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考据刚开始，是考“经”。要证明孔孟本意到底是什么，当然要仔细考据经书，追究书中每一个字的原始意义。考经的过程需要追溯：什么样的佐证最有用？既然越后来的传注材料权威性越低，那就应该上溯去追，追到和孔孟时代甚至经书产生的时代最接近的文献来做佐证，那就是过去列为“子学”的书。《庄子》《老子》《墨子》《荀子》《韩非子》《吕氏春秋》，这些春秋战国时期产生、流传下来的文本，和五经、孔孟的时代最接近，有些甚至是和孔孟同时期的。于是，从考经很自然地扩大到考“子”，也就是考据子学著作的版本异同。考据子学之后，考据的精神继续发扬，再往外面去拉进更多材料来参酌对比，于是又有了考“史”的潮流，考证多种史书的内容异同。能够这样持续扩张其范围，实在是因为投注在考据上的人才资源太庞大了。
考据学最重要的成就之一，是阎若璩对于《古文尚书》的完整研究。《尚书》按其版本流传，分为《今文尚书》和《古文尚书》。秦始皇焚书，使得书籍失传，《今文尚书》是老儒伏生等人在秦亡入汉之后，凭借记忆和口述，将《尚书》的内容重新记录下来的。《古文尚书》则传说是拆孔宅墙壁时寻获，藏在里面没有被秦朝烧掉的版本。依照这样的来源，《尚书》的内容若有出入疑义，《古文尚书》应该比《今文尚书》更可信。
然而在传统上，很早就有人疑惑：《古文尚书》和《今文尚书》读起来，在字句难易程度上明显不同，而且《古文尚书》比《今文尚书》容易读懂。照道理说，《古文尚书》应该比较接近商周原本，《今文尚书》是后来伏生背出来的，有可能掺杂了后来的语法和用词，但为什么读来读去，《古文尚书》都比较简单？
阎若璩做了一件划时代的事，他详细考证《古文尚书》，将所有能够掌握的资料做了清清楚楚的排列，比对出一个明确的答案：《古文尚书》是假造的，不可能是商周原本，应该是到东晋时才完成的。也就是说，上千年来，大家所相信的重要经书权威，认为最足以代表商到西周的文献，竟然是后人伪造的。阎若璩又考证出，伪造之事，东晋梅赜的嫌疑最大。
这简直是个了不起的侦探故事。靠细心搜集资料，聪明敏锐的推理，阎若璩破获了一桩历史悬案。不过这个伟大的侦探阎若璩对后世产生的影响远超过《古文尚书》的真伪判断。他开了一扇门，或者说打开了潘多拉的盒子。从此，考据一事，表面上还是原来那个学问，骨子里却完全不同了。其中最大的不同，是从事考据之人的基本出发点和基本假设，已非同以往。