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这个变化在明朝中期以后开始发展，然而紧接着，历史迎来了巨大转变。1644年，明朝灭亡，女真人建立的清朝入关，统治中国。
清朝的建立者看到，要统治中国，必得先收拾扮演社会核心角色的士人，所以首先就积极且严格地管制士人的书写和表达自由，于是有了一波又一波具备杀鸡儆猴意味的文字狱。士人阶层中本来就存在从理学内讧而来的追求孔孟本意的思想潮流，清朝建立后，文字狱威吓相加，于是就产生了主导整个清朝最重要的学问形式——考据学。
考据学有两个源头。一是考证五经与孔孟思想本意的内在冲动，二是外在的政治管制造成的思想钳制。文字狱的乌云笼罩，写别的东西都有危险，不晓得哪一天会因此贾祸，最安全的应对之策就是完全不表达自己的意见，讲来讲去都是五经，都是孔孟原来就有的意思。清朝统治者依然尊孔尊儒，以儒学为科举考试内容，所以研究古书既可以延续士人地位，又可以安全避祸。
考据成了清朝最了不起的学问。那是一个奇怪的时代。那个时代的人，你的荣华富贵和职业生涯都取决于你能读多少中国传统古书，记得多少古书的内容。更重要的是，你能在古书中对比出多少差异来。
考据的流行刺激士人追求成为大学问家，成为博学鸿儒。要被人尊敬，要能在官场上提高权威，一个人必须展现其读书的能力：一本书他可能读过160个版本，在这160个版本中，84个版本里的这个字是这样写的，另外76个版本里的这个字是那样写的。参酌其他30本书后，他评断这个字应该是那样写才对。别人只能叹服。今天我们提到做官的人，想到的可能是财政部部长或教育部部长，他们天天都在开会，官越大，会开得越多。清朝的官，却是每天在书房里读书，而且用一种特别的方式读书：拿着各式各样的传注版本，不断对比。
博学鸿儒不只博学，而且其博学有特殊目的。积累的博学为了能进行对比，最后才能提出自己的意见：古代这个字，初写下来时应该是这样，然而，为什么今天我们不是这样写？因为经过了那样的过程，在某一个特定的版本上开始出现差异。能够提出意见且让人信服，就可以在官场步步高升。那些具体和琐碎的事，有“吏”承担，不是“官”的工作。
投注全国最精华的人力（最聪明的小孩儿，又长在可以提供最好资源的环境中，最有机会出头），倾全国之力（朝廷鼓励，全社会最好的资源全部给这一群人用），一两百年下来，当然做出了相当出色的成绩。