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因国产疫苗的质量问题而对宝宝生命安全造成重大危害的事件偶有报道，这让许多家长对国产疫苗的质量生疑，转而只相信进口疫苗。从家长的角度来说做这样的选择无可厚非，但这并不是说进口疫苗就一定比国产疫苗好。
无论是国产疫苗还是进口疫苗，都要经过质检部门检测，质量合格才能上市销售，质量上都能达到国家标准。不排除小部分国产疫苗生产不规范、质检部门玩忽职守引发的质量问题。从发生不良反应的比例来说，绝大部分国产疫苗安全有效性还是有保证的，家长们可以放心选用。
大多数国产疫苗是减毒活疫苗，优点是使用方便，价格比进口疫苗便宜。95%以上的接种者产生长期免疫。但由于是活疫苗，如果用在免疫功能缺陷或接受免疫抑制剂治疗的宝宝身上，会引起很大危害。
进口疫苗和国产疫苗的价格差异，主要在于毒株及其培养工艺不同，以及由此引起的产生抗体数量的多少、防疫时间的长短、不良反应的大小等方面。进口疫苗在制作工艺上更精湛，药物纯度更高，杂质更少，不良反应发生率更低。加上运输成本和关税，所以进口疫苗的价格往往比国产疫苗高出很多。
以甲肝疫苗为例，国产的每支价格在17元左右，而进口的价格高达284元。进口疫苗是灭活疫苗，注射后产生甲肝的保护性抗体，甲肝病毒侵袭时可防止发病，但产生细胞免疫的作用很差。国产疫苗是减毒活疫苗，既可产生甲肝的保护性抗体，又可增强细胞免疫的活化、识别、吞噬等能力。
事实说明，国产甲肝疫苗效果不比进口甲肝疫苗差，主要在于价格差异和稳定性不同，家长可以根据实际情况放心选择。
大多数进口疫苗是灭活疫苗，俗称死疫苗，优点是安全、副作用小，一般用于免疫功能缺陷者，也可用于接受免疫抑制剂治疗者。但是免疫维持时间较短，且需要重复注射，肠道不能产生局部免疫能力。