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就环境与资源保护法而言，由于生态环境与自然资源具有统一性、系统性的特性，导致环境监管体制与其他监管体制存在较大差异。环境资源具有统一性的特征，这就需要整体主义的监管体制，而不是还原主义的监管体制。
在现代环境治理体系中，流域治理就是需要利用整体性思维来设计监管体制。而现代国家的权力又是按照行政区域来安排的，这与流域特点不相匹配。为了适应流域环境治理的需要，在现代，各国会按照统一体制进行流域管理，出现了流域管理委员会这样的管理机构。根据不同国家权力特征和流域特征，这些流域管理委员会又具有各自的特点。有的属于协调性的管理委员会，有的属于实体性的管理委员会，有的根据法律法规这样的硬法来加以管理，有的根据协议这样的软法来加以管理。总之，监管对象的特性，要求监管体制必须尊重、符合生态环境与自然资源的规律，不能完全依赖权力自身的属性。当然，对于一些不完全符合监管对象规律的监管体制，也可以通过一些补救方式来加以改进，例如通过一些协调机构来对监管体制进行协调改进。
虽然需要依据生态规律，应采取整体主义而不是还原主义的思路来设计监管体制，但权力本身的规律也对生态规律起到制约作用。考虑生态、自然规律的同时，也必须考虑权力体系的自身规律，使生态管理体制与权力体制相符合。
首先，是中央与地方的权力关系。我国是单一制国家，中央政府与地方政府之间具有隶属关系，两者之间具有命令服从关系，地方政府是受中央政府的委托来行使职权的，这与联邦制国家的央、地关系有极大的不同。其次，是各级人民政府与其职能部门的关系。在我国，县级以上人民政府设置相应的职能部门，人民政府只有设置一定的职能部门，才能完成相应的监管任务。一般而言，人民政府与其职能部门之间具有命令服从关系。各级人民政府是一般行政机关，而其职能部门是专门行政机关。《环境保护法》规定地方各级人民政府对本地环境质量负责，而各级人民政府只有依赖职能部门工作才能完成这一任务，实现对本地环境质量负责的目标。过去我国对环境职能部门设计的双重领导体制，正是基于这一权力本身的规律。再次，是行政权力的范围限度问题。现代权力体系，必须存在一定的区域范围，这就构成了不同的行政区域，这就需要处理不同的行政区域之间存在的权力冲突与协调问题。最后，是各部门权力限度问题。任何部门的权力都是有限度的，其管辖的事务也是有限度的，不能由一个部门来管辖所有的相关事，这就需要在不同的区域和部门之间确定协作关系。
监管体制不仅涉及监管对象规律和权力自身规律，还涉及更复杂的原因，即社会经济发展的状况，特别是地方政府对待环境保护与经济发展的态度。企业环境利用行为存在负外部性，政府环境管理行为也存在负外部性。地方政府与中央政府之间在环境保护上存在一定的冲突，地方政府更加具有轻环保重经济的倾向，容易导致对本级环境保护职能部门的干预。这就需要对环境监管体制进行设计，以防止地方政府对环境保护行为的干预。
在我国，不仅存在地方政府对其职能部门的干预问题，还存在中央政府与地方政府之间的事权与财权之间关系问题，这两个方面关系存在的问题导致我国长期以来环境治理绩效不高。
关于前者，一般情况下，我国地方人民政府的职能部门实行双重领导机制，即由本级人民政府和上级职能部门双重领导。主要是由本级人民政府领导。这种体制是一种常态化的体制，其优势是：首先，本级人民政府需要不同职能部门才能真正发挥作用；其次，发挥上级机关的统一领导作用。这种双重领导体制体现了条条与块块的关系，条条解决的是更大范围甚至是全国范围内的法律的统一性问题，而块块解决的是地域管辖问题。地方政府对其职能部门具有命令控制的权力，地方环保部门的人事、财政等方面都完全由本级人民政府控制，如果受到本级甚至上级人民政府的干预，地方环保部门履行职责的意愿与能力就会受到较大的限制。为了解决这些体制问题，我国采取的措施是：在省级以下实行垂直管理，以减少地方人民政府的干预。这在我国已经形成了一定的传统，例如在过去的工商管理、质量监督管理等方面，已经取得了相应的经验。目前，在环境监管事务上，我国也开始了垂直管理的实验，以减少地方政府对其职能部门环境执法的干预。
关于后者，由于环境治理也需要一定的财力作保障，这就需要在央、地之间合理匹配环境事权与环境财权。这主要体现为两个方面：一方面，地方对环境治理的行为需要中央进行财权的保障，实现事权与财权的匹配；另一方面，地方各项事业的发展，也需要一定的财力来加以保障，这也需要合理配置央、地之间的事权与财权的关系。