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我们的肠道可以消化简单的糖类，但是难以消化复杂的碳水化合物（纤维和淀粉）、脂肪和蛋白质。肠道的亲密伙伴--肠道有益菌--帮助我们消化食物。没有这些肠道微生物，我们吃的许多食物都无法消化。结肠中的细菌，将未消化的食物分解成营养物质，维生素和激素。许多患者缺乏某些维生素、矿物质及蛋白质，就是因为没有生产或消化这些营养物质的细菌。
我们的肠道伙伴还有其他工作。他们能控制酵母，并阻止有害微生物过度生长；还能培养免疫细胞辨别敌友，使这些细胞不会攻击肠道有益菌和肠道中的食物颗粒。他们也为许多重要的激素创造前体细胞，通过向细胞内的线粒体发送化学信号来调节细胞新陈代谢。