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清代八旗，有左右翼之分。《八旗通志初集》卷三○《八旗方位图说》载：
世祖章皇帝定鼎燕京，分列八旗，拱卫皇居。镶黄居安定门内，正黄居德胜门内，并在北方。正白居东直门内，镶白居朝阳门内，并在东方。正红居西直门内，镶红居阜城门内，并在西方。正蓝居崇文门内，镶蓝居宣武门内，并在南方。一从祖制。以八旗分左右两翼，亦准前规。
如果把上述左右翼的编排与努尔哈赤时期历次战争中所出现的左右翼旗进行比较，则可看出，《八旗通志初集》所载的左右翼并没有遵从“祖制”，而是变化很大。那么，努尔哈赤时期的左右翼是怎样划分的？《八旗通志初集》所载的左右翼又是从何时开始？
《清太祖武皇帝实录》卷二天命三年四月条载：
次日（四月十四日），分二路进兵，令左侧四固山兵取东州、马根单二处，（努尔哈赤）亲与诸王率右侧四固山兵及八固山摆牙拉取抚顺所。
又，《满文老档》卷六天命三年四月十五日条载：
游击李永芳勉强投降，穿官服乘马出了城。镶黄旗固山额真阿敦带来与汗会见时，不让下马，互相拱手相见。
可见，攻打抚顺城的是右翼四旗，镶黄旗固山额真阿敦参与是役，则镶黄旗自属右翼。
又，《清太祖武皇帝实录》卷三记天命四年三月萨尔浒之战时，连续两次出现“右二白旗固山”字样。“再令右二白旗固山瞭望界凡敌兵。”“正冲击之时，右二白旗固山渡河前进，夹攻之。”可知，除镶黄旗外，正、镶两白旗也属右翼。
《满文老档》第十六卷载天命五年八月二十一日与明军战斗事：
于是命左翼一固山额真莽古尔泰贝勒说，你方的（敌）兵少，你去驱逐他们。莽古尔泰贝勒听到这个话，就率领挑选的摆押拉各一百，去驱逐尼堪兵。
莽古尔泰是正蓝旗和硕贝勒。说明正蓝旗是属左翼的。
同卷同日又载：
停在另一处的尼堪兵和右翼四旗的兵各停在山的一侧。右翼的诸贝勒、诸大臣没有看见尼堪兵。于是汗派遣了自己身边左翼一旗的兵。那一旗的兵去驱逐尼堪兵，仅精锐旗兵一百追及蜂拥进入沈阳城北门的兵，杀死百人返回了。
努尔哈赤自将两黄旗，除镶黄旗已属右翼外，另一“自己身边左翼一旗”自然是正黄旗。
《满文老档》第十九卷天命六年三月二十日条记辽阳之役：
左翼四旗莽古尔泰贝勒、阿敏贝勒、达尔汉虾的兵夺西门的桥而入。
这条史料不仅证实了前引天命五年八月二十一日条《老档》记载莽古尔泰的正蓝旗属左翼，同时，还说明了阿敏所将的镶蓝旗也属左翼。
这里的问题在于努尔哈赤时期达尔汉虾（即扈尔汉）属于何旗。从《八旗通志初集》以后的清代各种官修史书的记载看，达尔汉虾属于正白旗，而此前萨尔浒之战时又已见正白旗属右翼，这里，属于正白旗的达尔汉虾却又在左翼出现，这岂不是矛盾吗？笔者将《满文老档》和《李朝实录》的有关记载加以对照，发现在努尔哈赤时期，达尔汉虾一直隶于正黄旗。
依据《满文老档》中的八旗历次排列次序（第四十一卷、第五十五卷、第六十七卷至第七十卷），无不是以黄为首。达尔汉虾所属旗在《满文老档》第十八卷天命六年闰二月二十日条、第三十八卷天命七年三月初七日条均名列第一。又，前此《满文老档》第六卷天命三年四月十五日条已说明阿敦是镶黄旗固山额真，则达尔汉虾自当是正黄旗固山额真。
又，《光海君日记》一六九卷光海君十三年九月戊申条载朝鲜满浦佥使郑忠信出使后金后汇报的情况：
老酋（即努尔哈赤）自领二部，一部阿斗尝将之，黄旗无画；一部大舍将之，黄旗画黄龙。
阿斗，即阿敦之对音。郑忠信到达东京的日期是天命六年九月二十四日，前此六天（九月十八日）阿敦刚被逮捕下狱，所以在这里说“阿斗尝将之”。大舍之“舍”，当读如“虾”，大舍当即达尔汉虾之对音。达尔汉虾能领努尔哈赤自将之一旗，也可证明他是正黄旗固山额真。
达尔汉虾死于天命八年十月，而两年后，在《满文老档》第六十七卷天命十年登记两黄旗官员任命敕书的档子中，达尔汉虾的儿子浑塔、准塔皆在正黄旗。这也说明，在努尔哈赤时期，达尔汉虾是隶于正黄旗的。
由上所述，在努尔哈赤时期，达尔汉虾是正黄旗固山额真，且在左翼。这样，左右翼便各有三旗。左翼是正黄、两蓝；右翼则是镶黄、两白。那么，余下的两红旗自然是一左一右了。至于正、镶两红旗究竟孰左孰右，我们分析一下努尔哈赤下辽东后八旗兵的分驻情况，便可发现，正红旗属左翼，而镶红旗属右翼。
《清太宗实录》卷七天聪四年六月乙卯条称：“太祖时守边驻防，原有定界。”《满文老档》第四十一卷天命七年四月十七日条记载了下辽东后八旗兵的守边驻防情况。据这条档子记载：
正黄旗收揽的地方是费阿拉、尚间崖、博石、扎克旦、恒郭、抚西、西彰间、德立石、奉集堡等八城；
镶黄旗收揽的地方是柴河、抚安、范河、懿路、三岔儿、铁岭、【原档残缺】宋家泊、丁家、必音、嘉呼禅等十城；
正红旗收揽的地方是温得恨、扎库穆、清河、一堵墙、碱厂、孤山、山羊峪、咸宁营、东州、马根单等十城；
镶红旗收揽的地方是沈阳、浦河、平虏堡、十方寺、上榆树、静远堡、武靖营、长宁堡、会安堡、虎皮驿、长勇堡、长胜堡等十二城；
镶蓝旗收揽的地方是旅顺口、木场驿、金州、石河驿、黄骨岛、归附堡、望海埚、红咀对八城；
正蓝旗收揽的地方是岫岩、青苔峪、马库瓦勒赛、水场峪、伊兰博里库、镇东、镇夷、凤凰、汤站、险山、甜水站等十一城；
正白旗收揽的地方是复州、栾古堡、杨官堡、永宁监、五十寨、盖州、盐城堡、天成堡、庆云堡等九城。
镶白旗收揽的地方是海州、东京堡、耀州、穆家堡、析木城、古城堡、长安堡、青城堡、鞍山等九城。
据上述地理位置进行分析，左右两旗的情况是很分明的，自北向南左翼是正黄、正红、正蓝、镶蓝，右翼则是镶黄、镶红、镶白、正白。这不仅证明了正红旗属左翼、镶红旗属右翼，而且进一步证实了我们关于两黄、两蓝、两白六旗的左右翼的分析也是确实可信的。
努尔哈赤时期的八旗左右翼已如上述，那么，《八旗通志初集》中所载的八旗左右翼是从何时开始的？史料证明，《八旗通志初集》中所载的八旗左右翼划分的情况，是从皇太极继位后开始的。《清太宗实录》卷五天聪三年十一月壬午朔条下记载：
上集诸贝勒群臣定议，以初三日攻遵化城。正黄旗纳穆泰率本旗攻北面之西，镶黄旗额驸达尔哈率本旗攻北面之东，正红旗额驸和硕图率本旗攻西面之北，镶红旗雍舜率本旗攻西面之南，镶蓝旗额驸固三台率本旗攻南面之西，正蓝旗攻南面之东，镶白旗图尔格率本旗攻东面之南，正白旗喀克笃礼率本旗攻东面之北。各指其地示之，授以方略。
将这段记载中的八旗分布和《八旗通志初集》中所记载的左右翼划分情况对照，已经是完全一致了。