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科技创新是建设创新型国家的必然要求，为此我国必须提高自主创新能力，通过科技创新取得突破性发展，调整产业结构，真正摆脱粗放型经济增长方式走集约化发展道路。为提升创新能力，我国R&D经费投入逐年增加，但其使用效率仍然较低；近年来虽然新产品上市数量和创收虽连年提升，但产品创新程度较低，原创性成果和领先国际的核心技术发明较少（吴中伦，2016 [38] ），这就引发了我国科技界和理论界对这一问题的密切关注和讨论，而围绕这一主题的争论一直存在，如R&D经费总投入规模是否越大越好、应不应该赶超发达国家？投入总量应不应该与国家创新系统环境挂钩？政府资金投入是不是越多越好？每年的经费总量控制在什么水平是最合适的？总量一定的情况下如何配置经费？关于以上问题，早先的部分学者认为现阶段我国应该加大科技经费投入力度，科技经费投入越多越能刺激企业创新行为；与韩国和其他发达国家相比，我国R&D经费投入强度还较低，因此应该加大科技经费总量投入以刺激企业研发。随着理论研究的深入，越来越多的实证研究表明R&D经费投入对创新绩效的正向影响并非在所有情况下都成立（李燕萍等，2011 [15] ；王楚鸿和杨干生，2010 [21] ；马琳，2014 [16] ），单纯增加R&D经费投入总量并非提高创新绩效的有效途径，反而R&D经费配置结构对创新绩效的影响远超过R&D经费总量的影响（李燕萍等，2011 [15] ）。因此，有学者认为R&D资源的配置不当是我国R&D创新效率偏低的重要原因，科技经费总量投入并不是越多越好，而应该与产业发展阶段和具体创新环境相匹配，优化和调整科技经费的配置结构要比单纯增加总量更有意义（白云朴和朱承亮，2014 [19] ；焦翠红等，2017 [20] ）。
综上，科技创新是当前和未来我国长期发展的重要战略核心。《中国国民经济和社会发展十三五规划纲要》明确指出“坚持创新是引领发展的第一动力，把创新摆在国家发展全局的核心位置，以深入实施创新驱动发展战略、支撑供给侧结构性改革为主线，全面深化科技体制改革，大力推进以科技创新为核心的全面创新”。同时，《纲要》还明确提出到2020年我国R&D经费投入强度要达到2.5%等，这也就意味着未来几年我国R&D经费仍将会持续大量增加。如何科学配置R&D经费结构、提升R&D经费使用效率、提高我国研发创新能力、最大程度地刺激经济发展是我们面临的一个重要课题，而R&D经费配置结构优化的研究就尤为必要和重要。
（1）借助创新系统、资源配置效率理论以及不平衡增长理论，厘清R&D经费配置结构、创新环境系统和创新绩效的内在逻辑关系，形成本研究成果研究思路和理论框架；
（2）剖析我国创新环境系统维度及具体指标构成，分析我国创新环境系统与R&D经费配置结构交互作用下的创新绩效时滞并对关键环境要素进行识别；
（3）测度创新环境系统、R&D经费配置结构交互作用下的创新绩效变化趋势及主要环境影响要素；
（4）在时滞影响和关键创新环境要素识别的基础上构建R&D经费配置结构优化模型；
（5）验证优化模型的有效性，并给出优化方案的具体算例。
（1）R&D经费配置结构、创新环境系统和创新绩效关系的理论推演及研究框架
从R&D经费配置总量与创新绩效关系、R&D经费配置结构对创新绩效的影响、R&D经费配置结构对创新绩效的时滞影响，以及R&D经费配置效率影响因素四个方面对现有文献进行梳理总结；在不平衡增长理论、资源配置效率理论和创新系统理论三大理论指导下，将时滞和创新环境系统纳入R&D经费配置结构的优化研究过程中；在文献梳理及CiteSpace可视化分析的基础上归纳出创新环境系统的六大维度构成即研发基础、经济基础、产业结构、市场发育程度、政府支持和区位优势；并从时滞角度构建了R&D经费配置结构与创新环境系统的交互关系模型，厘清R&D经费配置结构、创新环境系统和创新绩效三大变量的逻辑关系，最终形成本研究成果研究思路和理论框架。
（2）创新环境系统分析
第一，在运用CiteSpace分析创新环境系统维度构成的基础上，进一步细化各维度的具体环境要素指标，构建创新环境指标体系。第二，运用单位根检验和格兰因果关系杰检验分析创新环境各指标变量对创新绩效相互影响关系，在格兰杰因果关系检验的基础上完成指标筛选，最终确定本研究成果的创新环境系统要素指标构成即创新环境系统指标体系构建。
（3）创新环境与R&D经费配置结构对创新绩效影响的时滞测度及关键影响因素识别
第一，在前期创新环境指标体系构建基础上，利用稀疏Group Lasso分析创新环境与R&D经费配置结构交互作用下的创新绩效时滞影响；测度高技术产业总体以及生物医药产业和医疗器械产业等子行业的创新绩效时滞期。第二，基于OLS回归分析法识别R&D经费配置结构对创新绩效影响的关键创新环境因素。第三，分析创新环境系统与R&D经费配置结构交互作用下的高技术产业总体、生物医药产业和医疗器械产业的创新绩效现状、趋势和规律。
（4）R&D经费配置结构优化模型构建
根据前文有关时滞测度、关键创新环境影响因素识别的研究结论，基于国家整体和省域组合两种视角构建R&D经费配置结构优化理论模型；具体而言，国家整体视角的优化模型是基于“效率提高或技术进步情况下的最大化产出”假设，构建“投入总量及配置结构和相比于前一年全要素生产率提高的约束下的产出组合最大”的理论全局配置优化模型；而省域组合视角的优化模型则是考虑到大数据的计算条件，构建以“i省份为优化对象，其他省份延续前一年的配置方案，实现DEA-CCR相对效率最大”为假设的理论局部配置优化模型，最终对优化结果进行检验以判断经费配置方案的科学性。
（5）R&D经费配置结构优化模型检验和应用
根据前期构建的理论模型，重点对省域组合视角的优化模型进行科学性检验和具体优化，具体思路如下：第一，运用2012—2015年的实际数据检测理论模型的有效性。第二，根据验证结果以2016年为例对未来R&D经费配置方案进行优化。