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不论是“程朱”说的“格物致知”还是“陆王”说的“明心见性”，他们的真理权威来源都是孔子、孟子，也就是所谓的“孔孟本意”，即孔子、孟子原始的思想和教导本意。两派僵持，一派说格物致知是孔孟本意，另一派说明心见性才是孔孟本意，而且彼此都指控对方违背了孔孟本意。因此，从明朝中期阳明学壮大之后，自然就引发了一个学问上的冲动，一个治学知识上的潮流，那就是回归原典、原籍去探求孔孟本意的学术倾向。
孔孟本意在哪里？在书中。不只是《论语》《孟子》，还有孔孟继承的周朝王官学经籍——《诗》《书》《礼》《易》《春秋》。
于是在这时开始了对四书五经认真仔细的考究。《论语》的字字句句都要弄清楚，尤其是牵涉两派解释差异的语句，例如“我欲仁，斯仁至矣”，就七个字，但关系着人是否可以不靠学问积累而立即到达“仁”的境地。这句话是阳明学的重要依据，所以有很多讨论。“我欲仁，斯仁至矣”这七个字，如果不是“明心见性”，又有什么其他解释吗？如果你是“程朱派”的人，怎么做？你必定要主张“我欲仁，斯仁至矣”，不能用表面的字义来理解，这些字在孔子的时代有不同的背景和用法。
出于辩论的需要，进而刺激“程朱派”士人将经书中出现过“欲”的经文统统搜罗整理，以便建立论据：古人讲的“欲”，本身就有层次，就有“功夫”的意思，不是单纯“想要”的意思。
这种态度在明朝中期之后开始涌动，越来越多的人回到经籍本意上做各式各样的研究。此路一开，大家就发现，有待研究的题材还真多！自汉朝以降，中国的儒学传统就建立在传注传统上。也就是说，传统的知识学问并非以创造出新内容、新成分为目标。在漫长的历史中，中国知识人表达知识的方式，是对于已经存在的经典进行解释和补充。汉朝时就定了基本前提——所有值得说的、最美好、最重要的东西，都已经在之前的“黄金时代”被诸圣贤说过了。后来的人只能进行提醒（圣贤说的，我们或许忘了）和说明（圣贤讲得太精到，或许现在的人不能完全领略）。
“传注”就是解经、注经、传经，就是历来积累的对于经书的丰富说明。从明朝中期开始，我们看到了知识学问倒溯的历程。许多人回头整理传注，进行新的分类，也就是建立自己认为适当的系谱。到明朝灭亡前，中国士人界已普遍接受了一条原则：要理解经籍文字的“本意”“正义”，要从传注一路回溯，一路重建。在回溯和重建过程中，越古老的资料就越接近孔孟时代的意见，价值也越高。
讨论“我欲仁，斯仁至矣”，当然要看传注内容。朱熹、孔颖达和郑玄，各有各的解释。另外，《论语》中还记载了子张的看法，我们接受谁的，相信谁的？以前，这些不同时代的意见会被并列来讨论，可是现在有了新的原则，基本上越古老的论述就越有权威。子张是孔子的弟子，而且是亲炙孔子，所以他的话当然最可信。于是，“去古未远”成了他们口头和文章里经常出现的说法，时间久远慢慢取代了论理的精妙和精到，成为决定真理最重要的标准。不是说谁讲得特别好，而是谁讲得特别早，或讲得特别接近早先的本意。