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李老认为，气机升降出入是人体维持生命活动的内在运动过程，也是人体气血阴阳平衡的基础。因此，李老在疾病治疗中非常重视调畅气机，这亦是其学术思想之一。
《素问·六微旨大论》：“故非出入，则无以生长壮老已；非升降，则无以生长化收藏。”气机升降侧重于脏腑之间的气机回旋，体内的气化过程；气机出入侧重于人体内部与外界的气体交换和物质交换。呼吸运动的出入赖以肺气的宣发肃降，呼吸吐纳的正常节律赖以肺肾之气的升降；消化吸收赖以脾胃之气的升降；人体新陈代谢，赖以肝气的疏泄条达、肺气的宣发肃降、心火的温通下行、肾水的蒸腾气化上升、脾气的升发、胃气的通降等共同完成。因此，李老认为气机升降与出入是两对矛盾运动的统一体，它们既对立又统一，相互制约而又相互为用，共同完成饮食水谷的消化吸收，呼吸的出入吐纳和人体新陈代谢等。
清代叶桂《临证指南医案·脾胃》：“脾宜升则健，胃宜降则和。”受叶氏脾胃升降理论启发，李老认为脾胃升降理论不只限于调节脾胃的升清降浊功能，对肠道疾病导致的中焦气机郁滞证也适用，李老治脾重视健脾升清，益气升阳等法，治胃肠重视以通为用、以降为和、行气消积等法。李老提出，健脾升清之法有二：一曰健脾运湿复升清之法，常用炒白术、苍术、茯苓等健脾化湿的药对；二曰醒脾开胃佐升清之法，常用半夏、干姜、草豆蔻等温中行气、醒脾和胃的药对。和胃降逆有三法：一曰养胃生津助通降法，常用生白术配沙参等生津养阴药对；二曰苦降泻浊法，如黄连、黄芩等苦寒泻浊；三曰用苦泄辛开的两性之品协助、调和脾胃气机升降，常用厚朴、炒枳实、草豆蔻配伍，取其性苦助胃通降，辛散之性助脾升清，辛苦合用恢复脾胃对中焦气机的调节作用。
治疗情志病、郁证、胁痛、乳癖、失眠等病，李老重视疏肝理气、健脾和胃、化痰散结等法的灵活应用。对于情志病，症见心烦易怒、情绪波动、情志不畅、思绪烦乱等，善用疏肝理气兼调养心脾法，常用柴胡疏肝散合甘麦大枣汤加合欢皮、百合等；对于郁证，善用疏肝理气与健脾化痰等法配合，常用加味逍遥丸化裁；对于痰凝气滞导致的胁痛和乳癖等病，善用疏肝健脾、化痰散结之法，用自拟经验方柴青牡蛎汤化裁；对于痰气交阻导致的梅核气等病，善用疏肝理气、化痰散结之法，常用半夏厚朴汤化裁；对于气滞与痰热交互为患导致的失眠，善用疏肝理气、清热化痰、宁心安神之法，常用柴胡疏肝散和黄连温胆汤合方化裁，临证加琥珀、石菖蒲、炒酸枣仁、制远志等。