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1986年，原水电部考虑水利电力直属单位离退休职工队伍庞大、年龄老化严重，同时存在住地比较分散、条件比较艰苦的实际困难，加上在行政管理上属于“条条管理”的情况，经国务院批准，水利电力系统的机关事业单位中的合同制工人开始实行养老保险行业统筹。
1988年，水电部拆分、水利部成立，水利系统直属单位的养老保险行业统筹也独立出来，由水利部离退休经费统筹办公室领导与管理，自此水利部直属单位的养老保险行业统筹进入独立运行的第二阶段。当时，有十几个单位的27444人参加，其中离退休职工4556人，占总数的16.6%。1993年，水利部成立专门的社保管理机构——水利部社会保障管理局，统一负责水利部直属系统的社会保险工作。
1996年1月1日起，水利部在直属单位进行养老保险制度改革试点，这是水利行业养老保险改革历程中的里程碑。试点主要针对部直属企业、企业化管理的事业单位和部直属单位所办的控股企业，凡申请参加水利行业养老保险统筹的单位应有完整的可行性报告和基金收缴、支付的预测及分析报告，报水利部审批后执行。
同时，按照基本养老保险社会统筹与个人账户相结合的原则，按照职工个人工资收入的12%建立职工基本养老保险个人账户。职工退休时，其基本养老金分为两部分：第一部分为社会性养老金，按水利行业职工平均工资的20%计发；第二部分为个人账户养老金，按照个人账户储存额的一定比例计发。
从1998年1月1日起，按照《国务院关于建立统一的企业职工基本养老保险制度的决定》，水利行业养老保险向统一的企业职工基本养老保险制度并轨。单位按全部职工工资总额的18%缴纳基本养老保险费，职工个人按本人缴费工资的4%缴纳基本养老保险费，以后每两年提高1个百分点，最终达到本人缴费工资的8%。个人账户按职工本人缴费工资的11%建立，由个人缴费和企业划入两部分组成。行业统筹移交地方后退休的人员，执行省（自治区、直辖市）的办法（即统一的国家基本养老保险制度在地方的具体实施办法），按地方办法计算的待遇低于原基本养老保险行业统筹计发办法的部分，采用补贴的形式发放。
1998年行业统筹移交地方管理时，原行业统筹的水利企业职工基本养老保险已移交有关省（自治区、直辖市）管理，但部直属事业单位劳动合同制职工基本养老保险尚未移交。为妥善解决原水利行业统筹遗留问题，促进水利事业单位的改革和发展，自2000年9月1日起，水利部直属事业单位劳动合同制职工基本养老保险移交所在省（自治区、直辖市）社会保险机构管理。移交后缴费比例、待遇计发等政策按国家有关规定执行。水利事业单位劳动合同制职工积累的基本养老保险基金，全部移交到所接收的省（自治区、直辖市）社会保险机构，由行业统筹转变为地方统筹。
事业单位转制为企业的按企业参加养老保险的单位包括：长江勘测规划设计研究院、中国水利水电出版社及6家流域机构所属的勘察设计企业。
自2000年开始国务院及有关部门连续下发了《国务院办公厅转发建设部等部门关于中央所属工程勘察设计单位体制改革实施方案的通知》（国办发〔2000〕71号）、《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构转制后有关养老保险问题的通知》（劳社部发〔2000〕2号）、《关于印发建设部等11个部门（单位）所属134个科研机构转制方案的通知》（国科发政字〔2000〕300号）等文件，国家开始进行勘察设计单位体制改革和科研体制改革，经国务院批准，国家经贸委所属的原10个国家局管理的242个科研机构、中央所属的178家工程勘察设计单位及建设部等11个部门（单位）所属的134个科研机构均转制为企业，在职人员退休后参加企业养老保险。水利部流域机构的长江勘测设计研究院等6家勘测设计单位转制为企业，同时参加企业养老保险。
自2012年开始，根据中央关于分类推进事业单位体制改革的意见，国家研究制定完善新闻出版事业单位改革的实施办法，加快推进新闻出版事业单位人事、收入分配、社会保障制度和管理机制改革，健全考核、激励和约束机制。2014年，中央出台了《深化新闻出版体制改革实施方案》，推动党政部门与所属新闻出版企事业单位进一步理顺关系，推进新闻出版单位体制改革，探索国有出版企业股权激励机制，部分新闻出版单位由原来的事业单位转为企业，离退休人员和在职人员的养老保障政策参照勘测设计单位体制改革的政策执行。水利部直属的中国水利水电出版社按统一政策进行改革转制为企业，在职人员按规定实行企业养老保险制度，参加了北京市社会保险。
为了保证水利工程的安全运行，充分发挥水利工程的效益，2002年国务院办公厅下发了《国务院办公厅转发国务院体改办关于水利工程管理体制改革实施意见的通知》（国办发〔2002〕45号），决定通过深化改革，初步建立符合我国国情、水情和社会主义市场经济要求的水利工程管理体制和运行机制，分类推进人事、劳动、工资等内部制度改革。其中对企业性质的水管单位，明确要落实社会保障政策。各类水管单位应按照有关法律、法规和政策参加所在地的基本医疗、失业、工伤、生育等社会保险。
在全国统一的事业单位养老保险改革方案出台前，保留事业性质的水管单位仍维持现行养老制度。转制为中央企业的水管单位的基本养老保险，可参照国家对转制科研机构、工程勘察设计单位的有关政策规定执行。各地应做好转制前后离退休人员养老保险待遇的衔接工作。水利部流域机构所属的转为企业的水管单位职工全部参加企业养老保险。
水利部驻上海的事业单位参加上海市的改革试点，这些单位包括：太湖局、长委水文局所属的长江口局。
上海市是实行机关事业单位养老保险制度改革起步较早的地方之一，要求凡是在上海市境内的机关事业单位全部参加养老保险。水利部太湖流域管理局机关及其所属的7家事业单位、长江水利委员会水文局所属的长江口水文水资源勘测局、长江流域水资源保护局上海局自20世纪90年代开始就参加了上海市的机关事业单位养老保险。