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作为唯一的执政党，中国共产党对全国的领导地位是无可置疑的。但通过什么样的方式来实现领导——集中表现为如何处理党政关系，却是一个值得重视并可以探讨的大问题。
从新中国建立至改革开放之前，中国党政体制正如邓小平所言，“都是从苏联模式来的”
。突出的问题是党政合一，权力过分集中。1980 年 8 月，邓小平在中央政治局扩大会议上指出：“权力过分集中的现象，就是在加强党的一元化领导的口号下，不适当地、不加分析地把一切权力集中于党委，党委的权力又往往集中于几个书记，特别是集中于第一书记。……权力过分集中，越来越不能适应社会主义事业的发展。……现在再也不能不解决了。”
十一届六中全会通过的《关于建国以来党的若干历史问题的决议》也指出：“必须正确处理党同其他组织的关系，从各方面保证国家权力机关、行政机关、司法机关和各种经济文化组织有效地行使自己的职权。”此后，以“党政分开”为目标的权力配置改革开始启动。
但随着实践的发展以及中国共产党由“革命党”向“执政党”的自我定位的重大转换，“党政分开”，因其仅把权力配置局限于党和政府的关系，导致其在实践中很难贯彻落实。在中国的政治框架中，政府是从人大产生并向人大负责，向人大报告工作，接受人大监督的国家行政机构，人大与政府的关系是权力机关与执行机关的关系。所以，中国的党政关系问题首要的是应该处理好党同人大的关系，党同人大的关系摆正了，党和政府的关系也就自然易于处理了。为此，1990 年3 月，江泽民总书记指出：“加强党的领导与发挥国家权力机关的作用是一致的。党对国家政治生活的领导，最本质的内容就是组织和支持人民当家作主。我国人民代表大会制度，是党领导的人民民主制度。只有在党的领导下，才能充分发挥人民代表大会制度的作用，而人民代表大会制度的加强和完善，可以更好地实现党的领导。”
正是基于这种思考，1997 年中共十五大报告提出了“依法治国，建设社会主义法治国家”的治国方略，要求从制度和法律上“保证党的基本路线和基本方针的贯彻实施，保证党始终发挥总揽全局、协调各方的领导核心作用”。2002 年中共十六大报告提出“要把坚持党的领导、人民当家作主和依法治国有机统一起来”，并对党和国家的权力配置和运作方式作了明确阐述，“进一步改革和完善党的工作机构和工作机制。按照党总揽全局、协调各方的原则，规范党委与人大、政府、政协以及人民团体的关系，支持人大依法履行国家权力机关的职能，经过法定程序，使党的主张成为国家意志，使党组织推荐的人选成为国家政权机关的领导人员，并对他们进行监督；支持政府履行法定职能，依法行政；支持政协围绕团结和民主两大主题履行职能；加强对工会、共青团和妇联等人民团体的领导，支持他们依照法律和各自章程开展工作，更好地成为党联系广大人民群众的桥梁和纽带。”
这意味着符合中国国情的党政关系模式，应当是既“分开”又“合一”、“分开”与“合一”相结合的模式。这里的“合一”，指的是党的领导基本上可以与人大行使国家权力“合一”，当然这不是简单的“合一”，而是党从外部“进入”人大体制内部。这主要包括：第一，实行各级党委“一把手”与各级人大常委会“一把手”的兼职；第二，运用党在各级人大及其常委会中的优势，占据人大各委员会的多数及其主要领导人职位；第三，充分发挥中共人大党组的作用，统一党员代表、常委的思想和协调党员代表及常委的行动；第四，直接介入人大及其常委会的立法过程；第五，兼任国家权力机构领导职务的党的领导人平时不以党的领导人的身份活动，党的中央领导机构不再从外部对人大及其常委会发出具有指令性质的指示或建议；第六，如果在国家权力机关中担任“一把手”的共产党员在党内选举中落选或被解除职务，也必须辞去其在国家权力机关中的职务。这种党与人大“合一”的体制，可以使党的方针政策与人大的立法工作、党管干部与人大的人事任免、党委的决策与人大的重大事项决定、党纪监督与人大的法律监督紧密结合起来。这里的“分开”，指的是党的领导应当与政府的行政“分开”，或者说党组织从行使行政权力中“退出”。这主要包括：第一，党组织不再决定属于政府行政权力范围内的事项，也不再对行政机关直接发出指示和指令，由各级行政权力机关独立自主地统一行使行政权力，对行政的过程和结果负全部责任；第二，党的主要领导人不兼任政府机关的行政首长；第三，行政权力机关完全对同级人大或其常委会负责和报告工作，而不再像实际存在的那样向党委负责和报告工作，但有义务向同级党委通报工作情况；第四，人大及其常委会依法对政府行政实行监督、质询和罢免之权。
总之，党的领导由过去的直接干预转变为通过国家权力机关对政府行政机关实施间接领导。这既不会削弱或否定党的领导地位，也与中国政治制度“议行合一”的原则相一致。
中国共产党对探索更为科学的执政方式未有止境。2004 年 9 月，中共十六届四中全会通过的《关于加强党的执政能力建设的决定》中明确提出：“必须坚持科学执政、民主执政、依法执政，不断完善党的领导方式和执政方式。”2007 年中共十七大报告强调指出：“要坚持党总揽全局、协调各方的领导核心作用，提高党科学执政、民主执政、依法执政水平，保证党领导人民有效治理国家。”这是中国共产党领导社会主义建设和治国理政经验的高度概括和科学总结，对新形势下进一步加强和改进党对行政工作的领导具有重要的指导意义。
当然，实践远比理论更丰富、更复杂。以中国之大，基层千差万别，党实现领导的方式方法不可能也不应该整齐划一。2009 年广东顺德大部门式党政合署改革，即是开启这一探索的第一步。
在中共十七大对党政机构改革提出新的要求后，国务院于 2008年进行大部门体制改革，中国经济最发达的县（区）级行政区之一顺德于 2008 年年底被列为广东省行政管理体制改革的试点之一，在实行大部门体制改革、统筹党政机构设置和建设服务型政府方面先行探索。经过筹划，顺德针对政府职能、组织机构、责权关系和运行机制等行政管理体制的深层次问题进行了大幅度改革。建立大部门体制的同时，扩大了党政合署的范围。例如，组建区政务监察和审计局，与区纪委合署办公，形成“大纪检”；区委政法委员会和区司法局合署办公，形成“大政法”；组建区文体旅游局，与区委宣传部合署办公，形成“大宣传”；将统战部、外事侨务局、总工会、共青团、妇联、残联、工商联的全部职能和民政局、农村工作部的部分职能整合在一起，组建区委社会工作部，形成“大社工”。这就形成了一种新的党政合署形态——大部门式党政合署，即通过广泛整合执政党工作部门和政府部门中相同、相近或相似的职能，形成合署大部结构。而统战部不见了，这在中国县级党委实属罕见。顺德改革初始，一个被反复提及的问题是：这么改，是否党政不分？区委领导没理会“党政分开”或“党政合一”的讨论，“我们是基层，核心是要解决问题”。对于顺德的改革，中共中央政治局委员、广东省委书记汪洋要求继续秉承“允许改革失败，不允许不改革”的理念，“不争论，允许试，错了及时纠正，努力降低改革成本，确保改革成功”
。
党政机构改革的实质，是从管制型政府向服务型政府转变。正如著名未来学家奈斯比特夫妇指出的那样，“中国的领导权掌握在共产党手中，但是中国共产党执政的理念与方式在过去的 30 年中已经发生了巨大变化”
。可以预见，中国共产党将沿着科学执政、民主执政、依法执政的方向不断探索完善执政方式。