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肠道有自己的神经系统，被科学家称为“第二大脑”。它可以通过大量的迷走神经网络与大脑和中枢神经系统进行交流。最近的研究表明，“第二大脑”可以控制许多免疫和激素功能，而无需大脑的帮助。
肠道是我们对付有毒化学物质和细菌的第一道防线，因为肠道相关的淋巴组织是人体免疫系统的主要组成部分，它攻击和防御肠道中的有毒化学物质。
在2013年发表的一项研究中，科学家们比较了全世界192个国家人群中阿兹海默症的患病率。他们发现卫生条件最差的国家患病率低，而卫生程度较高条件较好的国家，由于人们肠道细菌的多样性较差，阿兹海默症的患病率高。这并不意味着爱干净会导致阿兹海默症。这说明，在卫生程度条件高的国家中成长生活的人们肠道细菌多样性较差，难以抵御疾病。卫生条件较差的国家的人们则具有更多样性的肠道细菌来抵御疾病。