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预防传染性疾病最有效的办法是用香皂勤洗手，且生病时不要外出。但是用漂白粉和其他消毒剂（disinfectant）来清洁生活环境会降低免疫力。不断接触多种微生物也能有效抵御传染病，同时可以减少过敏、自身免疫性疾病和其他健康问题的风险。
益生菌（Probiotic）有益于身体健康，是有益的微生物。包括鼠李醣乳酸杆菌（Lactobacillus rhamnosus GG）、其他种类的乳酸杆菌、双歧杆菌（Bifidobacterium）、布拉酵母菌（Saccharomyces boulardii）。当益生菌补充剂与抗生素一同使用时，它们降低消化道不适症状发生风险的有效率可达64%，包括艰难梭菌引起的腹泻。通常食用富含益生菌的食物比服用补充剂效果更好，例如德国酸菜、韩式泡菜、腌菜、酸奶、克菲尔
、味噌
。
含有苦味物质的食物能够提高免疫力，预防消化道、耳、鼻、喉感染，增加对普通感冒、喉咙痛和流感的抵抗力。这些食物包括深绿色的蔬菜、某些蔬菜和水果的皮、咖啡和黑巧克力。
未加工过的原蜜也能增加免疫力，防止伤口感染。
有些植物性药材也能提高免疫力，防止感染，如黄芪（Astragalus membranaceus）、紫锥菊（Echinacea spp。）、接骨木（Sambucus nigra）。药用蘑菇也有此功效，如云芝（（turkey tail）Trametes versicolor）、灵芝（（reishi）Ganoderma lucidum）、灰树花（（maitake）Grifola frondosa）和香菇（（shiitake）Lentinula edodes）。
百里香和鼠尾草也具有抗菌（antimicrobial）作用。
桉树精油、茶树精油及柠檬草精油对于各种类型的细菌具有针对性的功效，包括著名的耐药菌，如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（Methicillin-resistant Staphylococcus aureus）（MRSA）。