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二十世纪六十年代末，人们发明了广谱抗生素，可以同时杀死多种细菌。他们已经并将继续挽救患有肺炎和败血症等传染病病人的生命。但是也杀死了我们大部分的肠道微生物伙伴。其中一些菌种永远无法回来了。研究表明，每服用一个疗程的抗生素，都会增加日后患克罗恩病、糖尿病、肥胖症或哮喘的可能性。通过改变你的肠道微生物群，抗生素导致你的身体进入战争状态，增加脂肪的储存。给儿童服用一剂抗生素就会使他或她肥胖。
传统的农民给牲畜喂抗生素，以防止它们生病，并使它们长得肥壮，以便宰杀。当你食用肉类、牛奶和其他动物产品时，你就在摄入用这些药物。即使你从未服用过抗生素，你也可能已经摄入了足够多的抗生素而破坏你的微生物群。
草甘膦是除草剂农达的主要成分。农民在所有转基因作物和许多非转基因作物上喷洒草甘膦。像抗生素一样，草甘膦会破坏你体内的微生物群，让你的肠道更容易渗透。草甘膦存在于用谷物喂养的动物的肉和奶中，也存在于农作物及其制品中。谷物和豆类中的凝集素负荷和草甘膦负荷是双重打击。
草甘膦不仅会杀死我们的肠道伙伴，还会抑制它们产生制造血清素和甲状腺激素所必需的氨基酸。难怪我们大部分人都要服用抗抑郁药和甲状腺药物。
内分泌干扰物是一种低剂量的雌激素类物质，存在于大多数塑料、芳香化妆品、防腐剂、防晒霜和其他产品中。洗手液、肥皂、除臭剂和牙膏中的抗菌化学物质在体内的作用类似于雌激素。这些雌激素样物质会干扰你的激素系统。
线粒体根据肠道伙伴传递的激素信息来调节细胞死亡和代谢。破坏细胞死亡会刺激癌细胞增殖。细胞代谢的中断可能导致代谢紊乱，如肥胖、糖尿病、生殖疾病、甲状腺问题以及大脑和神经内分泌系统的发育受损。
抗菌化学物质也会阻碍身体吸收钙的能力和骨骼的健康生长，随着年龄的增长会导致骨质疏松症。
研究表明，水果中的果糖是一种线粒体毒素。你的肠道伙伴需要一种叫作多糖的复杂的糖分子来生长和繁殖，但是坏细菌却以单糖为食。如果你吃太多甜的东西，你的肠道伙伴将会饿死，而坏细菌将会繁殖。这就是为什么糖对健康和寿命来说绝对是一场灾难的主要原因之一。
人造甜味剂会改变肠道微生物群，杀死有益菌，让有害菌过度生长。杜克大学的一项研究显示，一包善品糖可以杀死50%的正常肠道菌群。任何甜味，即使是来自天然的甜菊糖，都会刺激胰岛素反应，让你想要更多。人造甜味剂非但不能帮助你减肥，反而会让你增重。