如：借口铸钱，毁太常寺所藏历代钟鼎彝器；先帝大渐时，假传圣旨，摇身一变而为兵部尚书兼左都御史等。总之是招权纳贿，诸恶备极，不杀不足以平民愤。朱由检批示：“呈秀罪状明悉，先行削籍，俟会勘定夺。”
罢官回到蓟州老家的崔呈秀获悉皇上已命三法司（刑部、都察院、大理寺）对他会勘定夺，自知难逃一死，不如自寻了断。十一月十一日他在家中与宠妾萧灵犀等人一起，摆了一桌豪奢的“送终宴”，放肆痛饮，然后把巧取豪夺来的珍异酒器摔得粉碎。这个为虎作伥的无耻之徒，带着对荣华富贵的无限依恋之情，步魏忠贤的后尘，上吊而死。
朱由检立即下令籍没崔呈秀家产。奉命查抄家产的直隶巡抚几天后上报查抄结果，共得银七万余两，金三百余两，箱柜三百余件，书籍十七号，房二十六所四千余间，田地三百余顷。显然，崔呈秀事先早已把财产转移隐匿，被籍没的还不到十分之一。
不久，廷议崔呈秀罪状，朱由检批示：“呈秀负国忘亲，通同擅权，虽死尚有余辜，法司其按律暴其罪。”
客氏也在劫难逃。就在崔贼畏罪自杀后六天的十一月十七日，太监王文政奉命把客氏从私宅押赴宫内浣衣局，严刑审讯。客氏招供：宫女八人怀孕，原来是她私自携带入宫的侍媵，妄图效法古时吕不韦故事，觊觎皇位。招供后，她立时被笞死，其子侯国兴被逮入锦衣卫诏狱。几天后，侯国兴与魏良卿同时被处死，客氏兄侄客光先、客璠等遣戍边地。
十二月二十一日，刑部、都察院、大理寺呈上魏忠贤及客氏罪状。朱由检阅后，在批示中明确提出两点意见：
第一，“忠贤串通客氏，恣威擅权，逼死裕妃、冯贵人，矫旨革夺成妃名号，惨毒异常，神人共愤。其戕害缙绅、盗匿珍宝，未易枚举。皆由崔呈秀表里为奸，包藏祸心，谋为不轨”，“元凶客氏、魏忠贤、崔呈秀，早定爰书”。
第二，“五虎李夔龙等升权骤擢，机锋势焰，赫奕逼人。五彪田尔耕等，受指怙威，杀人草菅，幽圉累囚，沉狱莫白”，“俱照各官前后所劾，着法司并行依律拟罪，以伸国法”。
主持此事的刑部尚书苏茂相、都察院左都御史曹思诚、大理寺左少卿姚士慎三人，长期追随魏阉，趋炎附势，自身并不干净，故意拖拉敷衍。皇上明言要“早定爰书”，他们拖延了一个月，迟至崇祯元年（1628年）正月二十五日才把魏、客的爰书呈上，而崔的爰书仍付阙如。看得出来，朱由检是不太满意的，于是他以谕旨的形式再次重申他对魏、客、崔罪状的看法：“逆恶忠贤，扫除厮役，凭借宠灵，睥睨宫闱，荼毒善良，非开国而妄分茅土，逼至尊而自命尚公。盗帑弄兵，阴谋不轨，串同逆妇客氏，传递声息，把持内外。崔呈秀委身奸阉，无君无亲，明攘威福之权，大开缙绅之祸。无将之诛，国有常刑。”然后，他果断下令：将魏忠贤于河间府戮尸凌迟，崔呈秀尸于蓟州斩首，客氏尸亦着斩首示众。用开棺戮尸的极刑来震慑阉党分子，并且宣布把魏忠贤、客氏的爰书刊布中外，以为奸恶乱政之戒。
在以最为严厉的方式惩处魏、客、崔三犯之后，作为第二步——清查阉党逆案，便提上了议事日程。
早在天启七年十一月六日，上林苑典簿樊维城就上疏指出：魏忠贤专擅多年，羽翼牢固，比往昔的权阉曹吉祥、刘瑾更胜一筹，手下的帮凶如崔呈秀者不止一人。几天后，樊维城再次上疏，更加深入地谈到魏忠贤党羽亟待惩处之事。他说，魏忠贤的党羽如“五虎”“五彪”之类，崔呈秀以下还有田吉、田尔耕、吴淳夫、孙云鹤、许显纯、张体乾等，个个都是应该杀头抄家的，若仅仅是罢官，只不过是碰了一下毛发而已。
此后，都察院司务许九皋上疏揭发魏忠贤的打手、锦衣卫左都督田尔耕鲸吞霸产，残害生民，侵占故相住宅，擅毁圣旨御碑。朱由检降旨将田尔耕削籍，抄没家产。户科给事中李党上疏指出，魏忠贤的“十孩儿”“五虎”之流的罪恶，远比魏、客、崔的家属（弟侄）为甚，应置之重典，不该让他们扬扬而归。朱由检批示，令三法司一并议奏。
如此这般零敲碎打显然无济于事。十二月二十三日，朱由检正式宣布：命内阁及部院大臣定阉党逆案。所谓定阉党逆案，就是对形形色色的阉党分子作一次普查，根据罪状作出惩处结论。这是彻底清算、除恶务尽的一项重大举措。当务之急是先把“五虎”“五彪”下法司议罪。三法司审议的结果：吴淳夫、倪文焕当削秩夺诰命，田吉、李夔龙当革职，田尔耕、许显纯当逮论，杨寰、孙云鹤、崔应元等当削籍。这显然是三法司官员有意包庇纵容，阉党的“五虎”“五彪”罪恶滔天，竟如此从轻发落，那么其他阉党分子还从何谈起！朱由检大为不满，以为惩处太轻，没有尽法，下旨再拟。
当时主持此事的刑部尚书苏茂相、都察院左都御史曹思诚、大理寺署事少卿姚士慎，都与阉党有着千丝万缕的联系，所谓“香火情深”，因此对“五虎”“五彪”之流曲加护持，说穿了，其目的是降低逆案的规格，以保全自己。奉旨再拟，依然阳奉阴违。结果，吴淳夫、李夔龙、田吉、倪文焕四人引“职官受财枉法”律，发边卫充军，并由各原籍抚按官追赃：倪文焕五千两（白银），吴淳夫三千两（白银），李夔龙、田吉各一千两（白银）。田尔耕、许显纯引“职官故勘平人因而致死”律，判处斩监候；崔应元、杨寰、孙云鹤引“同僚知情共勘”律，减等杖一百、流三千里、发边卫充军。很明显，三法司对阉党的这些骨干分子依然是从轻发落。此谳一定，舆论大为不平。这种不正常情况，只有在清查工作逐步深入之后才有可能改变。
在“五虎”“五彪”受到引人注目的追究的同时，清查阉党逆案的罗网逐渐撒开，那些当年卖身求荣、为虎作伥的显要人物陆续被揭发出来。
工科给事中祖重晔上疏弹劾原任内阁辅臣顾秉谦。此人天启元年（1621年）晋升为礼部尚书、掌詹事府事。魏忠贤为了扩大权势，图谋与外廷大臣勾结，顾秉谦与魏广微率先谄附，二人遂由此以东阁大学士入参机务。顾秉谦为人庸劣无耻，魏广微则阴险狡猾，二人助纣为虐，曲奉魏忠贤如奴仆。从天启四年十二月至六年九月，顾秉谦担任内阁首辅，凡陷害忠良的谕旨都出于他的票拟，臭名昭著的《三朝要典》也由他任总裁，并代朱由校拟写了御制序。天启七年（1627年）他致仕回到昆山老家。此时祖重晔揭发他为了交结魏忠贤，献媚图宠，居然捻白须甘愿呼儿认孙，官箴尽裂，廉耻已亡。朱由检考虑到他早已致仕，暂不追究，要紧的是仍在台上的实权人物。
江西道御史张
上疏对天启朝官风的不正进行了有力的抨击。他指出，官僚队伍随着魏阉气焰日炽日昌而风气愈趋愈下，附和唯恐不及，手法也日新月异：
有显而附之者，如建生祠之类；
有隐而附之者，如青衣行礼高呼九千岁之类；
有直而附之者，如动辄称功颂德之类；
有曲而附之者，如结魏良卿为兄弟，认崔呈秀为义父之类；
有拙而附之者，如以珠宝讨好之类；
有巧而附之者，如以搜括钱财为公忠，以迫害忠良为精明，忠贤意所欲去则代为驱除，意所为用则代为荐拔之类；
有先参而后附和者，起初迫于公论，后则露其本色，或原先甘为小人随声附和，今见魏阉势衰则冒为君子以护身。
种种情态，备极丑污。他特别指名揭露了刘志选、杨梦衮、李养德、朱童蒙等人的罪行。
山西道御史高弘图接连三次上疏，反复强调：“五虎”“五彪”之流对于魏忠贤，不过是杀人媚人、遗千秋之臭名而已，真正倾危社稷、动摇宫闱、争做反叛之羽翼的是刘诏、刘志选、梁梦环三贼，其罪过于虎彪，应依律议处。
天启初年，刘志选年已七十余，还嗜于钻营，因追论红丸案被魏忠贤看中，召为尚宝少卿，又升为顺天府丞。魏忠贤借打击国丈张国纪以动摇皇后张氏，图谋立魏良卿女为后。刘志选附和唯恐不及，上疏弹劾张国纪，散布种种流言。梁梦环历官御史，父事忠贤，狱杀杨涟。刘志选弹劾张国纪，魏忠贤意未逞，梁梦环获悉后驰疏极论张国纪，企图再次动摇中宫。刘诏以总督蓟辽保定军务进兵部尚书，嗜利无耻，父事忠贤，为之建立四处生祠，迎忠贤像五拜三稽首，呼九千岁。朱由校病危时，刘诏整兵三千，以崔呈秀亲信为将领，直入都门，居心叵测。
山西道御史刘重庆上疏揭发魏忠贤的亲信太监李永贞、刘若愚、李实。李永贞以粗通文墨之秀才自阉入宫，凡魏所欲作之恶及未竟之毒，必先意以奉迎，或后事以促成。刘若愚作为李永贞之帮凶，为了陷害忠良，律所不载可以发明，例所未有可以创造。李实作为苏杭织造太监，诬劾周起元、周顺昌等人。若不立即刑之西市，恐诸臣必不瞑目于地下。朱由检下旨，令法司拟罪。不久又命将许显纯与李实、李永贞、刘若愚一并下刑部提审正法。
这一案件的审理过程中，有一个小插曲颇耐人寻味，从中可以看出朱由检不仅要除恶务尽，而且要尽可能公平执法、不随意冤枉无辜的细致作风。
事情是这样的：周起元等人被逮捕，起因于李实上疏诬劾，御史刘重庆上疏揭发，李实不服，答辩道：上疏的奏本系空印纸，乃魏忠贤逼取，由李永贞填写而成。朱由检查验了奏本，果然是墨在朱印之上。于是，他特地召见群臣，向署理部务的刑部侍郎丁启睿问道：“李实一案，有疑惑无疑惑？有暗昧无暗昧？”丁启睿答：“奉旨九卿科道会问过，据实回奏。”朱由检问：“李实何以当决不待时？”丁启睿答：“李实与李永贞构杀七命，不刑自招。”朱由检说：“岂有不刑自招之理！”便转问吏部尚书王永光，王永光说：“李实初不肯承（认），及用刑，然后承认。”朱由检说：“重刑之下，何求不得！李实为魏忠贤追取印信空本，令李永贞填写，如何含糊定罪？”丁启睿一听此言，自知理屈，便推托道：“威福出于朝廷，一凭圣裁。”朱由检借此事发挥道：“持法要平，朕岂为李实？尔‘五虎’‘五彪’缘何不问他决不待时？”以后再次召对时，朱由检特地把李实原疏出示给阁臣，说：“卿等可详观之，看是朱在墨上、墨在朱上？”诸阁臣详阅良久，都说果然是墨在朱上。朱由检说：“可见是空头本！”然后又叫九卿科道传阅，所见略同。既然没有异议，朱由检便命阁臣改拟谕旨：李永贞决不可待时，刘若愚次一等，李实又次一等。李永贞被处死后，刘若愚、李实获释。刘若愚幽囚时痛己之冤，而恨王体乾、涂文辅辈之得漏网，作《酌中志》一书以自明，为后人留下了万历、天启间宫中政事的可贵记录。这一事件显示了朱由检在定阉党逆案时，除了大刀阔斧的一面之外，还有细致绵密的另一面。
清查阉党逆案的斗争在朱由检的部署下逐渐向纵深进展。作为第三步，必然要涉及《三朝要典》一书。
《三朝要典》是魏忠贤得势后，为迫害忠良、擅权乱政而作的。此书重新评判万历、泰昌、天启三朝发生的梃击、红丸、移宫三案，编造了种种诬陷不实之词。因为在这三案中受到非议的人，现时大多投奔到魏忠贤门下，他们竭力想翻案，以洗刷污点，同时要借移宫案惩处当时主持此事的杨涟、左光斗、惠世扬、周朝瑞、周嘉谟、高攀龙等正直人士。首先由御史杨维垣出马，推翻梃击案的结论，导致当年主持此案审查、现任刑部侍郎的王之宷革职为民。而后由给事中霍维华全盘推翻梃击、红丸、移宫三案的结论。霍维华的奏疏洋洋洒洒几千字，攻击了刘一燝、韩爌、孙慎行、张问达、周嘉谟、王之宷、杨涟、左光斗、周朝瑞、袁化中、魏大中、顾大章等人。因此当时人们评论说：“此疏乃一部三朝要典也。”那意思是说，霍维华的奏疏实际是《三朝要典》的雏形。无怪乎魏忠贤看了要大声喝彩：“这本条议一字不差！”在魏忠贤的授意下，于天启六年（1626年）正月开馆纂修，经过几个月的炮制，二十四卷的《三朝要典》出笼了。参与总裁此书的有内阁辅臣顾秉谦、李绍轼、黄立极、冯铨，副总裁有礼部侍郎施凤来、杨景辰、詹事姜逢元等。内阁首辅顾秉谦代朱由校拟写的御制序冠于其首，企图以这种钦定的方式来钳制天下舆论。
如何看待先帝钦定的这部著作，这在当时无疑是敏感的政治问题。就其内容而言，这部书与当前政治形势已格格不入，必须予以否定；然而要否定它，又碍于先帝的御制序，谈何容易！如果绕开它，或者搁而不议，那么清查阉党逆案势必虎头蛇尾，不了了之。
崇祯元年（1628年）三月，新授南京兵部武选司主事别如纶首先触及这一问题。他指出，皇上登极后，霾雾全消，但是非未定，这就是《三朝要典》。《三朝要典》中指为奸邪而斥逐的，都是皇上许恤、许谥、许为理学节义之人，如果仍要执要典为信史，还有是非可言吗？许显纯之流当日受魏忠贤指使，迫害杨涟、左光斗等人的所谓供词都载在要典，难道不应删削吗？崔呈秀已籍家戮尸，他写的一篇疏文赫然列于要典篇末，难道还要保存，而与皇上圣意相悖吗？因此，他请求皇上对《三朝要典》的是非重新加以判定。
也许由于别如纶对《三朝要典》的批判没有抓到要害，也许由于朱由检对此缺乏足够的思想准备，他没有同意这一请求。他批示道：“《要典》纂修虽在逆党窃柄之年，实天启前事，史臣如曾楚卿等被逐几尽，书成绝不加恩。书中人品不同，议论各异。孔子云：不以言举人，不以人废言。朕仰承谟烈，俯察品流，存是书以定君臣父子之衡，虚其心以画用舍进退之法，本自画一，有何矛盾？别如纶妄言，姑不问。”因为别如纶在奏疏中强调了《三朝要典》的纂修史臣“断案”，多与皇上圣意矛盾，把朱由检置于与朱由校矛盾的境地，他很不高兴，反诘道：“有何矛盾？”其实矛盾是存在的，只是朱由检不喜欢过于张扬。
事隔一月，翰林院侍读倪元璐再次上疏提及此事，并且把别如纶删裁《三朝要典》的意见升格为销毁《三朝要典》。这一回，朱由检却毫无反感地欣然同意。关键就在于倪元璐的分析恰到好处。他在题为《公议自存私书当毁》的奏疏中以寥寥数语点破了《三朝要典》的政治目的：“杨涟（弹劾魏忠贤）二十四罪之疏发，魏广微此辈门户之说兴，于是逆珰杀人则借三案，群小求富贵则借三案。经此二借，而三案之面目全非矣。”这实在是令人佩服的深刻剖析：表面上是修史，实质上是借歪曲历史来镇压反对派。中国历来有借古讽今的传统，想不到魏忠贤竟可以借史杀人，宵小之徒竟可以借史升官，经此“二借”，历史变得面目全非了。基于这种分析，倪元璐说：“由此而观，三案者，天下之公议；《要典》者，魏氏之私书。改亦多事，惟有毁之而已。逆党之遗迹一日不灭，则公正之愤千年不释！”他在列举了四条应当销毁的理由后，向皇上建议：立即将《三朝要典》锓版毁焚，仍命阁臣开馆纂修《天启实录》，捐化成心，编纂信史。
朱由检看了这道奏疏，改变了先前的看法，与倪元璐颇有同感，本拟立即同意倪元璐的建议。然而，内阁辅臣来宗道代皇上票拟的谕旨却这么写道：“这所请关系重大，着礼部会同史馆诸臣详议具奏。”朱由检看了很不满意，便在下面补写了“听朕独断行”五字。这五个字透露出他对阁臣暧昧态度的反感，表明了一切得由他说了算数，其他人不得在这件事上说三道四。
这个来宗道，当时人戏称为“清客宰相”，与魏忠贤、崔呈秀关系非同一般，所以对倪元璐抨击魏、崔不以为然，讥笑说：“渠何事多言？词林故事，止香茗耳。”在他看来，翰林院的词臣不过是喝茶清谈的闲职，何必要来惹是生非！仅此一例亦足以说明当时定阉党逆案，来自内外的各种阻力实在是不小的。
礼部会同史馆诸臣详议，大多倾向于《三朝要典》拟毁。翰林院侍讲孙之獬仿佛感受到了灭顶之灾，跑到内阁力争不可毁，说罢号啕大哭，声彻内外。继而又写了一道奏疏，再三强调《三朝要典》不可毁的理由。御史吴焕上疏驳斥，抓住孙之獬说《三朝要典》不可毁的主要依据——熹宗的御制序岂可投之于火，批驳“这是以御制二字压皇上不敢动”；又对孙之獬所说“皇上同枝继立，非有胜国之扫除，何必如此忍心狠手？于祖考则失孝，于熹庙则失友”的论点，给予层层批驳。他认为这是功罪不明，邪正颠倒，所以辩言乱政，邪说横行，请皇上速将孙之獬革职。来宗道接到吴焕的奏疏后，又竭力调护孙之獬，代皇上票拟一旨说：“孙之獬已经回籍，词林闲局，不必过求。”兵部尚书霍维华当年是翻三案的急先锋，受魏阉赏识后步步高升，如今生怕连累及己，上疏言《三朝要典》稍加删正即可，不必销毁。由此可见，如不销毁《三朝要典》，势必为阉党余孽留下回旋余地，后患难以估量。
经过充分的舆论准备，朱由检不顾涉及熹宗御制序，不顾“忍心狠手”之讥，于五月初十日毅然决定销毁《三朝要典》。他说：“朕惟皇祖皇考洎于熹皇，止慈止孝，炳若日星，载之实录，自足光照盛美。乃复增《三朝要典》一书，原不能于已明之纲常复加扬阐，徒尔刻深傅会，偏驳不伦，朕无取焉。可将皇史宬内原藏一部取出毁之，仍传示天下各处官府学宫所有书板，尽毁不行。自今而后，官方不以此书定臧否，人材不以此书定进退。”真是快刀斩乱麻，痛快淋漓，毫不拖泥带水。这就是他先前所说的“听朕独断行”的结论，不但明确宣布销毁《三朝要典》，而且郑重申明，今后不得以此书的论调对人才定臧否进退。他并不因为书前有先帝的御制序便讳莫如深，缩手缩脚。倘若凡是先帝作出的决定都不可推翻，那么定阉党逆案，推行新政，根本无从谈起。这种不拘泥于一时一事毁誉的雷厉风行作风，显示了一个成熟政治家的内在气质。
在朱由检的大力策动下，清查逐步引向深入，一些善于变色的两面派，以及隐藏较深的人物，陆续被揭发出来。杨维垣、霍维华之流千方百计地为自己“弥缝”，企图蒙混过关。杨维垣首先演出了“丢车保帅”的把戏，霍维华则摇身一变，仍以兵部尚书协理戎政，企图以行边督师暂避锋芒。此时，两人先后被人们揭发。
先是贵州道试御史任赞化上疏指出，“天下不患有真小人，而患有伪君子”。伪君子是谁？就是改头换面的杨维垣！杨维垣原本与崔呈秀是一丘之貉，之所以攻崔，是因为“见势之将败，而翻身于局外”，妄想“借击崔之名立身于风波不到之地”。对于杨维垣这种机灵善变的角色，朱由检指示有关衙门核议。几天后，广西道御史邹毓祚也上疏揭发杨维垣，说他是逆党私人，占气得先，转身得捷，贪天为功，卖名市重。邹毓祚同时还弹劾礼科给事中李恒茂，与“十孩儿”之一的李鲁生、李蕃号称“三李”，为杨维垣密友，声势薰灼，京都有民谣曰：“官要起，问三李。”李鲁生、李蕃已遭劾免，李恒茂也应予以处分。朱由检阅疏后降旨：太仆寺添注少卿杨维垣削籍，礼科给事中李恒茂免官。
霍维华是工科给事中颜继祖上疏弹劾的。颜继祖斥责霍维华“满面骄容，浑身媚骨”，以一个给事中之小官，三年而骤升至尚书，无叙不及，有赉必加；又善于占风望气，魏阉势炽时借刀杀人不任其怨，魏败则攻魏以塞责，反收其名。朱由检接疏后，随即下旨，罢霍维华行边之遣。两天后，礼科给事中阎可陛、户科给事中汪始亨、山东道试御史戴相，分别上疏揭露霍维华实为魏忠贤“五虎”之一。崔呈秀为“山头虎”，霍维华为“云中虎”，当时官场盛传一句政治谚语：“蓟州当前，东光接武。”所谓蓟州指蓟州人崔呈秀，东光指东光人霍维华，两人丑态在这八个字中流露无遗。朱由检阅疏后，下旨免去了霍维华协理戎政兵部尚书之职。
此后，更多的达官贵人被揭发出来。原任督理辽饷户部尚书黄运泰、兵部尚书阎鸣泰，“摇尾乞怜，胁肩屏息，魏、崔欲用即用之，欲升即升之，欲削夺即削夺之，甚至欲公则公，侯则侯，伯则伯，婢膝奴颜，如鬼如蜮”，被皇上褫职为民。原任工部尚书孙杰，身藏袖珍手折，胪列朝野正直人士姓名，称为门户，提供给魏忠贤排斥异己时参考，被皇上下旨削籍。已故原内阁辅臣魏广微也未能逃脱。此人以同乡同姓被魏忠贤格外器重，又把内阁大柄拱手授予魏忠贤，遂致奸焰横张，毒遍海内。朱由检接到廷臣交相弹劾的奏疏，考虑到魏广微已死，原本不欲惩处，待到罪状明朗化，也以为非惩处不可。他指示廷臣说：“故辅魏广微逞臆借威，钳害朝政，以国家大柄授手逆珰，毒遍海内，广微实为祸首。会论佥同，朕不敢私，以先朝焦芳例，除名为民，追夺恩荫，以为人臣附奸不忠者之戒。”
与魏广微狼狈为奸的顾秉谦此时仍在昆山老家逍遥自在，几经弹劾仍未损其毫毛。当地百姓怒不可遏，终于引发出六月五日火烧顾府的民众暴动，知县衙门束手坐视。此后揭发顾秉谦罪状的揭帖到处流传，民情更加激愤：七月十三日，百姓聚众捣毁顾府部分房屋；七月二十四日，愤怒的人群斩门入室，洗劫资财，纵火焚烧。年已八十的顾秉谦仓皇逃命，窜入附近渔舟躲藏才幸免一死。乡民的自发暴动，反映了崇祯初年一般民众对阉党的仇恨心理，由此可见，定阉党逆案是顺应民心之事。
自从天启七年十二月二十三日朱由检正式下令定阉党逆案以来，阉党重要成员已陆续曝光，罪状昭示于天下，定案的条件成熟了。崇祯二年（1629年）正月十七日，朱由检召见内阁辅臣韩爌、李标、钱龙锡及吏部尚书王永光等，要他们确定逆案名单。他对韩爌等人说：
朕欲定附逆人罪，必先正魏、崔、客氏首逆，次及附逆者；欲分附逆，又须有据。今发下建祠、称颂诸疏，卿等密与王永光、左都御史曹于汴在内阁评阅。如事本为公而势非得已，或素有才力而随人点缀，须当原其初心，或可责其后效。惟是首开谄附，倾陷拥戴，及频频颂美，津津不置，并虽未祠颂而阴行赞导者，据法依律，无枉无徇。卿等数日内确定，不许中书参预，阁臣看详讫，分款书名，再同刑部尚书乔允升据依律例，各附本款。
这是朱由检确定的定阉党逆案的方针，既体现除恶务尽的宗旨，又要区别情况分别对待，并且特别关照要秘密地在高层商定，以免受到外界的干扰。这样做，无疑是必要的、正确的。但是身当重任的那些阁部大臣至此反而显得畏首畏尾，力图以和稀泥的方式了结此事。韩爌、钱龙锡都不想广搜树怨，第一次报上去的名单仅开列了四五十人。朱由检看了很不高兴，下令再广泛搜求，都应当重处，至少也应削籍。
第二次报上去的名单仍然只有几十人，朱由检发怒了，斥责韩爌等阁臣不称旨，说：“忠贤一人在内，苟非外廷逢迎，何遽至此？其内臣同恶，亦当入之！”
阁臣们以外廷不知宫内事为借口，表示为难。
朱由检一针见血地批评他们：“岂皆不知，特畏任怨耳！”
过了几天，朱由检再度召见阁臣，要他们看看黄包袱内为魏忠贤歌功颂德的“红本”（奏疏），说：“珰实迹也，宜一一按入之。”
阁臣至此才明白势难遗漏，便寻找借口推脱：“臣等职司票拟，三尺法非所习也。”再次表现了畏缩不前的怯懦之态。
朱由检无奈，只得转而委托吏部尚书王永光，孰料王永光也不愿独挑这副重担，说：“吏部止谙考功法耳，不习刑名。”其实王永光心中有鬼，不久就有言官指责他阴附阉党，现在又企图“曲庇香火，借为己地”。
朱由检不得已，召刑部尚书乔允升据律定案。
二月二十六日，朱由检召见阁臣及刑部尚书乔允升、都察院左都御史曹于汴，对他们呈上来的第三份名单仍不满意，责问道：“张瑞图、来宗道何不在逆案？”
阁臣答：“无事实。”
朱由检说：“瑞图善书，为珰所爱，宗道祭崔呈秀母，文称‘在天之灵’，其罪著矣？”继而又问：“贾继春何以不处？”
阁臣答：“其请善待选侍，不失厚道，后虽改口，觉反复，其持论亦多可取。”
朱由检说：“惟反复，故为小人。”随即要他们补入遗漏者，重拟第四份名单。
三月十九日，朱由检以谕旨的形式公布了钦定逆案。他在谕旨中说：
逆竖魏忠贤初不过窥颦笑以市阴阳，席宠灵而希富贵，使庶位莫假其羽翼，何蠢尔得肆其嚣张，乃一时朋奸误国，实繁有徒……特命内阁部院大臣将祠颂红本参以先后，论劾奏章分别拥戴谄附建祠称颂赞导诸款，据律推情，首正逆奸之案，稍宽胁从之诛，其情罪未减者，另疏处分，姑开一面。此外原心宥过，纵有漏遗，亦赦不究。
除首逆魏忠贤、客氏已明正典刑，其余共列七类：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人。
前三类是罪大恶极分子：
一、首逆同谋六人，俱依谋大逆减等拟斩：
兵部尚书崔呈秀，宁国公魏良卿，锦衣卫都指挥使侯国兴，太监李永贞、李朝钦、刘若愚。
二、结交近侍十九人，俱依谄附拥戴引交结近侍奸党律论斩：
提督操江右佥都御史刘志选，太仆寺署御史梁梦环、倪文焕，兵部尚书田吉，总督蓟辽兵部尚书兼右副都御史刘诏，太仆寺少卿孙如冽、曹钦程，大理寺寺副许志吉，刑部尚书薛贞，工部尚书吴淳夫，右副都御史李夔龙，丰城侯李承祚，监生陆万龄，锦衣卫左都督田尔耕、许显纯，锦衣卫同知崔应元、张体乾，锦衣卫右都督孙云鹤、杨寰。
三、结交近侍次等十一人，俱依引交结近侍奸党律，减本罪一等遣戍：
大学士魏广微，工部尚书徐大化，吏部尚书周应秋，兵部尚书霍维华，御史张讷，总督尚书阎鸣泰，太仆寺少卿李鲁生，右副都御史杨维垣，南京兵部右侍郎潘汝桢，昌平都督郭钦，孝陵太监李之才。
后四类为从逆分子，惩处较轻，如结交近侍又次等判处削籍的有：大学士冯铨、顾秉谦、张瑞图、来宗道，户部尚书郭允厚，工部尚书薛凤翔，太仆寺少卿李蕃，工部尚书孙杰，户部尚书张我续，延绥巡抚朱童蒙，工部尚书杨梦衮，右都御史李春茂，吏部尚书王绍徽，左都御史曹思诚，光禄寺卿阮大铖，漕运户部尚书李精白等。又如祠颂照不谨例冠带闲住的有：大学士黄立极、施凤来、杨景辰，吏部尚书房壮丽，督师辽东兵部尚书王之臣等。
朱由检亲自为清查逆案确定方针，并再三督促阁部大臣，一定要做到无一遗漏，除恶务尽，因此从原先惩处四五十人发展到二百五十八人。这些人在阉党肆虐时代为魏贼迫害忠良充当帮凶爪牙，为魏贼擅权乱政吹喇叭抬轿子，真不知人间还有羞耻二字。不彻底清算这批阉党分子，朱由检要想当个握有实权的皇帝，推行新政，几乎是不可能的。
由此看来，定逆案以这种方式而终结，是有其必要性与合理性的。当然，其中难免有处置不妥的地方，从而引起后人的非议。夏允彝就如此评论道：
……于是案所罗列甚广，几无一遗矣。其不妥者，如杨维垣首参呈秀，不宜入也，其以力扼韩爌、文震孟之出，遂处以谪戍；虞廷陛曾参孙居相，于赵南星原无弹章以纠，南星误处之；吕纯如虽有讼珰之疏，疏至，熹庙已宾天，霍维华取其疏稿削去之矣，竟据邸报亦入之。此何等事，而草草报入，致被处者屡思翻案，持局者日费提防，纠缠不已。南都再建，逆党翻而宗社墟矣。此则当局者之咎也。
夏允彝所举事例或者不无可商榷之处，但其结论却令人难以恭维。他把逆案中人屡思翻案归咎于当局者定案时罗列太广且太草草了事，显然是过于意气用事的偏执之见。崇祯一朝不断有逆案中人企图翻案，及至弘光朝此种翻案风更加嚣张，不仅说明了定逆案时除恶务尽的方针是多么必要，而且从反面说明由于主事大臣们手下留情，从轻发落了一些要犯，从而留下的后患是多么严重。政治风云变幻莫测，权力之争残酷无情，即使当初定逆案时慎之又慎，事过境迁仍然会有人跳出来翻案。夏允彝的上述论调，实在是不谙世事复杂的书生之见。
有明一代，宦官擅权造成政治祸乱共有三次，即王振、刘瑾、魏忠贤，一次甚于一次，而魏忠贤之乱几亡社稷。原因就在于阉宦与朋党合而为一，结成所谓阉党。正如当时人文震孟所说：“振、瑾之时，小人附之者，犹视为旁门曲径，惟恐人知……逆贤之时，小人附之者视为康庄大道，共知共见。凡为正人者，为小人所恶，即为逆贤所仇，不必其积怨逢怒于己也。夫一人之仇有限，以众小人之仇仇天下，而君子始涤地无类矣。”在这种背景下，若对阉党逆案不作彻底清算，而心慈手软，瞻前顾后，势必铸成历史性错误。由此看来，朱由检排除种种干扰，对阉党进行最大限度的清算，具有政治家的远见卓识，表现出了临危不惧的大智大勇气质，无论对明朝社稷而言，抑或对中国历史而言，都是值得称道的有声有色的大手笔。