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1937年卢沟桥事变后，蒋介石致电白崇禧，邀请白出任军事委员会副总参谋长。白崇禧与李宗仁、李品仙等人商量去不去，众人唯恐发生不测，均表示反对。回家后白崇禧征求妻子马佩璋的意见，马佩璋冷静地告诉白崇禧：还是你自己决定吧。于是，白崇禧飞往南京。此次，蒋介石是诚心诚意邀请白崇禧出山的。“用兵之要，先择于将臣”，麾下有此治军能将，胜过雄兵百万。日本报纸对此大加渲染：“战神到了南京，中日之战终不可避免。”
白崇禧出任副总参谋长后，参与了各阶段国民党军对日作战计划的制定，并参与指导、指挥了或直接指挥了若干重大战役。
1938年3月24日，白崇禧飞往徐州，协助第五战区司令长官李宗仁指挥台儿庄战役。其间，白崇禧经常深入阵地视察，与各军、师高级将领联络，听取汇报，了解敌情，交换意见。并深入阵地前沿，代表蒋介石向官兵们表示慰问，极大地鼓舞了官兵的斗志，令士气大增。台儿庄战役中，我军歼敌过万，取得了国军抗战中的首次重大胜利。捷报传来，全国一片欢腾，行都武汉万人空巷，游行队伍用卡车载着李宗仁、白崇禧的巨幅画像，欢呼庆贺。
6月中旬，武汉会战拉开序幕。日军集结海、陆、空35万兵力，我方投入兵力达100万，在长江沿线分五路展开激战，战线扩及湖北、安徽、江西、河南四省数千里。其规模之大，在抗战所有战役中空前绝后。
白崇禧得以直接指挥武汉会战，完全事出偶然。6月中旬，李宗仁脸上枪伤复发导致右眼失明，不得不离开战场去武汉就医。白崇禧奉命就职，统率江北23个军，在大别山一带阻击敌人。根据军委会部署，此次作战的目的在于消耗日军力量，为我方赢得时间，以达到长期抗战的目的。在这场长达4个半月的战役中，我方歼灭敌军近20万，另有15万日军在会战中病倒。仅长江南北两战区，便打死打伤敌陆军5万以上，击沉敌舰百余艘，击毁敌机百余架，其战略进攻势头已经大大减弱，迟滞了日军的侵略步伐，持久消耗敌人的目的已经达到，使日军“速战速决”占领中国的计划彻底破产。此间，白崇禧作为总指挥官，殚精竭虑，运筹帷幄，为达到此次战役的战略目的奠定了基础。
10月24日，军委会宣布全线撤退。当晚，白崇禧告别李宗仁，乘车前往长沙。途中吉普车抛锚，白下车等候司机修理，适逢军委会政治部副部长周恩来（中共中央军委副主席）途经此地，见白站在路边，随即停车下车，对白说：“健生兄，敌人骑兵的先头部队已经离这里不远了，留在这里很危险。”并约白与他同乘一车去长沙。白崇禧犹豫一下便上了周恩来的车，一路上两人相谈颇多。谈到红军长征，白崇禧说：“你们（红军）未到广西，我很感激。”周笑笑说：“你们广西的做法，像民众组织、苦干穷干之精神，都是我们同意的，所以我们用不着去。”
早在徐州会战时，白与周便有所接触。周恩来曾向白崇禧建议，津浦线南段应以运动战和游击战从侧面困扰和打击敌人，白认为有道理，并与李宗仁取得一致看法，由江北新四军与国军三十一军配合，开展游击战和运动战，以此牵制敌人。台儿庄战役北动南不动概源于此。此间，白崇禧通过周恩来得到一篇毛泽东的《论持久战》，仔细研读后，深有感触，并总结出两句精华：“积小胜为大胜，以空间换时间。”白崇禧将这两句话报告蒋介石后，蒋介石通过军事委员会通令全军，作为对日作战的最高战略方针。
中国抗战进入战略相持阶段后，1938年11月，蒋介石决定增设军事委员会委员长桂林行营，统一指挥第三、四、七、九四个战区，任命白崇禧兼任桂林行营主任。12月3日，白崇禧在桂林宣誓就职。
在此任职期间，白崇禧相继指挥了南昌战役、长沙会战、桂南会战。在1939年底至1940年初的桂南战役中，白崇禧亲临炮兵阵地督战，两度收复战略要地昆仑关，全歼日军第五师团的第四十一、四十二两个连队及一个炮兵连队，击毙日军第五师团十二旅团长中村正雄，日军死伤约8000人，为抗战以来攻坚战的首次胜利。白崇禧在评点这次战役时说：“抗战以来，国军曾于台儿庄、长沙二次会战，以攻势防御战略击退敌人。若论攻坚胜利，则以昆仑关之役为首次。”
昆仑关大捷之初，白崇禧因指挥有功，获颁“陆海空军甲种一等奖章”。但后来未能达到蒋介石要求的夺回南宁并将日军逐出广西南部，因此，自白崇禧及以次十多名高级将领，或受降级处分，或撤职留任，或撤职查办，或交军事法庭会审，桂林行营也由此撤销。
作为一名优秀的军事指挥家，白崇禧在每次战役之后，都会及时总结我方在战略战术上的得失、敌方所用战略战术及其优点与劣点，并据此作出破敌战术的对策，在指导作战中发挥了重要作用。
而白崇禧身兼数职——在任职副总参谋长的同时，兼任军训部部长、校阅部主任委员、航空委员会委员等要职，在指挥作战的同时，对抗战时期的部队军训以及部队军事教育投入了一定的精力，对空军发展十分重视，认为空军发展首先要从教育入手。1939年在对成都空军部队校阅之后，白崇禧向军事委员会提出三点建议：一、设立空军幼年学校，招收高小毕业生，以培养青少年“冒险犯难之精神”。此建议当即被中央所采纳，并很快在四川灌县创建幼年空校。二、设立空军军事学校。三、成立空军通讯兵学校。此二条亦被军委会采纳。白崇禧也因此获一等空军荣誉勋章。
在八年抗战中，白崇禧“一面与敌作战，一面加强训练，融讲堂、操场、战场于一体”，因而积累了丰富的实战经验，于抗战胜利之后写成《现代陆军军事教育之趋势》、《游击战纲要》两部专著，认为“战争之关键，不全在武器，而仍在人之因素”；“今日之战争，乃全面战、总体战，军事必须与政治、经济、文化配合，始能获致最终之胜利。”其理论不无科学道理。抗日战争胜利后，白崇禧被授予陆军一级上将。