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朱由检登极后，劈面遇到的棘手问题，便是如何处置专擅朝政、气焰嚣张的客氏与魏忠贤。如果听之任之，放任客、魏继续为非作歹，那么他就可能成为第二个朱由校——当一个傀儡皇帝，这是这个刚毅自强的人所不能容忍的。
而魏忠贤则故伎重演，在朱由检即位不久就进奉绝色女子四名，既是讨好，又是迷惑。朱由检其人与他的列祖列宗绝不相同的一点，就是不好女色。对于魏忠贤进奉的绝色女子本不想接受，又恐引起魏的疑心，便接受了。入宫后，对四名女子搜遍全身，并无可疑之物，只见各人都在裙带顶端佩香丸一粒，大小如同黍子，名叫“迷魂香”。此物十分奇特，男子一接触便产生迷魂效应，欲心顿起。朱由检毫不犹豫地命她们毁弃这“迷魂香”。又一个晚上，朱由检与大臣议论朝政后正在静心思考，忽然一阵阵奇异的香味幽幽传来，似有若无，缕缕不绝。他这个不近声色的人也不由得闻香心动了，立即命近侍太监秉烛检查，查遍了壁隅，竟一无所见。过了一会，望见远处殿角有微弱的火星闪烁，前往一查，见一小宦官持香端坐于复壁内。一审问，原来是魏忠贤派来的。朱由检不由得长叹一声：“皇考皇兄皆为此误！”他不愿成为如同皇兄那样听任客、魏摆布的昏聩君主，但是要摆脱他们二人并不是一件易如反掌的事情。
客、魏一个自称“老祖太太千岁”，一个自称“九千岁”，宫内宫外都布满了亲信党羽，内外呼应，盘根错节，朝廷上下都在他们的控制之下，稍有不慎，局面就难以收拾。朱由检毕竟不同于他的皇兄，是一个极有主见、极有韬略的君主，以大智若愚的姿态应对自如。一方面，他摆出若无其事的样子，把精力集中于册封后妃及筹办熹宗丧葬事务上，不让客、魏感到有什么异常动态；另一方面，他一如熹宗在世时那样，继续优容客、魏，对弹劾客、魏及其党羽的奏章一概置之不理，给客、魏之流造成错觉。
即位次日，他要礼部详议追尊生母贤妃刘氏，以尽他对母亲多年思念的一片孝心。正如他给礼部的谕旨所说的那样，“庆源有自，礼必隆于所生；孝思永言，施必由于亲始”。几天后，他要礼部挑选吉日册封元妃周氏为皇后。礼部遵旨于九月二十一日议定，追谥圣母贤妃刘氏为孝纯皇太后，并选定九月二十七日册立周氏为皇后，由英国公张惟贤持节，大学士黄立极捧册，大学士施凤来捧宝，举行册封礼。礼毕后，朱由检接受百官表贺，并把皇后之父周奎由南城兵马司副指挥提升为右军都督同知，任命皇后的兄长周文炳、周文耀为兵马司副指挥。
与此同时，朱由检命大学士施凤来会同司礼监太监、工部尚书侍郎、礼工二部郎中、钦天监监正等官员，选择大行皇帝的陵墓。不久，选中了潭峪岭，择日兴工。他还要这些大臣兼顾圣母（朱由检生母）陵墓的迁葬事宜。
十月十五日，朱由检开始了作为皇帝的传统教育——日讲。这天，他来到文华殿，听礼部侍郎孟绍虞、翰林院侍讲徐时泰等官员讲解《大学》、《尚书》首章，以及《帝鉴图说》一则。三天后，他决定免讲《帝鉴图说》，改讲《祖训》《通鉴》。
一切如同往昔新帝登极一样，按部就班，丝毫没有什么异常。
然而，对于客氏和魏忠贤两人，这种平静似乎于无声处听惊雷，惶惶不可终日。
九月初一日，魏忠贤率先向皇上提出辞去东厂总督太监的职务，朱由检明确表示不许。
九月初三日，客氏请求从宫中迁回私宅，朱由检批准了。这显然是把客、魏二人分开的重要一步，但又不露痕迹。客氏是作为朱由校的乳母兼保姆的身份居于宫中的，朱由校即位后不久就举行了大婚，按理有皇后及妃嫔侍奉在侧，客氏早就应从宫中迁出了。天启二年（1622年）在外廷官员的舆论压力下，朱由校不得不命客氏于六月九日出宫。但是随即给内阁发去一道谕旨：“客氏朝夕侍朕，今日出宫，午膳至晚未进。暮思至晚，痛心不止。着时进内奉慰，外廷不得烦激。”此后，客氏仍在宫中居住，出宫之事不了了之。
这个客氏，实在是一个不简单的女人。她姓客，名巴巴，原本是定兴县人侯巴儿（又名侯二）之妻，十八岁时被选入宫中充任由校的乳母。她为人妖艳，常有秽闻传出，由校大婚之前，她已“先邀上淫宠”。朱由校即位不过十天，便封客氏为奉圣夫人，出入形影不离。及至朱由校完婚，册立张氏为皇后、王氏为良妃、段氏为纯妃，客氏心中不悦，朱由校不得不用重赏抚慰，宠幸较前更甚。偶尔外出，用八抬大轿，路人避让不及，立遭棍笞。给事中朱钦相、倪思辉上疏指责，反遭降职处分；御史王心一上疏申救朱、倪二人，也被贬官三级。
魏忠贤为了窃权，千方百计地巴结客氏，花费五百两银子办了一桌六十道菜肴的酒席，邀她同饮。客氏也欲利用魏忠贤以巩固自己的地位，于是两人一拍即合，沆瀣一气，关系非同一般。正如夏允彝所说：“客氏者，熹庙之乳母，而与忠贤私为夫妇者也。上于庶务皆委不问，宫中惟忠贤与客氏为政。”而且两人配合默契，“忠贤告假，则客氏居内；客氏告假，则忠贤留中”。
客、魏对三朝元老太监王安心存疑虑，表面上魏忠贤对他百般恭顺，一见面就撩衣叩头，非呼不应，非问不答。天启元年（1621年）五月，朱由校命王安为司礼监掌印太监，王安力辞，客氏一面劝皇上接受其辞呈，一面与魏忠贤密谋处死王安。魏忠贤还有点犹豫，不忍下手，客氏说：“尔我孰若西李，而欲遗患耶！”这是指当年王安挺身而出迫使西李移宫一事。魏忠贤这才嗾使给事中霍维华弹劾王安，矫旨降王安为南海子净军，然后把曾趁西李移宫时偷盗珍宝的太监刘朝释放出狱，充任南海子提督，借他的报复心置王安于死地，身首异处，肉喂狗彘。魏忠贤的肆恶，如危害皇后所生长子，迫害裕妃、成妃，任用王体乾为司礼监太监等，都是客氏一手促成的。
客氏在宫中乘小轿，由宦官扛抬，自视为朱由校八母之一。每逢她的生日，朱由校必亲自前往祝贺，升座劝酒。她前往自己私宅，有内侍王朝忠等数十人身穿红衣前呼后拥。她乘轿到乾清宫看望朱由校，侍从之盛不下于皇上。她出宫入宫，必传特旨，清尘除道，内臣都蟒袍玉带步行排队，客氏则盛服靓妆，乘锦玉辇。随从宫婢数百人，前提御炉，焚爇沉香、龙涎香，氤氲如雾。纱灯、角灯、红蜡、黄炬、亮子数千，耀如白昼。呼殿之声远近数里，清彻悠长，拟于警跸。她到私宅，在大厅升堂登座，从管事到近侍挨次叩头，高呼“老祖太太千岁”之声喧阗震天。
熹宗一死，客氏留居宫中显然已无任何理由，她不得不提请皇上批准出宫。朱由检顺水推舟，立即批准：“奉圣夫人客氏出外宅！”客氏接到准出外宅的圣旨后，于五更起身，穿缞服赴熹宗灵堂祭奠一番，然后从一个小盒中取出黄龙绸缎包袱，把熹宗幼年时的胎发、痘痂以及历年剪下的头发、指甲等焚化，痛哭而去。客氏对熹宗复杂的感情，以及从此丧失“老祖太太千岁”权位的某种失落感，一并从哭声中喷发而出。
客氏出宫虽是名正言顺的事情，但对于魏忠贤及其党羽无疑是一大震慑。
因巴结客、魏而成为司礼监掌印太监的王体乾预感到事态之严重，立即于次日向皇上提出辞职。朱由检明白这又是一次试探，不允。王体乾为人柔佞深险，从尚膳监太监升为司礼监秉笔太监；王安辞去司礼监掌印太监一职之后，他急谋于客、魏，获取了这一太监中的最高职位。此后一意附和客、魏，为之效力。按宫中制度，司礼监掌印太监地位在秉笔太监及掌东厂太监之上，但王体乾为了讨好魏忠贤，破例把自己置于魏忠贤之下，因此魏忠贤对他一无所忌。目不识丁的魏忠贤按惯例不得为司礼监太监，因为客氏的作用，被朱由校任命为司礼监秉笔太监兼掌东厂。既然不识字，就无法代皇上“秉笔”，一切全由王体乾代劳，做他的“谋主”，凡遇票红文书及改票，都出于王体乾之手。朱由检深知此中奥秘，暂不触动王体乾，也就稳住了魏忠贤。
然而，对政治十分敏感的大臣们还是嗅出了其中的微妙变化。
九月十四日，由右副都御史调任南京通政使杨所修上疏弹劾魏忠贤的亲信兵部尚书崔呈秀、工部尚书李养德、太仆寺少卿陈殷、延绥巡抚朱童蒙等人。理由是十分冠冕堂皇的，而且与天启朝政治了无关涉。他说，皇上御极，首崇圣母之封，表明以孝治天下。但是近日丁忧的崔呈秀、李养德、陈殷、朱童蒙等人，父母过世，都因先帝夺情而留任，有悖以孝治天下的准则，希望皇上准令他们辞官回籍守制，以明万古纲常。他还指责主持人事工作的吏部尚书周应秋没有恪守职责，负恩宠而愧统均之任。“醉翁之意不在酒，在乎山水之间也。”很明显，杨所修的言外之意是请皇上在以孝治天下的幌子下让崔、李、陈、朱等魏忠贤亲信回家服丧守制，削夺其权力。朱由检何尝不想这样做，只是时机还不成熟。他不但没有接受这一建议，反而下旨斥责杨所修“率意轻诋”。
遭到弹劾的崔呈秀、李养德毕竟心虚，陆续上疏请求辞官回乡守制，皇上下旨慰留，不允所请。被指责为漫无主持的周应秋也上疏请求罢职，皇上也下旨慰留。
这些举措，令老奸巨猾的魏忠贤如堕五里雾中，不知皇上究竟意欲何为。为了试探虚实，他在九月二十五日向皇上乞求停止为他建造生祠的活动。为此，不识字的魏忠贤特地命亲信代他写了一本奏疏呈给皇上。朱由检看了他的《久抱建祠之愧疏》，提笔批复道：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”从这些话中揣摩，皇上对魏忠贤的建生祠似乎采取一种既往不咎的态度。其实不然，这不过是权宜之计，账还是要算的，只是时机未到。
建生祠是魏忠贤擅权乱政的一大罪状，是他政治野心的大暴露。祠，也称祠堂，原本是祭祀死去的祖宗或先贤的宇庙。为活着的人建祠称为生祠，是那个专制时代畸形心理的产物，是魏忠贤的党羽为了迎合其漫无底止的政治野心的一种无耻献媚举措。为了某种政治目的，也为了个人的飞黄腾达，一向以饱读儒家经典自诩的官僚们常常会干出令一般百姓目瞪口呆、违背伦理道德的咄咄怪事，建生祠的滚滚热浪便是其中之一。
始作俑者是浙江巡抚潘汝桢。他在天启六年（1626年）闰六月初二日向朱由校提出：“请立魏忠贤生祠，用致祝釐。”朱由校当即批准：“据奏，魏忠贤心勤体国，念切恤民，宜从众请，用建生祠。”而且还为生祠赐额曰“普德”，命锦衣卫百户沈尚文等永守祠宇。
此例一开，各地官僚请建生祠者成风。应天巡抚毛一鹭建祠于苏州虎丘，蓟辽总督阎鸣泰建祠于蓟州、密云，宣大总督张朴建祠于宣府、大同，山西巡抚曹尔桢建祠于五台山。不但遍布各地，而且还建到了京城：工部郎中曾国桢建祠于卢沟桥侧，巡视五城御史黄宪卿建祠于宣武门外，顺天府尹李春茂建祠于宣武门内。甚至建到了皇帝祖坟边上：孝陵卫指挥李之才建祠于孝陵前，总督河道薛茂相建祠于凤阳皇陵旁。如此这般，短短一年中一共建造了魏忠贤生祠四十处，建祠之风愈刮愈猛，为魏忠贤歌功颂德的声浪达到了无以复加的地步。无怪乎李逊之说：“疏语皆扬诩赞叹，几同劝进；旨亦骈语相答，称颂惟恐不至。”朱长祚也说：“窃观一刑余之人，而天下贡谀献媚、忍心昧理之徒，翕然附和而尊崇之，称其功如周、召，颂其德如禹、汤，以至遍地立祠，设像而祝釐焉。呜呼，当此岁祲民匮之日，一祠之费，奚啻数万金哉！飞甍连云，巍然独峙于胜境；金碧耀日，俨如无上之王宫。各题其额，则曰：崇德茂勋，普惠报功。两翼其坊，则曰：三朝捧日，一柱擎天。”
更有甚者，不知从哪里冒出来一个无聊文人国子监生陆万龄，居然向皇上提出以魏忠贤配祀孔子，以魏忠贤之父配祀孔子之父，在国子监西侧建魏忠贤生祠。他痴人说梦般地信口胡诌什么魏忠贤芟除东林党犹如孔子之诛少正卯，魏忠贤编《三朝要典》犹如孔子之笔削《春秋》。一个尊奉孔子为大成至圣先师的读书人，恬不知耻地要让文盲阉竖配祀孔子，简直是斯文扫地，辱没先师！居然还博得了一些人的喝彩叫好，可见士风日下、道德沦丧已经到了何等地步！
如果朱由校不死，这种神化魏忠贤的运动不知要发展到何种程度！新帝登极后，魏忠贤不得不有所收敛，不得不提请停止建祠，然而清算的时机还不成熟，朱由检决定暂不置理。
阉党分子当然不会甘心于束手就擒，这场权力斗争涉及每个人的身家性命，他们必定要在这场政治赌博中继续押下赌注。最引人注目的事件便是吏科都给事中陈尔翼的以攻为守、倒打一耙。他在给皇上的奏疏中，抓住前几天杨所修弹劾崔呈秀、周应秋之事大做文章，斥之为“播弄多端，葛藤不断”，归结为“东林余孽遍布长安，欲因事生风”。他请求皇上下令东厂、锦衣卫及五城兵马司严加缉访，企图再度造成恐怖气氛以钳制舆论。这种明目张胆的反扑意在把水搅浑，以党派门户之争的表象来掩饰阉党擅权乱政的真相。
对于这一棘手的政治敏感问题，采取简单反对的方式是无济于事的。朱由检的表态恰到好处，他以表面上不偏不倚，其实是柔中有刚的态度，果断地制止了这一企图。他批示道：“群臣流品，经先帝分别澄汰已精。朕初御极，嘉与士大夫臻平康之理，不许揣摩风影，致生枝蔓。”对此，历史学家谈迁有一段十分精彩的评论：“甚哉！佥人之过虑也。
见将销，兔窟欲避，遂以缇校钳结将来之口……（新主）幸未中其说，薄示优容，彼辈益自以为得计矣。”
所谓“薄示优容”，是朱由检在驳斥了陈尔翼缉拿“东林余孽”的主张的同时，嘉奖魏忠贤、王体乾赞襄登极典礼之功，给他们的亲属荫锦衣卫都指挥佥事；几天后又以表彰东江战功之机，再次嘉奖魏、王等太监及兵部尚书崔呈秀，给他们的亲属荫锦衣卫指挥同知。
陈尔翼的以攻为守策略无法奏效，另一个阉党分子、云南道御史杨维垣施出了丢车保帅之计。十月十三日杨维垣上疏弹劾兵部尚书兼左都御史崔呈秀，力图把人们对阉党专政的不满情绪全部转移到崔呈秀身上。他指责崔呈秀“立志卑污，居身秽浊”，“指缺议价，悬秤卖官”。并且特别提及大行皇帝崩逝次日，百官入宫朝谒新皇上，忽听得隆道阁前有几名宦官大声招呼：“兵部尚书崔家来！”闻者莫不惊愕于何以只招呼崔呈秀一人——“天下事岂呈秀一人所可私语耶？”不过杨维垣在奏疏中只字不提魏忠贤的罪状，反而为他评功摆好：“先帝信任厂臣甚专，而厂臣亦孜孜竭力，任怨任劳，以图报称，此其所长也。独是误听呈秀一节，是其所短。”似乎魏忠贤唯一的过错就在于“误听呈秀”，以致造成“内谀厂臣，外擅朝政”的结局。
朱由检佯作不知，甚至连“车”都不让丢，下旨谴责杨维垣“率意轻诋”，对崔呈秀不予追究。
十月十八日，杨维垣再次上疏，弹劾崔呈秀“通内”，基调依然是五天前的丢车保帅，不过这次的重点在美化魏忠贤，称“不知者谓呈秀于厂臣为功首，于名教为罪魁。臣谓呈秀毫无益于厂臣，而且若为厂臣累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪；厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿”云云。
崔呈秀的罪状已暴露无遗，作为第一步，斩断魏忠贤的左右手是极其必要的。于是朱由检下旨：“令静听处分。”经过两天的周密思考，朱由检终于作出了惩处阉党的第一个重要决定：免除崔呈秀兵部尚书、都察院左都御史两项职务，令其归籍守制。
魏忠贤手下掌握实权的崔呈秀一去，官员们敏锐地察觉到皇上铲除阉党的决心已初露端倪，朝廷上下强烈震动，掀起了揭发魏忠贤罪状的高潮。
十月二十二日，工部主事陆澄源首先上疏弹劾魏忠贤，指责魏忠贤“宠逾开国，爵列三等，锦衣遍宗亲，京堂滥乳臭”；“先帝圣不自圣，诏旨批答必归功厂臣，而厂臣居之不疑。外廷奏疏不敢明书忠贤姓名，尽废君前臣名之礼。至祝釐遍于海内，奔走狂于域中，誉之以皋、夔，尊之以周、孔”。言辞虽不激烈，但句句足以定魏忠贤之死罪。朱由检并没有立即表态，等候着倒魏舆论的逐步升级。
十月二十四日，兵部主事钱元慤上疏，直截了当地指出：“呈秀之敢于贪横无忌者，皆借忠贤之权势。呈秀虽去，忠贤犹在，臣窃以为根株未净也。”他直言无忌地把“出身微细，目不识丁”的魏忠贤斥之为历史上臭名昭著的野心家王莽、董卓、赵高之流，威权所在，群小蚁附，称功颂德，布满天下。这个钱元慤虽非言官却锋芒毕露，对皇上迟迟不惩处魏忠贤表示了明显的不满，借口外廷议论猜度，批评皇上“恐割股伤肌，徐图而未发”，“念先帝付托之恩，欲曲全其所信”。这是一种激将法，意欲刺激皇上从速处置魏忠贤。不过这种猜度没有点到要害，所以朱由检并不激怒，不置可否。
十月二十五日，刑部员外郎史躬盛上疏列举魏忠贤的罪状：
——举天下之廉耻澌灭尽；
——举天下之元气剥削尽；
——举天下之官方紊乱尽；
——举天下之生灵鱼肉尽；
——举天下之物力消耗尽。
朱由检依然没有表态。魏忠贤错误估计了形势，以为皇上真的念及先帝的托付，不敢对他下手，愤愤然跑到皇上那里哭诉一番。皇上还是不动声色。
十月二十六日，海盐县贡生钱嘉徵上疏揭发魏忠贤十大罪状：并帝、蔑后、弄兵、无二祖列宗、克剥藩封、无圣、滥爵、掩边功、朘民、通同关节。这道奏疏虽出于无名之辈，写得却极深刻，行文纵横恣睢、鞭辟入里。朱由检阅后击节赞赏，当即召见魏忠贤，命他听内侍朗读。内侍以尖细的嗓音读道：
曰并帝。封章必先关白，至颂功德，上配先帝。及奉谕旨，必云“朕与厂臣”，从来有此奏体乎？
曰蔑后。皇亲张国纪未罹不赦之条，先帝令忠贤宣皇后，灭旨不传，致皇后御前面折逆奸，遂罗织皇亲，欲致之死。赖先帝神明，祗膺薄愆，不然，中宫几危。
曰弄兵。祖宗朝不闻内操，忠贤外胁臣工，内逼宫闱，操刀剧刃，炮石雷击。
曰无二祖列宗。高皇帝垂训，中涓不许干预朝政。乃忠贤一手障天，仗马辄斥，虿毒缙绅，蔓连士类，凡钱谷衙门、边腹重地、漕运咽喉，多置腹心，意欲何为？
……
每一句话都直刺魏忠贤的要害，令他震恐丧魄。从皇上那里告辞出来后，急忙去找他的赌友、先前的信王府太监徐应元，商量对策。这个不可一世的大人物，此时低声下气地与徐应元称兄道弟，馈以珍宝，希望他帮忙从中斡旋。徐应元替魏忠贤出了一个主意：辞去总督东厂太监之职，暂避锋芒。于是，十月二十七日魏忠贤便向皇上提出了辞呈。
朱由检对这几天接二连三的弹劾魏忠贤的奏疏一概不予表态，乃是一种引而不发的策略，迫使忐忑不安的魏忠贤自己先表态。果然不出所料，魏阉按捺不住，向皇上提出“引疾辞爵”。这其实是魏阉的一种政治姿态，原以为皇上会下旨挽留，万万没有料到皇上会顺水推舟，立即照准，下旨：“许太监魏忠贤引疾辞爵。”事后，朱由检得知这是他身边的太监徐应元出的点子，一面斥责徐应元，把他贬到显陵当差；一面以迅雷不及掩耳之势在十一月初一日作出了勒令魏忠贤到凤阳祖陵司香（到凤阳去看管开国皇帝朱元璋的祖坟）的决定，粉碎了魏阉企图继续留在宫中徐图进取的幻想。
朱由检下了一道以“去恶务尽”为宗旨的谕旨，终于让长期郁积心头的愤恨之情倾泻而出。当他还在信王府时，唯恐不为忠贤所容，深自韬晦，常称病不朝；进入宫中，又担心为忠贤所害；及至登极，还不得不佯装继续优容的样子。难道他不想倒魏吗？非不为也，是不能也。今日时机成熟了。他在谕旨中写道：
朕览诸臣屡列逆恶魏忠贤罪状，具已洞悉。窃思先帝以左右微劳，稍假恩宠，忠贤不报国酬遇，专逞私植党，盗弄国柄，擅作威福，难以枚举……朕思忠贤等不止窥攘名器，紊乱刑章，将我祖宗蓄积贮库传国奇珍异宝金银等朋比侵盗几空。本当寸磔，念梓宫（先帝棺材）在殡，姑置凤阳。（客、魏）二犯家产籍没入官，其冒滥宗戚俱烟瘴永戍。
按魏忠贤的罪状是死有余辜的，念在先帝殡丧期间不宜开杀戒，始从宽发落。对于魏忠贤而言，虽免一死，但实际在政治上判处了死刑。与此同时，朱由检又给部院各衙门发去了敕文，表明了他要促成“维新之治”的决心，对遭到客、魏迫害的人士，应褒赠的即予褒赠，应荫恤的即予荫恤，应复官的即予复官，应起用的即予起用，应开释的即予开释。并且下令，拆毁所有魏忠贤生祠，折价变卖资助边饷。
江山易改，秉性难移。魏忠贤这个政治暴发户在贬往凤阳的途中还要摆出威风凛凛的架势，俨然昔日九千岁模样。据说他出京时，前呼后拥的卫队、随从达千人之多，都是他平日豢养的私家武士，身佩兵器，押着满载金银珠宝的四十辆大车，呼啸而去，给人以意气扬扬、雄心未已的印象。
这一消息传入宫中，激怒了朱由检，他立即给兵部发去一道谕旨：“逆恶魏忠贤，本当肆市以雪众冤，始从轻降发凤阳。岂巨恶不思自改，辄敢将畜亡命，自带凶刃，环拥随护，势若叛然。朕心甚恶，着锦衣卫即差的当官旗前去扭解，押赴彼处交割明白，所有跟随群奸即擒拿具奏，勿得纵容。”
且说魏忠贤经由良乡、涿州、新城、雄县、任丘、河间、献县，于十一月初六日抵达阜城县南关，找了个旅舍宿夜。获悉皇上已派官旗出京前来扭解，知道必死无疑，顿时惊慌失措，长叹僵卧，半夜起身，随解所携之带，悬梁自尽。他的贴身太监李朝钦梦中惊起，自缢殉葬。隔了几个时辰，家丁六十儿听不到房中动静，开门一看，二人都已气绝。随从们急报知县衙门，远近为之震动，看热闹的人拥挤杂沓，四十辆车的行李大多在混乱中散失，随从人员也逃亡一空。
据说，魏忠贤自缢的那晚，旅舍外有京师来的白姓书生在唱一首《挂枝儿》小曲，为他催命：
听初更，鼓正敲，心儿懊恼。想当初，开夜宴，何等奢豪。进羊羔，斟美酒，笙歌聒噪。如今寂寥荒店里，只好醉村醪。又怕酒淡愁浓也，怎把愁肠扫？
二更时，展转愁，梦儿难就。想当初，睡牙床，锦绣衾裯。如今芦为帷，土为炕，寒风入牖。壁穿寒月冷，檐浅夜蛩愁。可怜满枕凄凉也，重起绕房走。
夜将中，鼓冬冬，更锣三下。梦才成，还惊觉，无限嗟呀。想当初，势倾朝，谁人不敬？九卿称晚辈，宰相谒私衙。如今势去时衰也，零落如飘草。
城楼上，鼓四敲，星移斗转。思量起，当日里，蟒玉朝天。如今别龙楼，辞凤阁，凄凄孤馆。鸡声茅店月，月影草桥烟。真个目断长途也，一望一回远。
闹攘攘，人催起，五更天气。正寒冷，风凛冽，霜拂征衣。更何人，效殷勤，寒温彼此。随行的是寒月影，吆喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死！
计六奇在记录了这首《挂枝儿》后，评述道：“时白某在外厢唱彻五更，形其昔时豪势、今日凄凉，言言讥刺。忠贤闻之，益凄闷，遂与李朝钦缢死。”
奉命前往扭解的锦衣卫千户吴国安赶到阜城县时，魏忠贤已一命呜呼，他立即把此事上报朝廷。朱由检接报后批示：“逆恶魏忠贤及李朝钦缢死既真，该县相视明白，始与掩埋。其行李解河间府，同籍没家产一并具奏。随押内官唐昇，着解来司礼监究问。家人六十儿、店主、骡夫审无别情，即与释放。”保定巡抚张凤翼因负地方之责，前往实地察看后也呈报了详情，朱由检批示：“魏忠贤、李朝钦缢死既真，始着相埋。其行李，该地方官公同查点，与他见搜赃物进奏。”
魏忠贤这个河间府肃宁县的市井无赖，荣耀了一阵之后，居然死在老家南面数十里的同一府的阜城县，是他自己始料不及的。万历十七年（1589年）自阉后被选入宫，在司礼监秉笔兼掌东厂太监孙暹名下谋一差事，混到了神宗的长孙（朱由校）生母王才人身边典膳太监之职，谄媚于颇有权势的太监魏朝，由魏朝介绍给了司礼监太监王安，进而巴结上朱由校的乳母客氏。
此人虽目不识丁，但形体丰伟，言辞佞利，性狡诈而有胆气，歌曲弦索、弹棋蹴鞠，事事胜人一筹。无论大小贵贱人等，都虚衷结好，凡做一事都以博得众人称好为目的。他长期随侍朱由校，服劳善事，小心翼翼，深得喜爱。于是由校身边内有客氏保护起居，旦夕不相离；外有忠贤曲意逢迎，巧会旨趣。朱由校登极后，他轻而易举地把持了朝政，声势日趋显赫，一般无耻大臣不敢直呼其名，或云厂臣，或云上公、尚公，或云殿爷、祖爷、老祖爷，或云千岁、九千岁。仿佛是正德年间大太监刘瑾的再现，当时北京城内街谈巷语都说有两个皇帝：“一个坐皇帝，一个立皇帝；一个朱皇帝，一个刘皇帝。”其实魏忠贤与刘瑾相比，有过之而无不及。要和这种人较量，并不是每个人都能稳操胜券的。在与魏忠贤的较量中，朱由检显示了独具的胆识、魄力和韬略。
明末清初的知名人士夏允彝对此有极为精当的评论：“烈皇帝不动声色逐元凶处奸党，宗社再安，旁无一人之助，而神明自运。”同时代的历史学家谈迁对此击节赞叹：“逆阉在于肘腋，若急霆迅雷以处之，事或叵测。惟探骊如睡，市虎不惊，彼志渐安，疑忌稍泯，思长保郿坞，当不失为富家翁。始出之外宅，寻置中都（凤阳），纡徐容与，然后司寇操三尺以律之。”文秉也有类似不俗的看法：“上既登极，所以优容客、魏者，一如熹庙。而信邸承奉，尽易以新衔，入内供事。后将李朝钦、裴有声、王秉恭、吴光成、谭敬、裴芳等，次第准其乞休，逆贤翼羽，翦除一空，复散遣内丁，方始谪逐逆贤。肘腋巨奸，不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此！”
即位还不到三个月，朱由检就如此干净利落地除掉了魏忠贤这个大害，确实不同凡响。在这里，勇气胆略比权谋显得更为重要。