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抗生素的耐药性
细菌对药物的存在做出响应，会进化出消除药物影响的能力，随之产生抗生素耐药性。随着时间的推移，细菌可以积累多种耐药特征，对所有抗生素都产生免疫力。耐药细菌盛行就是人类滥用抗生素的后果，包括在食品生产过程中。
毒性
抗生素的毒性因种类不同而不同，有的温和，有的致命。
过敏反应
抗生素过敏反应的发生概率为1/15，青霉素和头孢菌素是最常见的触发因子。触发这种反应的情况可能出人意料，比如食物中的抗生素。
抗生素过敏可能立刻发作，也可能延迟发作。速发反应的表现是嘴唇和面部肿胀、荨麻疹（hives）、喉咙发痒、呕吐以及过敏性休克（anaphylaxis）。迟发反应的症状包括皮疹（rash）、肿胀、血液异常以及器官功能障碍（dysfunction）（肝炎（hepatitis）、肾炎（nephritis））。
对微生物组（Microbiome）的破坏
抗生素会破坏体内肠道微生物的平衡，使肠道内膜（gut lining）可渗透性增强，使得通常在肠道内的大分子（large molecule）渗透进入体循环。这可能会引起免疫反应，从而导致过敏和自身免疫。它还有利于危险病菌的传播。
其母亲在怀孕期间服用过抗生素的婴儿，或通过剖腹产（cesarean section）出生的婴儿，可能一出生肠道菌群就不正常。这一点备受关注，因为肠道菌丛（flora）的构成对婴儿的身心健康至关重要。
与抗生素相关的腹泻病人中有15%是因艰难梭菌引起的，这是一种机会致病性生物。正常情况下有益细菌对它有抑制作用，但是当抗生素将有益细菌杀光后，它会激增。每年美国大约有500，000人由于抗生素治疗而感染艰难梭菌；大约30，000人死亡。
线粒体（Mitochondrial）损伤
线粒体是细胞的发电站。为细胞运转提供必需的能量。抗生素可以通过破坏保护线粒体免受氧化伤害（oxidative damages）的机制来破坏线粒体的功能，也可以通过改变线粒体的DNA
造成这一结果。