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阻断酸的产生是治疗某些疾病的必要措施。PPI被用来治疗胃肠溃疡，治疗食道（esophagus）反流（reflux）引起的炎症和糜烂，预防巴雷特食道症，预防重症监护病房中的病人产生溃疡，帮助清除引发多种上消化道（gastrointestinal）（GI）疾病的微生物——幽门螺旋杆菌（ Pylorus Helicobacter）。
PPI在治疗胃肠溃疡和幽门螺旋杆菌（H。 pylori）方面优于H2阻断剂。对于最急性的病症，这两类药物中无论哪一种都不得超过90天。对于轻微胃食道反流病人和消化不良病人，这两类药物药效相当，但是只能短期服用。长期服用会带来严重的问题。