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考据学内在理路的起源，是要考究本意。也就是说，要努力了解这些经书真正的意义，因为它们是真理的承载者。将经书上的每个字和每句话都弄清楚，不只是各家各派不用再吵了，我们也就充分掌握了真理。可是从阎若璩以降，投身于考据中的人，却不得不多自问一个更前沿、更根本的问题：这书是真的吗？
大约从乾嘉之后，中国的学问主流中出现了“辨伪”的概念。追索本意之前，先得确认哪些文献是真的，哪些真正是孔子看到的文献，哪些真正是孔子写的。辨伪，先要将假的揪出来。然而，在辨伪的同时，也跃动着另一种特别的精神，那就是“疑古”。面对文献，人们开始有所怀疑：古代人的文字和古代的文献，真的如此这般吗？
以辨伪之名，行疑古之实，这是不少考据学家采取的方式。他们刚开始不敢大张旗鼓，每个人都还是坚持，辨伪是为了确认真的文献。可是，到了道光和咸丰年间，尤其是鸦片战争之后，情况明显地改变了。鸦片战争之后，西方势力堂皇、无情地冲了进来。西方科技与西方思想源源进入，从根本上冲击了中国人的自信心。原来以辨伪为核心的考据学，逐渐转型成为以疑古为主。
在西方的冲击下成长的新一代，强烈感受到沉重的屈辱，越来越觉得中国什么都不对。他们想：为什么中国这么脆弱？为什么中国人这么腐败？有人就主张，和西方相比，中国没有科学。什么是科学？那个时代的年轻中国人没有办法在短时间内掌握扎实明确的科学知识，然而，他们从屈辱经验的情感刺激中，却可以快速接受这种说法：科学就是求真，而求真的另一面，就是不放过任何虚假。
检讨中国的积弱不振，又一定会检讨到中国的官员与官场。《二十年目睹之怪现状》和《官场现形记》这两部清末谴责小说代表作，清楚地反映了当时中国人的无奈和悲愤。它们强调中国官场里的怪现状，正是一切罪恶的渊薮。而官场的恶中之恶，恶之源头，显然就是虚伪。人们认为，虚假和虚伪成了中国的病根。
这些无奈而悲愤的年轻人向往西方，可是他们所受的教育却还是传统经、史、子、集与考据学的训练，他们最熟悉的是中国历史。如此一来，他们就感受到了官场与历史记录之间的某种对应关系。中国这么糟，不只是官场上的人虚伪，说假话，说大话，连我们记录历史的文本都同样在说假话，说大话，同样虚伪。这就让辨伪更进一步朝疑古倾斜了。
疑古有了越来越强的动机，其中最强的动机是——救国。要让中国从虚伪中解脱出来，用科学的方式面对真实，面对自己。