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如果说20世纪中叶梁思成先生提出的“体形环境”思想为清华大学建筑学院创造了可持续发展的教育建筑平台，那么吴良镛先生创建的人居环境科学则是新时期清华大学建筑学科的办学指导思想。以此为基础，奠定了清华大学建筑学院面向人居环境的“建筑学—城乡规划学—风景园林学”的学科架构和教学体系。
自1946年协助梁思成创办清华大学建筑系以来，吴良镛历任系副主任、系主任，建筑与城市研究所所长，人居环境研究中心主任，为清华建筑教育的发展倾尽心力。这60多年来，从清华大学建筑学院先后走出建筑领域院士9人（占全国总数的38%），国家勘察设计大师16人（占全国总数的30%），国内外知名建筑学院院长和国际知名学者33人，国有大型设计单位院长、总建筑师、总规划师65人。清华建筑学专业的学科整体水平始终在全国保持领先。
作为导师，吴良镛亲自培养了81名博士和硕士研究生，“一把钥匙开一把锁”是他广为人知的育人理念。每个学生开题时，他都要针对学生的特点和兴趣仔细琢磨，和学生一起讨论合适的题目。
对于在职的博士，吴良镛每年都要召集至少两次以上的学术例会，请来自全国各地的在职博士汇报他们的研究进展。在这样的学术例会上，每个人的选题都经过了一而再，再而三的反复打磨修改。
他对学生要求极严，但也充满关爱。清华大学建筑学院教授吴唯佳至今记得20多年前的一个雨夜，吴良镛披着雨衣冲进他在三号楼的宿舍，了解他的学习情况和需求的情景。还有一位博士生曾满怀深情地这样写道：“我无法忘记吴先生带着我完成的一次古都之行。他这么大的年纪，领着我从北京古城的景山到什刹海，在葱葱绿荫的胡同里穿行，还买了一个特别好吃的烧饼让我品尝。那一刻，我深知他心中巨大的爱，我对这个城市的爱也被他点燃。”
吴良镛提倡让人才在集体“大兵团战斗”中成长。每一个研究和实践项目，都是他培养人才的平台。但是，他特别强调做项目不能像“炸油饼”，盲目进行生产性的重复劳动，而是要在整个集体共同的学术框架下进行，成为从科学进步和创新出发的“作品”。
清华大学常务副校长陈吉宁认为：“人居环境科学的发展极大拓展了传统建筑学的研究领域，带动了建筑、规划、环境、市政、景观、生态和地学等多个学科的发展，推动了不同学科之间的融合，为解决人类当前快速城市化、工业化进程中的空间可持续发展问题提出了新的理论指导。在一流大学建设中，如何以国家经济社会发展为舞台，创新学术思想和理论，吴先生为我们树立了典范。”
清华大学党委副书记、建筑学院教授邓卫钦佩地说：“吴先生最大的贡献，一是适应时代需要，勇于理论创新。他在充分吸取前人理论贡献的基础上，结合中国当前大规模、高速度的城镇化的时代背景，创造性地提出了人居环境科学理论，为建筑学的科学发展指明了方向。二是面向重大问题，探索实践模式。通过区域、城市、街区、建筑等不同层次的实践探索，他为在中国城乡建设中实现美好人居的理想找到了具有重要指导意义的方法和道路。三是坚持融会贯通，引领学科发展。他在相关学科融会贯通的基础上搭建起人居环境科学这个共同的平台，使建筑学领域内各学科的协同创新成为可能。从这一点来说，他是独一无二的。”