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对于太祖高皇帝打着“以重典驭臣下”的幌子大肆杀戮，当时大多数官员噤若寒蝉，哪里还有胆量表示异议！当然也有不怕死的官员，直言不讳地批评皇帝。
洪武九年（1376），山西平遥训导叶伯巨（居升）写了长篇奏疏，批评皇上“分封太侈”“求治太速”“用刑太繁”。《明史·叶伯巨传》收录了这篇奏疏的详细摘要，吴晗《朱元璋传》用了一页多的篇幅转引“用刑太繁”部分，其中最厉害的是这一段话：
夫笞、杖、徒、流、死，今之五刑也。用此五刑，既无假贷，一出乎大公至正可也。而用刑之际，多裁自圣衷，遂使治狱之吏务趋求意旨，深刻者多功，平反者得罪，欲求治狱之平，岂易得哉！
叶伯巨把“视杀人如灭蝼蚁”归咎于皇帝的“圣衷”，意思是一切都出于皇帝的独裁。朱元璋暴跳如雷，扬言要亲手射死他。中书省官员巧施计谋，趁他高兴的时候，奏请把叶伯巨关刑部监狱“问状”，不久病死于狱中，“问状”也就不了了之。如果叶伯巨寿命长一点，看到日后“胡蓝党案”杀戮数以万计无辜的景象，那么他先前看到的“视杀人如灭蝼蚁”，简直是小巫见大巫。
其实，在叶伯巨之前，悠游林下的诚意伯刘基已经看到了这一点，洪武四年（1371）八月，朱元璋写信给退休的刘基，以询问“天象”为名，征询对于朝政的意见。刘基委婉地表示：“雪霜之后，必有阳春，今国威已立，宜少济以宽。”朱元璋的反应如何呢？表面上把刘基的条陈交付给史馆，以示重视；实际上根本充耳不闻，以后的行动表明，他不但没有“少济以宽”，反而变本加厉地“以重典驭臣下”。
关于这一点，只要看一下万斯同的《明史·刑法志》便可明白，他用“士大夫朝簪绂而暮累囚”来描摹当时官员朝不保夕的恐怖情状，甚至“榜掠所加，血肉糜烂”，惨不忍睹。而这一切都与凌驾于明律之上的《大诰》，以及锦衣卫镇抚司诏狱密切相关。
对于这样的“以重典驭臣下”，明朝人有不少记述，何乔远《名山藏·刑法纪》便是一例。他写道：
（太祖）乃召天下耆德高年之人，吏于有司，使得执贪吏、擒奸民面奏，奏实者，加非常之诛。于是有挑筋、剁指、刖足、断手、刑膑、钩肠、去势，以止憝。府、州、卫、所右廨，名曰皮场，吏受贿至六十金者，引入场中，枭首剥皮。更代之官，设皮坐之……于是揭诸文武臣民罪由，布于天下，而《大诰》之篇出矣。所以人心惴凛，吏畏民训。其时征辟之士，有司督趋如捕罪囚，仕于朝者多诈死、佯狂，求解职事。
种种酷刑的名称听起来就毛骨悚然，衙门旁边还设有枭首剥皮的皮场庙，吓得士大夫不敢做官，用诈死、佯狂以求解脱，实在是官场罕见的咄咄怪事！他认为关键在于法外加刑的《大诰》在作祟。洪武十五年（1382）的“空印案”，洪武十八年的“郭桓案”，都是“严于吏治”的典型案例。案犯的供词牵连各省官员，处死几万人。不知道这些官员有多少进了“皮场庙”？
这种“严于吏治”的做法，一直延续到朱元璋的去世。陈建《皇明资治通纪》的洪武三十一年闰五月“上崩于西宫”条，有对他的“盖棺定论”，除了颂扬的话，也有非议：“国初驭下，多从重典，藩臬、守令稍有赃罪，怀印未暖，即逮之去，非远戍则门诛……以故居职惴惴，惟恐不能奉法恤民，以忝荣禄。”真实地反映了“以重典驭臣下”所造成的官场生态。
“以重典驭臣下”的主要手段就是“法外加刑”，而“法外加刑”凭借的是在《大明律》之外另编的《大诰》。
朱元璋在《御制大诰序》中明确指出编制《大诰》之目的：“今将害民事理，昭示天下，诸司敢有不急公而务私，在外赃贪，酷虐吾民者，必穷搜其原，而置之重典。”
《御制大诰》之后，又有《御制大诰续编》《御制大诰三编》，涉及的是惩治贪官污吏、地方豪强的重大案件，其中凌迟、斩首、族诛的有几千条，弃市以下有万余条，大多出于朱元璋“亲裁”，用他自己的话来说，叫作“治乱世用重典”。
《御制大诰》有七十四条朱元璋的御批，例如“君臣同游第一”写道：“今之臣不然，蔽君之明，张君之恶，邪谋党比，几无暇时。凡所作为，尽皆杀身之计，趋火赴渊之筹。”又如前面提到的“郭桓案”，在《大诰》中就有反映，朱元璋在“郭桓造罪第四十九”中说：“造天下之罪，其造罪患愚者，无如郭桓甚焉……（其贪赃）共折米算，所废者二千四百余万精粮。呜呼，古今贪有若是乎！其郭桓不才，乃敢如是。其中所分入己者几何……空仓廪，乏府库，皆郭桓为之。”《御制大诰续编》有八十七条“御批”，《御制大诰三编》有四十三条“御批”，其中“李茂实胡党第七”“陆和仲胡党第八”“指挥林贤胡党第九”“卖放胡党第十七”，都涉及“胡惟庸党案”，比起郭桓案来，要严重多了——谋反。可见《大诰》惩治的对象，已经不仅仅限于原先所说的“在外赃贪，酷虐吾民”了。
皇帝如何能够及时发现他的臣子“不急公而务私”呢？这就需要仰仗特务机构——检校和锦衣卫，它们承担着监视官吏的特殊使命。
检校的职责是“专主察听在京大小衙门官吏不公不法，及风闻之事，无不奏闻”。他们或布置“卧底”，或收买“线人”，广布密探，收集官吏私下里的言行，报告给皇帝。无怪乎朱元璋这么形容检校：“有这几个人，譬如人家养了恶犬，则人怕。”连李善长这样位高权重的首相，也对检校有恐惧感，可见它的厉害。
洪武二十三年（1390）五月，李善长惨遭灭门之祸后，朱元璋在阅读《孟子》时，看到“草芥寇仇”之类的句子，大不以为然，说：“非臣子所宜言。”决定废去孟子在孔庙的“配享”地位，并且声称：如有臣下反对此议，以大不敬论处，立即命令御前武士射杀。刑部尚书钱塘出于捍卫“亚圣”孟子的赤诚之心，抬了棺材进宫，冒死进谏，并且袒露自己的胸膛，听任武士射箭，大声喊道：“臣得为孟轲死，死有余荣。”朱元璋见他态度诚恳，当即命令御医为他疗伤，不得不撤回废除孟子“配享”的圣旨，退而求其次，下令删改《孟子》，由一班儒臣把《孟子》中有碍皇权的字句，诸如“谏不听则易位”，“民为贵，社稷次之，君为轻”，“君之视臣如草芥，则臣视君如寇仇”之类的段落一概删去，编成一本《孟子节文》。陈建《皇明资治通纪》写到与此有关的一件轶事：
钱宰被征至京，同诸儒修纂《尚书会选》《孟子节文》。暇日微吟曰：“四鼓咚咚起着衣，午门朝见尚嫌迟。何时得岁田园乐，睡到人间饭熟时。”察者以闻，明日，文华宴毕，进诸儒而论之曰：“昨日好诗，然曷尝‘嫌’汝，何不用‘忧’字？”宰等惊悚谢罪。
这里所说的“察者以闻”，就是检校的密探把钱宰在家里“微吟”的牢骚诗，连夜报告皇帝。第二天，朱元璋在文华殿宴请完毕后，对钱宰说，你诗中“尚嫌迟”的“嫌”字用得不妥，我并没有嫌你迟，何不改用“忧”字？钱宰等人“惊悚谢罪”一句，颇堪回味，一是惊悚于皇帝情报之灵通，二是惊悚于特务的无孔不入。
洪武十五年（1382），为了扩大“胡惟庸党案”的打击面，朱元璋下旨建立新的特务机构——锦衣卫。《明史·刑法志》说：“刑法有创之自明，不衷古制者，廷杖、东西厂、锦衣卫、镇抚司狱是已。是数者，杀人至惨而不丽于法；踵而行之，至末造而极。举朝野命，一听之武夫、宦竖之手，良可叹也！”
明朝的军队编制称为“卫所”，一个“卫”有五千六百人，下辖若干个“所”：一千一百二十人为一个“千户所”，一百一十二人为一个“百户所”。“卫”的长官是指挥使（正三品），“所”的长官是千户（正五品）、百户（正六品）。在诸多“卫”中，有号称“上二十二卫”的亲军，地位很高，其中的锦衣卫地位更高。洪武十五年建立的锦衣卫，职掌和其他“卫”有所不同，有两大任务：一是“直驾侍卫”，二是“巡察缉捕”。
所谓“直驾侍卫”，就是皇宫与皇帝的保驾、警卫，这是它的日常勤务。每逢圣节（皇帝诞辰）、正旦（正月初一）、冬至等重大节庆举行的朝会，每天的常朝（皇帝上朝与官员议政），以及皇帝参加的重要祭祀仪式，都有锦衣卫官兵扈从皇帝出入。凡遇大朝会，皇帝上朝升殿，锦衣卫指挥使一员，身穿大红蟒衣，头戴乌纱帽，身佩銮带，悬挂金牌，在御座前偏西的地方站立侍卫，另有千户六员身穿青绿锦绣服，在殿前“侍班”（听候召唤）。平时常朝，锦衣卫指挥一员、千户二员、百户十员、旗校五百名，在奉天门（皇极门）下，排队侍卫，听候皇帝命令，纠正官员礼仪。退朝以后，锦衣卫百户一员带领士兵巡逻皇城四周，其余锦衣卫官兵分别守卫东华门、西华门。
所谓“巡察缉捕”，就是“缉捕京城内外盗贼”。锦衣卫专设“镇抚司”，直接承办皇帝交付的重要案件，捉拿人犯，关押审判。它有特设的“诏狱”——遵照皇帝诏令查处人犯的监狱，它的司法权力来自皇帝，凌驾于政府的“三法司”（刑部、大理寺、都察院）之上，视法律如草芥。洪武十五年以后，太祖高皇帝的“法外加刑”政策就通过它来贯彻。
为什么要设立锦衣卫以及它的附属机构镇抚司呢？吴晗《朱元璋传》（1949年版）回答道：
这一批并肩百战，骁悍不驯的将军们，这一群出身豪室的文臣，有地方势力，有社会声望，主意多，要是自己一朝咽气，忠厚柔仁的皇太子怎么对付得了？到太子死后，太孙不但年轻，还比他父亲更不中用，成天和腐儒们读古书，讲三王的道理，断不是制驭枭雄的脚色。他要替儿孙斩除荆棘，要保证自己死后安心，便有目的地大动杀手，犯法的杀，不犯法的也杀，无理的杀，有理的也杀。锦衣卫的建立，为的便于有计划的栽赃告密，有系统的诬告攀连，有目标的灵活运用，更方便的在法外用刑。各地犯重罪的都解到京师下北镇抚司狱，备有诸般刑具，罪状早已安排好，口供也已预备好，不容分析，不许申诉，犯人唯一的权利是受苦刑后书字招认。不管是谁，进了这头门，是不会有活着出来的奇迹的。
话讲得十分尖锐，焦点就在于，“有计划的栽赃告密，有系统的诬告攀连，有目标的灵活运用，更方便的法外用刑”，锦衣卫镇抚司的特务政治本质显露无遗，而这些，都服务于“以重典驭臣下”的专制政治。